# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.002 0.073 0.014 0.015 0.023 0.123 0.048 0.701 2 S 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.013 3 L 0.013 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.010 4 Q 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.014 5 G 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 6 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 7 R 0.008 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 8 E 0.035 0.349 0.021 0.001 0.001 0.014 0.517 0.062 9 A 0.065 0.195 0.094 0.003 0.002 0.028 0.556 0.057 10 L 0.446 0.093 0.020 0.002 0.002 0.052 0.147 0.238 11 D 0.055 0.016 0.006 0.001 0.001 0.082 0.055 0.782 12 N 0.005 0.036 0.014 0.002 0.004 0.180 0.038 0.723 13 R 0.015 0.115 0.057 0.013 0.028 0.167 0.096 0.509 14 R 0.014 0.175 0.128 0.050 0.082 0.081 0.121 0.349 15 T 0.016 0.280 0.172 0.032 0.116 0.027 0.121 0.236 16 A 0.012 0.123 0.291 0.071 0.087 0.030 0.206 0.182 17 A 0.009 0.093 0.531 0.076 0.109 0.022 0.069 0.091 18 Y 0.041 0.155 0.267 0.080 0.089 0.046 0.098 0.224 19 F 0.146 0.231 0.111 0.045 0.061 0.054 0.109 0.244 20 H 0.145 0.238 0.030 0.018 0.029 0.085 0.115 0.339 21 E 0.054 0.102 0.046 0.028 0.066 0.111 0.210 0.384 22 L 0.046 0.229 0.045 0.066 0.094 0.102 0.085 0.334 23 L 0.060 0.287 0.051 0.048 0.074 0.082 0.060 0.339 24 I 0.030 0.170 0.053 0.046 0.062 0.100 0.133 0.407 25 G 0.056 0.468 0.032 0.018 0.035 0.055 0.123 0.215 26 R 0.180 0.591 0.012 0.005 0.006 0.025 0.068 0.113 27 E 0.304 0.299 0.020 0.005 0.007 0.045 0.076 0.243 28 D 0.079 0.207 0.017 0.006 0.009 0.085 0.123 0.474 29 L 0.015 0.377 0.014 0.004 0.007 0.103 0.054 0.426 30 L 0.020 0.762 0.008 0.003 0.004 0.031 0.037 0.135 31 R 0.095 0.729 0.004 0.004 0.003 0.018 0.085 0.062 32 P 0.076 0.591 0.014 0.005 0.007 0.044 0.114 0.150 33 F 0.107 0.407 0.039 0.008 0.014 0.057 0.208 0.160 34 F 0.201 0.186 0.040 0.009 0.019 0.068 0.280 0.197 35 E 0.074 0.065 0.018 0.007 0.016 0.103 0.083 0.633 36 K 0.028 0.108 0.054 0.057 0.077 0.103 0.054 0.519 37 C 0.029 0.076 0.060 0.039 0.101 0.108 0.056 0.531 38 V 0.023 0.048 0.083 0.170 0.125 0.090 0.039 0.422 39 K 0.028 0.061 0.114 0.074 0.152 0.063 0.075 0.433 40 I 0.053 0.031 0.105 0.081 0.078 0.099 0.121 0.432 41 E 0.077 0.042 0.144 0.055 0.091 0.093 0.087 0.411 42 E 0.171 0.035 0.036 0.032 0.064 0.071 0.107 0.485 43 V 0.060 0.015 0.031 0.035 0.044 0.106 0.049 0.660 44 S 0.019 0.009 0.021 0.039 0.058 0.121 0.034 0.698 45 R 0.017 0.006 0.018 0.029 0.057 0.105 0.045 0.723 46 N 0.487 0.012 0.006 0.020 0.016 0.062 0.118 0.279 47 E 0.166 0.007 0.007 0.014 0.017 0.095 0.064 0.629 48 Q 0.015 0.006 0.014 0.013 0.043 0.125 0.036 0.750 49 G 0.018 0.004 0.035 0.036 0.098 0.138 0.046 0.625 50 V 0.002 0.003 0.074 0.362 0.358 0.038 0.028 0.135 51 T 0.005 0.004 0.093 0.140 0.282 0.048 0.121 0.307 52 L 0.002 0.003 0.108 0.437 0.265 0.024 0.054 0.106 53 S 0.003 0.012 0.158 0.182 0.444 0.027 0.043 0.131 54 I 0.009 0.005 0.113 0.359 0.263 0.039 0.048 0.165 55 T 0.008 0.011 0.241 0.275 0.238 0.034 0.068 0.125 56 N 0.031 0.041 0.114 0.095 0.224 0.084 0.076 0.335 57 V 0.030 0.041 0.110 0.078 0.068 0.094 0.084 0.494 58 T 0.114 0.215 0.052 0.044 0.072 0.074 0.107 0.321 59 D 0.059 0.231 0.030 0.020 0.036 0.096 0.082 0.446 60 L 0.031 0.345 0.039 0.049 0.060 0.080 0.069 0.327 61 V 0.045 0.577 0.019 0.019 0.046 0.042 