This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA E A 3 3 NATAA V A 4 4 NATAA K A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA V A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA V A 9 9 NATAA S A 10 10 NATAA A A 11 11 NATAA F A 12 12 NATAA L A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA T A 15 15 NATAA T A 16 16 NATRO C A 17 17 NATAA L A 18 18 NATAA M A 19 19 NATAA S A 20 20 NATAA G A 21 21 NATAA Q A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA Q A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA R A 26 26 NATAA N A 27 27 NATAA E A 28 28 NATAA I A 29 29 NATAA Q A 30 30 NATAA V A 31 31 NATRO P A 32 32 NATAA D A 33 33 NATAA L A 34 34 NATAA D A 35 35 NATAA G A 36 36 NATAA Y A 37 37 NATAA T A 38 38 NATAA T A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA K A 41 41 NATRO C A 42 42 NATAA D A 43 43 NATAA F A 44 44 NATAA H A 45 45 NATAA M A 46 46 NATAA H A 47 47 NATAA S A 48 48 NATAA V A 49 49 NATAA F A 50 50 NATAA S A 51 51 NATAA D A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA L A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA W A 56 56 NATRO P A 57 57 NATAA T A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA R A 60 60 NATAA V A 61 61 NATAA D A 62 62 NATAA E A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA Y A 65 65 NATAA R A 66 66 NATAA D A 67 67 NATAA G A 68 68 NATAA L A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA I A 72 72 NATAA S A 73 73 NATAA L A 74 74 NATAA T A 75 75 NATAA E A 76 76 NATAA H A 77 77 NATAA I A 78 78 NATAA E A 79 79 NATAA Y A 80 80 NATAA R A 81 81 NATRO P A 82 82 NATAA H A 83 83 NATAA K A 84 84 NATAA Q A 85 85 NATAA D A 86 86 NATAA V A 87 87 NATAA V A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA D A 90 90 NATAA H A 91 91 NATAA N A 92 92 NATAA R A 93 93 NATAA S A 94 94 NATAA F A 95 95 NATAA D A 96 96 NATAA L A 97 97 NATRO C A 98 98 NATAA R A 99 99 NATAA E A 100 100 NATAA Q A 101 101 NATAA A A 102 102 NATAA E A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA L A 108 108 NATAA L A 109 109 NATAA I A 110 110 NATAA K A 111 111 NATAA G A 112 112 NATAA S A 113 113 NATAA E A 114 114 NATAA I A 115 115 NATAA T A 116 116 NATAA R A 117 117 NATAA A A 118 118 NATAA M A 119 119 NATAA A A 120 120 NATRO P A 121 121 NATAA G A 122 122 NATAA H A 123 123 NATAA F A 124 124 NATAA N A 125 125 NATAA A A 126 126 NATAA I A 127 127 NATAA F A 128 128 NATAA L A 129 129 NATAA S A 130 130 NATAA D A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA N A 133 133 NATRO P A 134 134 NATAA L A 135 135 NATAA E A 136 136 NATAA Q A 137 137 NATAA K A 138 138 NATAA D A 139 139 NATAA Y A 140 140 NATAA K A 141 141 NATAA D A 142 142 NATAA A A 143 143 NATAA F A 144 144 NATAA R A 145 145 NATAA E A 146 146 NATAA A A 147 147 NATAA K A 148 148 NATAA K A 149 149 NATAA Q A 150 150 NATAA G A 151 151 NATAA A A 152 152 NATAA F A 153 153 NATAA M A 154 154 NATAA F A 155 155 NATAA W A 156 156 NATAA N A 157 157 NATAA H A 158 158 NATRO P A 159 159 NATAA G A 160 160 NATAA W A 161 161 NATAA D A 162 162 NATAA S A 163 163 NATAA Q A 164 164 NATAA Q A 165 165 NATRO P A 166 166 NATAA D A 167 167 NATAA T A 168 168 NATAA T A 169 169 NATAA K A 170 170 NATAA W A 171 171 NATAA W A 172 172 NATRO P A 173 173 NATAA E A 174 174 NATAA H A 175 175 NATAA T A 176 176 NATAA A A 177 177 NATAA L A 178 178 NATAA Y A 179 179 NATAA Q