# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.36436 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.047 0.014 0.002 0.011 0.014 0.017 0.078 0.001 0.001 0.002 0.812 2 E 0.010 0.005 0.001 0.007 0.005 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.937 3 R 0.054 0.022 0.003 0.032 0.037 0.062 0.165 0.001 0.001 0.003 0.622 4 A 0.097 0.043 0.002 0.020 0.020 0.030 0.095 0.002 0.001 0.004 0.687 5 K 0.170 0.093 0.013 0.034 0.039 0.079 0.087 0.005 0.001 0.008 0.472 6 R 0.280 0.064 0.026 0.035 0.017 0.047 0.094 0.010 0.001 0.010 0.417 7 Q 0.245 0.059 0.022 0.037 0.085 0.066 0.063 0.008 0.001 0.005 0.412 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 9 H 0.038 0.004 0.007 0.054 0.065 0.158 0.143 0.001 0.001 0.002 0.528 10 A 0.188 0.007 0.009 0.048 0.018 0.032 0.071 0.001 0.001 0.012 0.614 11 A 0.095 0.014 0.006 0.074 0.123 0.109 0.099 0.001 0.001 0.004 0.474 12 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 13 L 0.031 0.007 0.001 0.085 0.088 0.284 0.050 0.001 0.001 0.001 0.453 14 V 0.153 0.038 0.002 0.128 0.028 0.072 0.117 0.001 0.001 0.011 0.450 15 S 0.153 0.076 0.003 0.096 0.057 0.099 0.120 0.004 0.001 0.005 0.387 16 S 0.119 0.050 0.011 0.047 0.032 0.050 0.101 0.005 0.001 0.006 0.580 17 L 0.074 0.072 0.006 0.038 0.026 0.039 0.113 0.004 0.001 0.006 0.621 18 D 0.037 0.043 0.004 0.020 0.012 0.018 0.434 0.002 0.001 0.010 0.420 19 N 0.151 0.151 0.011 0.036 0.012 0.018 0.215 0.004 0.001 0.025 0.377 20 R 0.076 0.301 0.016 0.026 0.011 0.024 0.257 0.003 0.001 0.021 0.264 21 G 0.125 0.212 0.009 0.028 0.009 0.013 0.360 0.004 0.001 0.007 0.231 22 L 0.148 0.546 0.013 0.026 0.012 0.021 0.054 0.008 0.001 0.003 0.169 23 L 0.106 0.532 0.009 0.057 0.020 0.044 0.026 0.012 0.001 0.002 0.192 24 D 0.191 0.304 0.011 0.043 0.018 0.035 0.035 0.023 0.001 0.003 0.336 25 S 0.364 0.196 0.020 0.034 0.007 0.010 0.047 0.025 0.001 0.003 0.294 26 L 0.320 0.197 0.036 0.084 0.022 0.035 0.045 0.018 0.001 0.003 0.240 27 D 0.067 0.116 0.016 0.112 0.050 0.065 0.180 0.015 0.001 0.004 0.375 28 L 0.037 0.245 0.021 0.157 0.015 0.021 0.154 0.006 0.001 0.008 0.335 29 G 0.042 0.188 0.012 0.170 0.019 0.056 0.240 0.004 0.001 0.026 0.244 30 Q 0.194 0.168 0.013 0.084 0.015 0.019 0.282 0.004 0.001 0.015 0.205 31 Y 0.086 0.296 0.011 0.087 0.009 0.018 0.108 0.005 0.001 0.004 0.375 32 L 0.097 0.367 0.011 0.112 0.021 0.043 0.080 0.012 0.001 0.004 0.254 33 D 0.090 0.478 0.008 0.019 0.011 0.016 0.085 0.014 0.001 0.002 0.277 34 K 0.053 0.210 0.006 0.016 0.006 0.012 0.046 0.006 0.001 0.001 0.643 35 D 0.026 0.173 0.007 0.006 0.004 0.009 0.239 0.003 0.001 0.003 0.529 36 A 0.076 0.177 0.006 0.002 0.001 0.002 0.419 0.003 0.001 0.004 0.309 37 Y 0.044 0.640 0.010 0.001 0.001 0.002 0.099 0.003 0.001 0.002 0.199 38 K 0.021 0.811 0.008 0.001 0.001 0.002 0.036 0.003 0.001 0.001 0.117 39 E 0.012 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.084 40 Q 0.020 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.046 41 L 0.011 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.021 42 A 0.004 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.020 43 A 0.007 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.055 44 E 0.015 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.034 45 Q 0.021 0.939 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.023 46 A 0.005 0.964 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 47 R 0.007 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.026 48 L 0.021 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.047 49 A 0.044 0.897 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.034 50 G 0.097 0.664 0.019 0.010 0.004 0.005 0.025 0.030 0.001 0.001 0.145 51 L 0.145 0.651 0.100 0.005 0.002 0.003 0.014 0.017 0.001 0.001 0.061 52 I 0.067 0.725 0.020 0.019 0.005 0.011 0.015 0.013 0.001 0.001 0.124 53 R 0.119 0.514 0.010 0.015 0.013 0.023 0.053 0.025 0.001 0.002 0.227 54 D 0.290 0.370 0.017 0.018 0.007 0.014 0.026 0.027 0.001 0.002 0.227 55 K 0.083 0.324 0.025 0.019 0.007 0.013 0.068 0.009 0.001 0.003 0.449 56 R 0.028 0.144 0.009 0.011 0.005 0.008 0.509 0.004 0.001 0.003 0.278 57 F 0.131 0.390 0.019 0.014 0.010 0.016 0.118 0.008 0.001 0.009 0.284 58 R 0.082 0.610 0.016 0.014 0.015 0.027 0.054 0.009 0.001 0.004 0.169 59 Q 0.109 0.410 0.010 0.012 0.011 0.016 0.051 0.013 0.001 0.002 0.366 60 H 0.232 0.336 0.013 0.015 0.027 0.049 0.023 0.022 0.001 0.004 0.280