# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.192 0.161 0.249 0.115 0.083 0.048 0.078 0.020 0.036 0.017 0.001 2 E 0.288 0.111 0.288 0.161 0.041 0.043 0.033 0.009 0.018 0.006 0.003 3 R 0.245 0.263 0.239 0.113 0.051 0.035 0.023 0.004 0.022 0.003 0.001 4 A 0.245 0.250 0.304 0.088 0.039 0.031 0.012 0.003 0.022 0.003 0.003 5 K 0.214 0.340 0.264 0.068 0.051 0.029 0.012 0.002 0.015 0.002 0.002 6 R 0.129 0.260 0.291 0.114 0.040 0.103 0.022 0.003 0.033 0.002 0.003 7 Q 0.014 0.318 0.335 0.003 0.042 0.020 0.004 0.001 0.261 0.002 0.001 8 P 0.218 0.005 0.685 0.015 0.001 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.051 9 H 0.260 0.177 0.179 0.222 0.055 0.043 0.027 0.014 0.018 0.004 0.001 10 A 0.257 0.168 0.243 0.157 0.054 0.062 0.017 0.004 0.028 0.007 0.004 11 A 0.072 0.225 0.476 0.011 0.076 0.017 0.009 0.001 0.104 0.008 0.002 12 P 0.216 0.008 0.698 0.015 0.003 0.020 0.002 0.001 0.003 0.001 0.032 13 L 0.269 0.141 0.359 0.132 0.020 0.039 0.011 0.004 0.021 0.001 0.002 14 V 0.167 0.355 0.316 0.071 0.043 0.022 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 15 S 0.183 0.284 0.317 0.068 0.077 0.038 0.011 0.002 0.014 0.004 0.001 16 S 0.209 0.214 0.239 0.090 0.102 0.083 0.022 0.005 0.026 0.008 0.001 17 L 0.459 0.160 0.183 0.121 0.023 0.029 0.005 0.002 0.014 0.002 0.001 18 D 0.320 0.089 0.171 0.210 0.044 0.059 0.061 0.007 0.030 0.008 0.002 19 N 0.611 0.037 0.055 0.169 0.022 0.030 0.047 0.016 0.008 0.006 0.001 20 R 0.666 0.057 0.087 0.151 0.008 0.011 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 21 G 0.645 0.034 0.079 0.091 0.044 0.025 0.039 0.026 0.007 0.010 0.001 22 L 0.642 0.069 0.117 0.105 0.018 0.025 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 23 L 0.624 0.107 0.139 0.092 0.009 0.014 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 24 D 0.511 0.061 0.121 0.130 0.040 0.054 0.053 0.013 0.011 0.005 0.001 25 S 0.640 0.066 0.059 0.116 0.044 0.028 0.029 0.007 0.006 0.004 0.001 26 L 0.637 0.098 0.115 0.096 0.009 0.017 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 27 D 0.436 0.057 0.146 0.085 0.015 0.153 0.050 0.003 0.053 0.001 0.001 28 L 0.828 0.014 0.031 0.105 0.005 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 G 0.901 0.013 0.026 0.025 0.022 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 30 Q 0.910 0.014 0.024 0.027 0.009 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 31 Y 0.780 0.036 0.043 0.094 0.007 0.019 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 32 L 0.645 0.064 0.101 0.149 0.008 0.017 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 33 D 0.539 0.036 0.181 0.101 0.017 0.059 0.045 0.003 0.016 0.002 0.001 34 K 0.886 0.014 0.032 0.047 0.005 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 35 D 0.804 0.014 0.033 0.110 0.005 0.014 0.012 0.001 0.007 0.001 0.001 36 A 0.808 0.006 0.024 0.129 0.004 0.011 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 37 Y 0.841 0.022 0.035 0.082 0.007 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 38 K 0.986 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 L 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.988 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.976 0.001 0.002 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.952 0.001 0.001 0.043 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.761 0.002 0.003 0.226 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.823 0.002 0.011 0.041 0.018 0.002 0.068 0.028 0.001 0.005 0.001 51 L 0.846 0.019 0.048 0.064 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 52 I 0.677 0.063 0.125 0.108 0.003 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 53 R 0.672 0.104 0.085 0.063 0.023 0.029 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 54 D 0.580 0.031 0.173 0.073 0.014 0.066 0.021 0.002 0.037 0.001 0.001 55 K 0.940 0.004 0.019 0.029 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.756 0.028 0.032 0.150 0.007 0.010 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 57 F 0.546 0.082 0.137 0.167 0.014 0.023 0.016 0.002 0.013 0.001 0.001 58 R 0.587 0.129 0.157 0.077 0.013 0.020 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 59 Q 0.431 0.113 0.166 0.187 0.035 0.031 0.017 0.004 0.014 0.002 0.001 60 H 0.291 0.146 0.171 0.195 0.062 0.033 0.057 0.013 0.025 0.007 0.001