# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 D 0.020 0.005 0.012 0.029 0.052 0.266 0.006 0.610 3 L 0.483 0.013 0.028 0.016 0.031 0.043 0.013 0.373 4 D 0.071 0.029 0.037 0.047 0.053 0.261 0.011 0.492 5 G 0.211 0.010 0.036 0.020 0.031 0.181 0.032 0.479 6 Y 0.271 0.028 0.096 0.039 0.056 0.114 0.021 0.375 7 T 0.067 0.009 0.114 0.132 0.104 0.200 0.011 0.362 8 T 0.016 0.006 0.051 0.047 0.064 0.097 0.003 0.716 9 L 0.018 0.006 0.174 0.203 0.316 0.062 0.003 0.217 10 K 0.023 0.010 0.229 0.118 0.194 0.136 0.004 0.286 11 C 0.018 0.011 0.386 0.147 0.182 0.042 0.004 0.209 12 D 0.009 0.006 0.356 0.179 0.267 0.048 0.003 0.132 13 F 0.014 0.011 0.223 0.099 0.154 0.064 0.005 0.429 14 H 0.010 0.007 0.276 0.171 0.282 0.134 0.006 0.114 15 M 0.033 0.011 0.173 0.112 0.191 0.123 0.012 0.345 16 H 0.024 0.016 0.233 0.166 0.271 0.067 0.007 0.217 17 S 0.031 0.014 0.135 0.177 0.222 0.089 0.008 0.325 18 V 0.033 0.017 0.090 0.131 0.254 0.057 0.008 0.409 19 F 0.032 0.012 0.109 0.242 0.264 0.085 0.009 0.247 20 S 0.036 0.021 0.080 0.109 0.115 0.222 0.012 0.406 21 D 0.052 0.020 0.068 0.027 0.069 0.114 0.020 0.630 22 G 0.155 0.011 0.055 0.013 0.024 0.392 0.043 0.307 23 L 0.340 0.006 0.091 0.019 0.019 0.190 0.054 0.281 24 V 0.052 0.022 0.133 0.031 0.044 0.290 0.009 0.419 25 W 0.019 0.012 0.039 0.013 0.030 0.227 0.002 0.658 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 27 T 0.006 0.010 0.006 0.003 0.012 0.265 0.001 0.697 28 V 0.138 0.172 0.008 0.002 0.007 0.129 0.004 0.540 29 R 0.053 0.782 0.002 0.001 0.002 0.018 0.001 0.142 30 V 0.008 0.942 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.034 31 D 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 32 E 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 33 A 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 34 Y 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 R 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 36 D 0.027 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.007 37 G 0.525 0.167 0.022 0.001 0.001 0.002 0.266 0.016 38 L 0.052 0.138 0.668 0.030 0.005 0.017 0.023 0.067 39 D 0.010 0.017 0.599 0.169 0.053 0.053 0.008 0.091 40 A 0.018 0.031 0.339 0.042 0.077 0.054 0.006 0.434 41 I 0.009 0.014 0.753 0.104 0.062 0.022 0.002 0.034 42 S 0.007 0.012 0.650 0.081 0.151 0.025 0.003 0.070 43 L 0.012 0.013 0.544 0.158 0.199 0.011 0.004 0.059 44 T 0.010 0.013 0.388 0.172 0.244 0.039 0.004 0.129 45 E 0.021 0.014 0.073 0.112 0.191 0.135 0.009 0.446 46 H 0.041 0.018 0.091 0.068 0.169 0.203 0.014 0.397 47 I 0.050 0.021 0.031 0.028 0.049 0.262 0.012 0.547 48 E 0.167 0.032 0.027 0.021 0.040 0.209 0.023 0.480 49 Y 0.207 0.072 0.034 0.017 0.036 0.126 0.021 0.488 50 R 0.126 0.061 0.049 0.029 0.045 0.149 0.008 0.534 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 52 H 0.039 0.031 0.028 0.025 0.089 0.157 0.006 0.625 53 K 0.182 0.114 0.027 0.018 0.035 0.073 0.009 0.543 54 Q 0.095 0.211 0.016 0.017 0.029 0.101 0.009 0.523 55 D 0.288 0.194 0.019 0.016 0.026 0.099 0.020 0.338 56 V 0.344 0.292 0.017 0.018 0.031 0.049 0.020 0.229 57 V 0.169 0.289 0.025 0.023 0.034 0.099 0.024 0.337 58 S 0.066 0.176 0.017 0.011 0.022 0.061 0.014 0.634 59 D 0.040 0.148 0.015 0.006 0.011 