# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.080 0.097 0.076 0.150 0.148 0.142 0.136 0.082 0.048 0.027 0.013 2 S 0.068 0.172 0.073 0.106 0.095 0.080 0.125 0.100 0.084 0.060 0.037 3 L 0.043 0.033 0.036 0.090 0.131 0.162 0.233 0.124 0.082 0.042 0.024 4 Q 0.581 0.146 0.137 0.092 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 G 0.018 0.022 0.030 0.085 0.119 0.127 0.220 0.146 0.115 0.068 0.049 6 I 0.002 0.005 0.007 0.013 0.024 0.031 0.080 0.122 0.234 0.264 0.218 7 R 0.013 0.026 0.115 0.162 0.193 0.180 0.170 0.075 0.039 0.021 0.007 8 E 0.014 0.039 0.482 0.213 0.108 0.069 0.042 0.019 0.008 0.004 0.002 9 A 0.003 0.004 0.015 0.020 0.039 0.076 0.190 0.197 0.187 0.155 0.114 10 L 0.005 0.008 0.016 0.022 0.037 0.058 0.161 0.163 0.223 0.202 0.105 11 D 0.033 0.080 0.348 0.229 0.133 0.071 0.057 0.023 0.015 0.008 0.004 12 N 0.075 0.077 0.274 0.191 0.135 0.086 0.090 0.040 0.018 0.010 0.005 13 R 0.047 0.055 0.068 0.100 0.099 0.118 0.206 0.136 0.090 0.055 0.027 14 R 0.008 0.014 0.020 0.039 0.056 0.098 0.175 0.185 0.178 0.140 0.086 15 T 0.016 0.035 0.091 0.109 0.116 0.101 0.147 0.135 0.113 0.083 0.054 16 A 0.007 0.009 0.027 0.035 0.054 0.076 0.151 0.144 0.182 0.167 0.147 17 A 0.009 0.008 0.021 0.029 0.051 0.066 0.128 0.147 0.193 0.189 0.158 18 Y 0.006 0.010 0.022 0.048 0.078 0.103 0.181 0.155 0.175 0.140 0.083 19 F 0.003 0.006 0.013 0.024 0.040 0.055 0.125 0.146 0.212 0.200 0.176 20 H 0.046 0.069 0.080 0.168 0.152 0.126 0.159 0.081 0.065 0.036 0.018 21 E 0.093 0.108 0.116 0.210 0.132 0.101 0.110 0.059 0.037 0.021 0.012 22 L 0.023 0.027 0.026 0.063 0.081 0.140 0.193 0.140 0.130 0.106 0.071 23 L 0.024 0.033 0.027 0.048 0.058 0.094 0.153 0.122 0.163 0.158 0.119 24 I 0.026 0.022 0.032 0.059 0.091 0.116 0.163 0.128 0.146 0.118 0.098 25 G 0.083 0.123 0.085 0.118 0.107 0.082 0.118 0.084 0.086 0.072 0.042 26 R 0.034 0.090 0.049 0.161 0.152 0.135 0.180 0.095 0.059 0.031 0.013 27 E 0.382 0.128 0.080 0.140 0.085 0.073 0.061 0.027 0.014 0.007 0.003 28 D 0.215 0.135 0.158 0.219 0.112 0.070 0.054 0.024 0.008 0.004 0.002 29 L 0.017 0.033 0.032 0.077 0.100 0.139 0.199 0.149 0.124 0.090 0.040 30 L 0.002 0.005 0.007 0.008 0.015 0.044 0.126 0.112 0.238 0.283 0.160 31 R 0.019 0.071 0.384 0.273 0.153 0.061 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 32 P 0.239 0.083 0.295 0.178 0.097 0.046 0.040 0.017 0.004 0.002 0.001 33 F 0.005 0.008 0.014 0.026 0.046 0.086 0.183 0.184 0.200 0.152 0.095 34 F 0.002 0.004 0.006 0.015 0.032 0.058 0.187 0.200 0.208 0.190 0.099 35 E 0.019 0.036 0.546 0.207 0.109 0.047 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 36 K 0.023 0.069 0.361 0.194 0.141 0.092 0.085 0.025 0.006 0.002 0.001 37 C 0.008 0.008 0.019 0.030 0.045 0.047 0.123 0.179 0.198 0.190 0.152 38 V 0.013 0.006 0.011 0.016 0.033 0.081 0.200 0.170 0.193 0.188 0.089 39 K 0.010 0.121 0.486 0.283 0.076 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 40 I 0.003 0.002 0.009 0.008 0.026 0.045 0.136 0.175 0.183 0.185 0.227 41 E 0.175 0.152 0.110 0.182 0.139 0.080 0.080 