# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.255 0.170 0.240 0.169 0.054 0.056 0.024 0.006 0.020 0.005 0.001 2 S 0.090 0.125 0.467 0.034 0.059 0.109 0.016 0.001 0.091 0.008 0.001 3 L 0.969 0.001 0.020 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 Q 0.992 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 G 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.956 0.002 0.005 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.929 0.002 0.005 0.049 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 12 N 0.322 0.005 0.011 0.628 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 13 R 0.273 0.050 0.148 0.174 0.014 0.026 0.277 0.015 0.019 0.002 0.001 14 R 0.278 0.130 0.361 0.076 0.020 0.068 0.051 0.002 0.011 0.001 0.001 15 T 0.224 0.426 0.210 0.048 0.030 0.040 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 16 A 0.250 0.523 0.130 0.019 0.046 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 17 A 0.237 0.539 0.098 0.015 0.068 0.024 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 18 Y 0.348 0.415 0.099 0.036 0.051 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 19 F 0.405 0.179 0.157 0.062 0.097 0.041 0.009 0.001 0.047 0.002 0.001 20 H 0.758 0.040 0.072 0.070 0.017 0.012 0.020 0.001 0.005 0.002 0.001 21 E 0.754 0.027 0.039 0.110 0.020 0.008 0.031 0.003 0.006 0.002 0.001 22 L 0.692 0.109 0.061 0.094 0.017 0.009 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 23 L 0.529 0.195 0.125 0.060 0.030 0.024 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 24 I 0.425 0.207 0.206 0.090 0.025 0.014 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 25 G 0.095 0.018 0.228 0.042 0.123 0.053 0.035 0.066 0.017 0.322 0.001 26 R 0.771 0.010 0.174 0.016 0.007 0.010 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 27 E 0.986 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.971 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.936 0.006 0.006 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.932 0.011 0.009 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.942 0.006 0.015 0.006 0.007 0.002 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 32 P 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 F 0.873 0.001 0.002 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 F 0.923 0.009 0.025 0.032 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 35 E 0.941 0.011 0.013 0.027 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.736 0.030 0.028 0.175 0.012 0.007 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 37 C 0.433 0.177 0.079 0.194 0.048 0.013 0.015 0.001 0.039 0.001 0.001 38 V 0.177 0.525 0.199 0.028 0.023 0.026 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 39 K 0.073 0.495 0.283 0.021 0.022 0.092 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 40 I 0.125 0.476 0.260 0.032 0.032 0.040 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 41 E 0.201 0.362 0.242 0.031 0.078 0.028 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 42 E 0.255 0.209 0.320 0.056 0.055 0.063 0.017 0.001 0.020 0.001 0.003 43 V 0.229 0.410 0.175 0.080 0.047 0.025 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 44 S 0.156 0.303 0.220 0.123 0.086 0.049 0.023 0.002 0.033 0.003 0.001 45 R 0.145 0.304 0.207 0.162 0.069 0.046 0.026 0.005 0.028 0.005 0.002 46 N 0.101 0.196 0.413 0.059 0.064 0.048 0.028 0.004 0.066 0.020 0.001 47 E 0.579 0.050 0.219 0.077 0.015 0.020 0.008 0.001 0.012 0.006 0.013 48 Q 0.183 0.046 0.172 0.447 0.019 0.020 0.089 0.008 0.011 0.004 0.001 49 G 0.021 0.038 0.066 0.035 0.075 0.008 0.097 0.557 0.006 0.097 0.001 50 V 0.032 0.363 0.476 0.035 0.051 0.021 0.008 0.001 0.010 0.001 0.002 51 T 0.019 0.723 0.177 0.016 0.030 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 52 L 0.008 0.771 0.109 0.007 0.084 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 53 S 0.006 0.708 0.176 0.005 0.037 0.058 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 54 I 0.007 0.748 0.157 0.004 0.031 0.037 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 55 T 0.020 0.700 0.166 0.009 0.039 0.040 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 56 N 0.028 0.423 0.258 0.024 0.114 0.095 0.019 0.001 0.036 0.002 0.001 57 V 0.192 0.427 0.169 0.086 0.054 0.031 0.011 0.002 0.023 0.003 0.002 58 T 0.135 0.218 0.179 0.162 0.122 0.061 0.057 0.008 0.044 0.014 0.001 59 D 0.351 0.109 0.183 0.143 0.072 0.038 0.056 0.010 0.021 0.013 0.003 60 L 0.425 0.170 0.146 0.149 0.040 0.029 0.018 0.004 0.015 0.003 0.001 61 V 0.462 0.191 0.159 0.104 0.026 0.032 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 62 L 0.425 0.303 0.141 0.058 0.030 0.016 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 63 K 0.402 0.218 0.177 0.065 0.057 0.038 0.020 0.001 0.020 0.001 0.001 64 L 0.270 0.332 0.181 