# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.556 0.254 0.106 0.058 0.022 0.004 0.001 2 S 0.585 0.264 0.084 0.045 0.017 0.004 0.001 3 L 0.211 0.208 0.268 0.227 0.071 0.016 0.001 4 Q 0.556 0.344 0.078 0.019 0.003 0.001 0.001 5 G 0.122 0.183 0.254 0.261 0.138 0.038 0.004 6 I 0.051 0.050 0.079 0.154 0.348 0.276 0.041 7 R 0.064 0.198 0.288 0.270 0.131 0.046 0.003 8 E 0.209 0.381 0.202 0.119 0.067 0.020 0.002 9 A 0.022 0.048 0.102 0.222 0.306 0.262 0.038 10 L 0.037 0.055 0.110 0.211 0.325 0.224 0.038 11 D 0.170 0.300 0.277 0.164 0.059 0.025 0.005 12 N 0.173 0.264 0.279 0.190 0.066 0.024 0.004 13 R 0.075 0.130 0.175 0.252 0.218 0.130 0.020 14 R 0.031 0.052 0.089 0.188 0.318 0.263 0.058 15 T 0.031 0.046 0.061 0.123 0.208 0.347 0.183 16 A 0.018 0.027 0.045 0.096 0.181 0.354 0.278 17 A 0.014 0.027 0.051 0.098 0.181 0.334 0.295 18 Y 0.013 0.028 0.060 0.113 0.211 0.303 0.272 19 F 0.011 0.022 0.037 0.077 0.138 0.377 0.338 20 H 0.043 0.126 0.234 0.280 0.178 0.106 0.033 21 E 0.133 0.258 0.214 0.195 0.119 0.069 0.012 22 L 0.023 0.063 0.112 0.236 0.308 0.230 0.028 23 L 0.029 0.044 0.074 0.170 0.279 0.344 0.059 24 I 0.043 0.091 0.180 0.296 0.225 0.142 0.024 25 G 0.133 0.198 0.201 0.194 0.185 0.078 0.011 26 R 0.074 0.161 0.213 0.249 0.186 0.104 0.013 27 E 0.179 0.275 0.209 0.177 0.116 0.041 0.003 28 D 0.277 0.378 0.190 0.105 0.038 0.010 0.001 29 L 0.041 0.099 0.221 0.305 0.242 0.082 0.010 30 L 0.023 0.040 0.072 0.149 0.333 0.339 0.044 31 R 0.060 0.232 0.324 0.235 0.112 0.036 0.002 32 P 0.119 0.305 0.259 0.212 0.082 0.021 0.002 33 F 0.007 0.025 0.081 0.171 0.368 0.310 0.038 34 F 0.009 0.024 0.054 0.152 0.324 0.372 0.065 35 E 0.085 0.348 0.326 0.160 0.063 0.017 0.001 36 K 0.026 0.175 0.302 0.367 0.101 0.027 0.002 37 C 0.004 0.023 0.082 0.207 0.370 0.302 0.013 38 V 0.007 0.022 0.067 0.203 0.404 0.277 0.020 39 K 0.046 0.332 0.351 0.186 0.069 0.015 0.001 40 I 0.009 0.034 0.073 0.231 0.388 0.252 0.012 41 E 0.086 0.336 0.298 0.180 0.089 0.011 0.001 42 E 0.137 0.392 0.247 0.167 0.048 0.010 0.001 43 V 0.034 0.064 0.218 0.330 0.307 0.047 0.001 44 S 0.257 0.393 0.242 0.089 0.016 0.002 0.001 45 R 0.295 0.312 0.248 0.111 0.029 0.004 0.001 46 N 0.469 0.279 0.149 0.081 0.019 0.002 0.001 47 E 0.574 0.268 0.103 0.040 0.013 0.002 0.001 48 Q 0.651 0.269 0.059 0.018 0.004 0.001 0.001 49 G 0.359 0.408 0.165 0.052 0.014 0.002 0.001 50 V 0.089 0.220 0.256 0.284 0.125 0.024 0.001 51 T 0.018 0.123 0.294 0.348 0.161 0.054 0.003 52 L 0.009 0.024 0.042 0.110 0.322 0.438 0.054 53 S 0.011 0.087 0.232 0.416 0.176 0.072 0.006 54 I 0.006 0.017 0.026 0.079 0.254 0.519 0.100 55 T 0.019 0.099 0.246 0.298 0.208 0.116 0.014 56 N 0.019 0.056 0.105 0.224 0.330 0.232 0.035 57 V 0.066 0.178 0.267 0.220 0.169 0.088 0.014 58 T 0.084 0.146 0.191 0.241 0.223 0.103 0.011 59 D 0.272 0.337 0.200 0.106 0.058 0.022 0.003 60 L 0.117 0.160 0.172 0.230 0.199 0.106 0.015 61 V 0.122 0.212 0.216 0.215 0.151 0.075 0.010 62 L 0.061 0.108 