# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2302 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.026 0.008 0.012 0.024 0.030 0.095 0.022 0.783 2 D 0.115 0.016 0.009 0.014 0.032 0.097 0.031 0.685 3 L 0.137 0.011 0.009 0.018 0.021 0.103 0.120 0.580 4 D 0.037 0.014 0.012 0.022 0.029 0.136 0.089 0.662 5 G 0.048 0.031 0.013 0.016 0.045 0.099 0.076 0.672 6 Y 0.058 0.024 0.024 0.039 0.055 0.114 0.056 0.629 7 T 0.109 0.039 0.037 0.079 0.143 0.085 0.080 0.427 8 T 0.025 0.016 0.035 0.047 0.100 0.110 0.065 0.603 9 L 0.007 0.011 0.131 0.143 0.255 0.113 0.049 0.291 10 K 0.008 0.010 0.119 0.095 0.183 0.095 0.085 0.405 11 C 0.019 0.021 0.181 0.183 0.163 0.081 0.110 0.243 12 D 0.021 0.018 0.340 0.110 0.172 0.065 0.110 0.164 13 F 0.017 0.014 0.231 0.095 0.178 0.074 0.134 0.257 14 H 0.014 0.012 0.363 0.109 0.188 0.056 0.112 0.145 15 M 0.027 0.018 0.199 0.102 0.177 0.099 0.088 0.291 16 H 0.021 0.010 0.209 0.126 0.180 0.098 0.094 0.262 17 S 0.029 0.011 0.145 0.066 0.121 0.144 0.154 0.331 18 V 0.062 0.015 0.100 0.043 0.073 0.198 0.103 0.406 19 F 0.153 0.008 0.030 0.018 0.030 0.135 0.060 0.566 20 S 0.191 0.013 0.014 0.016 0.026 0.109 0.080 0.551 21 D 0.041 0.008 0.015 0.015 0.044 0.127 0.031 0.719 22 G 0.041 0.009 0.019 0.022 0.049 0.163 0.032 0.665 23 L 0.011 0.009 0.020 0.042 0.046 0.146 0.050 0.676 24 V 0.016 0.038 0.012 0.014 0.017 0.111 0.025 0.767 25 W 0.104 0.499 0.008 0.012 0.009 0.042 0.145 0.182 26 P 0.032 0.914 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.028 27 T 0.018 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.019 28 V 0.004 0.955 0.002 0.002 0.001 0.004 0.018 0.015 29 R 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 30 V 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 31 D 0.007 0.960 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 32 E 0.057 0.814 0.015 0.001 0.001 0.006 0.059 0.048 33 A 0.097 0.017 0.134 0.002 0.001 0.007 0.717 0.026 34 Y 0.811 0.013 0.007 0.001 0.001 0.009 0.047 0.111 35 R 0.074 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.008 0.898 36 D 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.099 0.004 0.885 37 G 0.019 0.005 0.012 0.001 0.002 0.080 0.018 0.864 38 L 0.021 0.007 0.052 0.010 0.004 0.249 0.063 0.594 39 D 0.007 0.007 0.655 0.009 0.019 0.054 0.096 0.153 40 A 0.011 0.005 0.506 0.021 0.030 0.041 0.187 0.198 41 I 0.001 0.001 0.921 0.011 0.011 0.009 0.021 0.024 42 S 0.002 0.005 0.847 0.014 0.033 0.017 0.024 0.058 43 L 0.017 0.014 0.607 0.063 0.071 0.053 0.040 0.136 44 T 0.115 0.046 0.279 0.038 0.053 0.117 0.100 0.252 45 E 0.047 0.051 