# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.075 0.148 0.091 0.030 0.142 0.035 0.059 0.147 0.068 0.155 0.051 2 S 0.082 0.351 0.209 0.010 0.177 0.005 0.008 0.091 0.021 0.024 0.021 3 L 0.011 0.020 0.008 0.005 0.018 0.009 0.020 0.684 0.192 0.021 0.011 4 Q 0.005 0.036 0.028 0.018 0.010 0.023 0.054 0.677 0.109 0.035 0.005 5 G 0.012 0.025 0.016 0.008 0.013 0.004 0.007 0.730 0.060 0.103 0.023 6 I 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.880 0.083 0.011 0.003 7 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.880 0.109 0.002 0.001 8 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.919 0.056 0.004 0.001 9 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.882 0.068 0.016 0.002 10 L 0.010 0.011 0.004 0.005 0.015 0.006 0.021 0.734 0.149 0.037 0.007 11 D 0.007 0.019 0.008 0.017 0.008 0.022 0.073 0.702 0.109 0.028 0.007 12 N 0.018 0.029 0.026 0.013 0.033 0.010 0.046 0.398 0.108 0.288 0.032 13 R 0.047 0.096 0.034 0.004 0.092 0.008 0.027 0.473 0.131 0.067 0.022 14 R 0.043 0.061 0.019 0.005 0.057 0.016 0.042 0.536 0.114 0.072 0.035 15 T 0.054 0.111 0.032 0.008 0.079 0.011 0.035 0.491 0.092 0.060 0.027 16 A 0.074 0.038 0.006 0.003 0.097 0.007 0.017 0.613 0.095 0.028 0.021 17 A 0.053 0.042 0.008 0.003 0.129 0.011 0.021 0.615 0.089 0.018 0.010 18 Y 0.073 0.053 0.015 0.005 0.107 0.011 0.032 0.578 0.065 0.039 0.022 19 F 0.071 0.030 0.011 0.007 0.073 0.007 0.021 0.606 0.117 0.038 0.020 20 H 0.021 0.030 0.009 0.004 0.037 0.014 0.025 0.652 0.174 0.022 0.010 21 E 0.051 0.055 0.010 0.003 0.107 0.008 0.057 0.521 0.131 0.043 0.015 22 L 0.135 0.065 0.014 0.004 0.177 0.009 0.046 0.364 0.098 0.046 0.042 23 L 0.119 0.089 0.027 0.013 0.184 0.029 0.076 0.266 0.063 0.069 0.065 24 I 0.056 0.209 0.092 0.052 0.097 0.065 0.104 0.115 0.056 0.118 0.037 25 G 0.039 0.260 0.358 0.070 0.069 0.016 0.015 0.072 0.022 0.052 0.029 26 R 0.030 0.050 0.013 0.004 0.047 0.004 0.010 0.513 0.272 0.042 0.014 27 E 0.007 0.010 0.003 0.001 0.014 0.006 0.013 0.603 0.324 0.015 0.004 28 D 0.010 0.009 0.004 0.001 0.016 0.005 0.023 0.694 0.175 0.057 0.006 29 L 0.017 0.013 0.004 0.001 0.021 0.002 0.018 0.753 0.120 0.047 0.006 30 L 0.015 0.023 0.010 0.003 0.026 0.005 0.013 0.566 0.258 0.074 0.009 31 R 0.020 0.139 0.079 0.004 0.066 0.005 0.014 0.567 0.090 0.011 0.005 32 P 0.007 0.039 0.013 0.002 0.019 0.005 0.065 0.705 0.129 0.011 0.003 33 F 0.025 0.026 0.007 0.003 0.025 0.006 0.079 0.574 0.151 0.088 0.015 34 F 0.032 0.026 0.007 0.004 0.044 0.005 0.011 0.542 0.217 0.077 0.034 35 E 0.014 0.047 0.020 0.010 0.028 0.031 0.085 0.574 0.156 0.028 0.008 36 K 0.041 0.094 0.046 0.016 0.105 0.025 0.118 0.288 0.090 0.155 0.022 37 C 0.300 0.037 0.010 0.008 0.132 0.005 0.011 0.109 0.055 0.102 0.231 38 V 0.045 0.438 0.119 0.007 0.251 0.019 0.019 0.054 0.020 0.016 0.011 39 K 0.229 0.231 0.032 0.004 0.405 0.004 0.010 0.023 0.006 0.013 0.044 40 I 0.310 0.060 0.008 0.009 0.147 0.008 0.008 0.135 0.132 0.035 0.149 41 E 0.023 0.058 0.027 0.021 0.076 0.147 