0.193 0.268 0.244 0.115 0.011 63 K 0.143 0.347 0.275 0.154 0.064 0.016 0.001 64 L 0.029 0.046 0.081 0.208 0.372 0.242 0.022 65 K 0.059 0.185 0.262 0.273 0.163 0.055 0.003 66 K 0.110 0.205 0.282 0.251 0.111 0.039 0.002 67 T 0.174 0.233 0.281 0.208 0.080 0.024 0.002 68 A 0.185 0.184 0.207 0.219 0.145 0.055 0.004 69 H 0.252 0.235 0.221 0.160 0.089 0.038 0.005 70 D 0.234 0.257 0.228 0.170 0.073 0.033 0.005 71 T 0.172 0.229 0.200 0.187 0.131 0.067 0.014 72 L 0.060 0.077 0.084 0.150 0.282 0.279 0.069 73 L 0.054 0.121 0.159 0.218 0.212 0.190 0.047 74 V 0.030 0.040 0.058 0.107 0.179 0.385 0.201 75 Y 0.034 0.068 0.132 0.242 0.241 0.206 0.076 76 F 0.047 0.083 0.140 0.212 0.275 0.196 0.047 77 R 0.130 0.267 0.230 0.184 0.119 0.060 0.010 78 D 0.212 0.319 0.211 0.144 0.075 0.034 0.005 79 M 0.099 0.165 0.200 0.252 0.192 0.082 0.009 80 T 0.077 0.182 0.234 0.247 0.166 0.084 0.010 81 L 0.045 0.058 0.091 0.204 0.311 0.255 0.037 82 K 0.099 0.242 0.276 0.230 0.109 0.041 0.003 83 P 0.122 0.179 0.197 0.236 0.183 0.077 0.006 84 H 0.182 0.294 0.256 0.163 0.076 0.027 0.002 85 T 0.083 0.102 0.175 0.288 0.241 0.102 0.009 86 R 0.282 0.324 0.229 0.103 0.045 0.015 0.002 87 Y 0.191 0.259 0.221 0.200 0.091 0.035 0.003 88 T 0.145 0.257 0.239 0.192 0.116 0.046 0.005 89 V 0.048 0.095 0.142 0.265 0.298 0.141 0.012 90 R 0.070 0.234 0.277 0.244 0.123 0.049 0.004 91 I 0.034 0.052 0.096 0.213 0.304 0.270 0.031 92 G 0.077 0.229 0.285 0.244 0.119 0.041 0.003 93 F 0.044 0.075 0.130 0.266 0.304 0.167 0.013 94 K 0.245 0.343 0.219 0.122 0.056 0.015 0.001 95 Q 0.306 0.336 0.175 0.118 0.049 0.015 0.001 96 G 0.193 0.232 0.233 0.194 0.112 0.033 0.002 97 I 0.171 0.186 0.243 0.225 0.136 0.037 0.002 98 K 0.380 0.333 0.169 0.078 0.031 0.009 0.001 99 G 0.346 0.260 0.193 0.125 0.056 0.018 0.002 100 G 0.257 0.254 0.222 0.171 0.073 0.022 0.002 101 D 0.244 0.379 0.218 0.100 0.043 0.014 0.002 102 V 0.022 0.054 0.112 0.246 0.349 0.193 0.024 103 N 0.026 0.160 0.258 0.303 0.174 0.073 0.006 104 F 0.007 0.023 0.050 0.139 0.325 0.393 0.064 105 E 0.011 0.083 0.218 0.353 0.221 0.101 0.013 106 V 0.002 0.009 0.021 0.066 0.216 0.545 0.140 107 T 0.008 0.066 0.229 0.336 0.220 0.120 0.021 108 N 0.007 0.041 0.114 0.278 0.286 0.222 0.052 109 F 0.001 0.003 0.006 0.020 0.140 0.554 0.275 110 I 0.007 0.030 0.063 0.161 0.241 0.370 0.128 111 V 0.011 0.029 0.057 0.125 0.219 0.375 0.185 112 A 0.022 0.059 0.126 0.188 0.243 0.281 0.081 113 P 0.056 0.103 0.164 0.255 0.251 0.149 0.022 114 D 0.288 0.316 0.205 0.113 0.056 0.020 0.002 115 K 0.478 0.311 0.117 0.064 0.021 0.007 0.001 116 G 0.475 0.309 0.123 0.057 0.025 0.010 0.001 117 L 0.103 0.112 0.183 0.299 0.221 0.075 0.007 118 K 0.297 0.418 0.176 0.069 0.029 0.010 0.001 119 Y 0.089 0.127 0.181 0.287 0.206 0.101 0.009 120 T 0.113 0.172 0.221 0.226 0.172 0.088 0.008 121 I 0.114 0.115 0.189 0.287 0.187 0.097 0.010 122 S 0.494 0.294 0.124 0.053 0.024 0.009 0.001 123 L 0.338 0.197 0.160 0.174 0.086 0.039 0.005