# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.101 0.076 0.232 0.291 0.011 0.057 0.016 0.011 0.005 0.009 0.034 0.036 0.085 0.004 0.006 0.024 2 S 0.008 0.019 0.029 0.033 0.006 0.687 0.002 0.008 0.002 0.005 0.045 0.050 0.098 0.001 0.003 0.003 3 L 0.003 0.012 0.007 0.007 0.017 0.048 0.011 0.003 0.002 0.002 0.722 0.050 0.096 0.016 0.001 0.002 4 Q 0.003 0.054 0.007 0.018 0.001 0.006 0.001 0.023 0.002 0.001 0.027 0.718 0.090 0.001 0.049 0.001 5 G 0.003 0.002 0.015 0.012 0.001 0.018 0.002 0.001 0.018 0.011 0.023 0.033 0.738 0.002 0.001 0.122 6 I 0.009 0.004 0.011 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.048 0.866 0.001 0.001 0.001 7 R 0.001 0.010 0.012 0.016 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.067 0.858 0.004 0.001 0.002 8 E 0.001 0.002 0.003 0.023 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.938 0.001 0.004 0.002 9 A 0.001 0.004 0.017 0.012 0.006 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.729 0.097 0.004 0.076 10 L 0.005 0.008 0.030 0.012 0.017 0.006 0.150 0.011 0.001 0.001 0.009 0.010 0.464 0.176 0.085 0.017 11 D 0.004 0.011 0.038 0.005 0.004 0.021 0.036 0.058 0.006 0.009 0.012 0.008 0.367 0.063 0.242 0.116 12 N 0.045 0.026 0.020 0.007 0.001 0.017 0.016 0.011 0.022 0.022 0.116 0.023 0.334 0.011 0.066 0.263 13 R 0.246 0.043 0.086 0.009 0.001 0.021 0.009 0.003 0.011 0.004 0.081 0.149 0.221 0.006 0.018 0.094 14 R 0.088 0.052 0.286 0.027 0.001 0.039 0.007 0.002 0.003 0.001 0.043 0.146 0.276 0.002 0.006 0.021 15 T 0.013 0.089 0.090 0.035 0.001 0.116 0.004 0.001 0.002 0.001 0.037 0.131 0.470 0.001 0.001 0.009 16 A 0.003 0.018 0.047 0.065 0.001 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.175 0.052 0.563 0.001 0.001 0.003 17 A 0.001 0.040 0.041 0.100 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.153 0.628 0.001 0.001 0.002 18 Y 0.001 0.007 0.012 0.122 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.781 0.001 0.001 0.006 19 F 0.001 0.007 0.015 0.042 0.001 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.824 0.001 0.001 0.001 20 H 0.001 0.060 0.010 0.060 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.050 0.761 0.001 0.002 0.005 21 E 0.002 0.006 0.006 0.119 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.017 0.813 0.001 0.003 0.005 22 L 0.002 0.007 0.048 0.035 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.850 0.002 0.002 0.020 23 L 0.005 0.022 0.027 0.075 0.073 0.026 0.139 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.316 0.274 0.004 0.028 24 I 0.006 0.074 0.078 0.164 0.003 0.019 0.007 0.103 0.001 0.001 0.005 0.005 0.167 0.003 0.345 0.020 25 G 0.005 0.012 0.019 0.032 0.002 0.221 0.003 0.007 0.029 0.271 0.025 0.014 0.234 0.001 0.002 0.124 26 R 0.055 0.004 0.002 0.002 0.001 0.112 0.001 0.002 0.001 0.001 0.564 0.049 0.202 0.002 0.001 0.001 27 E 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.671 0.204 0.001 0.002 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.166 0.817 0.001 0.001 0.003 29 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.970 0.001 0.001 0.005 30 L 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.956 0.001 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.982 