# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.142 0.114 0.062 0.137 0.126 0.110 0.123 0.077 0.054 0.035 0.020 2 S 0.179 0.203 0.071 0.137 0.102 0.069 0.085 0.061 0.046 0.030 0.019 3 L 0.085 0.072 0.044 0.098 0.112 0.129 0.176 0.107 0.086 0.056 0.035 4 Q 0.357 0.178 0.118 0.162 0.083 0.041 0.030 0.015 0.008 0.004 0.002 5 G 0.144 0.097 0.059 0.160 0.139 0.103 0.134 0.080 0.045 0.024 0.015 6 I 0.008 0.012 0.014 0.026 0.037 0.047 0.112 0.139 0.220 0.220 0.167 7 R 0.024 0.036 0.070 0.147 0.167 0.175 0.180 0.090 0.059 0.037 0.013 8 E 0.027 0.067 0.326 0.241 0.133 0.095 0.057 0.026 0.015 0.009 0.004 9 A 0.010 0.013 0.033 0.047 0.069 0.116 0.228 0.180 0.142 0.102 0.059 10 L 0.010 0.012 0.018 0.028 0.039 0.068 0.169 0.157 0.213 0.185 0.100 11 D 0.076 0.119 0.244 0.224 0.135 0.078 0.061 0.028 0.019 0.010 0.005 12 N 0.115 0.085 0.178 0.168 0.134 0.104 0.109 0.051 0.030 0.017 0.009 13 R 0.075 0.063 0.066 0.106 0.104 0.112 0.173 0.123 0.087 0.058 0.033 14 R 0.038 0.057 0.062 0.111 0.115 0.143 0.180 0.124 0.086 0.058 0.026 15 T 0.047 0.084 0.146 0.163 0.131 0.113 0.122 0.079 0.057 0.038 0.020 16 A 0.036 0.030 0.063 0.088 0.103 0.125 0.192 0.133 0.107 0.074 0.047 17 A 0.083 0.065 0.111 0.127 0.114 0.108 0.146 0.093 0.074 0.051 0.029 18 Y 0.015 0.024 0.047 0.081 0.100 0.128 0.210 0.144 0.121 0.084 0.046 19 F 0.011 0.014 0.031 0.049 0.064 0.082 0.159 0.155 0.176 0.153 0.106 20 H 0.035 0.056 0.106 0.146 0.136 0.125 0.168 0.091 0.074 0.043 0.020 21 E 0.024 0.045 0.098 0.159 0.153 0.128 0.153 0.097 0.069 0.046 0.026 22 L 0.008 0.009 0.017 0.024 0.033 0.067 0.136 0.153 0.201 0.214 0.139 23 L 0.022 0.036 0.041 0.081 0.090 0.121 0.193 0.133 0.130 0.098 0.055 24 I 0.021 0.015 0.037 0.041 0.059 0.066 0.145 0.164 0.174 0.155 0.124 25 G 0.064 0.117 0.108 0.158 0.129 0.099 0.117 0.074 0.064 0.046 0.025 26 R 0.048 0.076 0.058 0.135 0.129 0.134 0.186 0.099 0.074 0.041 0.020 27 E 0.301 0.126 0.094 0.155 0.101 0.083 0.073 0.034 0.019 0.010 0.005 28 D 0.151 0.167 0.150 0.216 0.120 0.078 0.067 0.027 0.013 0.007 0.004 29 L 0.023 0.023 0.031 0.050 0.067 0.087 0.156 0.150 0.168 0.145 0.099 30 L 0.016 0.027 0.035 0.050 0.061 0.108 0.208 0.143 0.154 0.137 0.061 31 R 0.022 0.069 0.280 0.233 0.147 0.115 0.069 0.028 0.021 0.011 0.005 32 P 0.170 0.089 0.164 0.163 0.131 0.092 0.099 0.054 0.020 0.010 0.006 33 F 0.039 0.042 0.047 0.083 0.091 0.099 0.182 0.163 0.127 0.084 0.044 34 F 0.027 0.023 0.034 0.063 0.079 0.099 0.221 0.172 0.137 0.098 0.047 35 E 0.068 0.087 0.312 0.217 0.134 0.080 0.050 0.023 0.015 0.010 0.004 36 K 0.043 0.092 0.175 0.178 0.171 0.126 0.129 0.054 0.019 0.009 0.004 37 C 0.034 0.032 0.049 0.072 0.089 0.084 0.170 0.171 0.132 0.109 0.058 38 V 0.033 0.015 0.035 0.047 0.070 0.116 0.251 0.171 0.131 0.092 0.040 39 K 0.031 0.329 0.392 0.196 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.011 0.006 0.014 0.023 0.060 0.104 0.249 0.194 0.154 0.107 0.079 41 E 0.590 0.180 0.105 0.077 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 