A 180 180 NATAA E A 181 181 NATAA G A 182 182 NATRO C A 183 183 NATAA M A 184 184 NATAA H A 185 185 NATAA G A 186 186 NATAA I A 187 187 NATAA E A 188 188 NATAA V A 189 189 NATAA A A 190 190 NATAA N A 191 191 NATAA G A 192 192 NATAA H A 193 193 NATAA L A 194 194 NATAA Y A 195 195 NATAA M A 196 196 NATRO P A 197 197 NATAA E A 198 198 NATAA A A 199 199 NATAA I A 200 200 NATAA Q A 201 201 NATAA W A 202 202 NATRO C A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA D A 205 205 NATAA K A 206 206 NATAA N A 207 207 NATAA L A 208 208 NATAA T A 209 209 NATAA M A 210 210 NATAA I A 211 211 NATAA G A 212 212 NATAA T A 213 213 NATAA S A 214 214 NATAA D A 215 215 NATAA I A 216 216 NATAA H A 217 217 NATAA Q A 218 218 NATRO P A 219 219 NATAA I A 220 220 NATAA Q A 221 221 NATAA T A 222 222 NATAA D A 223 223 NATAA Y A 224 224 NATAA D A 225 225 NATAA F A 226 226 NATAA E A 227 227 NATAA K A 228 228 NATAA G A 229 229 NATAA E A 230 230 NATAA H A 231 231 NATAA R A 232 232 NATAA T A 233 233 NATAA M A 234 234 NATAA T A 235 235 NATAA F A 236 236 NATAA V A 237 237 NATAA F A 238 238 NATAA A A 239 239 NATAA K A 240 240 NATAA E A 241 241 NATAA R A 242 242 NATAA S A 243 243 NATAA L A 244 244 NATAA Q A 245 245 NATAA G A 246 246 NATAA I A 247 247 NATAA R A 248 248 NATAA E A 249 249 NATAA A A 250 250 NATAA L A 251 251 NATAA D A 252 252 NATAA N A 253 253 NATAA R A 254 254 NATAA R A 255 255 NATAA T A 256 256 NATAA A A 257 257 NATAA A A 258 258 NATAA Y A 259 259 NATAA F A 260 260 NATAA H A 261 261 NATAA E A 262 262 NATAA L A 263 263 NATAA L A 264 264 NATAA I A 265 265 NATAA G A 266 266 NATAA R A 267 267 NATAA E A 268 268 NATAA D A 269 269 NATAA L A 270 270 NATAA L A 271 271 NATAA R A 272 272 NATRO P A 273 273 NATAA F A 274 274 NATAA F A 275 275 NATAA E A 276 276 NATAA K A 277 277 NATRO C A 278 278 NATAA V A 279 279 NATAA K A 280 280 NATAA I A 281 281 NATAA E A 282 282 NATAA E A 283 283 NATAA V A 284 284 NATAA S A 285 285 NATAA R A 286 286 NATAA N A 287 287 NATAA E A 288 288 NATAA Q A 289 289 NATAA G A 290 290 NATAA V A 291 291 NATAA T A 292 292 NATAA L A 293 293 NATAA S A 294 294 NATAA I A 295 295 NATAA T A 296 296 NATAA N A 297 297 NATAA V A 298 298 NATAA T A 299 299 NATAA D A 300 300 NATAA L A 301 301 NATAA V A 302 302 NATAA L A 303 303 NATAA K A 304 304 NATAA L A 305 305 NATAA K A 306 306 NATAA K A 307 307 NATAA T A 308 308 NATAA A A 309 309 NATAA H A 310 310 NATAA D A 311 311 NATAA T A 312 312 NATAA L A 313 313 NATAA L A 314 314 NATAA V A 315 315 NATAA Y A 316 316 NATAA F A 317 317 NATAA R A 318 318 NATAA D A 319 319 NATAA M A 320 320 NATAA T A 321 321 NATAA L A 322 322 NATAA K A 323 323 NATRO P A 324 324 NATAA H A 325 325 NATAA T A 326 326 NATAA R A 327 327 NATAA Y A 328 328 NATAA T A 329 329 NATAA V A 330 330 NATAA R A 331 331 NATAA I A 332 332 NATAA G A 333 333 NATAA F A 334 334 NATAA K A 335 335 NATAA Q A 336 336 NATAA G A 337 337 NATAA I A 338 338 NATAA K A 339 339 NATAA G A 340 340 NATAA G A 341 341 NATAA D A 342 342 NATAA V A 343 343 NATAA N A 344 344 NATAA F A 345 345 NATAA E A 346 346 NATAA V A 347 347 NATAA T A 348 348 NATAA N A 349 349 NATAA F A 350 350 NATAA I A 351 351 NATAA V A 352 352 NATAA A A 353 353 NATRO P A 354 354 NATAA D A 355 355 NATAA K A 356 356 NATAA G A 357 357 NATAA L A 358 358 NATAA K A 359 359 NATAA Y A 360 360 NATAA T A 361 361 NATAA I A 362 362 NATAA S A 363 363 NATAA L