0.087 0.025 0.052 0.171 0.073 0.494 46 H 0.089 0.057 0.045 0.012 0.026 0.112 0.054 0.606 47 I 0.292 0.074 0.032 0.031 0.022 0.100 0.100 0.350 48 E 0.036 0.049 0.018 0.012 0.017 0.112 0.042 0.715 49 Y 0.082 0.068 0.017 0.011 0.018 0.085 0.046 0.673 50 R 0.154 0.076 0.024 0.024 0.022 0.117 0.079 0.504 51 P 0.085 0.053 0.021 0.015 0.022 0.103 0.059 0.642 52 H 0.193 0.070 0.020 0.014 0.022 0.097 0.051 0.532 53 K 0.103 0.060 0.018 0.014 0.020 0.115 0.043 0.626 54 Q 0.033 0.041 0.020 0.010 0.021 0.116 0.048 0.710 55 D 0.037 0.059 0.041 0.024 0.033 0.145 0.097 0.563 56 V 0.123 0.101 0.030 0.020 0.022 0.130 0.085 0.490 57 V 0.151 0.123 0.032 0.015 0.020 0.092 0.152 0.415 58 S 0.092 0.144 0.019 0.009 0.019 0.116 0.060 0.541 59 D 0.041 0.079 0.024 0.013 0.020 0.097 0.233 0.493 60 H 0.043 0.333 0.017 0.011 0.017 0.087 0.201 0.292 61 N 0.072 0.550 0.013 0.008 0.014 0.055 0.077 0.212 62 R 0.015 0.554 0.016 0.020 0.020 0.055 0.071 0.250 63 S 0.008 0.938 0.002 0.001 0.002 0.006 0.018 0.025 64 F 0.011 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.030 0.008 65 D 0.004 0.955 0.004 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 66 L 0.007 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.008 67 C 0.008 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 68 R 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 69 E 0.012 0.939 0.010 0.001 0.001 0.002 0.007 0.029 70 Q 0.130 0.720 0.029 0.002 0.001 0.010 0.052 0.055 71 A 0.227 0.012 0.285 0.003 0.001 0.016 0.377 0.080 72 E 0.709 0.006 0.004 0.001 0.001 0.011 0.015 0.255 73 K 0.136 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.839 74 L 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 0.178 0.004 0.804 75 G 0.003 0.001 0.012 0.001 0.004 0.048 0.006 0.925 76 I 0.016 0.002 0.029 0.019 0.007 0.095 0.029 0.802 77 L 0.008 0.005 0.668 0.035 0.031 0.058 0.044 0.153 78 L 0.026 0.007 0.319 0.028 0.043 0.072 0.078 0.426 79 I 0.009 0.005 0.723 0.045 0.025 0.028 0.041 0.125 80 K 0.051 0.021 0.420 0.029 0.055 0.071 0.063 0.290 81 G 0.027 0.017 0.215 0.042 0.089 0.089 0.171 0.351 82 S 0.012 0.017 0.238 0.091 0.159 0.080 0.110 0.294 83 E 0.029 0.018 0.148 0.116 0.204 0.077 0.091 0.318 84 I 0.021 0.009 0.130 0.191 0.205 0.068 0.065 0.311 85 T 0.040 0.009 0.091 0.135 0.210 0.086 0.075 0.354 86 R 0.057 0.006 0.040 0.065 0.093 0.124 0.067 0.549 87 A 0.035 0.005 0.025 0.035 0.052 0.134 0.045 0.668 88 M 0.082 0.008 0.014 0.013 0.019 0.115 0.054 0.695 89 A 0.127 0.036 0.015 0.020 0.029 0.134 0.061 0.579 90 P 0.028 0.024 0.028 0.018 0.045 0.133 0.058 0.666 91 G 0.026 