# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29063 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.787 0.183 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 2 E 0.803 0.177 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 3 R 0.618 0.236 0.113 0.029 0.003 0.001 0.001 4 A 0.431 0.225 0.246 0.084 0.012 0.001 0.001 5 K 0.741 0.210 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 6 R 0.555 0.264 0.109 0.055 0.015 0.002 0.001 7 Q 0.548 0.283 0.105 0.047 0.014 0.003 0.001 8 P 0.454 0.268 0.155 0.084 0.032 0.008 0.001 9 H 0.277 0.262 0.245 0.142 0.055 0.017 0.002 10 A 0.128 0.137 0.189 0.218 0.199 0.111 0.019 11 A 0.101 0.145 0.169 0.192 0.207 0.151 0.035 12 P 0.085 0.126 0.159 0.192 0.197 0.178 0.064 13 L 0.053 0.060 0.083 0.159 0.249 0.284 0.111 14 V 0.095 0.148 0.171 0.204 0.195 0.147 0.040 15 S 0.116 0.167 0.195 0.207 0.185 0.110 0.021 16 S 0.177 0.271 0.237 0.175 0.091 0.044 0.006 17 L 0.123 0.142 0.204 0.252 0.197 0.075 0.008 18 D 0.292 0.277 0.189 0.128 0.080 0.031 0.004 19 N 0.313 0.289 0.180 0.130 0.062 0.024 0.003 20 R 0.266 0.268 0.224 0.155 0.064 0.022 0.002 21 G 0.192 0.294 0.255 0.173 0.064 0.019 0.002 22 L 0.031 0.052 0.103 0.204 0.306 0.261 0.042 23 L 0.035 0.064 0.121 0.239 0.284 0.218 0.039 24 D 0.080 0.235 0.262 0.221 0.129 0.065 0.009 25 S 0.080 0.191 0.227 0.263 0.153 0.074 0.012 26 L 0.016 0.032 0.065 0.138 0.295 0.383 0.071 27 D 0.065 0.193 0.250 0.250 0.152 0.077 0.015 28 L 0.032 0.044 0.079 0.180 0.256 0.312 0.096 29 G 0.104 0.175 0.198 0.227 0.188 0.094 0.014 30 Q 0.228 0.292 0.176 0.136 0.108 0.054 0.005 31 Y 0.142 0.260 0.273 0.182 0.102 0.037 0.004 32 L 0.082 0.114 0.181 0.271 0.229 0.112 0.011 33 D 0.227 0.259 0.221 0.147 0.108 0.035 0.002 34 K 0.206 0.204 0.244 0.219 0.104 0.023 0.001 35 D 0.705 0.269 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 36 A 0.441 0.353 0.132 0.061 0.011 0.002 0.001 37 Y 0.156 0.114 0.267 0.276 0.162 0.025 0.001 38 K 0.559 0.322 0.089 0.024 0.005 0.001 0.001 39 E 0.585 0.292 0.086 0.029 0.007 0.001 0.001 40 Q 0.278 0.365 0.206 0.114 0.031 0.005 0.001 41 L 0.085 0.091 0.159 0.264 0.260 0.129 0.012 42 A 0.096 0.142 0.260 0.278 0.167 0.053 0.005 43 A 0.378 0.365 0.168 0.060 0.022 0.006 0.001 44 E 0.077 0.129 0.164 0.231 0.236 0.138 0.025 45 Q 0.042 0.070 0.098 0.176 0.257 0.280 0.077 46 A 0.053 0.074 0.145 0.236 0.237 0.195 0.059 47 R 0.126 0.199 0.260 0.208 0.129 0.061 0.017 48 L 0.047 0.060 0.076 0.135 0.243 0.332 0.106 49 A 0.143 0.176 0.193 0.212 0.158 0.096 0.022 50 G 0.312 0.320 0.178 0.110 0.049 0.026 0.005 51 L 0.135 0.143 0.186 0.237 0.186 0.096 0.016 52 I 0.110 0.086 0.121 0.201 0.245 0.198 0.040 53 R 0.156 0.210 0.217 0.196 0.145 0.068 0.009 54 D 0.350 0.295 0.165 0.103 0.062 0.022 0.002 55 K 0.369 0.305 0.165 0.102 0.045 0.013 0.001 56 R 0.364 0.298 0.168 0.105 0.049 0.015 0.001 57 F 0.187 0.117 0.220 0.257 0.166 0.050 0.003 58 R 0.609 0.246 0.094 0.036 0.012 0.002 0.001 59 Q 0.819 0.152 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 60 H 0.748 0.164 0.053 0.026 0.007 0.002 0.001