# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.36436 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.582 0.162 0.049 0.083 0.051 0.025 0.024 0.013 0.007 0.004 0.002 2 E 0.585 0.146 0.056 0.082 0.046 0.027 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 3 R 0.176 0.192 0.096 0.200 0.127 0.076 0.065 0.033 0.020 0.010 0.005 4 A 0.098 0.085 0.064 0.112 0.113 0.116 0.162 0.111 0.069 0.046 0.023 5 K 0.103 0.171 0.221 0.256 0.126 0.057 0.032 0.018 0.009 0.005 0.002 6 R 0.067 0.083 0.124 0.155 0.127 0.134 0.135 0.084 0.047 0.033 0.013 7 Q 0.085 0.135 0.121 0.215 0.145 0.105 0.083 0.052 0.031 0.019 0.009 8 P 0.157 0.092 0.079 0.111 0.102 0.102 0.131 0.097 0.063 0.042 0.023 9 H 0.163 0.126 0.111 0.177 0.130 0.085 0.086 0.055 0.035 0.020 0.011 10 A 0.061 0.048 0.043 0.073 0.079 0.091 0.156 0.132 0.139 0.105 0.073 11 A 0.040 0.042 0.041 0.096 0.111 0.114 0.159 0.139 0.119 0.080 0.059 12 P 0.098 0.093 0.073 0.152 0.139 0.104 0.124 0.088 0.064 0.038 0.028 13 L 0.009 0.007 0.012 0.025 0.041 0.045 0.106 0.164 0.196 0.180 0.214 14 V 0.040 0.048 0.042 0.124 0.135 0.108 0.151 0.121 0.103 0.080 0.047 15 S 0.050 0.046 0.056 0.112 0.117 0.131 0.178 0.108 0.100 0.066 0.036 16 S 0.144 0.129 0.091 0.195 0.141 0.096 0.095 0.048 0.032 0.018 0.011 17 L 0.063 0.048 0.034 0.067 0.070 0.086 0.161 0.123 0.136 0.127 0.085 18 D 0.103 0.148 0.068 0.170 0.145 0.109 0.100 0.062 0.046 0.031 0.016 19 N 0.166 0.210 0.098 0.169 0.102 0.082 0.075 0.041 0.029 0.020 0.008 20 R 0.082 0.057 0.050 0.127 0.132 0.157 0.165 0.094 0.068 0.044 0.023 21 G 0.243 0.200 0.114 0.183 0.098 0.063 0.050 0.025 0.013 0.008 0.004 22 L 0.006 0.009 0.014 0.027 0.040 0.084 0.156 0.146 0.207 0.173 0.137 23 L 0.011 0.016 0.021 0.042 0.064 0.076 0.150 0.159 0.168 0.161 0.133 24 D 0.066 0.125 0.188 0.244 0.151 0.085 0.068 0.034 0.023 0.012 0.005 25 S 0.086 0.077 0.095 0.192 0.163 0.126 0.125 0.065 0.037 0.021 0.013 26 L 0.018 0.010 0.014 0.026 0.035 0.063 0.138 0.159 0.202 0.190 0.146 27 D 0.029 0.077 0.063 0.154 0.155 0.149 0.156 0.093 0.062 0.040 0.022 28 L 0.004 0.007 0.023 0.021 0.033 0.050 0.129 0.159 0.219 0.199 0.157 29 G 0.073 0.053 0.073 0.138 0.142 0.133 0.161 0.088 0.071 0.045 0.023 30 Q 0.078 0.098 0.143 0.203 0.139 0.105 0.128 0.055 0.030 0.014 0.006 31 Y 0.046 0.055 0.076 0.167 0.177 0.138 0.168 0.093 0.043 0.025 0.012 32 L 0.014 0.005 0.012 0.016 0.029 0.054 0.167 0.190 0.202 0.187 0.125 33 D 0.019 0.369 0.307 0.193 0.064 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 34 K 0.009 0.019 0.049 0.074 0.140 0.188 0.278 0.120 0.071 0.035 0.017 35 D 0.866 0.059 0.051 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.088 0.119 0.212 0.266 0.139 0.081 0.067 0.018 0.006 0.002 0.001 37 Y 0.005 0.012 0.029 0.021 0.038 0.069 0.167 0.185 0.193 0.198 0.082 38 K 0.024 0.065 0.201 0.203 0.164 0.163 0.125 0.034 0.014 0.006 0.001 39 E 0.008 0.020 0.854 0.084 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 Q 0.013 0.018 0.155 0.151 0.184 0.197 0.196 0.063 0.014 0.006 0.002 41 L 0.001 0.002 0.013 0.006 0.010 0.025 0.105 0.171 0.262 0.258 0.147 42 A 0.006 0.015 0.217 0.116 0.148 0.154 0.193 0.079 0.042 0.023 0.008 43 A 0.018 0.025 0.771 0.110 0.043 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 44 E 0.015 0.027 0.186 0.105 0.127 0.156 0.237 0.090 0.036 0.016 0.006 45 Q 0.006 0.008 0.027 0.030 0.044 0.072 0.205 0.214 0.191 0.140 0.063 46 A 0.014 0.015 0.117 0.074 0.085 0.121 0.196 0.144 0.102 0.089 0.041 47 R 0.010 0.033 0.380 0.163 0.135 0.109 0.094 0.038 0.022 0.011 0.005 48 L 0.005 0.010 0.048 0.032 0.054 0.062 0.195 0.224 0.155 0.132 0.083 49 A 0.010 0.017 0.042 0.056 0.072 0.105 0.180 0.155 0.172 0.124 0.066 50 G 0.273 0.133 0.194 0.158 0.085 0.054 0.055 0.023 0.015 0.007 0.004 51 L 0.029 0.017 0.057 0.077 0.119 0.112 0.219 0.162 0.098 0.059 0.051 52 I 0.020 0.029 0.051 0.046 0.059 0.063 0.131 0.139 0.174 0.164 0.125 53 R 0.010 0.022 0.054 0.081 0.110 0.135 0.229 0.138 0.111 0.074 0.036 54 D 0.040 0.081 0.247 0.190 0.135 0.118 0.096 0.041 0.029 0.016 0.007 55 K 0.108 0.074 0.171 0.185 0.146 0.110 0.117 0.049 0.023 0.011 0.005 56 R 0.110 0.085 0.119 0.163 0.132 0.106 0.138 0.076 0.039 0.021 0.011 57 F 0.014 0.014 0.037 0.039 0.052 0.071 0.182 0.170 0.177 0.154 0.091 58 R 0.038 0.081 0.267 0.194 0.145 0.103 0.091 0.039 0.023 0.015 0.005 59 Q 0.057 0.160 0.439 0.194 0.080 0.038 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 60 H 0.163 0.108 0.123 0.142 0.131 0.101 0.112 0.066 0.029 0.016 0.009