# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 458 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.695 0.202 0.066 0.027 0.009 0.001 0.001 2 D 0.641 0.297 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 3 L 0.134 0.104 0.297 0.328 0.119 0.018 0.001 4 D 0.533 0.330 0.102 0.029 0.006 0.001 0.001 5 G 0.643 0.292 0.044 0.015 0.005 0.001 0.001 6 Y 0.160 0.161 0.218 0.291 0.132 0.037 0.002 7 T 0.246 0.305 0.247 0.130 0.054 0.016 0.001 8 T 0.157 0.237 0.243 0.198 0.112 0.044 0.009 9 L 0.033 0.041 0.071 0.149 0.343 0.284 0.078 10 K 0.025 0.088 0.157 0.240 0.221 0.203 0.066 11 C 0.006 0.009 0.015 0.035 0.122 0.405 0.408 12 D 0.008 0.020 0.040 0.080 0.151 0.307 0.394 13 F 0.002 0.003 0.004 0.011 0.050 0.263 0.667 14 H 0.002 0.004 0.006 0.017 0.044 0.189 0.738 15 M 0.001 0.002 0.003 0.006 0.028 0.200 0.760 16 H 0.003 0.005 0.008 0.019 0.047 0.184 0.733 17 S 0.006 0.010 0.013 0.028 0.069 0.255 0.619 18 V 0.013 0.022 0.029 0.057 0.127 0.287 0.465 19 F 0.023 0.027 0.030 0.063 0.122 0.280 0.454 20 S 0.034 0.037 0.040 0.082 0.131 0.294 0.383 21 D 0.070 0.084 0.103 0.159 0.159 0.210 0.216 22 G 0.089 0.096 0.093 0.141 0.182 0.242 0.157 23 L 0.115 0.189 0.181 0.164 0.155 0.140 0.056 24 V 0.086 0.119 0.160 0.221 0.214 0.152 0.049 25 W 0.066 0.115 0.168 0.205 0.234 0.162 0.051 26 P 0.043 0.060 0.088 0.158 0.247 0.311 0.093 27 T 0.148 0.313 0.255 0.161 0.088 0.032 0.004 28 V 0.138 0.298 0.234 0.218 0.084 0.026 0.002 29 R 0.011 0.044 0.125 0.251 0.344 0.208 0.018 30 V 0.012 0.031 0.059 0.169 0.350 0.350 0.029 31 D 0.074 0.335 0.333 0.164 0.078 0.015 0.001 32 E 0.053 0.255 0.315 0.300 0.067 0.009 0.001 33 A 0.009 0.022 0.075 0.160 0.446 0.278 0.011 34 Y 0.034 0.130 0.273 0.398 0.138 0.027 0.001 35 R 0.390 0.454 0.116 0.029 0.009 0.002 0.001 36 D 0.052 0.195 0.371 0.327 0.048 0.007 0.001 37 G 0.067 0.181 0.192 0.212 0.246 0.095 0.006 38 L 0.006 0.016 0.043 0.145 0.397 0.345 0.049 39 D 0.006 0.052 0.204 0.335 0.246 0.139 0.018 40 A 0.001 0.002 0.006 0.019 0.112 0.494 0.366 41 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.155 0.835 42 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.098 0.891 43 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.103 0.874 44 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.292 0.667 45 E 0.001 0.006 0.016 0.042 0.159 0.377 0.399 46 H 0.008 0.026 0.040 0.100 0.192 0.374 0.260 47 I 0.024 0.064 0.117 0.192 0.309 0.238 0.057 48 E 0.071 0.168 0.220 0.230 0.165 0.122 0.024 49 Y 0.061 0.102 0.150 0.218 0.282 0.163 0.025 50 R 0.219 0.272 0.219 0.169 0.085 0.031 0.004 51 P 0.229 0.260 0.219 0.166 0.084 0.038 0.005 52 H 0.103 0.112 0.151 0.231 0.257 0.129 0.018 53 K 0.155 0.232 0.254 0.218 0.100 0.038 0.003 54 Q 0.154 0.238 0.264 0.205 0.096 0.039 0.003 55 D 0.119 0.166 0.175 0.203 0.212 0.115 0.010 56 V 0.099 0.122 0.180 0.255 