0.001 0.001 0.002 32 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 33 F 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.923 0.001 0.001 0.010 34 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.970 0.003 0.002 0.002 35 E 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.921 0.016 0.010 0.008 36 K 0.002 0.016 0.008 0.013 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.810 0.008 0.045 0.056 37 C 0.024 0.012 0.139 0.019 0.001 0.007 0.060 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 0.455 0.020 0.014 0.234 38 V 0.035 0.098 0.545 0.107 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.142 0.001 0.015 0.034 39 K 0.015 0.027 0.231 0.341 0.002 0.220 0.003 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.102 0.003 0.002 0.036 40 I 0.015 0.013 0.054 0.098 0.005 0.421 0.004 0.002 0.001 0.001 0.261 0.006 0.116 0.002 0.001 0.002 41 E 0.001 0.547 0.031 0.137 0.001 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.044 0.181 0.037 0.001 0.002 0.002 42 E 0.009 0.021 0.059 0.541 0.008 0.061 0.008 0.003 0.006 0.001 0.016 0.036 0.196 0.006 0.004 0.026 43 V 0.006 0.039 0.648 0.147 0.006 0.015 0.020 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.085 0.002 0.003 0.011 44 S 0.010 0.052 0.072 0.348 0.030 0.294 0.022 0.018 0.006 0.008 0.016 0.017 0.080 0.007 0.005 0.015 45 R 0.018 0.087 0.062 0.319 0.023 0.109 0.012 0.040 0.009 0.006 0.195 0.015 0.074 0.006 0.008 0.017 46 N 0.021 0.161 0.047 0.125 0.022 0.186 0.006 0.026 0.025 0.016 0.063 0.171 0.098 0.003 0.010 0.021 47 E 0.022 0.019 0.038 0.020 0.158 0.058 0.207 0.006 0.006 0.004 0.126 0.022 0.051 0.246 0.003 0.015 48 Q 0.007 0.146 0.055 0.040 0.001 0.007 0.005 0.222 0.003 0.001 0.010 0.035 0.018 0.001 0.447 0.003 49 G 0.007 0.013 0.054 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.265 0.017 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.557 50 V 0.748 0.003 0.130 0.109 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 51 T 0.004 0.020 0.528 0.422 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 52 L 0.001 0.005 0.011 0.976 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 S 0.001 0.009 0.022 0.894 0.015 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 54 I 0.003 0.014 0.009 0.315 0.403 0.194 0.008 0.004 0.001 0.001 0.038 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 55 T 0.001 0.281 0.015 0.377 0.011 0.038 0.001 0.211 0.003 0.002 0.020 0.026 0.005 0.001 0.009 0.001 56 N 0.005 0.038 0.012 0.160 0.020 0.368 0.004 0.017 0.088 0.137 0.042 0.039 0.039 0.001 0.002 0.027 57 V 0.077 0.058 0.058 0.044 0.024 0.082 0.013 0.017 0.005 0.005 0.485 0.049 0.072 0.004 0.002 0.005 58 T 0.007 0.086 0.047 0.053 0.001 0.139 0.003 0.024 0.005 0.003 0.074 0.440 0.098 0.001 0.015 0.002 59 D 0.013 0.121 0.062 0.145 0.001 0.027 0.003 0.003 0.020 0.004 0.060 0.118 0.356 0.001 0.008 0.057 60 L 0.049 0.016 0.095 0.187 0.001 0.040 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 0.070 0.435 0.001 0.001 0.017 61 V 0.008 0.021 0.243 0.126 0.002 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.507 0.002 0.001 0.003 62 L 0.001 0.046 0.028 0.402 