0.097 0.010 0.674 60 H 0.101 0.156 0.015 0.006 0.008 0.350 0.022 0.341 61 N 0.158 0.285 0.025 0.005 0.007 0.262 0.019 0.240 62 R 0.083 0.516 0.017 0.004 0.007 0.095 0.010 0.268 63 S 0.038 0.584 0.013 0.002 0.007 0.096 0.009 0.251 64 F 0.040 0.659 0.015 0.002 0.008 0.047 0.009 0.220 65 D 0.012 0.749 0.005 0.002 0.004 0.052 0.004 0.173 66 L 0.014 0.828 0.004 0.001 0.002 0.068 0.003 0.080 67 C 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.022 68 R 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 69 E 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.029 70 Q 0.017 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.021 71 A 0.020 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 72 E 0.063 0.858 0.006 0.003 0.001 0.009 0.021 0.038 73 K 0.089 0.798 0.008 0.002 0.002 0.004 0.030 0.067 74 L 0.222 0.439 0.032 0.012 0.010 0.009 0.116 0.160 75 G 0.333 0.047 0.165 0.024 0.013 0.059 0.095 0.264 76 I 0.043 0.009 0.439 0.089 0.033 0.042 0.011 0.335 77 L 0.006 0.001 0.465 0.228 0.179 0.031 0.002 0.088 78 L 0.004 0.001 0.291 0.111 0.093 0.042 0.002 0.458 79 I 0.001 0.001 0.612 0.112 0.216 0.013 0.001 0.046 80 K 0.002 0.001 0.112 0.095 0.095 0.055 0.002 0.637 81 G 0.007 0.001 0.257 0.051 0.144 0.074 0.005 0.460 82 S 0.057 0.002 0.221 0.160 0.168 0.123 0.009 0.259 83 E 0.025 0.003 0.189 0.123 0.159 0.105 0.005 0.391 84 I 0.009 0.002 0.121 0.270 0.362 0.038 0.002 0.196 85 T 0.007 0.003 0.160 0.190 0.410 0.035 0.002 0.193 86 R 0.016 0.010 0.057 0.131 0.195 0.066 0.004 0.521 87 A 0.026 0.010 0.092 0.099 0.216 0.137 0.008 0.410 88 M 0.062 0.010 0.062 0.070 0.102 0.105 0.018 0.570 89 A 0.067 0.013 0.040 0.062 0.085 0.150 0.009 0.574 90 P 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.001 0.981 91 G 0.047 0.006 0.035 0.032 0.061 0.184 0.009 0.625 92 H 0.335 0.008 0.060 0.029 0.041 0.117 0.016 0.395 93 F 0.075 0.020 0.147 0.101 0.121 0.069 0.006 0.461 94 N 0.019 0.010 0.271 0.147 0.233 0.087 0.003 0.230 95 A 0.027 0.020 0.130 0.074 0.135 0.083 0.005 0.526 96 I 0.021 0.020 0.235 0.130 0.251 0.085 0.006 0.252 97 F 0.037 0.029 0.107 0.086 0.131 0.114 0.010 0.486 98 L 0.062 0.042 0.137 0.075 0.140 0.094 0.012 0.439 99 S 0.063 0.045 0.067 0.057 0.101 0.156 0.013 0.498 100 D 0.101 0.035 0.044 0.024 0.049 0.096 0.018 0.633 101 S 0.101 0.025 0.026 0.013 0.024 0.203 0.027 0.581 102 N 0.276 0.022 0.029 0.015 0.024 0.149 0.019 0.466 103 P 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.979 104 L 0.034 0.020 0.014 0.009 0.019 0.289 0.005 0.611 105 E 0.219 0.044 0.016 0.007 0.011 0.165 0.012 0.527 106 Q 0.257 0.152 0.024 0.010 0.027 0.071 0.014 0.445 107 K 0.254 0.146 0.027 0.007 0.012 0.123 0.017 0.413 108 D 0.149 0.116 0.011 0.003 0.006 0.144 0.021 0.551 109 Y 0.111 0.207 0.031 0.003 0.013 0.068 0.011 0.557 110 K 0.012 0.109 0.006 0.001 0.002 0.255 0.003 0.611 111 D 0.029 0.188 0.007 0.001 0.002 0.512 0.004 0.257 112 A 0.015 0.911 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.065 113 F 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 114 R 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 115 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 116 A 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 