# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.36436 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.075 0.225 0.110 0.032 0.160 0.026 0.047 0.153 0.083 0.054 0.036 2 E 0.078 0.137 0.068 0.022 0.123 0.028 0.064 0.196 0.115 0.121 0.048 3 R 0.114 0.182 0.061 0.018 0.198 0.017 0.032 0.140 0.082 0.102 0.052 4 A 0.108 0.139 0.049 0.020 0.167 0.027 0.034 0.213 0.128 0.074 0.042 5 K 0.068 0.103 0.048 0.022 0.112 0.035 0.090 0.270 0.122 0.092 0.038 6 R 0.079 0.133 0.070 0.032 0.124 0.024 0.044 0.124 0.080 0.232 0.058 7 Q 0.097 0.316 0.144 0.029 0.208 0.011 0.015 0.057 0.041 0.040 0.042 8 P 0.076 0.220 0.077 0.019 0.161 0.030 0.059 0.174 0.111 0.041 0.033 9 H 0.088 0.111 0.058 0.021 0.119 0.032 0.106 0.149 0.105 0.166 0.045 10 A 0.091 0.189 0.095 0.055 0.146 0.023 0.043 0.078 0.072 0.160 0.046 11 A 0.045 0.313 0.306 0.064 0.113 0.014 0.019 0.048 0.037 0.023 0.019 12 P 0.074 0.253 0.098 0.012 0.181 0.015 0.044 0.156 0.107 0.029 0.033 13 L 0.096 0.153 0.037 0.009 0.188 0.022 0.060 0.169 0.119 0.101 0.046 14 V 0.131 0.168 0.046 0.011 0.235 0.015 0.045 0.142 0.076 0.077 0.053 15 S 0.071 0.193 0.111 0.023 0.173 0.031 0.053 0.125 0.068 0.100 0.053 16 S 0.156 0.221 0.083 0.010 0.304 0.007 0.014 0.088 0.034 0.038 0.047 17 L 0.038 0.054 0.017 0.008 0.064 0.019 0.032 0.372 0.290 0.084 0.022 18 D 0.040 0.059 0.043 0.014 0.055 0.023 0.054 0.449 0.129 0.110 0.024 19 N 0.037 0.040 0.016 0.007 0.049 0.010 0.020 0.475 0.186 0.136 0.024 20 R 0.023 0.077 0.037 0.018 0.041 0.025 0.047 0.476 0.169 0.069 0.019 21 G 0.030 0.101 0.042 0.016 0.046 0.014 0.029 0.492 0.108 0.092 0.032 22 L 0.040 0.025 0.009 0.004 0.037 0.006 0.017 0.478 0.211 0.150 0.023 23 L 0.027 0.077 0.024 0.015 0.058 0.025 0.046 0.489 0.189 0.037 0.013 24 D 0.037 0.082 0.048 0.015 0.071 0.031 0.085 0.351 0.123 0.128 0.029 25 S 0.072 0.051 0.014 0.003 0.112 0.005 0.022 0.297 0.175 0.211 0.037 26 L 0.052 0.197 0.044 0.010 0.163 0.032 0.052 0.256 0.105 0.066 0.023 27 D 0.189 0.169 0.042 0.004 0.242 0.006 0.018 0.206 0.035 0.045 0.045 28 L 0.023 0.018 0.005 0.002 0.026 0.003 0.005 0.452 0.383 0.071 0.012 29 G 0.008 0.011 0.004 0.005 0.011 0.015 0.022 0.644 0.255 0.020 0.004 30 Q 0.011 0.016 0.006 0.003 0.023 0.010 0.061 0.628 0.168 0.067 0.006 31 Y 0.054 0.023 0.011 0.003 0.061 0.006 0.047 0.382 0.100 0.279 0.035 32 L 0.041 0.285 0.075 0.012 0.150 0.025 0.058 0.206 0.053 0.061 0.034 33 D 0.088 0.369 0.227 0.010 0.133 0.005 0.007 0.059 0.018 0.042 0.042 34 K 0.013 0.045 0.008 0.001 0.031 0.002 0.006 0.708 0.160 0.020 0.005 35 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.884 0.095 0.005 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.044 0.007 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.028 0.003 0.001 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 0.001 40 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 41 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 44 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.017 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.044 0.007 0.001 46 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.944 0.043 0.001 0.001 47 R 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.035 0.937 0.015 0.002 0.001 48 L 0.009 0.003 0.002 0.002 0.004 0.002 0.034 0.871 0.044 0.026 0.003 49 A 0.012 0.290 0.066 0.022 0.043 0.013 0.025 0.418 0.084 0.018 0.008 50 G 0.005 0.014 0.009 0.007 0.007 0.009 0.017 0.593 0.192 0.110 0.035 51 L 0.017 0.038 0.017 0.002 0.038 0.003 0.038 0.666 0.137 0.036 0.009 52 I 0.065 0.076 0.013 0.005 0.080 0.010 0.051 0.499 0.110 0.062 0.029 53 R 0.028 0.086 0.044 0.021 0.054 0.038 0.083 0.297 0.140 0.180 0.028 54 D 0.133 0.119 0.033 0.005 0.339 0.006 0.012 0.225 0.055 0.047 0.027 55 K 0.006 0.013 0.007 0.002 0.010 0.006 0.013 0.448 0.455 0.035 0.005 56 R 0.011 0.018 0.008 0.003 0.013 0.007 0.068 0.618 0.160 0.085 0.009 57 F 0.071 0.076 0.017 0.005 0.107 0.007 0.013 0.430 0.119 0.128 0.029 58 R 0.055 0.056 0.025 0.018 0.068 0.030 0.068 0.489 0.118 0.046 0.027 59 Q 0.049 0.060 0.029 0.016 0.062 0.025 0.097 0.387 0.114 0.126 0.034 60 H 0.070 0.180 0.062 0.024 0.182 0.020 0.037 0.203 0.073 0.108 0.040