# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.043 0.218 0.107 0.034 0.095 0.030 0.039 0.156 0.047 0.189 0.043 2 S 0.014 0.573 0.248 0.005 0.055 0.001 0.002 0.067 0.020 0.008 0.007 3 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.102 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 5 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.007 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.032 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.909 0.074 0.011 0.001 10 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.857 0.125 0.010 0.001 11 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.097 0.701 0.171 0.022 0.001 12 N 0.012 0.141 0.054 0.004 0.034 0.007 0.103 0.424 0.114 0.101 0.007 13 R 0.052 0.040 0.029 0.012 0.053 0.011 0.020 0.238 0.091 0.316 0.138 14 R 0.143 0.126 0.040 0.006 0.195 0.010 0.027 0.252 0.084 0.064 0.052 15 T 0.138 0.168 0.021 0.005 0.266 0.010 0.027 0.244 0.047 0.044 0.030 16 A 0.214 0.078 0.009 0.003 0.320 0.006 0.015 0.251 0.048 0.024 0.031 17 A 0.142 0.123 0.014 0.004 0.361 0.013 0.023 0.256 0.030 0.015 0.017 18 Y 0.206 0.107 0.011 0.003 0.290 0.005 0.016 0.250 0.021 0.045 0.045 19 F 0.195 0.058 0.010 0.007 0.167 0.013 0.034 0.318 0.083 0.046 0.069 20 H 0.024 0.041 0.024 0.048 0.042 0.089 0.100 0.434 0.146 0.031 0.021 21 E 0.048 0.035 0.020 0.010 0.054 0.012 0.050 0.383 0.237 0.122 0.029 22 L 0.048 0.137 0.027 0.003 0.106 0.006 0.050 0.361 0.154 0.087 0.021 23 L 0.112 0.080 0.027 0.011 0.147 0.020 0.072 0.254 0.085 0.119 0.072 24 I 0.058 0.179 0.073 0.061 0.101 0.067 0.081 0.166 0.048 0.113 0.054 25 G 0.031 0.215 0.310 0.099 0.068 0.028 0.023 0.067 0.017 0.104 0.037 26 R 0.042 0.211 0.147 0.010 0.094 0.005 0.015 0.258 0.159 0.042 0.018 27 E 0.003 0.012 0.004 0.002 0.006 0.004 0.019 0.540 0.392 0.016 0.003 28 D 0.003 0.013 0.005 0.002 0.005 0.003 0.023 0.720 0.194 0.029 0.003 29 L 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.798 0.133 0.037 0.003 30 L 0.009 0.015 0.003 0.001 0.011 0.002 0.011 0.752 0.116 0.073 0.007 31 R 0.007 0.025 0.008 0.002 0.012 0.002 0.005 0.808 0.116 0.012 0.004 32 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.906 0.078 0.003 0.001 33 F 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.839 0.075 0.058 0.002 34 F 0.016 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.737 0.140 0.060 0.012 35 E 0.007 0.003 0.002 0.004 0.007 0.011 0.096 0.676 0.180 0.009 0.004 36 K 0.020 0.023 0.018 0.005 0.029 0.015 0.116 0.523 0.144 0.097 0.010 37 C 0.217 0.111 0.018 0.002 0.261 0.004 0.045 0.132 0.067 0.072 0.070 38 V 0.163 0.167 0.030 0.005 0.490 0.018 0.038 0.045 0.014 0.011 0.019 39 K 0.231 0.089 0.006 0.001 0.593 0.003 0.006 0.017 0.004 0.013 0.038 40 I 0.487 0.026 0.004 0.002 0.311 0.004 0.014 0.016 0.018 0.017 0.102 41 E 0.035 0.201 0.124 0.112 0.142 0.152 0.129 0.057 0.017 0.010 0.021 42 E 0.332 0.064 0.018 0.006 0.361 0.005 0.012 0.069 0.023 0.061 0.048 43 V 0.125 0.124 