# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.001 0.070 0.588 0.001 0.009 0.064 0.002 0.001 0.018 0.165 0.032 0.031 0.018 2 S 0.001 0.006 0.834 0.001 0.010 0.080 0.001 0.001 0.004 0.048 0.011 0.002 0.005 3 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.071 0.906 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 5 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.019 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.034 0.001 0.021 0.688 0.001 0.001 0.001 0.039 0.217 0.001 0.001 12 N 0.001 0.001 0.039 0.001 0.021 0.349 0.001 0.001 0.001 0.081 0.507 0.001 0.001 13 R 0.001 0.004 0.209 0.002 0.028 0.190 0.001 0.001 0.008 0.110 0.445 0.001 0.002 14 R 0.001 0.014 0.445 0.008 0.021 0.149 0.002 0.007 0.082 0.136 0.115 0.009 0.012 15 T 0.009 0.015 0.277 0.010 0.031 0.130 0.010 0.040 0.270 0.080 0.039 0.029 0.060 16 A 0.021 0.005 0.076 0.017 0.019 0.189 0.030 0.177 0.346 0.025 0.015 0.026 0.053 17 A 0.091 0.007 0.036 0.051 0.012 0.190 0.063 0.203 0.169 0.018 0.014 0.106 0.040 18 Y 0.164 0.007 0.046 0.010 0.016 0.240 0.093 0.099 0.097 0.013 0.024 0.042 0.151 19 F 0.116 0.007 0.108 0.042 0.019 0.326 0.026 0.041 0.090 0.027 0.050 0.056 0.091 20 H 0.047 0.005 0.135 0.039 0.051 0.392 0.005 0.005 0.042 0.061 0.102 0.044 0.073 21 E 0.010 0.004 0.076 0.009 0.089 0.488 0.002 0.003 0.016 0.058 0.191 0.021 0.033 22 L 0.008 0.006 0.084 0.005 0.058 0.564 0.003 0.005 0.016 0.046 0.165 0.018 0.023 23 L 0.022 0.015 0.138 0.010 0.054 0.432 0.008 0.006 0.022 0.080 0.129 0.045 0.040 24 I 0.018 0.021 0.166 0.006 0.045 0.283 0.009 0.004 0.017 0.100 0.268 0.028 0.035 25 G 0.005 0.024 0.351 0.005 0.023 0.178 0.004 0.003 0.017 0.152 0.203 0.011 0.024 26 R 0.001 0.012 0.542 0.003 0.046 0.234 0.001 0.002 0.012 0.095 0.032 0.009 0.012 27 E 0.001 0.004 0.070 0.001 0.230 0.631 0.001 0.001 0.002 0.019 0.036 0.001 0.004 28 D 0.001 0.002 0.023 0.001 0.312 0.576 0.001 0.001 0.001 0.013 0.069 0.001 0.001 29 L 0.001 0.004 0.048 0.001 0.200 0.593 0.001 0.001 0.003 0.023 0.123 0.002 0.002 30 L 0.001 0.005 0.100 0.001 0.035 0.723 0.001 0.001 0.004 0.071 0.058 0.001 0.003 31 R 0.001 0.004 0.127 0.001 0.034 0.691 0.001 0.001 0.001 0.123 0.016 0.004 0.001 32 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.056 0.889 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.001 0.001 33 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.055 0.837 0.001 0.001 0.001 0.007 0.087 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.077 0.863 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.065 