# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.103 0.023 0.006 0.022 0.039 0.038 0.144 0.002 0.001 0.005 0.618 2 S 0.017 0.008 0.002 0.010 0.013 0.017 0.045 0.001 0.001 0.001 0.886 3 L 0.017 0.022 0.003 0.024 0.017 0.041 0.084 0.001 0.001 0.002 0.791 4 Q 0.013 0.033 0.001 0.014 0.009 0.022 0.434 0.001 0.001 0.008 0.465 5 G 0.218 0.056 0.003 0.011 0.011 0.015 0.314 0.002 0.001 0.018 0.352 6 I 0.128 0.640 0.026 0.010 0.007 0.009 0.063 0.003 0.001 0.004 0.110 7 R 0.014 0.677 0.004 0.015 0.012 0.028 0.042 0.002 0.001 0.001 0.205 8 E 0.039 0.545 0.002 0.017 0.013 0.028 0.058 0.006 0.001 0.001 0.290 9 A 0.122 0.730 0.003 0.006 0.008 0.013 0.016 0.012 0.001 0.001 0.089 10 L 0.077 0.783 0.015 0.005 0.008 0.012 0.010 0.017 0.001 0.001 0.073 11 D 0.082 0.677 0.020 0.006 0.009 0.013 0.017 0.033 0.001 0.001 0.142 12 N 0.171 0.471 0.023 0.007 0.010 0.017 0.031 0.031 0.001 0.003 0.234 13 R 0.179 0.348 0.045 0.007 0.009 0.015 0.085 0.018 0.001 0.005 0.289 14 R 0.076 0.267 0.061 0.008 0.011 0.014 0.216 0.006 0.001 0.007 0.335 15 T 0.065 0.262 0.021 0.012 0.017 0.025 0.173 0.004 0.001 0.004 0.417 16 A 0.049 0.489 0.011 0.018 0.020 0.034 0.065 0.004 0.001 0.002 0.307 17 A 0.018 0.668 0.006 0.019 0.025 0.039 0.062 0.003 0.001 0.001 0.159 18 Y 0.022 0.693 0.004 0.015 0.023 0.036 0.055 0.004 0.001 0.001 0.148 19 F 0.020 0.790 0.004 0.019 0.019 0.032 0.016 0.004 0.001 0.001 0.095 20 H 0.018 0.791 0.005 0.016 0.026 0.041 0.014 0.005 0.001 0.001 0.083 21 E 0.044 0.687 0.007 0.015 0.017 0.026 0.030 0.011 0.001 0.001 0.161 22 L 0.105 0.691 0.019 0.024 0.024 0.035 0.012 0.020 0.001 0.001 0.070 23 L 0.060 0.651 0.021 0.044 0.039 0.065 0.010 0.027 0.001 0.001 0.082 24 I 0.068 0.437 0.035 0.083 0.050 0.079 0.030 0.034 0.001 0.002 0.182 25 G 0.080 0.204 0.033 0.091 0.025 0.044 0.078 0.021 0.001 0.005 0.420 26 R 0.088 0.089 0.031 0.054 0.015 0.042 0.090 0.005 0.001 0.004 0.580 27 E 0.020 0.023 0.003 0.033 0.005 0.017 0.097 0.001 0.001 0.002 0.800 28 D 0.214 0.037 0.005 0.028 0.004 0.009 0.106 0.003 0.001 0.005 0.589 29 L 0.577 0.163 0.012 0.014 0.003 0.004 0.045 0.005 0.001 0.003 0.176 30 L 0.209 0.415 0.029 0.019 0.004 0.012 0.046 0.016 0.001 0.002 0.247 31 R 0.128 0.214 0.014 0.021 0.022 0.040 0.058 0.012 0.001 0.002 0.489 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 33 F 0.046 0.089 0.005 0.012 0.012 0.031 0.195 0.003 0.001 0.001 0.607 34 F 0.186 0.392 0.008 0.009 0.004 0.008 0.078 0.006 0.001 0.007 0.302 35 E 0.076 0.660 0.009 0.011 0.008 0.015 0.020 0.005 0.001 0.002 0.195 36 K 0.077 0.560 0.014 0.018 0.008 0.008 0.042 0.010 0.001 0.002 0.262 37 C 0.252 0.451 0.006 0.009 0.008 0.014 0.010 0.012 0.001 0.001 0.237 38 V 0.091 0.429 0.021 0.082 0.051 0.058 0.029 0.018 0.001 0.001 0.219 39 K 0.037 0.158 0.012 0.047 0.077 0.078 0.068 0.013 0.001 0.002 0.508 40 I 0.049 0.139 0.032 0.084 0.064 0.124 0.038 0.007 0.001 0.003 0.461 41 E 0.034 0.129 0.012 0.074 0.116 0.140 0.132 0.004 