0.031 0.010 0.289 0.020 0.036 0.128 0.109 0.079 0.049 44 S 0.094 0.146 0.065 0.047 0.203 0.050 0.087 0.130 0.052 0.066 0.060 45 R 0.149 0.121 0.052 0.026 0.196 0.022 0.028 0.093 0.045 0.189 0.079 46 N 0.078 0.215 0.317 0.030 0.148 0.015 0.026 0.067 0.044 0.035 0.026 47 E 0.081 0.046 0.048 0.039 0.061 0.053 0.065 0.304 0.175 0.084 0.044 48 Q 0.026 0.291 0.120 0.084 0.065 0.083 0.162 0.074 0.046 0.040 0.011 49 G 0.044 0.027 0.037 0.104 0.032 0.036 0.015 0.026 0.025 0.464 0.190 50 V 0.097 0.364 0.079 0.009 0.342 0.008 0.016 0.014 0.013 0.032 0.025 51 T 0.322 0.063 0.004 0.003 0.582 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.013 52 L 0.179 0.116 0.009 0.002 0.680 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 53 S 0.293 0.025 0.001 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 54 I 0.456 0.031 0.002 0.001 0.473 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 55 T 0.216 0.133 0.017 0.008 0.504 0.020 0.016 0.006 0.003 0.007 0.071 56 N 0.370 0.059 0.015 0.008 0.345 0.009 0.008 0.019 0.011 0.051 0.107 57 V 0.110 0.109 0.046 0.064 0.188 0.081 0.087 0.084 0.055 0.110 0.066 58 T 0.092 0.175 0.154 0.104 0.158 0.047 0.041 0.069 0.036 0.085 0.038 59 D 0.112 0.092 0.057 0.032 0.134 0.023 0.027 0.189 0.132 0.136 0.067 60 L 0.064 0.214 0.073 0.013 0.147 0.023 0.052 0.225 0.103 0.058 0.027 61 V 0.170 0.108 0.022 0.009 0.205 0.012 0.031 0.204 0.061 0.100 0.078 62 L 0.141 0.192 0.034 0.007 0.290 0.013 0.025 0.187 0.057 0.025 0.029 63 K 0.178 0.107 0.019 0.007 0.292 0.015 0.028 0.238 0.055 0.030 0.032 64 L 0.205 0.117 0.011 0.002 0.267 0.004 0.017 0.240 0.074 0.033 0.030 65 K 0.150 0.085 0.014 0.005 0.232 0.016 0.066 0.279 0.062 0.050 0.042 66 K 0.142 0.121 0.044 0.022 0.187 0.029 0.056 0.173 0.068 0.097 0.061 67 T 0.075 0.223 0.124 0.048 0.154 0.036 0.055 0.107 0.059 0.074 0.044 68 A 0.088 0.075 0.063 0.037 0.107 0.025 0.066 0.186 0.137 0.165 0.052 69 H 0.058 0.093 0.062 0.055 0.097 0.042 0.065 0.150 0.116 0.217 0.046 70 D 0.108 0.221 0.124 0.027 0.245 0.019 0.027 0.081 0.046 0.066 0.036 71 T 0.124 0.115 0.043 0.016 0.177 0.020 0.041 0.180 0.142 0.081 0.061 72 L 0.176 0.178 0.031 0.006 0.369 0.012 0.026 0.087 0.044 0.038 0.032 73 L 0.255 0.097 0.013 0.004 0.472 0.008 0.014 0.053 0.018 0.027 0.039 74 V 0.207 0.162 0.030 0.008 0.434 0.011 0.016 0.046 0.016 0.029 0.040 75 Y 0.206 0.164 0.046 0.015 0.386 0.015 0.019 0.042 0.018 0.036 0.054 76 F 0.158 0.155 0.077 0.028 0.221 0.024 0.035 0.120 0.061 0.064 0.055 77 R 0.046 0.110 0.072 0.073 0.081 0.078 0.099 0.158 0.130 0.113 0.039 78 D 0.106 0.169 0.090 0.027 0.181 0.017 0.030 0.099 0.094 0.140 0.047 79 M 0.058 0.156 0.066 0.018 0.132 0.028 0.049 0.156 0.195 0.097 0.045 80 T 0.113 0.204 0.066 0.011 0.263 0.014 0.046 0.090 0.051 0.090 0.054 81 L 0.233 0.180 0.047 0.007 0.338 0.010 0.018 0.026 0.019 0.066 0.056 82 K 0.053 0.412 0.258 0.028 0.178 0.013 0.009 0.014 0.009 0.009 0.017 83 P 0.096 0.259 0.084 0.016 0.180 