0.854 0.001 0.001 0.002 0.017 0.040 0.001 0.002 36 K 0.002 0.001 0.011 0.006 0.051 0.752 0.001 0.001 0.003 0.023 0.136 0.008 0.003 37 C 0.010 0.002 0.059 0.003 0.031 0.542 0.003 0.004 0.030 0.022 0.254 0.006 0.033 38 V 0.132 0.014 0.179 0.040 0.016 0.248 0.024 0.017 0.048 0.054 0.073 0.101 0.054 39 K 0.169 0.010 0.139 0.016 0.009 0.082 0.032 0.014 0.066 0.031 0.029 0.257 0.146 40 I 0.137 0.005 0.092 0.008 0.009 0.059 0.050 0.019 0.060 0.013 0.022 0.026 0.500 41 E 0.110 0.008 0.082 0.160 0.008 0.041 0.018 0.010 0.044 0.033 0.020 0.421 0.044 42 E 0.066 0.005 0.157 0.007 0.038 0.039 0.009 0.003 0.033 0.037 0.048 0.066 0.491 43 V 0.040 0.014 0.346 0.026 0.035 0.024 0.007 0.002 0.030 0.102 0.092 0.116 0.167 44 S 0.030 0.021 0.452 0.014 0.025 0.015 0.004 0.001 0.024 0.097 0.114 0.128 0.077 45 R 0.016 0.047 0.290 0.005 0.040 0.018 0.002 0.001 0.010 0.165 0.105 0.033 0.271 46 N 0.003 0.030 0.516 0.004 0.016 0.007 0.001 0.001 0.004 0.181 0.042 0.161 0.036 47 E 0.006 0.014 0.168 0.014 0.082 0.021 0.001 0.001 0.003 0.110 0.360 0.021 0.200 48 Q 0.003 0.005 0.054 0.026 0.040 0.007 0.001 0.001 0.002 0.111 0.699 0.039 0.013 49 G 0.016 0.008 0.342 0.036 0.033 0.002 0.002 0.001 0.006 0.203 0.243 0.031 0.078 50 V 0.051 0.012 0.478 0.026 0.005 0.002 0.011 0.001 0.027 0.092 0.056 0.165 0.076 51 T 0.222 0.011 0.040 0.009 0.003 0.001 0.026 0.003 0.027 0.013 0.002 0.021 0.622 52 L 0.306 0.002 0.016 0.066 0.001 0.001 0.031 0.007 0.013 0.006 0.001 0.533 0.021 53 S 0.474 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.076 0.017 0.020 0.001 0.001 0.053 0.336 54 I 0.604 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.139 0.048 0.016 0.001 0.001 0.093 0.086 55 T 0.625 0.002 0.007 0.037 0.001 0.001 0.086 0.025 0.030 0.001 0.001 0.102 0.083 56 N 0.373 0.004 0.043 0.012 0.004 0.004 0.064 0.027 0.072 0.012 0.013 0.123 0.250 57 V 0.072 0.019 0.228 0.042 0.010 0.010 0.033 0.019 0.098 0.108 0.140 0.084 0.136 58 T 0.013 0.010 0.423 0.024 0.013 0.009 0.003 0.002 0.033 0.277 0.100 0.046 0.047 59 D 0.011 0.011 0.309 0.017 0.066 0.059 0.002 0.001 0.008 0.263 0.178 0.021 0.053 60 L 0.024 0.016 0.201 0.016 0.120 0.155 0.003 0.001 0.007 0.182 0.151 0.072 0.052 61 V 0.049 0.016 0.155 0.009 0.110 0.310 0.009 0.003 0.017 0.064 0.059 0.034 0.165 62 L 0.059 0.013 0.122 0.032 0.053 0.418 0.009 0.007 0.021 0.041 0.035 0.107 0.083 63 K 0.059 0.007 0.114 0.014 0.043 0.450 0.011 0.005 0.030 0.022 0.051 0.060 0.135 64 L 0.049 0.006 0.086 0.009 0.066 0.483 0.010 0.005 