0.001 0.005 0.355 42 E 0.034 0.033 0.004 0.021 0.026 0.053 0.162 0.001 0.001 0.003 0.661 43 V 0.126 0.123 0.011 0.087 0.087 0.172 0.063 0.005 0.001 0.005 0.320 44 S 0.057 0.137 0.011 0.043 0.093 0.132 0.096 0.009 0.001 0.005 0.416 45 R 0.073 0.111 0.009 0.028 0.075 0.111 0.056 0.009 0.001 0.005 0.522 46 N 0.073 0.049 0.011 0.029 0.101 0.167 0.108 0.007 0.001 0.008 0.447 47 E 0.148 0.049 0.013 0.020 0.035 0.042 0.142 0.005 0.001 0.014 0.531 48 Q 0.073 0.050 0.020 0.026 0.039 0.055 0.307 0.003 0.001 0.040 0.387 49 G 0.359 0.015 0.017 0.019 0.056 0.078 0.130 0.004 0.001 0.029 0.293 50 V 0.256 0.046 0.055 0.080 0.127 0.098 0.070 0.003 0.001 0.006 0.258 51 T 0.006 0.006 0.003 0.204 0.183 0.224 0.054 0.001 0.001 0.001 0.317 52 L 0.008 0.007 0.002 0.127 0.287 0.394 0.030 0.001 0.001 0.002 0.140 53 S 0.007 0.007 0.001 0.234 0.230 0.291 0.063 0.001 0.001 0.002 0.164 54 I 0.012 0.008 0.002 0.108 0.124 0.323 0.062 0.001 0.001 0.003 0.358 55 T 0.017 0.034 0.003 0.177 0.132 0.228 0.154 0.001 0.001 0.004 0.248 56 N 0.045 0.023 0.004 0.061 0.071 0.133 0.141 0.002 0.001 0.009 0.511 57 V 0.059 0.127 0.016 0.059 0.048 0.079 0.159 0.002 0.001 0.005 0.447 58 T 0.010 0.069 0.002 0.020 0.036 0.070 0.365 0.001 0.001 0.003 0.424 59 D 0.119 0.116 0.006 0.014 0.037 0.048 0.201 0.003 0.001 0.012 0.445 60 L 0.036 0.627 0.007 0.009 0.016 0.017 0.107 0.002 0.001 0.002 0.178 61 V 0.015 0.726 0.005 0.007 0.020 0.036 0.063 0.002 0.001 0.001 0.127 62 L 0.011 0.805 0.003 0.010 0.025 0.034 0.024 0.004 0.001 0.001 0.083 63 K 0.013 0.817 0.003 0.005 0.027 0.031 0.016 0.005 0.001 0.001 0.082 64 L 0.015 0.849 0.006 0.005 0.018 0.029 0.008 0.009 0.001 0.001 0.062 65 K 0.022 0.822 0.011 0.005 0.019 0.035 0.010 0.014 0.001 0.001 0.063 66 K 0.070 0.614 0.009 0.008 0.030 0.057 0.017 0.028 0.001 0.001 0.165 67 T 0.186 0.465 0.030 0.006 0.019 0.029 0.027 0.041 0.001 0.003 0.194 68 A 0.245 0.313 0.062 0.010 0.016 0.034 0.030 0.033 0.001 0.003 0.255 69 H 0.108 0.154 0.049 0.015 0.021 0.032 0.158 0.021 0.001 0.006 0.436 70 D 0.341 0.092 0.067 0.013 0.038 0.036 0.067 0.015 0.001 0.014 0.318 71 T 0.082 0.065 0.028 0.013 0.020 0.022 0.066 0.003 0.001 0.007 0.692 72 L 0.053 0.044 0.019 0.038 0.077 0.096 0.372 0.002 0.001 0.008 0.292 73 L 0.088 0.074 0.011 0.100 0.135 0.211 0.159 0.002 0.001 0.007 0.214 74 V 0.012 0.074 0.004 0.138 0.334 0.320 0.040 0.001 0.001 0.001 0.074 75 Y 0.006 0.053 0.003 0.125 0.279 0.340 0.032 0.001 0.001 0.001 0.160 76 F 0.007 0.028 0.002 0.120 0.232 0.513 0.010 0.001 0.001 0.001 0.088 77 R 0.011 0.018 0.001 0.081 0.222 0.523 0.019 0.001 0.001 0.001 0.122 78 D 0.050 0.022 0.005 0.087 0.117 0.275 0.062 0.002 0.001 0.003 0.378 79 M 0.221 0.034 0.010 0.096 0.162 0.224 0.038 0.006 0.001 0.004 0.205 80 T 0.079 0.020 0.009 0.053 0.099 0.129 0.126 0.007 0.001 0.005 0.472 81 L 0.119 0.017 0.088 0.117 0.074 0.161 0.064 0.007 0.001 0.013 0.341 82 K 0.022 0.006 0.007 0.066 0.157 0.121 0.267 0.001 0.001 