# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.724 0.163 0.079 0.025 0.007 0.002 0.001 2 S 0.632 0.190 0.120 0.037 0.016 0.005 0.001 3 L 0.300 0.226 0.194 0.192 0.067 0.021 0.001 4 Q 0.582 0.225 0.138 0.038 0.013 0.004 0.001 5 G 0.176 0.238 0.248 0.193 0.111 0.032 0.003 6 I 0.068 0.056 0.080 0.164 0.298 0.299 0.035 7 R 0.127 0.196 0.240 0.255 0.132 0.045 0.006 8 E 0.246 0.297 0.234 0.137 0.058 0.024 0.004 9 A 0.104 0.116 0.177 0.244 0.230 0.114 0.014 10 L 0.113 0.113 0.146 0.247 0.220 0.138 0.023 11 D 0.431 0.277 0.182 0.069 0.026 0.012 0.002 12 N 0.311 0.234 0.182 0.142 0.086 0.039 0.007 13 R 0.251 0.219 0.196 0.154 0.099 0.067 0.015 14 R 0.214 0.187 0.180 0.183 0.126 0.086 0.024 15 T 0.225 0.191 0.178 0.164 0.127 0.090 0.026 16 A 0.103 0.113 0.139 0.186 0.203 0.191 0.064 17 A 0.096 0.115 0.137 0.165 0.188 0.209 0.090 18 Y 0.068 0.080 0.108 0.166 0.191 0.243 0.144 19 F 0.068 0.062 0.074 0.124 0.192 0.275 0.205 20 H 0.110 0.131 0.144 0.193 0.172 0.155 0.095 21 E 0.120 0.134 0.166 0.189 0.170 0.141 0.080 22 L 0.069 0.061 0.076 0.119 0.196 0.332 0.146 23 L 0.109 0.123 0.139 0.175 0.195 0.198 0.063 24 I 0.133 0.129 0.154 0.204 0.188 0.153 0.038 25 G 0.200 0.197 0.198 0.172 0.137 0.077 0.018 26 R 0.241 0.203 0.177 0.181 0.107 0.073 0.017 27 E 0.494 0.238 0.144 0.077 0.032 0.013 0.002 28 D 0.434 0.278 0.146 0.089 0.036 0.015 0.002 29 L 0.148 0.115 0.161 0.213 0.227 0.123 0.015 30 L 0.170 0.159 0.169 0.195 0.162 0.123 0.021 31 R 0.231 0.238 0.223 0.180 0.085 0.037 0.006 32 P 0.246 0.268 0.214 0.144 0.080 0.041 0.007 33 F 0.104 0.122 0.175 0.217 0.218 0.142 0.022 34 F 0.108 0.111 0.125 0.203 0.233 0.189 0.032 35 E 0.216 0.253 0.233 0.186 0.079 0.028 0.004 36 K 0.183 0.270 0.270 0.170 0.074 0.029 0.003 37 C 0.100 0.124 0.168 0.252 0.227 0.122 0.007 38 V 0.134 0.167 0.198 0.289 0.151 0.056 0.004 39 K 0.435 0.334 0.178 0.039 0.011 0.003 0.001 40 I 0.137 0.134 0.193 0.362 0.146 0.028 0.001 41 E 0.671 0.227 0.082 0.016 0.003 0.001 0.001 42 E 0.572 0.324 0.081 0.018 0.004 0.001 0.001 43 V 0.195 0.168 0.228 0.268 0.125 0.016 0.001 44 S 0.462 0.389 0.101 0.040 0.006 0.001 0.001 45 R 0.587 0.238 0.111 0.051 0.012 0.001 0.001 46 N 0.673 0.201 0.095 0.024 0.006 0.001 0.001 47 E 0.481 0.272 0.156 0.075 0.014 0.002 0.001 48 Q 0.709 0.194 0.077 0.015 0.003 0.001 0.001 49 G 0.377 0.340 0.181 0.074 0.022 0.006 0.001 50 V 0.068 0.103 0.165 0.289 0.281 0.090 0.004 51 T 0.162 0.254 0.251 0.192 0.095 0.039 0.005 52 L 0.077 0.084 0.110 0.170 0.233 0.266 0.059 53 S 0.109 0.166 0.202 0.240 0.165 0.090 0.027 54 I 0.079 0.078 0.093 0.155 0.225 0.267 0.104 55 T 0.157 0.169 0.165 0.183 0.156 0.120 0.051 56 N 0.128 0.159 0.165 0.175 0.157 0.148 0.068 57 V 0.095 0.098 0.114 0.175 0.202 0.212 0.104 58 T 0.137 0.178 0.169 0.195 0.146 0.124 0.051 59 D 0.148 0.174 0.225 0.170 0.139 0.104 0.040 60 L 0.043 0.056 0.082 0.149 0.241 0.314 0.114 61 V 0.046 0.060 0.108 0.161 0.242 0.274 0.110 62 L 0.058 0.096 