# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.044 0.014 0.037 0.017 0.028 0.113 0.006 0.743 2 S 0.024 0.021 0.016 0.010 0.019 0.119 0.004 0.787 3 L 0.056 0.042 0.022 0.010 0.026 0.066 0.006 0.772 4 Q 0.040 0.044 0.012 0.006 0.012 0.374 0.005 0.507 5 G 0.107 0.083 0.005 0.004 0.008 0.363 0.008 0.422 6 I 0.077 0.690 0.012 0.007 0.014 0.033 0.004 0.163 7 R 0.009 0.793 0.010 0.008 0.018 0.027 0.003 0.132 8 E 0.018 0.839 0.005 0.005 0.011 0.018 0.005 0.099 9 A 0.041 0.902 0.004 0.004 0.007 0.005 0.007 0.029 10 L 0.080 0.824 0.008 0.007 0.007 0.009 0.020 0.046 11 D 0.101 0.690 0.030 0.010 0.009 0.019 0.038 0.103 12 N 0.175 0.414 0.031 0.008 0.010 0.039 0.056 0.268 13 R 0.195 0.238 0.036 0.008 0.011 0.195 0.044 0.274 14 R 0.070 0.255 0.041 0.013 0.013 0.231 0.024 0.354 15 T 0.046 0.432 0.041 0.023 0.023 0.153 0.014 0.269 16 A 0.038 0.596 0.057 0.038 0.050 0.052 0.007 0.162 17 A 0.038 0.527 0.030 0.054 0.083 0.077 0.007 0.186 18 Y 0.041 0.638 0.020 0.081 0.089 0.040 0.009 0.083 19 F 0.053 0.646 0.020 0.065 0.109 0.016 0.009 0.081 20 H 0.026 0.591 0.020 0.079 0.119 0.027 0.012 0.127 21 E 0.040 0.592 0.017 0.049 0.076 0.034 0.014 0.177 22 L 0.091 0.600 0.023 0.072 0.095 0.025 0.025 0.070 23 L 0.108 0.529 0.034 0.088 0.083 0.019 0.031 0.107 24 I 0.055 0.350 0.128 0.125 0.116 0.023 0.023 0.180 25 G 0.069 0.255 0.053 0.091 0.111 0.044 0.026 0.351 26 R 0.078 0.196 0.098 0.056 0.134 0.059 0.020 0.358 27 E 0.014 0.097 0.025 0.020 0.034 0.083 0.008 0.719 28 D 0.073 0.128 0.016 0.015 0.017 0.093 0.021 0.637 29 L 0.375 0.166 0.026 0.016 0.017 0.069 0.033 0.298 30 L 0.081 0.463 0.078 0.031 0.037 0.064 0.026 0.220 31 R 0.065 0.325 0.056 0.051 0.078 0.057 0.011 0.358 32 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 33 F 0.022 0.301 0.013 0.027 0.054 0.133 0.007 0.443 34 F 0.069 0.656 0.016 0.009 0.014 0.024 0.012 0.200 35 E 0.026 0.835 0.007 0.009 0.013 0.017 0.006 0.088 36 K 0.095 0.710 0.008 0.009 0.009 0.018 0.018 0.133 37 C 0.199 0.582 0.021 0.011 0.014 0.019 0.034 0.119 38 V 0.077 0.642 0.043 0.067 0.034 0.015 0.022 0.100 39 K 0.015 0.144 0.036 0.029 0.040 0.030 0.014 0.692 40 I 0.038 0.115 0.063 0.071 0.140 0.046 0.009 0.517 41 E 0.029 0.121 0.059 0.142 0.127 0.098 0.010 0.413 42 E 0.038 0.062 0.021 0.040 0.064 0.081 0.010 0.686 43 V 0.098 0.187 0.147 0.103 0.136 0.063 0.011 0.256 44 S 0.029 0.220 0.031 0.127 0.114 0.073 0.008 0.398 45 R 0.058 0.110 0.037 0.068 0.150 0.049 0.020 0.507 46 N 0.095 0.094 0.028 0.047 0.081 0.146 0.034 0.475 47 E 0.152 0.056 0.031 0.038 0.045 0.121 0.046 0.513 48 Q 0.072 0.060 0.047 0.061 0.057 0.233 0.032 0.439 49 G 0.150 0.024 0.058 0.072 0.080 0.129 0.041 0.446 50 V 0.144 0.017 0.237 0.152 0.161 0.088 0.009 0.191 51 T 0.008 0.005 0.201 0.210 0.231 0.037 0.003 0.307 52 L 0.004 0.003 0.208 0.235 0.363 0.019 0.002 0.166 53 S 0.004 0.003 0.238 0.214 0.342 0.038 0.003 0.158 54 I 0.009 0.005 0.242 0.167 0.271 0.050 0.004 0.252 55 T 0.016 0.010 0.229 0.160 0.232 0.107 0.005 0.241 56 N 0.029 0.005 0.072 0.075 0.132 0.237 0.012 0.438 57 V 0.056 0.013 0.095 0.062 0.120 0.133 0.007 0.513 58 T 0.017 0.022 0.059 0.080 0.101 0.240 0.010 0.472 59 D 0.056 0.019 0.026 0.040 0.067 0.269 0.014 0.507 60 L 0.105 0.175 0.073 0.122 0.180 0.160 0.008 0.177 61 V 0.039 0.263 0.065 0.149 0.259 0.110 0.008 0.108 62 L 0.045 0.319 