0.047 0.205 62 L 0.092 0.414 0.025 0.044 0.064 0.056 0.092 0.214 63 K 0.058 0.124 0.056 0.062 0.094 0.057 0.356 0.194 64 L 0.085 0.115 0.063 0.053 0.092 0.087 0.191 0.313 65 K 0.121 0.054 0.093 0.084 0.093 0.091 0.114 0.350 66 K 0.092 0.015 0.045 0.030 0.056 0.093 0.044 0.625 67 T 0.182 0.013 0.019 0.018 0.024 0.097 0.087 0.560 68 A 0.030 0.012 0.014 0.016 0.024 0.149 0.024 0.731 69 H 0.029 0.021 0.009 0.009 0.013 0.119 0.030 0.770 70 D 0.089 0.071 0.025 0.035 0.048 0.121 0.144 0.467 71 T 0.038 0.067 0.034 0.035 0.095 0.111 0.079 0.542 72 L 0.031 0.046 0.082 0.133 0.192 0.078 0.085 0.353 73 L 0.027 0.032 0.164 0.110 0.187 0.072 0.080 0.328 74 V 0.033 0.016 0.126 0.165 0.183 0.072 0.043 0.363 75 Y 0.092 0.014 0.104 0.090 0.167 0.079 0.068 0.385 76 F 0.158 0.009 0.042 0.046 0.057 0.108 0.103 0.477 77 R 0.070 0.011 0.029 0.034 0.048 0.130 0.058 0.620 78 D 0.044 0.006 0.020 0.023 0.058 0.120 0.042 0.687 79 M 0.017 0.005 0.057 0.128 0.135 0.125 0.039 0.495 80 T 0.006 0.003 0.051 0.130 0.262 0.092 0.035 0.421 81 L 0.005 0.002 0.049 0.137 0.115 0.094 0.055 0.543 82 K 0.122 0.023 0.057 0.082 0.082 0.085 0.238 0.310 83 P 0.129 0.019 0.028 0.033 0.046 0.105 0.066 0.574 84 H 0.061 0.006 0.043 0.041 0.060 0.093 0.087 0.608 85 T 0.032 0.006 0.044 0.048 0.119 0.118 0.068 0.566 86 R 0.014 0.007 0.043 0.057 0.090 0.107 0.036 0.645 87 Y 0.005 0.007 0.067 0.263 0.301 0.053 0.037 0.268 88 T 0.008 0.008 0.082 0.130 0.260 0.058 0.075 0.380 89 V 0.004 0.005 0.075 0.430 0.298 0.026 0.028 0.134 90 R 0.008 0.008 0.138 0.211 0.292 0.038 0.051 0.253 91 I 0.007 0.006 0.102 0.322 0.282 0.044 0.023 0.214 92 G 0.015 0.011 0.144 0.132 0.258 0.054 0.057 0.328 93 F 0.110 0.033 0.044 0.110 0.104 0.076 0.087 0.435 94 K 0.098 0.050 0.035 0.048 0.063 0.085 0.067 0.552 95 Q 0.038 0.023 0.032 0.063 0.102 0.081 0.048 0.613 96 G 0.081 0.010 0.035 0.053 0.098 0.081 0.085 0.557 97 I 0.136 0.005 0.021 0.097 0.050 0.084 0.058 0.550 98 K 0.052 0.004 0.017 0.032 0.067 0.085 0.022 0.722 99 G 0.051 0.003 0.007 0.010 0.021 0.106 0.026 0.774 100 G 0.012 0.007 0.035 0.103 0.171 0.105 0.036 0.533 101 D 0.013 0.024 0.020 0.050 0.094 0.083 0.040 0.677 102 V 0.013 0.049 0.046 0.254 0.180 0.080 0.065 0.313 103 N 0.011 0.033 0.067 0.090 0.220 0.056 0.242 0.281 104 F 0.007 0.024 0.069 0.260 0.305 0.037 0.141 0.157 105 E 0.012 0.052 0.125 0.231 0.316 0.031 0.078 0.156 106 V 0.026 0.042 0.116 0.217 0.206 0.049 0.072 0.271 107 T 0.017 0.027 0.173 0.160 0.286 0.046 0.082 0.210 108 N 0.017 0.017 0.092 0.144 0.313 0.065 0.054 0.297 109 F 0.025 0.013 0.084 0.232 0.274 0.073 0.047 0.253 110 I 0.014 0.011 0.078 0.192 0.317 0.062 0.039 0.288 111 V 0.012 0.008 0.052 0.129 0.182 0.090 0.050 0.476 112 A 0.016 0.004 0.077 0.133 0.165 0.099 0.066 0.440 113 P 0.230 0.006 0.022 0.026 0.033 0.074 0.076 0.533 114 D 0.694 0.003 0.002 0.003 0.003 0.025 0.053 0.217 115 K 0.021 0.001 0.005 0.004 0.008 0.099 0.013 0.849 116 G 0.007 0.001 0.011 0.007 0.022 0.096 0.020 0.836 117 L 0.011 0.002 0.036 0.182 0.093 0.120 0.057 0.500 118 K 0.008 0.004 0.112 0.105 0.125 0.075 0.070 0.501 119 Y 0.007 0.003 0.128 0.178 0.217 0.055 0.058 0.355 120 T 0.009 0.002 0.296 0.108 0.187 0.049 0.036 0.312 121 I 0.008 0.001 0.304 0.231 0.174 0.044 0.019 0.219 122 S 0.010 0.001 0.283 0.071 0.139 0.069 0.047 0.379 123 L 0.035 0.003 0.113 0.039 0.051 0.138 0.072 0.548