42 E 0.031 0.075 0.172 0.251 0.176 0.111 0.108 0.043 0.018 0.008 0.004 43 V 0.012 0.009 0.028 0.020 0.036 0.076 0.168 0.154 0.185 0.186 0.126 44 S 0.125 0.204 0.230 0.238 0.102 0.047 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 45 R 0.053 0.076 0.329 0.188 0.121 0.097 0.070 0.034 0.017 0.011 0.005 46 N 0.119 0.156 0.126 0.197 0.136 0.088 0.089 0.050 0.022 0.012 0.005 47 E 0.125 0.122 0.090 0.129 0.107 0.118 0.137 0.086 0.046 0.030 0.012 48 Q 0.170 0.178 0.239 0.192 0.104 0.053 0.034 0.017 0.007 0.004 0.002 49 G 0.248 0.150 0.126 0.189 0.112 0.065 0.058 0.029 0.013 0.007 0.003 50 V 0.020 0.016 0.020 0.024 0.035 0.070 0.163 0.159 0.207 0.173 0.115 51 T 0.072 0.157 0.130 0.260 0.166 0.087 0.061 0.032 0.019 0.010 0.006 52 L 0.013 0.008 0.027 0.027 0.042 0.067 0.138 0.173 0.189 0.177 0.139 53 S 0.058 0.131 0.108 0.224 0.165 0.100 0.093 0.056 0.035 0.019 0.012 54 I 0.011 0.009 0.013 0.027 0.042 0.051 0.127 0.165 0.201 0.179 0.175 55 T 0.113 0.077 0.086 0.170 0.157 0.107 0.107 0.075 0.050 0.035 0.023 56 N 0.062 0.115 0.084 0.175 0.134 0.117 0.142 0.073 0.052 0.031 0.015 57 V 0.024 0.022 0.022 0.052 0.071 0.079 0.143 0.154 0.164 0.145 0.123 58 T 0.114 0.109 0.073 0.147 0.117 0.112 0.140 0.073 0.059 0.037 0.018 59 D 0.047 0.070 0.104 0.210 0.171 0.128 0.117 0.064 0.045 0.028 0.017 60 L 0.007 0.010 0.017 0.024 0.038 0.074 0.164 0.155 0.205 0.183 0.122 61 V 0.011 0.019 0.035 0.095 0.120 0.115 0.173 0.139 0.133 0.094 0.067 62 L 0.010 0.009 0.045 0.034 0.045 0.081 0.170 0.149 0.185 0.168 0.104 63 K 0.010 0.037 0.112 0.228 0.210 0.136 0.126 0.064 0.042 0.022 0.013 64 L 0.002 0.002 0.009 0.008 0.014 0.023 0.082 0.140 0.217 0.267 0.234 65 K 0.019 0.070 0.149 0.237 0.184 0.129 0.093 0.046 0.036 0.025 0.011 66 K 0.038 0.057 0.141 0.139 0.124 0.132 0.155 0.090 0.062 0.043 0.019 67 T 0.088 0.108 0.108 0.163 0.128 0.133 0.121 0.065 0.042 0.029 0.015 68 A 0.083 0.066 0.054 0.077 0.074 0.091 0.169 0.127 0.118 0.085 0.056 69 H 0.153 0.121 0.091 0.145 0.114 0.096 0.113 0.067 0.047 0.033 0.019 70 D 0.075 0.100 0.093 0.150 0.127 0.119 0.140 0.075 0.061 0.038 0.022 71 T 0.143 0.119 0.080 0.161 0.129 0.104 0.108 0.068 0.046 0.028 0.016 72 L 0.030 0.035 0.033 0.076 0.083 0.108 0.184 0.150 0.140 0.102 0.059 73 L 0.008 0.014 0.020 0.048 0.064 0.101 0.161 0.157 0.172 0.151 0.104 74 V 0.013 0.014 0.031 0.046 0.061 0.083 0.146 0.150 0.176 0.165 0.115 75 Y 0.010 0.016 0.031 0.068 0.091 0.115 0.203 0.165 0.141 0.103 0.058 76 F 0.006 0.008 0.018 0.031 0.043 0.053 0.118 0.151 0.204 0.209 0.157 77 R 0.024 0.041 0.055 0.118 0.130 0.156 0.205 0.109 0.087 0.051 0.025 78 D 0.106 0.132 0.130 0.214 0.149 0.095 0.087 0.041 0.024 0.014 0.008 79 M 0.057 0.035 0.035 0.052 0.067 0.107 0.185 0.145 0.138 0.111 0.068 80 T 0.200 0.211 0.079 0.214 0.112 0.058 0.057 0.031 0.021 0.011 0.006 81 L 0.020 0.017 0.021 0.023 0.031 0.055 0.126 0.122 0.193 0.210 0.182 82 K 0.083 0.226 0.182 0.264 0.150 0.053 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 