0.200 0.326 0.090 0.022 0.009 42 E 0.231 0.078 0.020 0.006 0.361 0.004 0.014 0.127 0.052 0.068 0.038 43 V 0.208 0.131 0.027 0.013 0.268 0.017 0.020 0.100 0.059 0.073 0.084 44 S 0.106 0.234 0.145 0.023 0.258 0.031 0.038 0.084 0.030 0.025 0.027 45 R 0.097 0.131 0.041 0.020 0.148 0.034 0.063 0.196 0.152 0.080 0.038 46 N 0.061 0.172 0.135 0.041 0.113 0.042 0.097 0.177 0.069 0.066 0.026 47 E 0.105 0.054 0.040 0.031 0.098 0.033 0.070 0.174 0.121 0.173 0.101 48 Q 0.038 0.288 0.143 0.076 0.099 0.065 0.083 0.070 0.052 0.061 0.024 49 G 0.154 0.088 0.039 0.075 0.128 0.034 0.034 0.039 0.037 0.194 0.178 50 V 0.167 0.152 0.029 0.009 0.557 0.009 0.013 0.015 0.011 0.018 0.022 51 T 0.308 0.095 0.009 0.004 0.494 0.008 0.013 0.014 0.007 0.007 0.041 52 L 0.238 0.182 0.029 0.004 0.499 0.005 0.004 0.006 0.003 0.005 0.025 53 S 0.196 0.170 0.022 0.005 0.522 0.006 0.009 0.014 0.004 0.008 0.045 54 I 0.380 0.077 0.013 0.009 0.262 0.007 0.007 0.042 0.025 0.027 0.152 55 T 0.053 0.132 0.051 0.064 0.129 0.176 0.140 0.145 0.049 0.039 0.023 56 N 0.153 0.164 0.133 0.038 0.203 0.016 0.020 0.089 0.038 0.100 0.046 57 V 0.108 0.051 0.025 0.015 0.110 0.017 0.020 0.362 0.173 0.077 0.043 58 T 0.049 0.120 0.052 0.020 0.105 0.050 0.069 0.372 0.112 0.034 0.016 59 D 0.105 0.081 0.025 0.014 0.124 0.020 0.050 0.330 0.099 0.102 0.051 60 L 0.089 0.073 0.015 0.005 0.224 0.009 0.034 0.424 0.080 0.030 0.016 61 V 0.215 0.044 0.004 0.003 0.308 0.006 0.017 0.305 0.065 0.011 0.022 62 L 0.126 0.150 0.025 0.006 0.354 0.019 0.035 0.205 0.037 0.016 0.027 63 K 0.230 0.110 0.023 0.006 0.347 0.008 0.035 0.134 0.024 0.025 0.058 64 L 0.179 0.132 0.030 0.011 0.234 0.012 0.020 0.157 0.086 0.064 0.076 65 K 0.099 0.163 0.042 0.017 0.225 0.032 0.081 0.203 0.067 0.038 0.032 66 K 0.107 0.135 0.048 0.015 0.173 0.020 0.060 0.173 0.125 0.094 0.050 67 T 0.109 0.217 0.120 0.022 0.222 0.024 0.043 0.110 0.052 0.046 0.035 68 A 0.076 0.079 0.032 0.018 0.085 0.029 0.078 0.265 0.197 0.100 0.041 69 H 0.068 0.111 0.070 0.048 0.090 0.056 0.069 0.129 0.101 0.212 0.045 70 D 0.119 0.194 0.118 0.019 0.281 0.017 0.020 0.087 0.046 0.064 0.036 71 T 0.082 0.097 0.023 0.009 0.092 0.029 0.081 0.279 0.175 0.095 0.036 72 L 0.085 0.156 0.030 0.009 0.236 0.019 0.079 0.217 0.073 0.070 0.026 73 L 0.316 0.069 0.006 0.003 0.449 0.004 0.011 0.070 0.020 0.013 0.039 74 V 0.174 0.114 0.013 0.003 0.604 0.010 0.011 0.039 0.009 0.007 0.016 75 Y 0.278 0.141 0.018 0.006 0.373 0.012 0.016 0.044 0.009 0.025 0.079 76 F 0.323 0.081 0.028 0.025 0.238 0.016 0.013 0.077 0.045 0.051 0.103 77 R 0.045 0.088 0.035 0.046 0.120 0.152 0.152 0.197 0.107 0.042 0.016 78 D 0.189 0.078 0.026 0.019 0.186 0.013 0.035 0.078 0.090 0.181 0.106 79 M 0.121 0.217 0.090 0.012 0.288 0.018 0.025 0.046 0.054 0.080 0.049 80 T 0.151 0.240 0.035 0.005 0.425 0.007 0.023 0.035 0.020 0.024 0.035 81 L 0.229 0.151 0.026 0.014 0.231 0.014 0.018 0.033 0.047 0.074 0.162 82 K 0.068 0.243 0.244 0.054 0.230 0.048 0.037 0.035 0.014 0.012 0.015 83 P 0.135 0.236 