# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.002 0.024 0.655 0.002 0.014 0.024 0.001 0.001 0.015 0.159 0.029 0.044 0.031 2 S 0.001 0.014 0.805 0.001 0.014 0.033 0.001 0.001 0.007 0.065 0.010 0.008 0.042 3 L 0.001 0.005 0.330 0.004 0.087 0.445 0.001 0.001 0.003 0.050 0.059 0.007 0.010 4 Q 0.001 0.003 0.042 0.004 0.127 0.661 0.001 0.001 0.003 0.032 0.121 0.002 0.005 5 G 0.002 0.005 0.064 0.001 0.096 0.697 0.001 0.001 0.003 0.041 0.067 0.007 0.016 6 I 0.002 0.004 0.029 0.001 0.018 0.899 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.002 0.017 7 R 0.001 0.003 0.008 0.002 0.041 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.007 0.005 8 E 0.002 0.001 0.005 0.001 0.051 0.887 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.001 0.010 9 A 0.004 0.002 0.010 0.002 0.055 0.855 0.001 0.001 0.001 0.006 0.054 0.004 0.006 10 L 0.005 0.008 0.039 0.004 0.045 0.691 0.001 0.001 0.002 0.022 0.164 0.005 0.015 11 D 0.001 0.003 0.103 0.004 0.038 0.443 0.001 0.001 0.003 0.063 0.325 0.011 0.006 12 N 0.001 0.004 0.097 0.002 0.022 0.241 0.001 0.001 0.001 0.101 0.522 0.002 0.007 13 R 0.001 0.006 0.199 0.006 0.022 0.325 0.001 0.001 0.002 0.163 0.264 0.005 0.007 14 R 0.004 0.015 0.246 0.006 0.033 0.360 0.001 0.001 0.010 0.191 0.098 0.016 0.021 15 T 0.011 0.015 0.186 0.012 0.029 0.515 0.003 0.002 0.032 0.052 0.047 0.021 0.076 16 A 0.033 0.013 0.076 0.017 0.020 0.602 0.010 0.006 0.028 0.022 0.031 0.068 0.075 17 A 0.098 0.016 0.034 0.020 0.018 0.517 0.029 0.015 0.023 0.015 0.019 0.067 0.128 18 Y 0.220 0.008 0.024 0.016 0.013 0.384 0.025 0.011 0.020 0.011 0.020 0.139 0.110 19 F 0.214 0.007 0.026 0.047 0.014 0.454 0.015 0.006 0.013 0.012 0.035 0.047 0.111 20 H 0.149 0.004 0.024 0.053 0.026 0.527 0.010 0.003 0.008 0.020 0.051 0.086 0.039 21 E 0.183 0.005 0.029 0.020 0.045 0.473 0.009 0.004 0.011 0.019 0.065 0.024 0.113 22 L 0.115 0.008 0.035 0.021 0.040 0.546 0.012 0.004 0.010 0.020 0.069 0.078 0.040 23 L 0.086 0.016 0.060 0.013 0.032 0.447 0.016 0.006 0.014 0.031 0.147 0.040 0.092 24 I 0.034 0.015 0.125 0.018 0.035 0.354 0.006 0.003 0.012 0.087 0.225 0.043 0.044 25 G 0.011 0.008 0.249 0.005 0.016 0.199 0.001 0.001 0.011 0.197 0.240 0.030 0.031 26 R 0.003 0.010 0.183 0.003 0.056 0.503 0.001 0.001 0.005 0.128 0.083 0.006 0.019 27 E 0.001 0.006 0.083 0.003 0.110 0.647 0.001 0.001 0.003 0.073 0.065 0.005 0.005 28 D 0.001 0.004 0.047 0.002 0.229 0.611 0.001 0.001 0.003 0.030 0.065 0.002 0.005 29 L 0.002 0.008 0.079 0.001 0.101 0.623 0.001 0.001 0.004 0.040 0.130 0.003 0.008 30 L 0.003 0.018 0.098 0.002 0.034 0.682 0.001 0.001 0.004 0.055 0.092 0.004 