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.472 0.001 0.001 0.002 63 K 0.002 0.019 0.032 0.652 0.005 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.209 0.004 0.001 0.019 64 L 0.008 0.030 0.092 0.405 0.013 0.141 0.012 0.005 0.001 0.001 0.016 0.007 0.253 0.004 0.007 0.006 65 K 0.003 0.207 0.066 0.345 0.014 0.083 0.011 0.008 0.003 0.002 0.041 0.019 0.162 0.009 0.005 0.020 66 K 0.027 0.063 0.049 0.369 0.012 0.094 0.014 0.017 0.007 0.004 0.044 0.033 0.214 0.010 0.018 0.024 67 T 0.020 0.099 0.137 0.104 0.019 0.147 0.035 0.008 0.008 0.008 0.069 0.057 0.228 0.011 0.012 0.039 68 A 0.028 0.094 0.073 0.101 0.031 0.102 0.040 0.021 0.006 0.004 0.149 0.081 0.209 0.016 0.013 0.034 69 H 0.018 0.156 0.110 0.128 0.005 0.046 0.010 0.040 0.011 0.008 0.055 0.154 0.199 0.005 0.025 0.030 70 D 0.017 0.019 0.041 0.032 0.003 0.311 0.009 0.004 0.011 0.019 0.051 0.083 0.371 0.002 0.006 0.020 71 T 0.020 0.031 0.033 0.024 0.001 0.032 0.002 0.004 0.002 0.001 0.540 0.063 0.241 0.001 0.002 0.005 72 L 0.005 0.049 0.025 0.043 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.619 0.209 0.001 0.001 0.005 73 L 0.006 0.004 0.074 0.064 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.018 0.778 0.001 0.001 0.008 74 V 0.001 0.036 0.036 0.079 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.800 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.001 0.028 0.008 0.276 0.002 0.089 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.557 0.001 0.001 0.006 76 F 0.003 0.012 0.037 0.161 0.023 0.098 0.012 0.005 0.001 0.001 0.051 0.008 0.561 0.014 0.006 0.007 77 R 0.002 0.099 0.033 0.104 0.004 0.034 0.007 0.018 0.002 0.001 0.046 0.052 0.552 0.012 0.023 0.011 78 D 0.009 0.043 0.029 0.236 0.002 0.021 0.010 0.004 0.009 0.002 0.017 0.021 0.469 0.015 0.031 0.080 79 M 0.060 0.020 0.225 0.126 0.003 0.016 0.030 0.003 0.003 0.002 0.017 0.014 0.367 0.010 0.021 0.083 80 T 0.039 0.059 0.277 0.211 0.011 0.068 0.036 0.004 0.004 0.002 0.010 0.020 0.179 0.010 0.006 0.063 81 L 0.022 0.103 0.155 0.588 0.004 0.019 0.004 0.005 0.003 0.001 0.010 0.007 0.050 0.001 0.005 0.022 82 K 0.016 0.018 0.080 0.195 0.242 0.269 0.087 0.002 0.003 0.007 0.007 0.011 0.032 0.020 0.001 0.010 83 P 0.013 0.068 0.047 0.136 0.012 0.081 0.004 0.323 0.002 0.002 0.240 0.007 0.034 0.002 0.027 0.003 84 H 0.004 0.250 0.019 0.147 0.006 0.056 0.006 0.008 0.214 0.053 0.033 0.138 0.022 0.002 0.002 0.040 85 T 0.302 0.046 0.093 0.164 0.005 0.098 0.016 0.010 0.008 0.003 0.060 0.066 0.111 0.001 0.010 0.009 86 R 0.014 0.211 0.480 0.150 0.002 0.028 0.006 0.004 0.007 0.002 0.014 0.027 0.028 0.001 0.003 0.024 87 Y 0.029 0.032 0.123 0.743 0.001 0.019 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.009 0.018 0.001 0.002 0.006 88 T 0.011 0.021 0.333 0.586 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 0.004 89 V 0.006 0.010 0.063 0.891 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 90 R 0.002 0.009 0.037 0.775 0.115 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 91 I 0.001 0.019 0.013 0.827 0.009 0.050 0.001 0.045 0.001 0.001 0.013 0.002 0.016 0.001 0.003 0.001 92 G 0.001 0.065 0.008 0.572 0.041 0.168 0.003 0.004 0.029 0.029 0.018 