0.076 0.025 0.177 0.024 0.048 0.116 0.089 0.039 0.036 84 H 0.140 0.103 0.064 0.039 0.144 0.044 0.054 0.081 0.088 0.171 0.071 85 T 0.113 0.240 0.115 0.023 0.271 0.027 0.038 0.062 0.044 0.038 0.030 86 R 0.234 0.129 0.028 0.016 0.231 0.029 0.058 0.056 0.055 0.071 0.093 87 Y 0.163 0.159 0.031 0.013 0.428 0.027 0.057 0.031 0.017 0.032 0.042 88 T 0.292 0.092 0.006 0.002 0.556 0.004 0.008 0.007 0.004 0.005 0.024 89 V 0.218 0.093 0.009 0.002 0.648 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.014 90 R 0.375 0.051 0.004 0.002 0.494 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.055 91 I 0.216 0.222 0.045 0.010 0.389 0.009 0.005 0.006 0.003 0.010 0.086 92 G 0.228 0.150 0.052 0.039 0.358 0.028 0.040 0.016 0.006 0.031 0.053 93 F 0.150 0.148 0.104 0.062 0.178 0.021 0.023 0.097 0.085 0.049 0.082 94 K 0.040 0.037 0.050 0.113 0.041 0.164 0.179 0.196 0.099 0.049 0.031 95 Q 0.023 0.250 0.220 0.117 0.065 0.051 0.082 0.056 0.045 0.073 0.016 96 G 0.100 0.091 0.094 0.084 0.103 0.024 0.015 0.036 0.025 0.247 0.181 97 I 0.102 0.218 0.172 0.046 0.186 0.024 0.031 0.056 0.046 0.062 0.058 98 K 0.049 0.076 0.096 0.197 0.044 0.159 0.166 0.073 0.047 0.055 0.039 99 G 0.028 0.045 0.093 0.494 0.030 0.059 0.032 0.042 0.049 0.096 0.033 100 G 0.023 0.082 0.127 0.199 0.040 0.058 0.039 0.128 0.105 0.162 0.038 101 D 0.169 0.138 0.063 0.025 0.204 0.014 0.019 0.056 0.057 0.165 0.090 102 V 0.166 0.164 0.048 0.017 0.342 0.036 0.027 0.052 0.049 0.048 0.052 103 N 0.246 0.128 0.045 0.030 0.239 0.030 0.054 0.055 0.037 0.048 0.088 104 F 0.203 0.238 0.072 0.010 0.379 0.011 0.010 0.020 0.016 0.017 0.023 105 E 0.200 0.156 0.022 0.005 0.546 0.006 0.011 0.017 0.007 0.007 0.023 106 V 0.537 0.041 0.006 0.006 0.216 0.009 0.012 0.025 0.017 0.015 0.116 107 T 0.086 0.108 0.041 0.071 0.173 0.201 0.172 0.053 0.028 0.027 0.041 108 N 0.227 0.182 0.056 0.023 0.341 0.014 0.025 0.016 0.016 0.051 0.049 109 F 0.220 0.099 0.012 0.003 0.608 0.003 0.004 0.007 0.006 0.009 0.030 110 I 0.266 0.124 0.011 0.003 0.520 0.005 0.009 0.007 0.005 0.007 0.044 111 V 0.187 0.220 0.065 0.016 0.329 0.023 0.019 0.009 0.007 0.024 0.101 112 A 0.147 0.251 0.201 0.033 0.306 0.011 0.008 0.008 0.005 0.010 0.020 113 P 0.062 0.144 0.077 0.056 0.088 0.058 0.107 0.179 0.142 0.052 0.035 114 D 0.096 0.085 0.130 0.107 0.108 0.076 0.080 0.091 0.081 0.099 0.046 115 K 0.030 0.142 0.095 0.078 0.064 0.076 0.112 0.145 0.135 0.097 0.027 116 G 0.089 0.068 0.052 0.058 0.072 0.025 0.025 0.054 0.049 0.372 0.134 117 L 0.167 0.190 0.037 0.010 0.418 0.012 0.013 0.028 0.023 0.044 0.057 118 K 0.232 0.145 0.021 0.013 0.345 0.036 0.061 0.043 0.030 0.025 0.048 119 Y 0.219 0.138 0.029 0.009 0.523 0.010 0.013 0.015 0.010 0.013 0.023 120 T 0.263 0.098 0.010 0.004 0.554 0.004 0.009 0.014 0.006 0.007 0.030 121 I 0.251 0.161 0.026 0.004 0.463 0.006 0.006 0.012 0.008 0.011 0.053 122 S 0.214 0.181 0.043 0.011 0.426 0.012 0.019 0.017 0.007 0.017 0.053 123 L 0.202 0.212 0.055 0.022 0.266 0.019 0.022 0.048 0.038 0.045 0.072