0.047 0.074 0.068 0.156 0.119 0.099 0.410 92 H 0.026 0.055 0.116 0.135 0.225 0.080 0.096 0.266 93 F 0.013 0.028 0.166 0.156 0.250 0.059 0.061 0.268 94 N 0.018 0.023 0.220 0.203 0.313 0.041 0.055 0.126 95 A 0.022 0.014 0.196 0.144 0.232 0.060 0.110 0.223 96 I 0.027 0.016 0.159 0.176 0.236 0.079 0.101 0.206 97 F 0.053 0.012 0.070 0.087 0.140 0.103 0.079 0.456 98 L 0.060 0.013 0.033 0.046 0.074 0.122 0.084 0.567 99 S 0.191 0.034 0.015 0.018 0.027 0.119 0.075 0.521 100 D 0.037 0.034 0.008 0.009 0.014 0.154 0.025 0.720 101 S 0.027 0.055 0.005 0.004 0.005 0.091 0.015 0.798 102 N 0.222 0.461 0.007 0.006 0.005 0.046 0.085 0.170 103 P 0.186 0.444 0.008 0.005 0.006 0.054 0.073 0.223 104 L 0.196 0.329 0.017 0.008 0.010 0.047 0.095 0.297 105 E 0.085 0.338 0.012 0.010 0.016 0.066 0.092 0.380 106 Q 0.091 0.323 0.013 0.005 0.012 0.076 0.081 0.399 107 K 0.028 0.335 0.017 0.016 0.017 0.096 0.090 0.402 108 D 0.015 0.662 0.007 0.003 0.004 0.038 0.043 0.229 109 Y 0.016 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.013 110 K 0.011 0.939 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.012 111 D 0.006 0.951 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.012 112 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 113 F 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 114 R 0.006 0.965 0.006 0.001 0.001 0.002 0.007 0.013 115 E 0.051 0.755 0.028 0.002 0.002 0.010 0.092 0.060 116 A 0.120 0.035 0.169 0.004 0.002 0.018 0.604 0.047 117 K 0.662 0.017 0.013 0.002 0.001 0.022 0.091 0.192 118 K 0.081 0.003 0.003 0.001 0.001 0.019 0.008 0.886 119 Q 0.003 0.001 0.010 0.001 0.002 0.143 0.007 0.833 120 G 0.006 0.003 0.052 0.005 0.015 0.148 0.042 0.729 121 A 0.016 0.006 0.130 0.038 0.027 0.149 0.086 0.548 122 F 0.007 0.004 0.514 0.047 0.041 0.059 0.094 0.235 123 M 0.012 0.004 0.617 0.054 0.064 0.040 0.079 0.129 124 F 0.016 0.003 0.644 0.041 0.044 0.040 0.059 0.152 125 W 0.007 0.003 0.561 0.053 0.064 0.063 0.050 0.200 126 N 0.031 0.007 0.199 0.026 0.059 0.137 0.055 0.486 127 H 0.233 0.015 0.085 0.028 0.036 0.160 0.110 0.334 128 P 0.058 0.010 0.031 0.012 0.021 0.166 0.078 0.623 129 G 0.040 0.012 0.032 0.010 0.027 0.151 0.085 0.642 130 W 0.120 0.020 0.024 0.020 0.027 0.143 0.065 0.581 131 D 0.189 0.023 0.019 0.020 0.025 0.130 0.060 0.535 132 S 0.030 0.011 0.015 0.011 0.025 0.135 0.032 0.741 133 Q 0.036 0.008 0.012 0.009 0.017 0.132 0.052 0.734 134 Q 0.115 0.029 0.018 0.018 0.018 0.123 0.239 0.441 135 P 0.097 0.064 0.012 0.009 0.015 0.131 0.065 0.605 136 D 0.077 0.048 0.026 0.016 0.024 0.107 0.057 0.645 137 T 0.128 0.118 0.015 