0.019 0.023 0.001 0.001 0.016 93 F 0.050 0.028 0.013 0.180 0.078 0.347 0.006 0.034 0.002 0.003 0.103 0.036 0.114 0.002 0.003 0.002 94 K 0.002 0.152 0.051 0.056 0.174 0.037 0.080 0.029 0.009 0.006 0.076 0.053 0.038 0.228 0.004 0.006 95 Q 0.006 0.018 0.012 0.076 0.003 0.013 0.005 0.238 0.013 0.003 0.013 0.019 0.055 0.002 0.517 0.007 96 G 0.008 0.014 0.080 0.023 0.004 0.005 0.009 0.001 0.148 0.038 0.009 0.006 0.051 0.004 0.002 0.597 97 I 0.594 0.006 0.040 0.029 0.113 0.027 0.086 0.003 0.001 0.002 0.008 0.025 0.044 0.018 0.002 0.004 98 K 0.004 0.052 0.101 0.025 0.241 0.045 0.095 0.217 0.002 0.003 0.024 0.009 0.025 0.120 0.032 0.006 99 G 0.005 0.043 0.013 0.111 0.006 0.011 0.004 0.359 0.173 0.038 0.021 0.011 0.019 0.003 0.140 0.043 100 G 0.165 0.014 0.055 0.069 0.003 0.026 0.009 0.007 0.233 0.232 0.027 0.033 0.036 0.001 0.004 0.086 101 D 0.468 0.125 0.164 0.123 0.003 0.022 0.006 0.002 0.005 0.002 0.011 0.037 0.020 0.001 0.002 0.011 102 V 0.035 0.037 0.317 0.425 0.007 0.093 0.008 0.006 0.003 0.002 0.018 0.021 0.019 0.003 0.003 0.005 103 N 0.008 0.128 0.262 0.537 0.003 0.020 0.002 0.005 0.005 0.001 0.004 0.008 0.011 0.001 0.002 0.004 104 F 0.009 0.006 0.036 0.903 0.002 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 105 E 0.010 0.029 0.150 0.757 0.020 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 106 V 0.003 0.008 0.019 0.386 0.307 0.240 0.012 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 107 T 0.001 0.305 0.017 0.253 0.012 0.139 0.002 0.215 0.004 0.002 0.028 0.009 0.006 0.001 0.007 0.001 108 N 0.006 0.094 0.013 0.593 0.001 0.025 0.001 0.027 0.114 0.021 0.061 0.015 0.010 0.001 0.003 0.016 109 F 0.196 0.012 0.257 0.432 0.002 0.009 0.001 0.002 0.007 0.003 0.027 0.022 0.018 0.001 0.001 0.009 110 I 0.024 0.013 0.366 0.497 0.012 0.035 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.028 0.002 0.001 0.004 111 V 0.001 0.051 0.027 0.866 0.007 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 112 A 0.002 0.021 0.013 0.585 0.075 0.261 0.005 0.005 0.002 0.003 0.007 0.003 0.012 0.001 0.001 0.003 113 P 0.010 0.088 0.034 0.154 0.059 0.204 0.003 0.108 0.005 0.010 0.260 0.016 0.040 0.001 0.004 0.003 114 D 0.008 0.062 0.011 0.031 0.225 0.137 0.071 0.016 0.025 0.019 0.103 0.094 0.019 0.171 0.003 0.005 115 K 0.010 0.051 0.017 0.021 0.001 0.007 0.002 0.237 0.003 0.001 0.050 0.022 0.021 0.001 0.552 0.004 116 G 0.006 0.019 0.041 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.241 0.017 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.637 117 L 0.843 0.003 0.064 0.037 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.019 0.001 0.001 0.002 118 K 0.003 0.280 0.523 0.165 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.004 119 Y 0.002 0.002 0.017 0.970 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 120 T 0.002 0.007 0.353 0.613 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 121 I 0.001 0.007 0.009 0.967 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 S 0.001 0.011 0.007 0.331 0.261 0.367 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 123 L 0.003 0.114 0.008 0.192 0.163 0.140 0.008 0.150 0.002 0.002 0.195 0.006 0.008 0.004 0.004 0.001