0.091 0.052 0.031 0.007 0.001 0.033 0.001 0.001 65 K 0.256 0.340 0.275 0.036 0.029 0.029 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 66 K 0.380 0.208 0.242 0.068 0.028 0.044 0.009 0.001 0.018 0.001 0.002 67 T 0.295 0.196 0.147 0.226 0.041 0.032 0.028 0.003 0.029 0.003 0.001 68 A 0.213 0.116 0.182 0.216 0.057 0.042 0.117 0.015 0.031 0.010 0.001 69 H 0.152 0.166 0.167 0.286 0.051 0.037 0.087 0.017 0.023 0.011 0.001 70 D 0.104 0.189 0.329 0.119 0.065 0.053 0.070 0.010 0.044 0.014 0.002 71 T 0.241 0.200 0.335 0.117 0.041 0.027 0.010 0.002 0.018 0.002 0.006 72 L 0.093 0.523 0.189 0.063 0.074 0.028 0.009 0.003 0.016 0.001 0.001 73 L 0.033 0.615 0.232 0.017 0.040 0.044 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 74 V 0.029 0.712 0.165 0.014 0.030 0.030 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 75 Y 0.029 0.580 0.193 0.017 0.081 0.056 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 76 F 0.093 0.341 0.319 0.050 0.064 0.081 0.017 0.001 0.029 0.002 0.002 77 R 0.242 0.239 0.171 0.159 0.082 0.034 0.033 0.006 0.026 0.006 0.001 78 D 0.189 0.168 0.211 0.146 0.106 0.039 0.082 0.011 0.034 0.011 0.002 79 M 0.217 0.266 0.278 0.113 0.050 0.025 0.025 0.005 0.016 0.003 0.002 80 T 0.177 0.410 0.229 0.092 0.035 0.032 0.009 0.001 0.014 0.001 0.002 81 L 0.119 0.418 0.300 0.059 0.032 0.041 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 82 K 0.011 0.364 0.355 0.003 0.026 0.013 0.003 0.001 0.224 0.001 0.001 83 P 0.129 0.004 0.778 0.008 0.002 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 84 H 0.221 0.218 0.246 0.154 0.059 0.036 0.018 0.019 0.025 0.003 0.001 85 T 0.188 0.260 0.273 0.139 0.065 0.022 0.019 0.006 0.021 0.005 0.002 86 R 0.116 0.213 0.246 0.157 0.120 0.039 0.063 0.011 0.025 0.010 0.002 87 Y 0.092 0.359 0.254 0.125 0.078 0.039 0.022 0.004 0.022 0.003 0.002 88 T 0.048 0.542 0.249 0.036 0.064 0.028 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 89 V 0.023 0.727 0.152 0.012 0.052 0.020 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 90 R 0.013 0.707 0.186 0.007 0.025 0.050 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 91 I 0.021 0.692 0.181 0.014 0.041 0.027 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 92 G 0.027 0.373 0.191 0.030 0.225 0.063 0.028 0.008 0.041 0.012 0.001 93 F 0.062 0.446 0.282 0.034 0.094 0.037 0.008 0.001 0.031 0.003 0.001 94 K 0.238 0.261 0.318 0.061 0.039 0.038 0.009 0.001 0.027 0.004 0.005 95 Q 0.194 0.146 0.295 0.170 0.069 0.024 0.066 0.005 0.021 0.008 0.003 96 G 0.055 0.040 0.095 0.042 0.159 0.020 0.083 0.281 0.013 0.213 0.001 97 I 0.163 0.308 0.412 0.052 0.023 0.020 0.003 0.001 0.015 0.002 0.002 98 K 0.161 0.210 0.427 0.087 0.029 0.033 0.018 0.001 0.028 0.003 0.002 99 G 0.065 0.053 0.136 0.093 0.121 0.015 0.110 0.204 0.009 0.193 0.001 100 G 0.083 0.068 0.182 0.069 0.186 0.023 0.080 0.161 0.013 0.134 0.001 101 D 0.095 0.233 0.378 0.135 0.068 0.042 0.018 0.005 0.020 0.005 0.002 102 V 0.065 0.581 0.225 0.039 0.044 0.016 0.008 0.002 0.019 0.002 0.001 103 N 0.084 0.375 0.336 0.041 0.080 0.058 0.010 0.001 0.013 0.001 0.003 104 F 0.041 0.722 0.081 0.019 0.110 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 105 E 0.030 0.738 0.123 0.007 0.057 0.030 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 106 V 0.066 0.448 0.332 0.009 0.018 0.114 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 107 T 0.259 0.438 0.161 0.035 0.042 0.036 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 108 N 0.149 0.352 0.113 0.075 0.201 0.031 0.038 0.004 0.035 0.002 0.001 109 F 0.090 0.577 0.149 0.057 0.073 0.019 0.014 0.002 0.019 0.001 0.001 110 I 0.072 0.580 0.212 0.021 0.065 0.031 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 111 V 0.114 0.606 0.160 0.041 0.029 0.029 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 112 A 0.028 0.352 0.296 0.005 0.106 0.013 0.003 0.001 0.193 0.002 0.001 113 P 0.191 0.013 0.711 0.022 0.006 0.025 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 114 D 0.128 0.192 0.458 0.038 0.038 0.045 0.012 0.002 0.081 0.004 0.002 115 K 0.439 0.017 0.397 0.101 0.007 0.007 0.011 0.001 0.005 0.004 0.011 116 G 0.016 0.003 0.015 0.032 0.030 0.006 0.083 0.730 0.001 0.083 0.001 117 L 0.074 0.243 0.516 0.096 0.028 0.017 0.008 0.002 0.014 0.001 0.002 118 K 0.032 0.384 0.450 0.028 0.030 0.033 0.010 0.001 0.028 0.002 0.002 119 Y 0.027 0.519 0.312 0.027 0.067 0.028 0.004 0.001 0.011 0.001 0.005 120 T 0.011 0.814 0.087 0.008 0.055 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 121 I 0.007 0.765 0.143 0.005 0.045 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 122 S 0.011 0.634 0.213 0.008 0.042 0.068 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 123 L 0.041 0.533 0.238 0.021 0.076 0.049 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001