0.008 31 R 0.003 0.007 0.127 0.001 0.068 0.595 0.001 0.001 0.002 0.123 0.055 0.010 0.008 32 P 0.001 0.001 0.022 0.001 0.053 0.695 0.001 0.001 0.001 0.012 0.209 0.001 0.005 33 F 0.001 0.003 0.036 0.003 0.158 0.652 0.001 0.001 0.001 0.022 0.117 0.002 0.003 34 F 0.001 0.004 0.054 0.002 0.100 0.678 0.001 0.001 0.003 0.024 0.119 0.001 0.013 35 E 0.001 0.005 0.091 0.004 0.143 0.509 0.001 0.001 0.006 0.059 0.158 0.012 0.012 36 K 0.003 0.008 0.098 0.004 0.045 0.429 0.001 0.001 0.013 0.083 0.274 0.019 0.022 37 C 0.006 0.012 0.280 0.008 0.023 0.275 0.002 0.001 0.013 0.074 0.229 0.008 0.070 38 V 0.019 0.023 0.467 0.011 0.014 0.114 0.002 0.002 0.036 0.154 0.027 0.099 0.031 39 K 0.014 0.007 0.435 0.005 0.014 0.107 0.003 0.003 0.106 0.048 0.013 0.070 0.176 40 I 0.007 0.009 0.135 0.032 0.127 0.309 0.007 0.002 0.037 0.018 0.102 0.011 0.203 41 E 0.016 0.004 0.099 0.063 0.143 0.336 0.008 0.003 0.025 0.032 0.064 0.183 0.024 42 E 0.068 0.010 0.092 0.005 0.090 0.191 0.008 0.006 0.075 0.031 0.026 0.030 0.368 43 V 0.050 0.031 0.257 0.021 0.029 0.141 0.009 0.003 0.043 0.062 0.047 0.132 0.175 44 S 0.026 0.010 0.397 0.019 0.017 0.072 0.003 0.001 0.015 0.060 0.067 0.204 0.108 45 R 0.021 0.018 0.157 0.015 0.095 0.132 0.002 0.001 0.011 0.078 0.256 0.026 0.190 46 N 0.013 0.011 0.355 0.016 0.048 0.052 0.001 0.001 0.006 0.109 0.221 0.096 0.072 47 E 0.011 0.011 0.295 0.022 0.112 0.064 0.001 0.001 0.006 0.130 0.200 0.047 0.099 48 Q 0.008 0.011 0.163 0.032 0.047 0.036 0.002 0.001 0.011 0.146 0.432 0.060 0.052 49 G 0.024 0.012 0.315 0.042 0.018 0.013 0.003 0.001 0.017 0.171 0.202 0.058 0.123 50 V 0.081 0.010 0.355 0.030 0.005 0.008 0.013 0.004 0.053 0.079 0.018 0.252 0.091 51 T 0.175 0.014 0.096 0.015 0.003 0.006 0.094 0.022 0.093 0.017 0.008 0.070 0.387 52 L 0.231 0.011 0.051 0.037 0.003 0.006 0.155 0.060 0.080 0.009 0.004 0.235 0.117 53 S 0.250 0.006 0.052 0.025 0.004 0.010 0.120 0.071 0.125 0.012 0.005 0.179 0.143 54 I 0.204 0.012 0.097 0.029 0.014 0.025 0.072 0.053 0.111 0.026 0.024 0.058 0.275 55 T 0.071 0.016 0.239 0.084 0.019 0.047 0.023 0.013 0.071 0.100 0.078 0.162 0.076 56 N 0.043 0.013 0.324 0.024 0.023 0.055 0.004 0.002 0.037 0.194 0.089 0.074 0.118 57 V 0.023 0.012 0.267 0.037 0.046 0.208 0.003 0.001 0.017 0.118 0.145 0.032 0.092 58 T 0.030 0.009 0.147 0.051 0.042 0.360 0.003 0.001 0.014 0.088 0.150 0.048 0.056 59 D 0.099 0.008 0.094 0.017 0.052 0.423 0.005 0.002 0.013 0.046 0.047 0.045 0.147 60 L 0.157 0.006 0.040 0.012 0.015 0.513 0.016 0.003 0.016 0.012 0.020 0.071 0.118 61 V 0.238 0.010 0.017 0.018 0.010 0.432 0.037 0.005 0.012 0.005 0.014 0.071 0.130 62 L 0.335 