0.232 0.103 0.009 57 V 0.256 0.265 0.242 0.161 0.056 0.019 0.001 58 S 0.467 0.266 0.153 0.080 0.027 0.007 0.001 59 D 0.638 0.240 0.070 0.035 0.014 0.004 0.001 60 H 0.396 0.265 0.156 0.112 0.051 0.018 0.001 61 N 0.300 0.252 0.199 0.147 0.071 0.027 0.002 62 R 0.298 0.250 0.199 0.145 0.075 0.030 0.003 63 S 0.346 0.252 0.169 0.125 0.074 0.030 0.004 64 F 0.183 0.175 0.208 0.213 0.148 0.066 0.006 65 D 0.286 0.298 0.192 0.120 0.071 0.030 0.003 66 L 0.132 0.174 0.207 0.245 0.163 0.073 0.007 67 C 0.129 0.174 0.198 0.223 0.184 0.088 0.005 68 R 0.176 0.221 0.252 0.200 0.107 0.041 0.002 69 E 0.416 0.321 0.142 0.075 0.035 0.009 0.001 70 Q 0.181 0.218 0.251 0.229 0.094 0.026 0.001 71 A 0.172 0.189 0.281 0.227 0.106 0.024 0.001 72 E 0.542 0.317 0.091 0.035 0.012 0.003 0.001 73 K 0.404 0.368 0.138 0.063 0.022 0.006 0.001 74 L 0.077 0.176 0.281 0.317 0.118 0.029 0.001 75 G 0.049 0.244 0.325 0.242 0.103 0.035 0.002 76 I 0.007 0.015 0.030 0.095 0.342 0.443 0.067 77 L 0.005 0.045 0.155 0.350 0.273 0.159 0.013 78 L 0.001 0.005 0.011 0.033 0.116 0.496 0.336 79 I 0.001 0.004 0.019 0.060 0.178 0.402 0.336 80 K 0.002 0.011 0.029 0.075 0.203 0.370 0.310 81 G 0.001 0.005 0.013 0.032 0.097 0.326 0.525 82 S 0.001 0.001 0.003 0.009 0.043 0.303 0.639 83 E 0.002 0.007 0.014 0.035 0.100 0.317 0.524 84 I 0.006 0.014 0.023 0.055 0.166 0.353 0.383 85 T 0.020 0.051 0.071 0.129 0.237 0.340 0.152 86 R 0.047 0.108 0.162 0.210 0.244 0.182 0.047 87 A 0.101 0.166 0.181 0.223 0.194 0.113 0.023 88 M 0.129 0.164 0.217 0.225 0.165 0.087 0.014 89 A 0.313 0.247 0.193 0.139 0.066 0.035 0.006 90 P 0.356 0.258 0.174 0.122 0.056 0.028 0.006 91 G 0.185 0.178 0.191 0.205 0.142 0.081 0.017 92 H 0.098 0.140 0.160 0.210 0.194 0.158 0.041 93 F 0.055 0.059 0.068 0.119 0.221 0.328 0.148 94 N 0.046 0.067 0.079 0.126 0.196 0.289 0.196 95 A 0.030 0.039 0.052 0.094 0.175 0.320 0.289 96 I 0.028 0.047 0.061 0.108 0.200 0.320 0.236 97 F 0.045 0.094 0.132 0.183 0.241 0.218 0.087 98 L 0.048 0.101 0.144 0.217 0.252 0.194 0.044 99 S 0.115 0.169 0.216 0.224 0.174 0.090 0.013 100 D 0.230 0.245 0.218 0.178 0.089 0.037 0.003 101 S 0.410 0.266 0.163 0.100 0.044 0.017 0.002 102 N 0.378 0.215 0.179 0.141 0.066 0.020 0.001 103 P 0.530 0.284 0.114 0.050 0.017 0.005 0.001 104 L 0.249 0.199 0.229 0.197 0.097 0.027 0.002 105 E 0.348 0.319 0.172 0.099 0.046 0.015 0.001 106 Q 0.205 0.252 0.234 0.179 0.096 0.032 0.002 107 K 0.291 0.313 0.227 0.121 0.040 0.007 0.001 108 D 0.169 0.340 0.272 0.139 0.065 0.014 0.001 109 Y 0.021 0.045 0.104 0.247 0.362 0.204 0.017 110 K 0.047 0.232 0.294 0.268 0.120 0.038 0.001 111 D 0.088 0.327 0.278 0.217 0.072 0.017 0.001 112 A 0.002 0.010 0.038 0.114 0.344 0.440 0.053 113 F 0.002 0.009 0.024 0.075 0.317 0.502 0.071 114 R 0.010 0.111 0.287 0.355 0.168 0.064 0.005 115 E 0.004 0.040 0.203 0.413 0.267 0.069 0.005 116 A 