0.076 0.204 0.236 0.042 0.009 0.069 63 K 0.034 0.425 0.037 0.179 0.172 0.023 0.009 0.120 64 L 0.063 0.259 0.092 0.119 0.281 0.042 0.019 0.126 65 K 0.042 0.394 0.058 0.148 0.186 0.037 0.015 0.120 66 K 0.050 0.267 0.063 0.079 0.130 0.052 0.032 0.328 67 T 0.110 0.265 0.044 0.052 0.076 0.077 0.035 0.341 68 A 0.150 0.259 0.084 0.051 0.058 0.066 0.040 0.294 69 H 0.078 0.117 0.044 0.034 0.043 0.317 0.038 0.330 70 D 0.168 0.105 0.042 0.025 0.040 0.157 0.036 0.427 71 T 0.082 0.097 0.030 0.022 0.030 0.162 0.017 0.560 72 L 0.090 0.089 0.050 0.053 0.061 0.325 0.027 0.305 73 L 0.120 0.125 0.088 0.139 0.195 0.149 0.018 0.166 74 V 0.044 0.123 0.078 0.276 0.318 0.039 0.007 0.117 75 Y 0.019 0.088 0.092 0.244 0.376 0.028 0.005 0.148 76 F 0.019 0.075 0.065 0.256 0.436 0.025 0.009 0.116 77 R 0.024 0.086 0.063 0.215 0.340 0.046 0.011 0.215 78 D 0.029 0.100 0.044 0.133 0.213 0.061 0.020 0.400 79 M 0.279 0.065 0.042 0.093 0.147 0.085 0.037 0.251 80 T 0.244 0.036 0.036 0.119 0.118 0.103 0.048 0.297 81 L 0.050 0.026 0.076 0.089 0.115 0.035 0.031 0.578 82 K 0.056 0.013 0.060 0.188 0.225 0.190 0.007 0.261 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 84 H 0.008 0.009 0.046 0.114 0.308 0.172 0.006 0.338 85 T 0.311 0.009 0.041 0.046 0.040 0.088 0.021 0.444 86 R 0.101 0.016 0.069 0.117 0.126 0.086 0.010 0.477 87 Y 0.091 0.012 0.122 0.191 0.254 0.094 0.006 0.231 88 T 0.044 0.008 0.124 0.154 0.236 0.088 0.007 0.339 89 V 0.011 0.008 0.161 0.338 0.314 0.029 0.003 0.134 90 R 0.008 0.008 0.120 0.225 0.334 0.041 0.003 0.262 91 I 0.009 0.006 0.137 0.286 0.428 0.024 0.003 0.107 92 G 0.012 0.010 0.092 0.221 0.340 0.044 0.005 0.276 93 F 0.020 0.009 0.111 0.129 0.341 0.068 0.007 0.314 94 K 0.025 0.023 0.078 0.140 0.234 0.152 0.007 0.341 95 Q 0.061 0.027 0.047 0.104 0.145 0.102 0.019 0.497 96 G 0.270 0.017 0.044 0.053 0.067 0.058 0.043 0.449 97 I 0.111 0.022 0.333 0.115 0.086 0.056 0.022 0.255 98 K 0.013 0.015 0.106 0.084 0.122 0.107 0.009 0.542 99 G 0.022 0.012 0.060 0.044 0.109 0.057 0.009 0.686 100 G 0.072 0.014 0.135 0.069 0.071 0.111 0.021 0.507 101 D 0.063 0.004 0.089 0.038 0.045 0.173 0.014 0.575 102 V 0.041 0.008 0.132 0.105 0.124 0.099 0.007 0.484 103 N 0.037 0.006 0.080 0.142 0.256 0.223 0.007 0.250 104 F 0.055 0.006 0.104 0.176 0.198 0.080 0.009 0.371 105 E 0.023 0.007 0.162 0.204 0.246 0.113 0.005 0.240 106 V 0.011 0.005 0.090 0.157 0.273 0.082 0.003 0.378 107 T 0.007 0.008 0.135 0.316 0.405 0.035 0.003 0.092 108 N 0.017 0.006 0.131 0.208 0.348 0.071 0.009 0.210 109 F 0.035 0.008 0.251 0.194 0.273 0.056 0.007 0.176 110 I 0.017 0.005 0.222 0.275 0.316 0.048 0.006 0.111 111 V 0.014 0.008 0.131 0.144 0.336 0.039 0.007 0.321 112 A 0.011 0.005 0.216 0.250 0.311 0.038 0.004 0.166 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 114 D 0.010 0.004 0.036 0.063 0.234 0.199 0.006 0.448 115 K 0.343 0.010 0.028 0.033 0.036 0.121 0.020 0.408 116 G 0.220 0.014 0.024 0.032 0.036 0.139 0.027 0.508 117 L 0.289 0.016 0.133 0.076 0.096 0.134 0.014 0.243 118 K 0.033 0.023 0.092 0.101 0.108 0.115 0.006 0.521 119 Y 0.044 0.021 0.093 0.104 0.247 0.094 0.008 0.389 120 T 0.050 0.037 0.163 0.186 0.287 0.080 0.008 0.188 121 I 0.017 0.044 0.168 0.224 0.234 0.036 0.006 0.270 122 S 0.013 0.047 0.112 0.166 0.290 0.071 0.007 0.294 123 L 0.049 0.037 0.091 0.111 0.254 0.081 0.013 0.365