# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.032 0.008 0.002 0.009 0.015 0.027 0.074 0.001 0.001 0.003 0.828 2 E 0.012 0.003 0.001 0.004 0.005 0.011 0.077 0.001 0.001 0.001 0.886 3 R 0.058 0.009 0.002 0.011 0.016 0.034 0.146 0.001 0.001 0.003 0.720 4 A 0.079 0.042 0.002 0.020 0.034 0.055 0.089 0.001 0.001 0.004 0.675 5 K 0.088 0.088 0.002 0.026 0.062 0.098 0.082 0.002 0.001 0.005 0.548 6 R 0.106 0.070 0.003 0.019 0.032 0.071 0.067 0.004 0.001 0.004 0.623 7 Q 0.181 0.049 0.003 0.033 0.057 0.081 0.048 0.003 0.001 0.002 0.543 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.992 9 H 0.036 0.014 0.003 0.046 0.071 0.138 0.065 0.001 0.001 0.003 0.623 10 A 0.177 0.027 0.003 0.049 0.022 0.052 0.042 0.001 0.001 0.005 0.621 11 A 0.124 0.024 0.003 0.103 0.065 0.090 0.085 0.001 0.001 0.006 0.500 12 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.986 13 L 0.030 0.018 0.001 0.120 0.099 0.231 0.090 0.001 0.001 0.004 0.407 14 V 0.151 0.063 0.002 0.106 0.055 0.078 0.085 0.001 0.001 0.008 0.450 15 S 0.078 0.081 0.003 0.081 0.064 0.077 0.080 0.003 0.001 0.005 0.527 16 S 0.100 0.065 0.003 0.053 0.047 0.065 0.094 0.004 0.001 0.004 0.566 17 L 0.114 0.087 0.007 0.074 0.040 0.074 0.116 0.005 0.001 0.006 0.478 18 D 0.059 0.053 0.008 0.033 0.021 0.036 0.335 0.003 0.001 0.017 0.435 19 N 0.174 0.051 0.008 0.039 0.008 0.019 0.247 0.004 0.001 0.028 0.422 20 R 0.134 0.106 0.012 0.018 0.005 0.009 0.446 0.003 0.001 0.016 0.249 21 G 0.190 0.101 0.014 0.022 0.011 0.014 0.306 0.007 0.001 0.033 0.303 22 L 0.185 0.280 0.068 0.032 0.020 0.042 0.132 0.010 0.001 0.005 0.226 23 L 0.097 0.346 0.022 0.087 0.052 0.086 0.060 0.009 0.001 0.006 0.235 24 D 0.065 0.231 0.007 0.035 0.041 0.055 0.086 0.019 0.001 0.005 0.455 25 S 0.212 0.223 0.009 0.043 0.027 0.052 0.075 0.021 0.001 0.005 0.334 26 L 0.146 0.260 0.016 0.056 0.029 0.047 0.126 0.017 0.001 0.009 0.295 27 D 0.096 0.131 0.041 0.056 0.043 0.060 0.168 0.010 0.001 0.021 0.372 28 L 0.075 0.180 0.031 0.082 0.052 0.088 0.114 0.005 0.001 0.007 0.366 29 G 0.075 0.154 0.008 0.042 0.039 0.081 0.211 0.006 0.001 0.014 0.371 30 Q 0.304 0.131 0.008 0.039 0.026 0.040 0.160 0.009 0.001 0.011 0.270 31 Y 0.250 0.230 0.021 0.038 0.027 0.042 0.079 0.017 0.001 0.004 0.292 32 L 0.143 0.215 0.053 0.080 0.071 0.088 0.088 0.009 0.001 0.007 0.245 33 D 0.028 0.106 0.019 0.019 0.025 0.053 0.210 0.008 0.001 0.003 0.528 34 K 0.049 0.054 0.004 0.029 0.011 0.061 0.027 0.003 0.001 0.004 0.758 35 D 0.008 0.037 0.003 0.003 0.003 0.006 0.327 0.001 0.001 0.003 0.610 36 A 0.117 0.067 0.003 0.003 0.001 0.003 0.571 0.001 0.001 0.013 0.220 37 Y 0.091 0.758 0.004 0.002 0.001 0.003 0.028 0.002 0.001 0.001 0.109 38 K 0.012 0.885 0.006 0.003 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.068 39 E 0.008 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.084 40 Q 0.024 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 41 L 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 42 A 0.004 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 43 A 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 44 E 0.017 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.026 45 Q 0.026 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.022 46 A 0.015 0.950 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 47 R 0.006 0.966 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 48 L 0.013 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 49 A 0.045 0.896 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.038 50 G 0.154 0.637 0.007 0.003 0.001 0.002 0.005 0.046 0.001 0.002 0.142 51 L 0.180 0.482 0.171 0.008 0.003 0.003 0.018 0.034 0.001 0.001 0.102 52 I 0.085 0.615 0.056 0.030 0.012 0.009 0.028 0.023 0.001 0.002 0.140 53 R 0.081 0.511 0.028 0.024 0.008 0.016 0.039 0.023 0.001 0.002 0.268 54 D 0.099 0.524 0.018 0.024 0.008 0.017 0.044 0.022 0.001 0.002 0.243 55 K 0.082 0.153 0.008 0.013 0.006 0.010 0.023 0.013 0.001 0.015 0.677 56 R 0.037 0.064 0.037 0.006 0.003 0.006 0.459 0.004 0.001 0.006 0.378 57 F 0.322 0.159 0.014 0.015 0.007 0.012 0.218 0.006 0.001 0.011 0.238 58 R 0.114 0.567 0.008 0.013 0.015 0.022 0.048 0.009 0.001 0.004 0.200 59 Q 0.080 0.378 0.017 0.018 0.018 0.028 0.079 0.016 0.001 0.003 0.363 60 H 0.190 0.237 0.012 0.020 0.024 0.037 0.030 0.022 0.001 0.004 0.423