117 K 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 118 K 0.037 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 119 Q 0.178 0.642 0.008 0.001 0.001 0.002 0.142 0.027 120 G 0.416 0.080 0.072 0.005 0.002 0.011 0.318 0.096 121 A 0.056 0.014 0.575 0.044 0.009 0.056 0.020 0.226 122 F 0.005 0.001 0.702 0.092 0.045 0.049 0.002 0.104 123 M 0.005 0.002 0.537 0.121 0.098 0.043 0.002 0.192 124 F 0.002 0.001 0.714 0.068 0.102 0.019 0.001 0.093 125 W 0.002 0.001 0.679 0.083 0.154 0.011 0.001 0.069 126 N 0.004 0.003 0.527 0.092 0.160 0.037 0.003 0.175 127 H 0.010 0.003 0.313 0.106 0.160 0.093 0.004 0.310 128 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.985 129 G 0.019 0.002 0.036 0.027 0.079 0.196 0.006 0.634 130 W 0.234 0.009 0.043 0.031 0.050 0.096 0.012 0.525 131 D 0.122 0.028 0.024 0.046 0.057 0.155 0.008 0.560 132 S 0.164 0.027 0.022 0.033 0.067 0.105 0.012 0.570 133 Q 0.197 0.030 0.020 0.025 0.038 0.211 0.024 0.456 134 Q 0.252 0.018 0.018 0.031 0.036 0.184 0.020 0.440 135 P 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.982 136 D 0.016 0.012 0.012 0.015 0.033 0.346 0.005 0.562 137 T 0.297 0.026 0.023 0.012 0.024 0.150 0.024 0.444 138 T 0.200 0.107 0.029 0.019 0.030 0.190 0.015 0.409 139 K 0.186 0.075 0.034 0.021 0.029 0.175 0.019 0.460 140 W 0.127 0.110 0.029 0.013 0.022 0.166 0.019 0.514 141 W 0.113 0.104 0.037 0.020 0.039 0.193 0.012 0.483 142 P 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.969 143 E 0.013 0.091 0.013 0.007 0.025 0.201 0.004 0.647 144 H 0.141 0.329 0.013 0.008 0.017 0.132 0.012 0.348 145 T 0.044 0.806 0.005 0.004 0.009 0.025 0.003 0.105 146 A 0.041 0.827 0.006 0.007 0.011 0.023 0.004 0.081 147 L 0.047 0.851 0.004 0.006 0.010 0.013 0.008 0.060 148 Y 0.088 0.791 0.007 0.010 0.012 0.010 0.020 0.062 149 Q 0.141 0.629 0.017 0.015 0.017 0.012 0.042 0.127 150 E 0.129 0.320 0.083 0.022 0.022 0.027 0.059 0.338 151 G 0.212 0.087 0.136 0.037 0.033 0.094 0.065 0.336 152 C 0.111 0.030 0.297 0.064 0.054 0.112 0.019 0.313 153 M 0.011 0.009 0.487 0.186 0.146 0.037 0.003 0.122 154 H 0.008 0.011 0.375 0.145 0.183 0.054 0.003 0.221 155 G 0.014 0.016 0.311 0.103 0.206 0.044 0.004 0.302 156 I 0.013 0.017 0.239 0.162 0.311 0.052 0.005 0.202 157 E 0.022 0.017 0.093 0.108 0.132 0.086 0.010 0.532 158 V 0.039 0.020 0.088 0.082 0.156 0.109 0.011 0.495 159 A 0.045 0.024 0.038 0.032 0.064 0.133 0.010 0.653 160 N 0.067 0.028 0.021 0.016 0.034 0.202 0.017 0.615 161 G 0.227 0.033 0.022 0.014 0.028 0.086 0.023 0.567 162 H 0.147 0.038 0.014 0.011 0.014 0.177 0.012 0.587 163 L 0.112 0.031 0.015 0.013 0.016 0.178 0.010 0.625 164 Y 0.146 0.079 0.017 0.006 0.016 0.140 0.014 0.583 165 M 0.143 0.080 0.018 0.008 0.021 0.146 0.006 0.577 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 167 E 0.005 0.086 0.004 0.001 0.004 0.288 0.001 0.610 168 A 0.062 0.613 0.005 0.001 0.003 0.155 0.003 0.159 169 I 0.005 0.955 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.027 170 Q 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 171 W 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 172 C 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 173 L 0.016 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 