# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.022 0.009 0.011 0.010 0.019 0.060 0.003 0.867 2 E 0.010 0.011 0.006 0.008 0.012 0.042 0.002 0.909 3 R 0.043 0.020 0.009 0.013 0.021 0.076 0.006 0.812 4 A 0.052 0.034 0.015 0.016 0.022 0.061 0.005 0.795 5 K 0.117 0.067 0.031 0.046 0.076 0.125 0.017 0.522 6 R 0.160 0.097 0.030 0.030 0.049 0.070 0.029 0.535 7 Q 0.269 0.060 0.062 0.063 0.075 0.065 0.013 0.392 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 H 0.021 0.007 0.029 0.053 0.154 0.086 0.009 0.640 10 A 0.223 0.015 0.060 0.027 0.044 0.043 0.021 0.567 11 A 0.105 0.009 0.068 0.097 0.089 0.068 0.007 0.556 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 13 L 0.030 0.007 0.136 0.079 0.209 0.136 0.004 0.399 14 V 0.106 0.025 0.072 0.078 0.097 0.075 0.006 0.542 15 S 0.063 0.050 0.079 0.099 0.180 0.088 0.008 0.434 16 S 0.115 0.050 0.062 0.058 0.095 0.102 0.008 0.511 17 L 0.160 0.061 0.067 0.036 0.067 0.152 0.015 0.441 18 D 0.096 0.090 0.029 0.033 0.052 0.345 0.019 0.335 19 N 0.158 0.117 0.032 0.016 0.036 0.117 0.030 0.492 20 R 0.095 0.106 0.031 0.011 0.021 0.411 0.017 0.308 21 G 0.153 0.122 0.020 0.013 0.017 0.329 0.029 0.317 22 L 0.165 0.398 0.057 0.016 0.036 0.124 0.015 0.189 23 L 0.069 0.490 0.073 0.031 0.077 0.064 0.010 0.185 24 D 0.075 0.455 0.044 0.036 0.069 0.075 0.022 0.223 25 S 0.265 0.295 0.053 0.025 0.050 0.040 0.035 0.237 26 L 0.282 0.236 0.096 0.041 0.043 0.077 0.044 0.181 27 D 0.195 0.082 0.058 0.036 0.044 0.268 0.060 0.258 28 L 0.131 0.233 0.201 0.036 0.087 0.083 0.014 0.215 29 G 0.034 0.115 0.043 0.017 0.047 0.485 0.013 0.244 30 Q 0.253 0.092 0.034 0.012 0.020 0.369 0.030 0.190 31 Y 0.146 0.533 0.036 0.015 0.016 0.048 0.009 0.196 32 L 0.182 0.277 0.107 0.038 0.071 0.104 0.022 0.199 33 D 0.136 0.237 0.044 0.042 0.062 0.127 0.025 0.326 34 K 0.085 0.177 0.044 0.014 0.085 0.036 0.013 0.546 35 D 0.018 0.095 0.009 0.004 0.010 0.308 0.006 0.550 36 A 0.107 0.138 0.002 0.002 0.002 0.404 0.014 0.330 37 Y 0.061 0.771 0.004 0.001 0.002 0.032 0.004 0.123 38 K 0.015 0.763 0.006 0.001 0.005 0.042 0.004 0.163 39 E 0.010 0.859 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.108 40 Q 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.032 41 L 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 42 A 0.005 0.952 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.031 43 A 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 44 E 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.023 45 Q 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 46 A 0.006 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 47 R 0.008 0.959 0.003 0.003 0.003 0.004 0.003 0.018 48 L 0.014 0.955 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.016 49 A 0.010 0.953 0.006 0.003 0.003 0.002 0.006 0.018 50 G 0.064 0.793 0.010 0.009 0.005 0.009 0.034 0.076 51 L 0.159 0.650 0.039 0.010 0.013 0.026 0.019 0.085 52 I 0.095 0.643 0.030 0.034 0.035 0.031 0.018 0.114 53 R 0.066 0.612 0.045 0.031 0.030 0.033 0.018 0.167 54 D 0.049 0.479 0.055 0.026 0.048 0.034 0.026 0.283 55 K 0.061 0.261 0.039 0.016 0.024 0.047 0.021 0.532 56 R 0.059 0.143 0.013 0.010 0.015 0.398 0.023 0.338 57 F 0.203 0.298 0.022 0.015 0.026 0.160 0.024 0.251 58 R 0.083 0.617 0.026 0.023 0.027 0.049 0.010 0.165 59 Q 0.048 0.331 0.032 0.022 0.036 0.064 0.022 0.444 60 H 0.112 0.301 0.040 0.035 0.048 0.047 0.027 0.390