0.044 0.023 0.011 0.004 42 E 0.122 0.168 0.183 0.269 0.115 0.052 0.051 0.024 0.010 0.005 0.002 43 V 0.009 0.005 0.010 0.016 0.030 0.085 0.145 0.113 0.193 0.214 0.179 44 S 0.236 0.256 0.129 0.180 0.094 0.037 0.038 0.017 0.008 0.004 0.001 45 R 0.060 0.070 0.107 0.147 0.124 0.165 0.152 0.078 0.050 0.033 0.015 46 N 0.113 0.141 0.067 0.116 0.102 0.099 0.135 0.084 0.065 0.048 0.031 47 E 0.339 0.227 0.052 0.135 0.083 0.050 0.052 0.033 0.015 0.009 0.004 48 Q 0.367 0.208 0.081 0.155 0.080 0.041 0.032 0.019 0.008 0.005 0.002 49 G 0.243 0.124 0.054 0.149 0.124 0.097 0.088 0.057 0.030 0.023 0.011 50 V 0.038 0.054 0.033 0.085 0.106 0.171 0.213 0.140 0.086 0.052 0.022 51 T 0.052 0.096 0.089 0.204 0.178 0.141 0.111 0.059 0.036 0.022 0.012 52 L 0.005 0.003 0.007 0.009 0.016 0.042 0.108 0.127 0.234 0.242 0.207 53 S 0.058 0.179 0.122 0.366 0.178 0.046 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 54 I 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.015 0.045 0.085 0.183 0.244 0.407 55 T 0.050 0.118 0.099 0.303 0.259 0.081 0.042 0.025 0.011 0.006 0.005 56 N 0.024 0.022 0.027 0.047 0.062 0.084 0.168 0.172 0.162 0.139 0.092 57 V 0.033 0.069 0.046 0.144 0.152 0.156 0.142 0.097 0.074 0.054 0.034 58 T 0.130 0.095 0.044 0.095 0.079 0.096 0.188 0.106 0.092 0.052 0.024 59 D 0.326 0.171 0.089 0.210 0.102 0.045 0.028 0.014 0.007 0.005 0.003 60 L 0.038 0.034 0.022 0.038 0.054 0.093 0.174 0.138 0.171 0.145 0.093 61 V 0.067 0.140 0.054 0.219 0.188 0.114 0.092 0.059 0.036 0.021 0.010 62 L 0.020 0.012 0.018 0.032 0.046 0.102 0.212 0.175 0.176 0.131 0.075 63 K 0.099 0.204 0.197 0.328 0.110 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 64 L 0.002 0.002 0.005 0.007 0.015 0.020 0.060 0.107 0.190 0.223 0.370 65 K 0.029 0.061 0.075 0.182 0.216 0.117 0.107 0.085 0.058 0.044 0.025 66 K 0.052 0.055 0.109 0.148 0.132 0.137 0.176 0.088 0.056 0.034 0.013 67 T 0.084 0.132 0.155 0.202 0.126 0.110 0.086 0.046 0.028 0.020 0.010 68 A 0.090 0.092 0.042 0.095 0.084 0.106 0.181 0.117 0.098 0.063 0.032 69 H 0.336 0.187 0.061 0.135 0.085 0.057 0.055 0.037 0.023 0.015 0.009 70 D 0.129 0.110 0.069 0.137 0.119 0.111 0.133 0.082 0.057 0.034 0.018 71 T 0.163 0.147 0.066 0.194 0.136 0.093 0.084 0.054 0.033 0.021 0.010 72 L 0.007 0.008 0.009 0.020 0.029 0.067 0.131 0.146 0.228 0.208 0.147 73 L 0.019 0.044 0.042 0.149 0.175 0.180 0.171 0.096 0.063 0.038 0.022 74 V 0.005 0.004 0.012 0.015 0.024 0.037 0.075 0.107 0.200 0.255 0.267 75 Y 0.009 0.014 0.017 0.056 0.091 0.148 0.202 0.135 0.151 0.117 0.060 76 F 0.013 0.024 0.019 0.049 0.060 0.080 0.158 0.137 0.188 0.170 0.101 77 R 0.076 0.124 0.075 0.211 0.167 0.119 0.113 0.059 0.031 0.017 0.009 78 D 0.318 0.169 0.073 0.152 0.094 0.068 0.060 0.032 0.017 0.011 0.006 79 M 0.113 0.057 0.029 0.080 0.083 0.124 0.177 0.130 0.100 0.068 0.039 80 T 0.127 0.185 0.056 0.217 0.147 0.092 0.080 0.044 0.027 0.016 0.009 81 L 0.004 0.004 0.005 0.006 0.010 0.026 0.064 0.076 0.201 0.276 0.327 82 K 0.064 0.231 0.149 0.294 0.176 0.048 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 