83 P 0.226 0.138 0.075 0.137 0.105 0.086 0.099 0.067 0.034 0.020 0.011 84 H 0.079 0.060 0.033 0.106 0.110 0.102 0.145 0.135 0.099 0.078 0.053 85 T 0.133 0.134 0.064 0.147 0.116 0.101 0.131 0.078 0.051 0.031 0.014 86 R 0.125 0.149 0.159 0.264 0.149 0.075 0.040 0.019 0.010 0.007 0.004 87 Y 0.026 0.022 0.024 0.038 0.054 0.112 0.238 0.169 0.152 0.109 0.055 88 T 0.097 0.162 0.070 0.263 0.167 0.080 0.064 0.043 0.028 0.016 0.010 89 V 0.009 0.005 0.010 0.010 0.017 0.039 0.115 0.133 0.232 0.239 0.192 90 R 0.048 0.159 0.125 0.347 0.195 0.071 0.031 0.012 0.007 0.003 0.002 91 I 0.010 0.005 0.010 0.012 0.022 0.037 0.104 0.168 0.217 0.213 0.203 92 G 0.087 0.216 0.079 0.285 0.169 0.073 0.042 0.023 0.013 0.007 0.005 93 F 0.005 0.004 0.006 0.011 0.021 0.029 0.105 0.150 0.209 0.191 0.269 94 K 0.189 0.249 0.146 0.233 0.117 0.038 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 95 Q 0.157 0.121 0.067 0.166 0.121 0.115 0.129 0.059 0.038 0.019 0.010 96 G 0.419 0.131 0.038 0.122 0.077 0.048 0.053 0.041 0.031 0.021 0.017 97 I 0.019 0.020 0.012 0.024 0.030 0.057 0.126 0.115 0.206 0.213 0.177 98 K 0.049 0.205 0.127 0.268 0.173 0.088 0.042 0.022 0.014 0.008 0.004 99 G 0.237 0.112 0.051 0.115 0.095 0.090 0.105 0.078 0.056 0.037 0.024 100 G 0.149 0.066 0.026 0.091 0.084 0.102 0.152 0.120 0.099 0.066 0.045 101 D 0.107 0.135 0.052 0.171 0.125 0.099 0.106 0.075 0.062 0.044 0.025 102 V 0.018 0.019 0.019 0.045 0.060 0.099 0.154 0.150 0.183 0.153 0.101 103 N 0.147 0.170 0.080 0.190 0.129 0.084 0.084 0.047 0.034 0.020 0.014 104 F 0.030 0.016 0.022 0.046 0.059 0.077 0.147 0.156 0.175 0.150 0.121 105 E 0.061 0.106 0.067 0.198 0.171 0.118 0.114 0.070 0.048 0.029 0.019 106 V 0.009 0.011 0.015 0.032 0.048 0.054 0.127 0.170 0.192 0.183 0.157 107 T 0.048 0.064 0.072 0.152 0.146 0.127 0.129 0.092 0.078 0.058 0.032 108 N 0.050 0.073 0.079 0.162 0.123 0.118 0.150 0.090 0.081 0.051 0.024 109 F 0.012 0.013 0.017 0.037 0.049 0.066 0.125 0.153 0.194 0.183 0.151 110 I 0.019 0.023 0.025 0.047 0.057 0.068 0.122 0.134 0.184 0.170 0.152 111 V 0.025 0.029 0.042 0.084 0.107 0.099 0.159 0.144 0.131 0.102 0.079 112 A 0.019 0.026 0.032 0.060 0.085 0.083 0.150 0.166 0.152 0.130 0.097 113 P 0.140 0.105 0.063 0.169 0.126 0.091 0.116 0.074 0.059 0.036 0.020 114 D 0.193 0.169 0.071 0.141 0.100 0.095 0.096 0.047 0.040 0.031 0.019 115 K 0.115 0.154 0.059 0.185 0.158 0.115 0.100 0.054 0.033 0.018 0.009 116 G 0.419 0.227 0.046 0.109 0.058 0.038 0.039 0.025 0.019 0.013 0.007 117 L 0.013 0.012 0.010 0.028 0.040 0.080 0.167 0.142 0.195 0.162 0.150 118 K 0.163 0.264 0.150 0.234 0.108 0.041 0.020 0.009 0.006 0.003 0.002 119 Y 0.008 0.007 0.012 0.023 0.040 0.096 0.178 0.172 0.198 0.161 0.106 120 T 0.078 0.147 0.084 0.220 0.151 0.085 0.086 0.063 0.041 0.027 0.017 121 I 0.016 0.009 0.013 0.026 0.038 0.066 0.160 0.166 0.212 0.176 0.117 122 S 0.120 0.225 0.173 0.253 0.124 0.052 0.026 0.013 0.008 0.004 0.003 123 L 0.030 0.024 0.027 0.051 0.073 0.079 0.170 0.185 0.151 0.116 0.094