# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.400 0.210 0.050 0.112 0.076 0.053 0.048 0.028 0.013 0.007 0.003 2 E 0.696 0.148 0.040 0.053 0.026 0.013 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 3 R 0.298 0.252 0.055 0.154 0.105 0.054 0.044 0.019 0.010 0.005 0.003 4 A 0.118 0.075 0.043 0.096 0.106 0.120 0.168 0.107 0.083 0.048 0.036 5 K 0.223 0.192 0.155 0.213 0.114 0.050 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 6 R 0.115 0.097 0.133 0.172 0.122 0.119 0.116 0.058 0.037 0.021 0.010 7 Q 0.104 0.091 0.067 0.165 0.155 0.131 0.137 0.062 0.045 0.027 0.016 8 P 0.154 0.090 0.073 0.122 0.104 0.119 0.140 0.071 0.061 0.040 0.026 9 H 0.115 0.106 0.110 0.197 0.147 0.113 0.096 0.045 0.036 0.022 0.011 10 A 0.051 0.034 0.038 0.072 0.067 0.089 0.153 0.129 0.152 0.122 0.093 11 A 0.032 0.036 0.031 0.077 0.094 0.103 0.171 0.142 0.134 0.107 0.073 12 P 0.072 0.106 0.073 0.150 0.124 0.106 0.122 0.078 0.076 0.056 0.037 13 L 0.010 0.008 0.011 0.019 0.021 0.037 0.095 0.133 0.201 0.234 0.231 14 V 0.041 0.050 0.037 0.122 0.116 0.118 0.169 0.112 0.107 0.076 0.052 15 S 0.056 0.078 0.053 0.106 0.108 0.108 0.138 0.109 0.105 0.084 0.057 16 S 0.169 0.157 0.068 0.181 0.152 0.097 0.081 0.038 0.027 0.019 0.012 17 L 0.108 0.052 0.031 0.071 0.075 0.081 0.138 0.132 0.120 0.104 0.088 18 D 0.170 0.244 0.081 0.206 0.125 0.066 0.049 0.026 0.017 0.012 0.005 19 N 0.192 0.164 0.076 0.182 0.124 0.085 0.082 0.041 0.028 0.017 0.009 20 R 0.057 0.047 0.034 0.109 0.136 0.180 0.181 0.102 0.080 0.048 0.028 21 G 0.184 0.171 0.103 0.220 0.127 0.088 0.060 0.021 0.014 0.008 0.003 22 L 0.005 0.010 0.021 0.037 0.038 0.058 0.133 0.163 0.187 0.181 0.166 23 L 0.005 0.008 0.016 0.028 0.035 0.048 0.110 0.160 0.204 0.192 0.193 24 D 0.032 0.126 0.186 0.260 0.191 0.083 0.060 0.025 0.019 0.014 0.005 25 S 0.060 0.069 0.102 0.176 0.168 0.138 0.129 0.061 0.049 0.029 0.018 26 L 0.016 0.010 0.013 0.020 0.026 0.047 0.117 0.158 0.220 0.220 0.154 27 D 0.028 0.078 0.070 0.162 0.153 0.126 0.148 0.102 0.066 0.049 0.018 28 L 0.005 0.013 0.029 0.027 0.027 0.042 0.108 0.161 0.201 0.227 0.159 29 G 0.048 0.060 0.073 0.173 0.163 0.130 0.130 0.073 0.071 0.055 0.023 30 Q 0.098 0.102 0.103 0.134 0.137 0.116 0.125 0.064 0.057 0.045 0.020 31 Y 0.062 0.089 0.077 0.242 0.183 0.126 0.111 0.045 0.033 0.022 0.011 32 L 0.014 0.008 0.019 0.021 0.027 0.039 0.115 0.185 0.214 0.198 0.161 33 D 0.053 0.439 0.193 0.173 0.080 0.024 0.021 0.008 0.005 0.004 0.001 34 K 0.011 0.032 0.041 0.100 0.106 0.246 0.272 0.100 0.056 0.025 0.012 35 D 0.889 0.028 0.053 0.021 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.159 0.197 0.142 0.262 0.131 0.063 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 37 Y 0.003 0.011 0.023 0.021 0.020 0.057 0.143 0.144 0.223 0.189 0.166 38 K 0.037 0.059 0.248 0.214 0.194 0.128 0.087 0.020 0.008 0.004 0.001 39 E 0.076 0.035 0.781 0.071 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.034 0.030 0.212 0.167 0.179 0.159 0.159 0.034 0.016 0.007 0.002 41 L 0.003 0.007 0.034 0.017 0.018 0.059 0.235 0.140 0.219 0.170 0.099 42 A 0.002 0.008 0.182 0.091 0.164 0.170 0.216 0.090 0.046 0.022 0.008 43 A 0.029 0.024 0.814 0.075 0.032 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 44 E 0.007 0.012 0.101 0.091 0.128 0.233 0.318 0.059 0.033 0.014 0.004 45 Q 0.010 0.008 0.040 0.021 0.026 0.043 0.168 0.142 0.226 0.174 0.142 46 A 0.008 0.012 0.187 0.104 0.148 0.143 0.198 0.079 0.063 0.038 0.018 47 R 0.005 0.018 0.508 0.132 0.152 0.058 0.064 0.033 0.018 0.009 0.003 48 L 0.005 0.015 0.071 0.031 0.036 0.091 0.269 0.159 0.152 0.115 0.056 49 A 0.019 0.017 0.068 0.076 0.096 0.122 0.255 0.142 0.106 0.069 0.029 50 G 0.216 0.091 0.335 0.159 0.090 0.036 0.036 0.019 0.011 0.006 0.002 51 L 0.034 0.036 0.104 0.124 0.117 0.183 0.225 0.073 0.058 0.032 0.016 52 I 0.022 0.020 0.044 0.034 0.029 0.044 0.131 0.118 0.215 0.187 0.156 53 R 0.016 0.045 0.112 0.127 0.160 0.148 0.190 0.093 0.061 0.031 0.015 54 D 0.045 0.078 0.313 0.196 0.147 0.083 0.068 0.032 0.020 0.012 0.005 55 K 0.102 0.056 0.143 0.159 0.166 0.114 0.147 0.053 0.033 0.020 0.007 56 R 0.087 0.082 0.107 0.144 0.132 0.108 0.155 0.085 0.056 0.030 0.014 57 F 0.016 0.023 0.058 0.052 0.048 0.080 0.167 0.137 0.169 0.154 0.096 58 R 0.047 0.075 0.203 0.196 0.182 0.101 0.099 0.049 0.027 0.015 0.006 59 Q 0.245 0.204 0.231 0.151 0.084 0.036 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 60 H 0.360 0.098 0.075 0.104 0.089 0.097 0.090 0.040 0.025 0.015 0.007