174 D 0.030 0.912 0.008 0.001 0.001 0.002 0.028 0.017 175 K 0.272 0.476 0.026 0.003 0.002 0.008 0.170 0.044 176 N 0.479 0.073 0.110 0.007 0.003 0.030 0.200 0.098 177 L 0.046 0.024 0.694 0.031 0.010 0.048 0.011 0.136 178 T 0.009 0.005 0.640 0.074 0.064 0.078 0.003 0.126 179 M 0.015 0.009 0.487 0.055 0.063 0.088 0.003 0.280 180 I 0.005 0.005 0.745 0.034 0.082 0.040 0.001 0.087 181 G 0.009 0.010 0.483 0.054 0.120 0.057 0.004 0.262 182 T 0.026 0.012 0.370 0.038 0.085 0.136 0.010 0.323 183 S 0.041 0.013 0.133 0.032 0.041 0.254 0.013 0.474 184 D 0.091 0.033 0.078 0.029 0.052 0.196 0.013 0.507 185 I 0.116 0.078 0.067 0.027 0.057 0.216 0.014 0.424 186 H 0.160 0.051 0.036 0.016 0.029 0.316 0.042 0.349 187 Q 0.600 0.023 0.023 0.015 0.017 0.075 0.024 0.223 188 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 189 I 0.025 0.010 0.034 0.033 0.068 0.234 0.005 0.590 190 Q 0.215 0.023 0.031 0.019 0.032 0.102 0.012 0.566 191 T 0.118 0.043 0.038 0.039 0.069 0.099 0.010 0.585 192 D 0.095 0.035 0.055 0.032 0.061 0.136 0.010 0.576 193 Y 0.113 0.050 0.031 0.029 0.038 0.168 0.014 0.557 194 D 0.078 0.053 0.028 0.030 0.041 0.253 0.016 0.500 195 F 0.109 0.105 0.053 0.033 0.066 0.121 0.015 0.498 196 E 0.073 0.135 0.038 0.033 0.045 0.297 0.016 0.363 197 K 0.217 0.097 0.029 0.021 0.039 0.102 0.046 0.449 198 G 0.228 0.175 0.049 0.030 0.054 0.091 0.029 0.345 199 E 0.095 0.062 0.043 0.036 0.035 0.158 0.019 0.552 200 H 0.058 0.051 0.045 0.032 0.051 0.103 0.011 0.649 201 R 0.085 0.062 0.050 0.044 0.073 0.099 0.010 0.577 202 T 0.058 0.055 0.038 0.025 0.042 0.111 0.009 0.661 203 M 0.103 0.086 0.067 0.027 0.046 0.097 0.014 0.559 204 T 0.142 0.100 0.048 0.026 0.041 0.148 0.018 0.476 205 F 0.112 0.094 0.059 0.032 0.049 0.114 0.016 0.526 206 V 0.051 0.132 0.081 0.040 0.058 0.180 0.007 0.452 207 F 0.022 0.154 0.022 0.014 0.029 0.199 0.004 0.556 208 A 0.029 0.368 0.028 0.013 0.059 0.085 0.005 0.414 209 K 0.017 0.551 0.011 0.007 0.019 0.075 0.005 0.316 210 E 0.037 0.728 0.005 0.005 0.008 0.053 0.008 0.154 211 R 0.024 0.929 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.031 212 S 0.014 0.956 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.017 213 L 0.030 0.897 0.005 0.001 0.003 0.008 0.010 0.046 214 Q 0.085 0.758 0.011 0.002 0.004 0.013 0.037 0.089 215 G 0.211 0.437 0.025 0.003 0.004 0.049 0.070 0.202 216 I 0.066 0.467 0.056 0.004 0.006 0.128 0.022 0.252 217 R 0.020 0.552 0.039 0.004 0.009 0.045 0.004 0.328 218 E 0.012 0.626 0.004 0.001 0.003 0.071 0.002 0.281 219 A 0.072 0.711 0.005 0.002 0.003 0.077 0.009 0.121 220 L 0.057 0.907 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.023 221 D 0.059 0.865 0.003 0.001 0.002 0.007 0.010 0.054 222 N 0.065 0.722 0.007 0.002 0.003 0.014 0.039 0.150 223 R 0.103 0.668 0.025 0.002 0.005 0.018 0.039 0.139 224 R 0.080 0.489 0.056 0.008 0.006 0.141 0.026 0.194 225 T 0.033 0.454 0.085 0.010 0.009 0.242 0.011 0.156 226 A 0.025 0.802 0.017 0.005 0.010 0.012 0.004 0.124 227 A 0.033 0.832 0.009 0.005 0.009 0.023 0.008 0.081 228 Y 0.178 0.576 0.031 0.015 0.015 0.034 0.045 0.106 229 F 0.164 0.624 0.028 0.022 0.023 0.010 0.034 0.093 230 H 0.169 0.410 0.032 0.029 0.033 0.028 0.042 0.256