# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.017 0.050 0.031 0.020 0.022 0.112 0.037 0.711 2 S 0.245 0.565 0.002 0.003 0.004 0.021 0.043 0.116 3 L 0.132 0.559 0.003 0.003 0.003 0.034 0.098 0.170 4 Q 0.007 0.657 0.009 0.006 0.005 0.031 0.058 0.227 5 G 0.031 0.829 0.006 0.002 0.008 0.009 0.063 0.052 6 I 0.015 0.868 0.008 0.011 0.006 0.010 0.044 0.038 7 R 0.038 0.820 0.009 0.005 0.008 0.009 0.067 0.044 8 E 0.048 0.597 0.011 0.008 0.013 0.023 0.149 0.151 9 A 0.051 0.646 0.033 0.011 0.014 0.037 0.097 0.112 10 L 0.252 0.460 0.014 0.004 0.007 0.027 0.123 0.113 11 D 0.036 0.083 0.014 0.004 0.004 0.074 0.480 0.306 12 N 0.008 0.569 0.015 0.006 0.005 0.074 0.083 0.240 13 R 0.050 0.653 0.012 0.003 0.004 0.040 0.061 0.176 14 R 0.009 0.814 0.008 0.008 0.003 0.024 0.044 0.091 15 T 0.019 0.844 0.007 0.002 0.006 0.010 0.066 0.044 16 A 0.014 0.710 0.035 0.014 0.016 0.014 0.154 0.043 17 A 0.013 0.663 0.068 0.025 0.030 0.013 0.148 0.042 18 Y 0.021 0.796 0.022 0.018 0.028 0.011 0.049 0.055 19 F 0.060 0.703 0.032 0.020 0.025 0.020 0.086 0.055 20 H 0.050 0.505 0.054 0.035 0.036 0.040 0.167 0.112 21 E 0.037 0.292 0.051 0.023 0.055 0.069 0.157 0.316 22 L 0.022 0.328 0.096 0.072 0.077 0.065 0.114 0.225 23 L 0.036 0.319 0.098 0.057 0.108 0.070 0.090 0.221 24 I 0.034 0.293 0.094 0.053 0.050 0.068 0.105 0.302 25 G 0.108 0.422 0.047 0.026 0.028 0.050 0.092 0.227 26 R 0.318 0.384 0.022 0.011 0.008 0.038 0.083 0.136 27 E 0.199 0.288 0.011 0.008 0.007 0.048 0.048 0.393 28 D 0.387 0.061 0.007 0.004 0.009 0.060 0.043 0.429 29 L 0.046 0.146 0.018 0.011 0.021 0.126 0.038 0.593 30 L 0.030 0.167 0.013 0.005 0.015 0.088 0.019 0.662 31 R 0.213 0.520 0.002 0.010 0.004 0.030 0.063 0.158 32 P 0.105 0.319 0.007 0.011 0.010 0.059 0.058 0.430 33 F 0.139 0.306 0.026 0.008 0.021 0.049 0.053 0.399 34 F 0.224 0.264 0.024 0.014 0.016 0.056 0.098 0.303 35 E 0.046 0.134 0.048 0.027 0.037 0.091 0.104 0.514 36 K 0.030 0.179 0.064 0.034 0.094 0.071 0.094 0.434 37 C 0.034 0.093 0.073 0.060 0.085 0.093 0.087 0.476 38 V 0.019 0.106 0.180 0.119 0.105 0.089 0.071 0.312 39 K 0.122 0.278 0.058 0.038 0.076 0.055 0.067 0.305 40 I 0.119 0.162 0.044 0.059 0.049 0.063 0.196 0.307 41 E 0.036 0.200 0.100 0.077 0.088 0.067 0.099 0.333 42 E 0.095 0.087 0.045 0.039 0.113 0.062 0.126 0.433 43 V 0.064 0.059 0.052 0.133 0.084 0.085 0.105 0.418 44 S 0.088 0.033 0.037 0.072 0.157 0.086 0.064 0.462 45 R 0.038 0.007 0.039 0.069 0.053 0.088 0.056 0.650 46 N 0.457 0.009 0.014 0.024 0.036 0.041 0.056 0.361 47 E 0.091 0.003 0.025 0.012 0.026 0.099 0.080 0.664 48 Q 0.003 0.002 0.096 0.028 0.053 0.174 0.035 0.610 49 G 0.006 0.003 0.023 0.042 0.076 0.151 0.028 0.669 50 V 0.007 0.012 0.140 0.230 0.170 0.095 0.039 0.308 51 T 0.015 0.011 0.176 0.095 0.190 0.087 0.080 0.346 52 L 0.003 0.015 0.365 0.185 0.123 0.051 0.129 0.130 53 S 0.036 0.060 0.302 0.093 0.167 0.056 0.077 0.209 54 I 0.056 0.066 0.108 0.182 0.113 0.058 0.282 0.135 55 T 0.014 0.104 0.139 0.087 0.103 0.091 0.161 0.300 56 N 0.071 0.423 0.039 0.024 0.051 0.063 0.080 0.250 57 V 0.058 0.596 0.017 0.022 0.014 0.041 0.106 0.146 58 T 0.018 0.680 0.011 0.019 0.021 0.029 0.085 0.137 59 D 0.029 0.665 0.020 0.016 0.028 0.021 0.123 0.097 60 L 0.032 0.678 0.034 0.028 0.049 0.020 0.082 0.078 61 V 0.044 0.544 0.045 0.051 0.068 0.028 0.131 0.089 62 L 0.049 0.427 