0.015 0.022 0.084 0.078 0.541 138 T 0.283 0.144 0.015 0.007 0.010 0.081 0.062 0.399 139 K 0.024 0.106 0.020 0.017 0.017 0.147 0.048 0.622 140 W 0.046 0.234 0.008 0.002 0.003 0.070 0.038 0.600 141 W 0.081 0.169 0.004 0.001 0.001 0.021 0.651 0.070 142 P 0.031 0.659 0.005 0.001 0.001 0.022 0.192 0.087 143 E 0.018 0.860 0.002 0.001 0.001 0.010 0.035 0.073 144 H 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 145 T 0.017 0.918 0.002 0.001 0.001 0.005 0.042 0.015 146 A 0.008 0.913 0.005 0.001 0.001 0.005 0.047 0.021 147 L 0.030 0.757 0.024 0.001 0.002 0.012 0.142 0.032 148 Y 0.094 0.597 0.033 0.002 0.001 0.015 0.217 0.041 149 Q 0.116 0.464 0.034 0.003 0.003 0.028 0.136 0.216 150 E 0.047 0.194 0.051 0.003 0.004 0.058 0.086 0.558 151 G 0.046 0.126 0.062 0.007 0.008 0.133 0.128 0.490 152 C 0.154 0.128 0.045 0.008 0.009 0.121 0.080 0.455 153 M 0.059 0.075 0.028 0.006 0.010 0.104 0.057 0.661 154 H 0.019 0.129 0.138 0.019 0.044 0.131 0.077 0.443 155 G 0.022 0.081 0.235 0.040 0.093 0.088 0.141 0.301 156 I 0.015 0.033 0.350 0.146 0.106 0.055 0.131 0.165 157 E 0.019 0.026 0.407 0.083 0.119 0.054 0.099 0.192 158 V 0.070 0.023 0.246 0.096 0.111 0.083 0.093 0.277 159 A 0.136 0.018 0.083 0.050 0.069 0.091 0.074 0.481 160 N 0.073 0.009 0.027 0.019 0.031 0.089 0.037 0.715 161 G 0.040 0.011 0.018 0.018 0.032 0.114 0.036 0.730 162 H 0.051 0.016 0.015 0.015 0.020 0.115 0.038 0.731 163 L 0.025 0.026 0.012 0.020 0.017 0.131 0.029 0.741 164 Y 0.047 0.154 0.007 0.006 0.007 0.069 0.036 0.675 165 M 0.107 0.664 0.003 0.003 0.003 0.021 0.075 0.124 166 P 0.026 0.789 0.004 0.002 0.003 0.018 0.064 0.094 167 E 0.008 0.888 0.003 0.003 0.004 0.009 0.043 0.043 168 A 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 169 I 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.006 170 Q 0.009 0.889 0.017 0.007 0.005 0.004 0.049 0.020 171 W 0.068 0.764 0.019 0.004 0.006 0.014 0.072 0.052 172 C 0.110 0.018 0.207 0.008 0.003 0.014 0.591 0.046 173 L 0.674 0.017 0.009 0.003 0.003 0.022 0.048 0.224 174 D 0.057 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.014 0.903 175 K 0.003 0.001 0.023 0.003 0.004 0.228 0.009 0.730 176 N 0.009 0.001 0.030 0.002 0.008 0.101 0.022 0.827 177 L 0.010 0.003 0.062 0.018 0.009 0.184 0.041 0.673 178 T 0.002 0.001 0.814 0.011 0.020 0.024 0.073 0.056 179 M 0.008 0.004 0.507 0.039 0.051 0.039 0.188 0.164 180 I 0.001 0.001 0.923 0.013 0.010 0.008 0.019 0.025 181 G 0.015 0.006 0.742 0.021 0.031 0.040 0.043 0.103 182 T 0.034 0.015 0.367 0.030 0.054 0.102 0.123 0.275 183 S 0.053 0.022 0.155 0.016 0.042 0.181 0.068 0.463 