0.021 0.060 0.143 0.100 0.021 0.022 84 H 0.097 0.070 0.042 0.025 0.117 0.025 0.047 0.125 0.128 0.244 0.079 85 T 0.105 0.269 0.069 0.016 0.248 0.017 0.032 0.075 0.060 0.065 0.043 86 R 0.111 0.082 0.044 0.054 0.141 0.057 0.075 0.118 0.077 0.149 0.093 87 Y 0.116 0.211 0.089 0.025 0.275 0.023 0.036 0.061 0.047 0.074 0.044 88 T 0.292 0.096 0.013 0.004 0.500 0.007 0.014 0.019 0.011 0.019 0.026 89 V 0.187 0.156 0.024 0.004 0.569 0.007 0.009 0.013 0.006 0.007 0.018 90 R 0.361 0.047 0.007 0.002 0.494 0.005 0.006 0.008 0.005 0.012 0.053 91 I 0.171 0.229 0.054 0.017 0.377 0.020 0.021 0.021 0.013 0.022 0.057 92 G 0.180 0.157 0.069 0.031 0.288 0.022 0.034 0.028 0.016 0.061 0.112 93 F 0.206 0.179 0.097 0.019 0.269 0.013 0.017 0.042 0.030 0.067 0.060 94 K 0.068 0.188 0.130 0.097 0.144 0.080 0.061 0.091 0.057 0.046 0.039 95 Q 0.052 0.264 0.122 0.063 0.105 0.044 0.080 0.104 0.078 0.062 0.028 96 G 0.064 0.064 0.066 0.051 0.080 0.027 0.039 0.088 0.131 0.265 0.126 97 I 0.134 0.181 0.083 0.018 0.202 0.021 0.045 0.111 0.067 0.087 0.051 98 K 0.074 0.150 0.098 0.120 0.106 0.087 0.107 0.068 0.050 0.085 0.054 99 G 0.086 0.094 0.122 0.176 0.092 0.078 0.044 0.052 0.049 0.146 0.061 100 G 0.030 0.140 0.167 0.110 0.070 0.066 0.058 0.113 0.097 0.121 0.029 101 D 0.197 0.102 0.061 0.022 0.232 0.014 0.025 0.040 0.038 0.178 0.092 102 V 0.067 0.424 0.124 0.011 0.263 0.010 0.015 0.027 0.024 0.017 0.019 103 N 0.299 0.072 0.015 0.011 0.401 0.014 0.020 0.055 0.024 0.027 0.061 104 F 0.111 0.348 0.083 0.007 0.359 0.009 0.012 0.033 0.020 0.007 0.012 105 E 0.293 0.086 0.003 0.001 0.514 0.002 0.006 0.044 0.005 0.020 0.026 106 V 0.483 0.041 0.003 0.002 0.301 0.003 0.010 0.030 0.027 0.010 0.090 107 T 0.096 0.082 0.019 0.032 0.200 0.174 0.173 0.123 0.044 0.013 0.043 108 N 0.328 0.068 0.014 0.006 0.324 0.009 0.022 0.072 0.025 0.072 0.058 109 F 0.181 0.156 0.022 0.003 0.423 0.008 0.028 0.061 0.041 0.030 0.048 110 I 0.248 0.084 0.020 0.009 0.402 0.018 0.031 0.045 0.019 0.039 0.086 111 V 0.177 0.153 0.052 0.025 0.278 0.026 0.024 0.046 0.022 0.097 0.099 112 A 0.072 0.291 0.241 0.040 0.223 0.016 0.026 0.026 0.011 0.029 0.024 113 P 0.111 0.152 0.219 0.036 0.143 0.019 0.049 0.097 0.082 0.057 0.035 114 D 0.062 0.125 0.153 0.087 0.090 0.064 0.039 0.160 0.112 0.075 0.032 115 K 0.012 0.240 0.088 0.090 0.030 0.107 0.242 0.087 0.072 0.024 0.007 116 G 0.025 0.010 0.018 0.050 0.017 0.013 0.007 0.013 0.024 0.639 0.185 117 L 0.125 0.298 0.069 0.008 0.359 0.008 0.016 0.018 0.027 0.035 0.038 118 K 0.191 0.207 0.055 0.027 0.364 0.033 0.033 0.018 0.010 0.022 0.039 119 Y 0.149 0.271 0.049 0.009 0.459 0.009 0.012 0.010 0.008 0.008 0.015 120 T 0.330 0.031 0.003 0.001 0.614 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.010 121 I 0.179 0.193 0.031 0.004 0.544 0.005 0.005 0.005 0.003 0.004 0.026 122 S 0.286 0.106 0.016 0.004 0.467 0.008 0.009 0.009 0.006 0.014 0.075 123 L 0.271 0.128 0.022 0.006 0.389 0.009 0.013 0.026 0.024 0.046 0.066