0.029 0.022 0.067 0.044 0.124 65 K 0.050 0.010 0.105 0.017 0.056 0.410 0.007 0.004 0.040 0.033 0.121 0.080 0.067 66 K 0.025 0.020 0.188 0.007 0.072 0.282 0.004 0.004 0.022 0.074 0.166 0.045 0.093 67 T 0.008 0.014 0.409 0.007 0.044 0.130 0.002 0.001 0.014 0.128 0.179 0.027 0.038 68 A 0.003 0.009 0.267 0.004 0.062 0.092 0.001 0.001 0.006 0.146 0.375 0.016 0.018 69 H 0.002 0.011 0.302 0.006 0.040 0.041 0.001 0.001 0.005 0.194 0.372 0.007 0.018 70 D 0.001 0.010 0.553 0.005 0.024 0.018 0.001 0.001 0.005 0.272 0.073 0.024 0.013 71 T 0.003 0.013 0.497 0.008 0.078 0.057 0.001 0.001 0.017 0.134 0.125 0.010 0.054 72 L 0.020 0.023 0.261 0.028 0.130 0.095 0.009 0.005 0.035 0.119 0.119 0.091 0.064 73 L 0.072 0.026 0.180 0.021 0.095 0.076 0.026 0.018 0.072 0.070 0.051 0.089 0.204 74 V 0.130 0.041 0.173 0.024 0.030 0.044 0.036 0.024 0.058 0.051 0.031 0.180 0.175 75 Y 0.070 0.030 0.333 0.019 0.022 0.032 0.017 0.010 0.060 0.055 0.043 0.139 0.171 76 F 0.027 0.015 0.416 0.016 0.034 0.037 0.006 0.003 0.028 0.100 0.100 0.050 0.167 77 R 0.011 0.009 0.281 0.051 0.053 0.036 0.002 0.001 0.016 0.223 0.202 0.064 0.050 78 D 0.007 0.008 0.331 0.014 0.087 0.035 0.002 0.001 0.015 0.198 0.220 0.027 0.055 79 M 0.017 0.014 0.445 0.017 0.053 0.026 0.005 0.001 0.025 0.164 0.119 0.056 0.058 80 T 0.069 0.028 0.316 0.012 0.028 0.023 0.021 0.005 0.050 0.096 0.055 0.135 0.163 81 L 0.132 0.032 0.174 0.018 0.015 0.025 0.029 0.011 0.037 0.057 0.018 0.094 0.360 82 K 0.078 0.020 0.224 0.028 0.009 0.013 0.011 0.005 0.027 0.041 0.008 0.413 0.124 83 P 0.033 0.011 0.269 0.008 0.042 0.042 0.006 0.003 0.034 0.040 0.060 0.038 0.413 84 H 0.021 0.010 0.434 0.028 0.041 0.027 0.004 0.001 0.030 0.098 0.104 0.125 0.078 85 T 0.016 0.008 0.351 0.019 0.073 0.026 0.003 0.001 0.029 0.141 0.185 0.049 0.099 86 R 0.025 0.009 0.287 0.036 0.033 0.013 0.005 0.001 0.025 0.194 0.224 0.044 0.104 87 Y 0.068 0.010 0.213 0.039 0.015 0.005 0.010 0.003 0.028 0.147 0.063 0.276 0.123 88 T 0.166 0.006 0.149 0.030 0.005 0.002 0.031 0.006 0.068 0.037 0.018 0.075 0.406 89 V 0.342 0.003 0.035 0.030 0.001 0.001 0.051 0.016 0.037 0.011 0.002 0.366 0.105 90 R 0.504 0.002 0.015 0.013 0.001 0.001 0.085 0.024 0.036 0.003 0.001 0.100 0.217 91 I 0.489 0.002 0.015 0.013 0.001 0.001 0.119 0.032 0.032 0.003 0.001 0.178 0.115 92 G 0.413 0.005 0.040 0.024 0.001 0.002 0.085 0.022 0.063 0.006 0.004 0.138 0.196 93 F 0.160 0.008 0.141 0.022 0.006 0.005 0.023 0.009 0.053 0.032 0.018 0.164 0.359 94 K 0.050 0.011 0.315 0.046 0.020 0.010 0.008 0.002 0.038 