# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.36436 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.001 0.010 0.767 0.002 0.012 0.011 0.001 0.001 0.008 0.105 0.013 0.033 0.037 2 E 0.002 0.024 0.537 0.006 0.081 0.066 0.001 0.001 0.010 0.089 0.076 0.013 0.096 3 R 0.002 0.016 0.449 0.008 0.218 0.089 0.001 0.001 0.010 0.058 0.069 0.037 0.044 4 A 0.002 0.011 0.233 0.008 0.376 0.129 0.001 0.001 0.011 0.045 0.097 0.014 0.074 5 K 0.002 0.012 0.236 0.007 0.250 0.121 0.001 0.001 0.011 0.072 0.209 0.034 0.046 6 R 0.004 0.040 0.300 0.010 0.105 0.083 0.002 0.001 0.016 0.160 0.187 0.035 0.057 7 Q 0.003 0.027 0.572 0.003 0.032 0.020 0.001 0.001 0.010 0.200 0.049 0.058 0.026 8 P 0.002 0.022 0.639 0.007 0.039 0.022 0.001 0.001 0.011 0.104 0.097 0.013 0.043 9 H 0.003 0.025 0.504 0.009 0.065 0.027 0.002 0.001 0.018 0.113 0.152 0.058 0.023 10 A 0.008 0.035 0.517 0.018 0.048 0.025 0.003 0.002 0.030 0.127 0.099 0.014 0.073 11 A 0.006 0.017 0.488 0.009 0.023 0.014 0.002 0.001 0.027 0.209 0.034 0.152 0.019 12 P 0.007 0.021 0.534 0.007 0.036 0.031 0.004 0.002 0.034 0.074 0.047 0.010 0.191 13 L 0.017 0.039 0.379 0.024 0.068 0.084 0.012 0.007 0.066 0.080 0.056 0.116 0.053 14 V 0.033 0.033 0.301 0.018 0.075 0.102 0.014 0.007 0.069 0.085 0.070 0.044 0.149 15 S 0.019 0.030 0.296 0.013 0.077 0.090 0.007 0.004 0.044 0.129 0.084 0.103 0.103 16 S 0.008 0.028 0.388 0.008 0.046 0.122 0.003 0.001 0.020 0.107 0.120 0.038 0.111 17 L 0.005 0.038 0.221 0.011 0.109 0.192 0.002 0.001 0.012 0.141 0.202 0.025 0.041 18 D 0.003 0.011 0.391 0.005 0.074 0.094 0.001 0.001 0.006 0.173 0.191 0.024 0.027 19 N 0.001 0.006 0.094 0.004 0.164 0.217 0.001 0.001 0.002 0.099 0.400 0.003 0.011 20 R 0.001 0.011 0.087 0.004 0.148 0.170 0.001 0.001 0.003 0.139 0.424 0.008 0.005 21 G 0.002 0.031 0.211 0.002 0.154 0.159 0.001 0.001 0.005 0.168 0.230 0.009 0.027 22 L 0.005 0.067 0.260 0.005 0.089 0.281 0.002 0.002 0.011 0.099 0.137 0.018 0.025 23 L 0.005 0.041 0.251 0.011 0.065 0.292 0.003 0.003 0.015 0.120 0.151 0.022 0.021 24 D 0.004 0.012 0.258 0.006 0.074 0.244 0.001 0.002 0.010 0.167 0.196 0.013 0.014 25 S 0.005 0.019 0.159 0.003 0.138 0.459 0.001 0.003 0.008 0.099 0.083 0.007 0.016 26 L 0.004 0.033 0.133 0.005 0.093 0.491 0.003 0.005 0.012 0.102 0.097 0.011 0.011 27 D 0.004 0.021 0.162 0.003 0.212 0.384 0.001 0.004 0.011 0.081 0.097 0.010 0.010 28 L 0.002 0.011 0.094 0.003 0.140 0.561 0.001 0.002 0.011 0.045 0.118 0.002 0.010 29 G 0.002 0.006 0.086 0.003 0.182 0.503 0.001 0.001 0.004 0.065 0.139 0.004 0.003 30 Q 0.001 0.006 0.064 0.001 0.277 0.396 0.001 0.001 0.005 0.080 0.158 0.003 0.008 31 Y 0.001 0.010 0.147 0.001 0.078 0.567 0.001 0.001 0.003 0.050 0.128 0.002 0.011 32 L 0.001 0.022 0.253 0.001 0.051 0.454 0.001 0.001 0.006 0.162 0.039 0.006 0.004 33 D 0.001 0.002 0.691 0.001 0.016 0.161 0.001 0.001 0.003 0.096 0.023 0.001 0.007 34 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.043 0.904 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 35 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.060 0.886 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.060 0.901 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 38 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 47 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 49 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.918 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 0.778 0.001 0.001 0.001 0.007 0.172 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.027 0.898 0.001 0.001 0.001 0.008 0.039 0.001 0.002 52 I 0.001 0.007 0.043 0.001 0.022 0.797 0.001 0.001 0.003 0.040 0.079 0.003 0.005 53 R 0.001 0.008 0.098 0.001 0.038 0.678 0.001 0.001 0.008 0.047 0.106 0.004 0.010 54 D 0.001 0.003 0.285 0.001 0.041 0.489 0.001 0.001 0.004 0.078 0.085 0.003 0.011 55 K 0.001 0.001 0.029 0.002 0.139 0.626 0.001 0.001 0.001 0.022 0.176 0.001 0.003 56 R 0.001 0.004 0.049 0.002 0.250 0.453 0.001 0.001 0.005 0.038 0.188 0.003 0.006 57 F 0.002 0.011 0.131 0.003 0.236 0.440 0.001 0.001 0.007 0.041 0.092 0.007 0.029 58 R 0.003 0.021 0.257 0.006 0.072 0.289 0.001 0.001 0.019 0.097 0.164 0.040 0.031 59 Q 0.004 0.027 0.373 0.005 0.045 0.133 0.001 0.001 0.021 0.144 0.171 0.020 0.054 60 H 0.001 0.008 0.736 0.003 0.013 0.033 0.001 0.001 0.006 0.123 0.040 0.017 0.020