0.006 0.347 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 84 H 0.012 0.002 0.002 0.063 0.100 0.325 0.107 0.001 0.001 0.005 0.383 85 T 0.212 0.006 0.003 0.047 0.072 0.092 0.124 0.001 0.001 0.026 0.417 86 R 0.075 0.018 0.003 0.074 0.084 0.154 0.083 0.001 0.001 0.004 0.505 87 Y 0.023 0.005 0.002 0.104 0.269 0.300 0.097 0.001 0.001 0.005 0.194 88 T 0.033 0.006 0.002 0.060 0.204 0.244 0.066 0.001 0.001 0.004 0.381 89 V 0.011 0.012 0.003 0.121 0.346 0.339 0.031 0.001 0.001 0.002 0.136 90 R 0.004 0.006 0.001 0.092 0.260 0.389 0.056 0.001 0.001 0.001 0.190 91 I 0.005 0.008 0.002 0.111 0.300 0.360 0.045 0.001 0.001 0.002 0.167 92 G 0.006 0.009 0.001 0.053 0.286 0.310 0.076 0.001 0.001 0.003 0.255 93 F 0.007 0.004 0.002 0.058 0.163 0.330 0.049 0.001 0.001 0.002 0.385 94 K 0.016 0.018 0.003 0.082 0.143 0.285 0.125 0.001 0.001 0.005 0.322 95 Q 0.039 0.025 0.003 0.050 0.085 0.136 0.164 0.002 0.001 0.019 0.478 96 G 0.222 0.016 0.006 0.030 0.059 0.107 0.089 0.004 0.001 0.032 0.434 97 I 0.348 0.032 0.049 0.046 0.068 0.092 0.100 0.004 0.001 0.010 0.251 98 K 0.012 0.010 0.001 0.062 0.041 0.051 0.129 0.001 0.001 0.001 0.692 99 G 0.052 0.010 0.008 0.037 0.108 0.154 0.062 0.002 0.001 0.013 0.554 100 G 0.151 0.011 0.007 0.048 0.087 0.130 0.094 0.002 0.001 0.023 0.447 101 D 0.080 0.004 0.010 0.045 0.049 0.077 0.188 0.001 0.001 0.006 0.540 102 V 0.039 0.011 0.005 0.096 0.157 0.192 0.108 0.001 0.001 0.005 0.387 103 N 0.020 0.013 0.002 0.071 0.129 0.191 0.185 0.001 0.001 0.014 0.375 104 F 0.105 0.019 0.007 0.093 0.119 0.193 0.096 0.001 0.001 0.026 0.340 105 E 0.027 0.009 0.003 0.091 0.111 0.151 0.309 0.001 0.001 0.005 0.293 106 V 0.024 0.011 0.005 0.122 0.196 0.274 0.126 0.001 0.001 0.005 0.237 107 T 0.010 0.014 0.002 0.117 0.273 0.395 0.049 0.001 0.001 0.004 0.135 108 N 0.013 0.010 0.002 0.108 0.280 0.294 0.049 0.001 0.001 0.004 0.239 109 F 0.036 0.018 0.004 0.141 0.179 0.269 0.050 0.001 0.001 0.004 0.298 110 I 0.017 0.010 0.003 0.222 0.263 0.297 0.054 0.001 0.001 0.002 0.131 111 V 0.008 0.009 0.006 0.133 0.165 0.287 0.062 0.001 0.001 0.003 0.326 112 A 0.006 0.006 0.005 0.095 0.315 0.268 0.053 0.001 0.001 0.003 0.249 113 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 0.921 114 D 0.010 0.002 0.001 0.044 0.088 0.261 0.076 0.001 0.001 0.002 0.516 115 K 0.120 0.008 0.002 0.030 0.037 0.069 0.114 0.001 0.001 0.017 0.603 116 G 0.152 0.006 0.002 0.021 0.021 0.031 0.173 0.001 0.001 0.026 0.567 117 L 0.560 0.012 0.040 0.030 0.049 0.045 0.090 0.001 0.001 0.034 0.139 118 K 0.041 0.008 0.002 0.079 0.106 0.121 0.178 0.001 0.001 0.004 0.460 119 Y 0.018 0.006 0.003 0.069 0.331 0.316 0.051 0.001 0.001 0.002 0.203 120 T 0.012 0.008 0.002 0.144 0.209 0.384 0.036 0.001 0.001 0.002 0.202 121 I 0.010 0.006 0.002 0.152 0.268 0.413 0.026 0.001 0.001 0.002 0.120 122 S 0.006 0.006 0.001 0.175 0.233 0.287 0.065 0.001 0.001 0.002 0.226 123 L 0.012 0.006 0.002 0.090 0.191 0.402 0.045 0.001 0.001 0.004 0.249