83 P 0.163 0.059 0.050 0.096 0.090 0.105 0.153 0.122 0.079 0.053 0.028 84 H 0.211 0.206 0.060 0.214 0.127 0.069 0.055 0.030 0.016 0.008 0.005 85 T 0.022 0.016 0.010 0.026 0.038 0.053 0.134 0.157 0.199 0.175 0.169 86 R 0.143 0.207 0.141 0.259 0.150 0.048 0.024 0.014 0.006 0.004 0.002 87 Y 0.058 0.067 0.057 0.109 0.109 0.141 0.207 0.113 0.074 0.045 0.020 88 T 0.177 0.154 0.073 0.212 0.143 0.081 0.060 0.043 0.026 0.018 0.011 89 V 0.027 0.020 0.019 0.040 0.052 0.103 0.212 0.168 0.170 0.125 0.064 90 R 0.051 0.143 0.120 0.317 0.192 0.087 0.049 0.022 0.010 0.005 0.003 91 I 0.008 0.004 0.007 0.008 0.015 0.031 0.084 0.112 0.222 0.240 0.269 92 G 0.095 0.202 0.097 0.307 0.180 0.055 0.034 0.017 0.008 0.003 0.002 93 F 0.006 0.005 0.008 0.012 0.022 0.031 0.097 0.125 0.206 0.213 0.275 94 K 0.130 0.238 0.133 0.262 0.149 0.045 0.023 0.011 0.005 0.003 0.002 95 Q 0.303 0.190 0.083 0.163 0.088 0.057 0.057 0.031 0.016 0.008 0.004 96 G 0.373 0.093 0.040 0.132 0.101 0.060 0.072 0.057 0.034 0.022 0.015 97 I 0.060 0.075 0.038 0.082 0.078 0.111 0.180 0.120 0.113 0.097 0.046 98 K 0.039 0.183 0.131 0.252 0.169 0.106 0.059 0.031 0.016 0.009 0.004 99 G 0.371 0.184 0.061 0.106 0.075 0.055 0.059 0.041 0.023 0.016 0.009 100 G 0.241 0.093 0.034 0.106 0.089 0.091 0.139 0.091 0.062 0.037 0.017 101 D 0.234 0.273 0.070 0.199 0.101 0.050 0.034 0.019 0.011 0.007 0.003 102 V 0.015 0.012 0.011 0.026 0.044 0.100 0.168 0.157 0.195 0.164 0.108 103 N 0.145 0.284 0.095 0.232 0.125 0.055 0.035 0.016 0.008 0.004 0.002 104 F 0.007 0.004 0.008 0.014 0.025 0.041 0.105 0.148 0.213 0.210 0.225 105 E 0.080 0.199 0.103 0.322 0.177 0.056 0.033 0.016 0.008 0.004 0.002 106 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.022 0.062 0.109 0.202 0.239 0.338 107 T 0.023 0.068 0.093 0.233 0.241 0.126 0.091 0.060 0.032 0.020 0.012 108 N 0.005 0.012 0.026 0.062 0.074 0.096 0.178 0.158 0.170 0.142 0.077 109 F 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.037 0.064 0.090 0.227 0.284 0.271 110 I 0.010 0.019 0.019 0.073 0.103 0.109 0.199 0.145 0.148 0.105 0.072 111 V 0.004 0.004 0.014 0.019 0.030 0.041 0.073 0.102 0.191 0.254 0.267 112 A 0.005 0.009 0.010 0.027 0.056 0.101 0.162 0.135 0.201 0.170 0.124 113 P 0.050 0.067 0.034 0.109 0.104 0.103 0.183 0.124 0.113 0.071 0.042 114 D 0.159 0.180 0.062 0.154 0.117 0.108 0.101 0.046 0.034 0.022 0.018 115 K 0.400 0.249 0.046 0.133 0.070 0.037 0.032 0.017 0.008 0.005 0.003 116 G 0.548 0.180 0.023 0.095 0.049 0.029 0.028 0.020 0.013 0.009 0.006 117 L 0.019 0.018 0.008 0.028 0.040 0.072 0.124 0.121 0.182 0.184 0.205 118 K 0.055 0.160 0.130 0.267 0.198 0.094 0.046 0.026 0.013 0.008 0.004 119 Y 0.013 0.013 0.018 0.033 0.047 0.147 0.191 0.143 0.181 0.140 0.074 120 T 0.047 0.067 0.040 0.128 0.119 0.089 0.141 0.125 0.108 0.074 0.060 121 I 0.016 0.010 0.011 0.027 0.039 0.055 0.129 0.154 0.215 0.194 0.150 122 S 0.153 0.234 0.153 0.243 0.122 0.043 0.025 0.013 0.007 0.004 0.003 123 L 0.061 0.038 0.031 0.074 0.105 0.093 0.176 0.173 0.113 0.077 0.059