0.007 0.016 0.017 0.010 0.308 0.020 0.004 0.010 0.007 0.009 0.158 0.101 63 K 0.238 0.004 0.033 0.016 0.008 0.365 0.008 0.002 0.012 0.011 0.019 0.083 0.202 64 L 0.107 0.006 0.049 0.033 0.035 0.475 0.007 0.001 0.009 0.016 0.054 0.059 0.149 65 K 0.036 0.006 0.117 0.041 0.056 0.407 0.003 0.001 0.007 0.039 0.127 0.064 0.094 66 K 0.015 0.005 0.107 0.013 0.096 0.417 0.001 0.001 0.004 0.074 0.180 0.041 0.046 67 T 0.009 0.012 0.149 0.008 0.094 0.274 0.001 0.001 0.004 0.095 0.264 0.024 0.064 68 A 0.006 0.012 0.185 0.008 0.071 0.201 0.001 0.001 0.004 0.097 0.339 0.033 0.041 69 H 0.012 0.014 0.240 0.017 0.051 0.142 0.001 0.001 0.007 0.147 0.300 0.032 0.037 70 D 0.015 0.014 0.301 0.017 0.035 0.070 0.001 0.001 0.008 0.240 0.183 0.052 0.064 71 T 0.031 0.010 0.322 0.057 0.028 0.075 0.003 0.001 0.016 0.113 0.155 0.043 0.144 72 L 0.144 0.012 0.139 0.052 0.020 0.096 0.020 0.006 0.038 0.057 0.084 0.215 0.117 73 L 0.445 0.006 0.033 0.014 0.005 0.030 0.047 0.014 0.021 0.007 0.011 0.054 0.311 74 V 0.522 0.004 0.010 0.014 0.002 0.018 0.067 0.012 0.011 0.003 0.003 0.252 0.084 75 Y 0.702 0.002 0.004 0.005 0.001 0.010 0.034 0.009 0.009 0.001 0.001 0.095 0.125 76 F 0.559 0.003 0.014 0.031 0.003 0.013 0.025 0.005 0.008 0.004 0.006 0.101 0.228 77 R 0.318 0.004 0.037 0.139 0.012 0.030 0.015 0.002 0.013 0.020 0.039 0.265 0.106 78 D 0.258 0.006 0.075 0.031 0.030 0.025 0.007 0.001 0.011 0.043 0.114 0.085 0.312 79 M 0.203 0.012 0.140 0.034 0.029 0.021 0.008 0.001 0.013 0.079 0.078 0.232 0.150 80 T 0.091 0.019 0.192 0.011 0.012 0.011 0.010 0.001 0.011 0.050 0.052 0.302 0.237 81 L 0.085 0.035 0.318 0.014 0.016 0.011 0.006 0.001 0.011 0.085 0.042 0.068 0.308 82 K 0.012 0.007 0.491 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.103 0.016 0.300 0.038 83 P 0.010 0.012 0.252 0.007 0.057 0.010 0.001 0.001 0.006 0.119 0.158 0.015 0.354 84 H 0.012 0.010 0.384 0.052 0.037 0.008 0.001 0.001 0.010 0.122 0.196 0.120 0.047 85 T 0.023 0.011 0.328 0.018 0.046 0.007 0.002 0.001 0.016 0.165 0.127 0.109 0.149 86 R 0.048 0.014 0.261 0.042 0.021 0.008 0.006 0.001 0.017 0.086 0.075 0.068 0.353 87 Y 0.114 0.009 0.092 0.035 0.006 0.009 0.018 0.002 0.028 0.032 0.024 0.535 0.096 88 T 0.413 0.004 0.037 0.012 0.002 0.004 0.032 0.006 0.022 0.005 0.004 0.031 0.427 89 V 0.416 0.003 0.021 0.016 0.001 0.004 0.048 0.007 0.024 0.004 0.002 0.383 0.072 90 R 0.423 0.004 0.020 0.014 0.001 0.007 0.064 0.008 0.022 0.005 0.003 0.093 0.336 91 I 0.349 0.008 0.034 0.046 0.004 0.013 0.047 0.007 0.021 0.012 0.008 0.234 0.215 92 G 0.234 0.007 0.112 0.030 0.009 0.020 0.013 0.004 0.038 0.025 0.024 0.191 0.293 93 F 0.074 