0.108 0.080 0.149 0.163 95 Q 0.023 0.010 0.129 0.031 0.070 0.018 0.003 0.001 0.014 0.163 0.339 0.082 0.118 96 G 0.022 0.023 0.173 0.015 0.072 0.023 0.003 0.001 0.010 0.157 0.349 0.067 0.084 97 I 0.034 0.054 0.318 0.011 0.049 0.018 0.003 0.001 0.007 0.136 0.071 0.136 0.162 98 K 0.023 0.036 0.340 0.014 0.038 0.023 0.002 0.001 0.007 0.148 0.173 0.064 0.132 99 G 0.014 0.011 0.325 0.019 0.033 0.018 0.002 0.001 0.005 0.172 0.292 0.037 0.070 100 G 0.012 0.008 0.313 0.027 0.020 0.019 0.002 0.001 0.006 0.193 0.304 0.059 0.035 101 D 0.031 0.018 0.385 0.012 0.020 0.012 0.004 0.001 0.014 0.176 0.087 0.027 0.213 102 V 0.046 0.013 0.328 0.030 0.009 0.008 0.007 0.001 0.020 0.100 0.020 0.335 0.082 103 N 0.071 0.008 0.237 0.019 0.009 0.009 0.014 0.004 0.099 0.037 0.026 0.054 0.415 104 F 0.208 0.007 0.150 0.048 0.005 0.008 0.064 0.023 0.095 0.034 0.011 0.201 0.147 105 E 0.305 0.003 0.031 0.029 0.003 0.003 0.070 0.026 0.061 0.008 0.002 0.300 0.158 106 V 0.372 0.001 0.016 0.009 0.002 0.003 0.082 0.046 0.074 0.003 0.002 0.038 0.350 107 T 0.326 0.002 0.020 0.182 0.002 0.003 0.064 0.061 0.104 0.007 0.004 0.188 0.038 108 N 0.304 0.001 0.044 0.018 0.005 0.005 0.092 0.077 0.185 0.011 0.008 0.072 0.178 109 F 0.308 0.002 0.040 0.027 0.005 0.006 0.166 0.099 0.172 0.011 0.010 0.050 0.104 110 I 0.427 0.004 0.018 0.042 0.004 0.002 0.069 0.030 0.040 0.008 0.006 0.304 0.047 111 V 0.392 0.011 0.057 0.012 0.004 0.003 0.056 0.013 0.037 0.015 0.016 0.040 0.343 112 A 0.073 0.023 0.288 0.011 0.003 0.002 0.011 0.007 0.029 0.063 0.016 0.394 0.080 113 P 0.012 0.025 0.488 0.006 0.031 0.007 0.002 0.001 0.022 0.114 0.079 0.012 0.202 114 D 0.002 0.008 0.442 0.006 0.038 0.007 0.001 0.001 0.003 0.331 0.116 0.034 0.013 115 K 0.001 0.002 0.024 0.015 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.140 0.755 0.003 0.005 116 G 0.001 0.003 0.048 0.003 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.090 0.810 0.003 0.004 117 L 0.008 0.024 0.503 0.015 0.026 0.003 0.003 0.001 0.017 0.235 0.067 0.050 0.047 118 K 0.019 0.039 0.440 0.023 0.008 0.002 0.008 0.002 0.078 0.126 0.030 0.067 0.158 119 Y 0.080 0.015 0.312 0.022 0.007 0.002 0.044 0.009 0.106 0.044 0.012 0.170 0.177 120 T 0.176 0.010 0.085 0.074 0.003 0.002 0.099 0.024 0.104 0.018 0.005 0.166 0.233 121 I 0.224 0.009 0.045 0.009 0.002 0.002 0.100 0.033 0.076 0.009 0.002 0.265 0.225 122 S 0.184 0.034 0.120 0.029 0.003 0.004 0.066 0.024 0.090 0.015 0.006 0.130 0.295 123 L 0.016 0.011 0.541 0.012 0.007 0.007 0.008 0.004 0.055 0.057 0.014 0.146 0.122