0.127 0.190 0.229 0.233 0.067 63 K 0.088 0.196 0.288 0.250 0.116 0.050 0.012 64 L 0.049 0.049 0.073 0.173 0.332 0.270 0.054 65 K 0.171 0.244 0.235 0.190 0.100 0.050 0.010 66 K 0.275 0.259 0.183 0.161 0.079 0.037 0.006 67 T 0.308 0.247 0.181 0.148 0.078 0.033 0.005 68 A 0.286 0.200 0.176 0.146 0.108 0.070 0.014 69 H 0.309 0.212 0.163 0.151 0.096 0.055 0.014 70 D 0.365 0.216 0.159 0.119 0.075 0.050 0.015 71 T 0.288 0.191 0.168 0.139 0.102 0.081 0.030 72 L 0.173 0.141 0.143 0.163 0.165 0.148 0.067 73 L 0.096 0.087 0.103 0.143 0.184 0.254 0.133 74 V 0.093 0.091 0.118 0.148 0.186 0.251 0.114 75 Y 0.066 0.079 0.116 0.194 0.226 0.227 0.092 76 F 0.082 0.071 0.092 0.141 0.229 0.268 0.117 77 R 0.109 0.156 0.170 0.221 0.176 0.127 0.041 78 D 0.232 0.235 0.225 0.167 0.078 0.050 0.013 79 M 0.139 0.151 0.150 0.230 0.189 0.121 0.021 80 T 0.228 0.249 0.230 0.151 0.088 0.046 0.008 81 L 0.146 0.118 0.125 0.223 0.223 0.146 0.019 82 K 0.367 0.249 0.190 0.127 0.047 0.017 0.002 83 P 0.419 0.256 0.163 0.088 0.047 0.023 0.003 84 H 0.286 0.190 0.183 0.176 0.103 0.052 0.008 85 T 0.336 0.261 0.182 0.121 0.060 0.032 0.006 86 R 0.281 0.267 0.209 0.136 0.068 0.034 0.006 87 Y 0.097 0.123 0.148 0.239 0.236 0.138 0.019 88 T 0.106 0.174 0.246 0.200 0.149 0.100 0.025 89 V 0.030 0.052 0.069 0.149 0.249 0.370 0.080 90 R 0.048 0.142 0.284 0.296 0.153 0.065 0.012 91 I 0.030 0.063 0.092 0.195 0.291 0.277 0.051 92 G 0.057 0.166 0.277 0.255 0.162 0.069 0.012 93 F 0.027 0.044 0.074 0.222 0.357 0.242 0.033 94 K 0.232 0.299 0.285 0.138 0.035 0.010 0.001 95 Q 0.346 0.329 0.198 0.079 0.032 0.013 0.002 96 G 0.141 0.219 0.233 0.220 0.130 0.051 0.005 97 I 0.093 0.099 0.136 0.237 0.268 0.146 0.020 98 K 0.328 0.334 0.179 0.108 0.037 0.012 0.002 99 G 0.297 0.259 0.181 0.135 0.085 0.038 0.006 100 G 0.180 0.193 0.172 0.196 0.152 0.088 0.019 101 D 0.206 0.235 0.211 0.173 0.099 0.058 0.017 102 V 0.073 0.094 0.123 0.206 0.256 0.203 0.045 103 N 0.090 0.167 0.211 0.221 0.161 0.115 0.036 104 F 0.029 0.036 0.057 0.111 0.238 0.378 0.151 105 E 0.052 0.132 0.198 0.249 0.181 0.124 0.063 106 V 0.019 0.034 0.055 0.102 0.192 0.351 0.246 107 T 0.029 0.074 0.112 0.192 0.218 0.228 0.146 108 N 0.029 0.069 0.113 0.181 0.216 0.231 0.161 109 F 0.023 0.041 0.065 0.112 0.207 0.352 0.201 110 I 0.023 0.038 0.062 0.119 0.216 0.381 0.161 111 V 0.049 0.071 0.110 0.172 0.247 0.261 0.091 112 A 0.081 0.112 0.172 0.245 0.229 0.133 0.028 113 P 0.170 0.216 0.235 0.190 0.123 0.057 0.008 114 D 0.430 0.274 0.160 0.092 0.030 0.012 0.001 115 K 0.579 0.238 0.120 0.041 0.017 0.004 0.001 116 G 0.385 0.383 0.110 0.083 0.029 0.010 0.001 117 L 0.154 0.148 0.219 0.252 0.182 0.043 0.002 118 K 0.467 0.326 0.134 0.058 0.011 0.004 0.001 119 Y 0.079 0.116 0.198 0.294 0.238 0.072 0.004 120 T 0.167 0.242 0.230 0.197 0.115 0.045 0.004 121 I 0.129 0.135 0.178 0.266 0.208 0.077 0.007 122 S 0.500 0.312 0.124 0.048 0.013 0.004 0.001 123 L 0.202 0.172 0.187 0.217 0.161 0.057 0.004