184 D 0.103 0.029 0.087 0.023 0.042 0.206 0.091 0.420 185 I 0.027 0.025 0.049 0.024 0.039 0.166 0.078 0.592 186 H 0.074 0.032 0.048 0.017 0.037 0.139 0.086 0.566 187 Q 0.180 0.038 0.021 0.031 0.033 0.126 0.213 0.358 188 P 0.048 0.037 0.020 0.014 0.023 0.123 0.101 0.634 189 I 0.139 0.081 0.013 0.012 0.025 0.127 0.040 0.563 190 Q 0.081 0.076 0.016 0.018 0.024 0.129 0.056 0.601 191 T 0.059 0.250 0.010 0.009 0.015 0.089 0.032 0.535 192 D 0.126 0.430 0.013 0.009 0.013 0.063 0.064 0.282 193 Y 0.061 0.365 0.025 0.022 0.016 0.081 0.073 0.357 194 D 0.097 0.651 0.010 0.006 0.008 0.026 0.049 0.155 195 F 0.118 0.598 0.011 0.005 0.006 0.034 0.068 0.160 196 E 0.028 0.524 0.032 0.015 0.016 0.044 0.089 0.253 197 K 0.095 0.574 0.007 0.004 0.008 0.033 0.045 0.235 198 G 0.058 0.135 0.019 0.007 0.009 0.045 0.587 0.140 199 E 0.049 0.411 0.017 0.013 0.023 0.072 0.191 0.224 200 H 0.056 0.112 0.016 0.008 0.019 0.064 0.274 0.452 201 R 0.021 0.190 0.039 0.040 0.039 0.115 0.225 0.331 202 T 0.112 0.272 0.031 0.016 0.052 0.081 0.091 0.346 203 M 0.075 0.161 0.035 0.048 0.054 0.105 0.073 0.449 204 T 0.036 0.230 0.087 0.032 0.075 0.088 0.065 0.387 205 F 0.050 0.198 0.074 0.051 0.060 0.099 0.069 0.399 206 V 0.026 0.145 0.169 0.078 0.065 0.086 0.064 0.367 207 F 0.174 0.217 0.060 0.023 0.030 0.055 0.087 0.353 208 A 0.151 0.120 0.054 0.026 0.020 0.070 0.210 0.349 209 K 0.058 0.238 0.020 0.013 0.018 0.055 0.092 0.505 210 E 0.102 0.185 0.014 0.006 0.010 0.069 0.043 0.570 211 R 0.024 0.123 0.026 0.031 0.021 0.120 0.092 0.562 212 S 0.083 0.537 0.007 0.003 0.005 0.042 0.060 0.262 213 L 0.114 0.709 0.004 0.002 0.002 0.022 0.047 0.100 214 Q 0.018 0.665 0.011 0.005 0.005 0.038 0.034 0.223 215 G 0.018 0.899 0.003 0.001 0.001 0.008 0.024 0.046 216 I 0.020 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 0.011 217 R 0.040 0.856 0.013 0.002 0.003 0.008 0.040 0.038 218 E 0.049 0.547 0.025 0.008 0.007 0.030 0.152 0.181 219 A 0.108 0.310 0.064 0.010 0.012 0.062 0.245 0.190 220 L 0.232 0.169 0.037 0.010 0.013 0.079 0.114 0.345 221 D 0.064 0.025 0.013 0.006 0.007 0.064 0.104 0.717 222 N 0.047 0.050 0.007 0.004 0.007 0.084 0.080 0.721 223 R 0.071 0.046 0.017 0.009 0.013 0.142 0.049 0.653 224 R 0.068 0.029 0.019 0.017 0.019 0.132 0.036 0.680 225 T 0.083 0.026 0.018 0.010 0.014 0.086 0.052 0.711 226 A 0.109 0.027 0.034 0.020 0.023 0.121 0.061 0.607 227 A 0.066 0.014 0.039 0.024 0.034 0.109 0.068 0.646 228 Y 0.041 0.007 0.022 0.019 0.024 0.105 0.041 0.741 229 F 0.049 0.010 0.032 0.027 0.043 0.128 0.053 0.657 230 H 0.047 0.011 0.021 0.022 0.038 0.102 0.043 0.717