0.001 0.002 0.006 0.018 0.152 0.702 0.119 117 K 0.010 0.066 0.230 0.381 0.248 0.060 0.005 118 K 0.090 0.359 0.263 0.188 0.062 0.034 0.004 119 Q 0.015 0.048 0.147 0.276 0.338 0.164 0.013 120 G 0.023 0.079 0.164 0.266 0.258 0.185 0.026 121 A 0.006 0.021 0.059 0.125 0.332 0.360 0.098 122 F 0.002 0.003 0.006 0.017 0.094 0.387 0.491 123 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.182 0.796 124 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.087 0.902 125 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.897 126 N 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.156 0.817 127 H 0.001 0.002 0.004 0.012 0.050 0.272 0.660 128 P 0.005 0.018 0.034 0.088 0.197 0.363 0.295 129 G 0.016 0.050 0.082 0.163 0.269 0.304 0.116 130 W 0.035 0.078 0.122 0.165 0.279 0.256 0.066 131 D 0.077 0.146 0.195 0.229 0.201 0.127 0.025 132 S 0.199 0.236 0.218 0.175 0.109 0.055 0.008 133 Q 0.248 0.206 0.203 0.187 0.104 0.045 0.005 134 Q 0.405 0.263 0.151 0.101 0.053 0.025 0.003 135 P 0.288 0.199 0.209 0.182 0.085 0.034 0.003 136 D 0.480 0.278 0.139 0.069 0.025 0.009 0.001 137 T 0.300 0.274 0.199 0.138 0.061 0.025 0.003 138 T 0.140 0.152 0.185 0.237 0.195 0.083 0.008 139 K 0.190 0.307 0.220 0.157 0.087 0.035 0.003 140 W 0.135 0.245 0.218 0.209 0.132 0.054 0.006 141 W 0.041 0.092 0.154 0.256 0.270 0.170 0.017 142 P 0.050 0.114 0.180 0.279 0.228 0.136 0.013 143 E 0.147 0.253 0.258 0.190 0.105 0.042 0.004 144 H 0.078 0.184 0.246 0.282 0.152 0.053 0.005 145 T 0.037 0.076 0.127 0.224 0.316 0.203 0.017 146 A 0.053 0.143 0.225 0.287 0.201 0.085 0.006 147 L 0.182 0.288 0.230 0.171 0.095 0.032 0.002 148 Y 0.110 0.172 0.222 0.243 0.185 0.063 0.005 149 Q 0.181 0.256 0.193 0.186 0.127 0.050 0.006 150 E 0.129 0.211 0.251 0.215 0.127 0.059 0.008 151 G 0.086 0.159 0.250 0.283 0.139 0.070 0.013 152 C 0.019 0.029 0.052 0.109 0.244 0.418 0.129 153 M 0.012 0.011 0.015 0.037 0.101 0.389 0.435 154 H 0.017 0.033 0.059 0.095 0.156 0.319 0.320 155 G 0.014 0.026 0.039 0.072 0.167 0.320 0.361 156 I 0.016 0.030 0.044 0.080 0.181 0.372 0.277 157 E 0.066 0.141 0.174 0.210 0.193 0.157 0.059 158 V 0.074 0.121 0.167 0.208 0.223 0.168 0.039 159 A 0.167 0.197 0.205 0.200 0.136 0.081 0.014 160 N 0.242 0.209 0.188 0.163 0.117 0.070 0.012 161 G 0.280 0.240 0.182 0.144 0.096 0.050 0.008 162 H 0.277 0.239 0.199 0.147 0.094 0.040 0.005 163 L 0.216 0.267 0.214 0.167 0.097 0.034 0.004 164 Y 0.113 0.165 0.191 0.209 0.205 0.105 0.014 165 M 0.070 0.130 0.189 0.246 0.218 0.134 0.014 166 P 0.233 0.321 0.230 0.134 0.058 0.022 0.002 167 E 0.062 0.185 0.311 0.281 0.123 0.033 0.005 168 A 0.004 0.012 0.020 0.055 0.253 0.535 0.119 169 I 0.004 0.034 0.104 0.312 0.329 0.206 0.011 170 Q 0.035 0.256 0.277 0.226 0.140 0.063 0.003 171 W 0.002 0.018 0.105 0.373 0.377 0.119 0.005 172 C 0.004 0.013 0.038 0.082 0.346 0.481 0.036 173 L 0.054 