0.037 0.052 0.111 0.040 0.109 0.173 63 K 0.048 0.090 0.067 0.059 0.100 0.075 0.303 0.258 64 L 0.043 0.146 0.074 0.112 0.074 0.093 0.140 0.317 65 K 0.099 0.130 0.060 0.032 0.053 0.098 0.088 0.440 66 K 0.095 0.079 0.034 0.036 0.026 0.097 0.066 0.567 67 T 0.089 0.016 0.024 0.014 0.027 0.125 0.127 0.579 68 A 0.021 0.029 0.084 0.025 0.037 0.174 0.091 0.538 69 H 0.069 0.044 0.020 0.007 0.014 0.116 0.046 0.683 70 D 0.103 0.174 0.027 0.026 0.023 0.136 0.161 0.349 71 T 0.013 0.083 0.047 0.031 0.070 0.145 0.106 0.506 72 L 0.009 0.092 0.138 0.073 0.256 0.061 0.111 0.260 73 L 0.004 0.066 0.213 0.233 0.251 0.034 0.085 0.115 74 V 0.003 0.043 0.251 0.331 0.247 0.019 0.052 0.054 75 Y 0.034 0.054 0.094 0.178 0.411 0.027 0.095 0.106 76 F 0.075 0.012 0.086 0.228 0.174 0.064 0.143 0.218 77 R 0.098 0.030 0.064 0.139 0.199 0.082 0.114 0.273 78 D 0.069 0.010 0.028 0.037 0.096 0.088 0.042 0.631 79 M 0.034 0.008 0.048 0.115 0.161 0.120 0.067 0.448 80 T 0.014 0.004 0.032 0.075 0.126 0.131 0.041 0.577 81 L 0.014 0.001 0.028 0.058 0.090 0.102 0.031 0.675 82 K 0.069 0.009 0.045 0.118 0.110 0.125 0.116 0.408 83 P 0.021 0.002 0.007 0.019 0.027 0.090 0.015 0.820 84 H 0.030 0.008 0.046 0.055 0.146 0.136 0.095 0.484 85 T 0.021 0.013 0.058 0.134 0.232 0.108 0.095 0.338 86 R 0.007 0.006 0.054 0.118 0.255 0.096 0.047 0.417 87 Y 0.002 0.007 0.101 0.254 0.470 0.036 0.049 0.081 88 T 0.002 0.003 0.105 0.257 0.387 0.043 0.043 0.160 89 V 0.003 0.007 0.112 0.387 0.314 0.029 0.064 0.084 90 R 0.009 0.010 0.103 0.284 0.354 0.035 0.040 0.166 91 I 0.006 0.007 0.115 0.358 0.283 0.043 0.057 0.131 92 G 0.014 0.007 0.103 0.180 0.218 0.080 0.069 0.329 93 F 0.343 0.022 0.043 0.091 0.110 0.064 0.091 0.237 94 K 0.148 0.022 0.021 0.039 0.047 0.085 0.061 0.576 95 Q 0.014 0.007 0.033 0.024 0.059 0.098 0.022 0.742 96 G 0.028 0.009 0.031 0.071 0.095 0.107 0.063 0.596 97 I 0.040 0.005 0.071 0.080 0.103 0.110 0.057 0.535 98 K 0.093 0.009 0.043 0.043 0.075 0.088 0.046 0.603 99 G 0.031 0.005 0.025 0.022 0.044 0.135 0.059 0.679 100 G 0.022 0.009 0.045 0.047 0.068 0.142 0.046 0.622 101 D 0.087 0.022 0.047 0.054 0.103 0.130 0.082 0.474 102 V 0.033 0.019 0.053 0.059 0.087 0.121 0.048 0.580 103 N 0.011 0.014 0.057 0.067 0.133 0.117 0.102 0.500 104 F 0.005 0.014 0.149 0.219 0.279 0.059 0.123 0.152 105 E 0.017 0.023 0.181 0.221 0.270 0.049 0.078 0.162 106 V 0.051 0.022 0.138 0.188 0.237 0.067 0.064 0.234 107 T 0.015 0.014 0.127 0.130 0.290 0.080 0.077 0.266 108 N 0.004 0.008 0.206 0.159 0.352 0.052 0.061 0.158 109 F 0.005 0.006 0.150 0.160 0.312 0.060 0.042 0.266 110 I 0.002 0.005 0.274 0.336 0.216 0.034 0.037 0.096 111 V 0.011 0.003 0.157 0.148 0.331 0.056 0.038 0.257 112 A 0.021 0.002 0.250 0.126 0.162 0.089 0.102 0.248 113 P 0.086 0.004 0.037 0.035 0.040 0.103 0.041 0.654 114 D 0.337 0.013 0.019 0.012 0.029 0.091 0.065 0.434 115 K 0.032 0.012 0.023 0.024 0.043 0.114 0.033 0.719 116 G 0.020 0.005 0.020 0.032 0.088 0.127 0.053 0.655 117 L 0.013 0.009 0.055 0.210 0.294 0.080 0.067 0.274 118 K 0.007 0.003 0.080 0.138 0.354 0.062 0.046 0.310 119 Y 0.003 0.004 0.082 0.341 0.353 0.039 0.056 0.121 120 T 0.007 0.003 0.065 0.244 0.356 0.051 0.037 0.236 121 I 0.013 0.004 0.103 0.351 0.303 0.039 0.052 0.134 122 S 0.032 0.010 0.079 0.151 0.239 0.073 0.056 0.359 123 L 0.052 0.011 0.059 0.124 0.151 0.100 0.062 0.441