# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.36436 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.001 0.001 0.024 0.020 0.078 0.003 0.058 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.022 0.168 0.069 0.172 0.332 0.001 2 E 0.001 0.001 0.020 0.019 0.058 0.007 0.134 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.018 0.282 0.068 0.123 0.190 0.001 3 R 0.001 0.001 0.022 0.023 0.052 0.010 0.211 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.169 0.094 0.133 0.147 0.001 4 A 0.001 0.002 0.025 0.028 0.084 0.010 0.142 0.071 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.027 0.185 0.100 0.160 0.130 0.001 5 K 0.002 0.003 0.039 0.040 0.067 0.008 0.242 0.036 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 0.027 0.212 0.061 0.095 0.114 0.001 6 R 0.002 0.002 0.018 0.023 0.109 0.004 0.231 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.040 0.116 0.125 0.119 0.158 0.001 7 Q 0.001 0.002 0.040 0.038 0.043 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.023 0.078 0.049 0.195 0.452 0.001 8 P 0.002 0.002 0.024 0.015 0.090 0.003 0.039 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.043 0.320 0.041 0.110 0.254 0.001 9 H 0.003 0.004 0.064 0.045 0.051 0.007 0.238 0.027 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.079 0.031 0.142 0.065 0.115 0.111 0.002 10 A 0.004 0.004 0.026 0.023 0.082 0.002 0.086 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.011 0.100 0.075 0.214 0.089 0.131 0.123 0.002 11 A 0.009 0.011 0.095 0.073 0.042 0.004 0.035 0.032 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.097 0.033 0.163 0.029 0.082 0.260 0.002 12 P 0.011 0.016 0.019 0.023 0.190 0.010 0.070 0.083 0.002 0.001 0.004 0.005 0.010 0.021 0.030 0.096 0.162 0.053 0.064 0.128 0.003 13 L 0.015 0.019 0.055 0.046 0.064 0.006 0.141 0.118 0.003 0.001 0.005 0.005 0.011 0.019 0.152 0.036 0.176 0.037 0.039 0.049 0.003 14 V 0.019 0.016 0.037 0.042 0.065 0.008 0.174 0.150 0.004 0.001 0.006 0.007 0.014 0.024 0.073 0.047 0.126 0.045 0.071 0.065 0.005 15 S 0.018 0.023 0.053 0.049 0.122 0.008 0.109 0.100 0.005 0.001 0.003 0.004 0.011 0.012 0.040 0.039 0.158 0.059 0.043 0.139 0.002 16 S 0.010 0.013 0.026 0.034 0.080 0.013 0.159 0.130 0.008 0.002 0.003 0.003 0.005 0.005 0.027 0.033 0.129 0.089 0.114 0.115 0.002 17 L 0.005 0.005 0.032 0.029 0.049 0.008 0.058 0.101 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.066 0.025 0.357 0.094 0.070 0.081 0.001 18 D 0.003 0.003 0.023 0.018 0.039 0.010 0.173 0.201 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.019 0.141 0.051 0.093 0.184 0.001 19 N 0.001 0.001 0.009 0.010 0.023 0.008 0.091 0.100 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 0.511 0.086 0.054 0.049 0.001 20 R 0.001 0.002 0.013 0.010 0.011 0.028 0.099 0.316 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.382 0.029 0.023 0.058 0.001 21 G 0.002 0.003 0.006 0.005 0.015 0.044 0.127 0.624 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.091 0.031 0.015 0.020 0.001 22 L 0.003 0.004 0.006 0.007 0.021 0.016 0.090 0.523 0.017 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.018 0.009 0.183 0.044 0.026 0.017 0.001 23 L 0.005 0.005 0.015 0.015 0.021 0.011 0.114 0.380 0.019 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.042 0.011 0.228 0.028 0.034 0.054 0.001 24 D 0.004 0.007 0.015 0.014 0.040 0.038 0.195 0.257 0.034 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.015 0.186 0.050 0.031 0.089 0.001 25 S 0.002 0.002 0.007 0.010 0.020 0.022 0.188 0.136 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 0.372 0.068 0.053 0.052 0.001 26 L 0.002 0.003 0.014 0.008 0.033 0.008 0.139 0.175 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.015 0.220 0.101 0.092 0.162 0.001 27 D 0.001 0.001 0.018 0.009 0.019 0.011 0.075 0.201 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.026 0.129 0.092 0.211 0.167 0.001 28 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.023 0.004 0.047 0.104 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.025 0.641 0.039 0.028 0.038 0.001 29 G 0.001 0.002 0.012 0.011 0.010 0.018 0.280 0.346 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.013 0.115 0.047 0.036 0.060 0.001 30 Q 0.002 0.003 0.010 0.010 0.027 0.035 0.091 0.453 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.018 0.150 0.083 0.037 0.052 0.001 31 Y 0.002 0.002 0.008 0.010 0.023 0.023 0.096 0.408 0.018 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.026 0.017 0.216 0.058 0.050 0.024 0.001 32 L 0.003 0.003 0.013 0.011 0.029 0.006 0.123 0.394 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.021 0.154 0.047 0.046 0.107 0.001 33 D 0.001 0.002 0.010 0.009 0.027 0.005 0.071 0.383 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.022 0.119 0.078 0.063 0.175 0.001 34 K 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.008 0.046 0.368 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.418 0.034 0.028 0.048 0.001 35 D 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.011 0.056 0.757 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.106 0.014 0.017 0.021 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.040 0.792 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 0.021 0.012 0.025 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.011 0.006 0.018 0.001 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.004 0.002 0.004 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.005 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.001 0.002 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.948 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.677 0.080 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.127 0.011 0.004 0.003 0.001 49 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.083 0.776 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.016 0.004 0.021 0.001 50 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.134 0.648 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.063 0.006 0.005 0.001 51 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.020 0.083 0.609 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.140 0.027 0.032 0.020 0.001 52 I 0.001 0.003 0.008 0.005 0.021 0.004 0.091 0.548 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.175 0.033 0.027 0.048 0.001 53 R 0.002 0.003 0.010 0.009 0.019 0.022 0.163 0.444 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.013 0.141 0.064 0.027 0.044 0.001 54 D 0.002 0.003 0.011 0.014 0.037 0.017 0.078 0.335 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.012 0.180 0.063 0.082 0.093 0.001 55 K 0.002 0.002 0.012 0.010 0.020 0.018 0.095 0.335 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.378 0.028 0.027 0.040 0.001 56 R 0.002 0.003 0.008 0.009 0.031 0.027 0.204 0.452 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.074 0.084 0.034 0.041 0.001 57 F 0.003 0.004 0.014 0.015 0.059 0.010 0.126 0.293 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.026 0.134 0.083 0.099 0.086 0.001 58 R 0.003 0.004 0.037 0.035 0.051 0.011 0.115 0.167 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.021 0.249 0.052 0.089 0.096 0.001 59 Q 0.003 0.004 0.016 0.022 0.084 0.017 0.306 0.081 0.010 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.025 0.166 0.087 0.055 0.101 0.001 60 H 0.002 0.003 0.025 0.025 0.066 0.007 0.174 0.045 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.026 0.099 0.169 0.159 0.155 0.001