0.213 0.355 0.280 0.082 0.015 0.001 174 D 0.439 0.433 0.088 0.029 0.008 0.002 0.001 175 K 0.061 0.142 0.317 0.366 0.093 0.020 0.001 176 N 0.147 0.352 0.243 0.143 0.085 0.028 0.002 177 L 0.014 0.033 0.066 0.187 0.412 0.252 0.034 178 T 0.015 0.063 0.120 0.222 0.288 0.254 0.039 179 M 0.004 0.008 0.015 0.034 0.102 0.433 0.403 180 I 0.002 0.003 0.007 0.020 0.054 0.205 0.709 181 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.177 0.790 182 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.028 0.135 0.822 183 S 0.001 0.003 0.004 0.009 0.032 0.208 0.743 184 D 0.004 0.010 0.018 0.046 0.113 0.305 0.504 185 I 0.009 0.017 0.024 0.065 0.169 0.337 0.379 186 H 0.011 0.024 0.029 0.057 0.165 0.409 0.305 187 Q 0.056 0.116 0.166 0.213 0.199 0.168 0.083 188 P 0.132 0.188 0.186 0.203 0.150 0.104 0.038 189 I 0.152 0.172 0.196 0.206 0.164 0.091 0.019 190 Q 0.219 0.218 0.212 0.175 0.097 0.064 0.014 191 T 0.173 0.139 0.164 0.216 0.186 0.105 0.016 192 D 0.361 0.283 0.169 0.108 0.052 0.023 0.003 193 Y 0.262 0.208 0.195 0.176 0.108 0.046 0.005 194 D 0.352 0.297 0.157 0.108 0.060 0.024 0.002 195 F 0.233 0.194 0.213 0.207 0.107 0.041 0.004 196 E 0.507 0.270 0.120 0.063 0.030 0.010 0.001 197 K 0.405 0.286 0.164 0.095 0.035 0.014 0.002 198 G 0.176 0.144 0.197 0.239 0.170 0.066 0.007 199 E 0.252 0.306 0.217 0.136 0.060 0.026 0.002 200 H 0.165 0.175 0.187 0.209 0.167 0.085 0.012 201 R 0.148 0.179 0.188 0.216 0.166 0.091 0.012 202 T 0.164 0.201 0.210 0.199 0.137 0.077 0.012 203 M 0.170 0.198 0.206 0.206 0.133 0.073 0.014 204 T 0.145 0.160 0.149 0.185 0.196 0.139 0.026 205 F 0.083 0.119 0.156 0.213 0.234 0.166 0.030 206 V 0.116 0.170 0.199 0.211 0.182 0.105 0.017 207 F 0.119 0.180 0.208 0.225 0.171 0.087 0.010 208 A 0.186 0.205 0.226 0.209 0.120 0.048 0.005 209 K 0.307 0.270 0.189 0.138 0.071 0.024 0.002 210 E 0.368 0.318 0.170 0.092 0.039 0.012 0.001 211 R 0.125 0.153 0.227 0.283 0.158 0.051 0.003 212 S 0.212 0.249 0.239 0.176 0.090 0.032 0.002 213 L 0.183 0.190 0.240 0.229 0.118 0.037 0.002 214 Q 0.605 0.288 0.072 0.024 0.009 0.002 0.001 215 G 0.325 0.299 0.193 0.130 0.042 0.010 0.001 216 I 0.190 0.203 0.227 0.200 0.137 0.040 0.003 217 R 0.131 0.213 0.267 0.252 0.107 0.028 0.001 218 E 0.476 0.371 0.096 0.036 0.017 0.004 0.001 219 A 0.088 0.192 0.266 0.303 0.115 0.034 0.002 220 L 0.079 0.081 0.141 0.228 0.310 0.152 0.009 221 D 0.238 0.308 0.257 0.145 0.043 0.010 0.001 222 N 0.482 0.325 0.119 0.051 0.018 0.004 0.001 223 R 0.204 0.211 0.223 0.224 0.103 0.032 0.002 224 R 0.254 0.204 0.208 0.183 0.116 0.033 0.002 225 T 0.435 0.294 0.155 0.077 0.029 0.009 0.001 226 A 0.522 0.254 0.117 0.065 0.031 0.009 0.001 227 A 0.385 0.266 0.171 0.111 0.049 0.017 0.002 228 Y 0.284 0.209 0.191 0.166 0.101 0.044 0.005 229 F 0.295 0.146 0.166 0.192 0.121 0.069 0.012 230 H 0.550 0.205 0.113 0.073 0.039 0.017 0.003