0.015 0.195 0.032 0.055 0.084 0.008 0.002 0.023 0.067 0.123 0.068 0.256 94 K 0.031 0.012 0.196 0.034 0.106 0.088 0.005 0.002 0.012 0.118 0.220 0.115 0.060 95 Q 0.009 0.009 0.083 0.018 0.102 0.056 0.001 0.001 0.005 0.151 0.500 0.019 0.045 96 G 0.009 0.027 0.186 0.009 0.049 0.043 0.002 0.001 0.006 0.197 0.402 0.041 0.029 97 I 0.016 0.055 0.556 0.005 0.024 0.025 0.003 0.003 0.020 0.148 0.034 0.041 0.071 98 K 0.011 0.034 0.487 0.013 0.025 0.031 0.003 0.002 0.023 0.138 0.101 0.065 0.065 99 G 0.006 0.019 0.269 0.038 0.062 0.031 0.002 0.002 0.022 0.138 0.348 0.020 0.042 100 G 0.005 0.010 0.352 0.027 0.032 0.029 0.003 0.001 0.015 0.260 0.214 0.030 0.021 101 D 0.019 0.023 0.463 0.010 0.033 0.029 0.006 0.008 0.072 0.177 0.039 0.038 0.084 102 V 0.029 0.034 0.343 0.022 0.022 0.046 0.016 0.016 0.143 0.093 0.048 0.063 0.125 103 N 0.039 0.021 0.305 0.058 0.017 0.043 0.024 0.015 0.101 0.070 0.080 0.082 0.146 104 F 0.072 0.021 0.219 0.036 0.027 0.056 0.041 0.026 0.094 0.075 0.038 0.116 0.182 105 E 0.108 0.015 0.155 0.026 0.020 0.046 0.040 0.038 0.121 0.043 0.018 0.158 0.213 106 V 0.129 0.011 0.130 0.074 0.035 0.038 0.034 0.025 0.080 0.039 0.041 0.121 0.243 107 T 0.100 0.005 0.132 0.285 0.028 0.032 0.017 0.016 0.075 0.065 0.094 0.087 0.063 108 N 0.156 0.006 0.149 0.054 0.031 0.028 0.037 0.022 0.084 0.097 0.102 0.092 0.144 109 F 0.325 0.008 0.084 0.018 0.009 0.013 0.093 0.060 0.121 0.019 0.021 0.059 0.172 110 I 0.253 0.014 0.048 0.011 0.006 0.014 0.159 0.068 0.064 0.014 0.011 0.260 0.076 111 V 0.280 0.020 0.089 0.020 0.006 0.011 0.089 0.054 0.063 0.028 0.019 0.078 0.243 112 A 0.045 0.015 0.457 0.021 0.008 0.009 0.009 0.009 0.041 0.113 0.024 0.169 0.080 113 P 0.009 0.015 0.443 0.012 0.026 0.016 0.002 0.002 0.020 0.209 0.120 0.018 0.109 114 D 0.003 0.010 0.317 0.007 0.061 0.014 0.001 0.001 0.005 0.253 0.275 0.035 0.019 115 K 0.002 0.005 0.092 0.006 0.124 0.011 0.001 0.001 0.002 0.164 0.577 0.005 0.013 116 G 0.005 0.017 0.147 0.010 0.067 0.012 0.001 0.001 0.003 0.182 0.523 0.017 0.018 117 L 0.030 0.029 0.516 0.014 0.039 0.012 0.004 0.002 0.024 0.135 0.041 0.044 0.113 118 K 0.073 0.025 0.327 0.055 0.018 0.016 0.020 0.005 0.063 0.097 0.040 0.093 0.167 119 Y 0.176 0.012 0.114 0.048 0.014 0.015 0.076 0.022 0.107 0.040 0.023 0.228 0.124 120 T 0.256 0.010 0.078 0.033 0.005 0.007 0.138 0.065 0.091 0.023 0.007 0.059 0.230 121 I 0.234 0.010 0.074 0.013 0.003 0.004 0.081 0.063 0.153 0.019 0.003 0.249 0.094 122 S 0.097 0.009 0.214 0.008 0.003 0.004 0.021 0.037 0.298 0.019 0.004 0.053 0.233 123 L 0.012 0.010 0.597 0.032 0.015 0.011 0.008 0.005 0.074 0.066 0.021 0.055 0.094