# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2302 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 D 0.009 0.002 0.018 0.028 0.077 0.084 0.003 0.779 3 L 0.207 0.004 0.026 0.016 0.025 0.055 0.007 0.660 4 D 0.085 0.011 0.034 0.033 0.050 0.193 0.006 0.588 5 G 0.104 0.011 0.025 0.020 0.037 0.127 0.008 0.668 6 Y 0.184 0.020 0.046 0.019 0.041 0.330 0.010 0.351 7 T 0.099 0.027 0.036 0.040 0.049 0.245 0.018 0.487 8 T 0.085 0.035 0.048 0.044 0.065 0.107 0.014 0.603 9 L 0.078 0.035 0.108 0.115 0.173 0.137 0.013 0.340 10 K 0.068 0.021 0.086 0.129 0.223 0.117 0.012 0.345 11 C 0.027 0.021 0.181 0.192 0.266 0.059 0.008 0.247 12 D 0.020 0.015 0.191 0.216 0.245 0.069 0.008 0.235 13 F 0.027 0.014 0.261 0.155 0.246 0.060 0.008 0.230 14 H 0.031 0.010 0.267 0.170 0.269 0.112 0.010 0.130 15 M 0.025 0.010 0.299 0.151 0.208 0.081 0.007 0.218 16 H 0.015 0.016 0.223 0.233 0.292 0.054 0.005 0.162 17 S 0.017 0.010 0.167 0.128 0.230 0.084 0.007 0.357 18 V 0.026 0.011 0.093 0.116 0.201 0.076 0.008 0.470 19 F 0.042 0.012 0.096 0.086 0.158 0.161 0.011 0.434 20 S 0.049 0.015 0.038 0.044 0.075 0.264 0.017 0.498 21 D 0.088 0.025 0.036 0.027 0.039 0.091 0.016 0.679 22 G 0.135 0.017 0.024 0.019 0.027 0.340 0.021 0.416 23 L 0.253 0.011 0.023 0.014 0.031 0.305 0.016 0.347 24 V 0.107 0.052 0.035 0.049 0.063 0.168 0.012 0.514 25 W 0.040 0.032 0.018 0.029 0.050 0.164 0.004 0.662 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.992 27 T 0.010 0.019 0.005 0.006 0.033 0.257 0.002 0.668 28 V 0.061 0.069 0.002 0.003 0.005 0.211 0.004 0.644 29 R 0.025 0.691 0.001 0.002 0.003 0.053 0.002 0.223 30 V 0.015 0.790 0.003 0.002 0.007 0.011 0.002 0.170 31 D 0.002 0.927 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.063 32 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 33 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 34 Y 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 R 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 36 D 0.051 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 37 G 0.813 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.146 0.016 38 L 0.058 0.028 0.846 0.008 0.006 0.014 0.011 0.029 39 D 0.006 0.027 0.258 0.041 0.045 0.086 0.009 0.527 40 A 0.020 0.015 0.425 0.019 0.040 0.075 0.006 0.401 41 I 0.011 0.012 0.876 0.035 0.021 0.015 0.003 0.026 42 S 0.004 0.005 0.893 0.030 0.020 0.011 0.002 0.035 43 L 0.005 0.006 0.724 0.058 0.095 0.013 0.003 0.098 44 T 0.008 0.010 0.473 0.084 0.157 0.062 0.004 0.202 45 E 0.012 0.008 0.192 0.039 0.081 0.121 0.007 0.539 46 H 0.041 0.010 0.053 0.017 0.050 0.363 0.010 0.456 47 I 0.238 0.021 0.045 0.023 0.045 0.208 0.015 0.404 48 E 0.085 0.049 0.024 0.027 0.032 0.166 0.021 0.597 49 Y 0.179 0.072 0.048 0.026 0.049 0.129 0.039 0.459 50 R 0.150 0.094 0.036 0.040 0.052 0.101 0.014 0.514 51 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 52 H 0.042 0.040 0.026 0.030 0.077 0.157 0.008 0.619 53 K 0.164 0.054 0.025 0.016 0.028 0.103 0.017 0.592 54 Q 0.167 0.101 0.025 0.020 0.027 0.118 0.014 0.528 55 D 0.236 0.103 0.034 0.018 0.021 0.135 0.016 0.437 56 V 0.160 0.111 0.038 0.017 0.025 0.091 0.013 0.546 57 V 0.066 0.143 0.067 0.028 0.062 0.189 0.011 0.434 58 S 0.046 0.145 0.027 0.014 0.030 0.176 0.012 0.550 59 D 0.104 0.323 0.021 0.012 0.018 0.095 0.014 0.412 60 H 0.149 0.330 0.029 0.010 0.016 0.099 0.021 0.347 61 N 0.130 0.270 0.030 0.010 0.019 0.196 0.022 0.322 62 R 0.148 0.334 0.025 0.011 0.016 0.184 0.015 0.266 63 S 0.098 0.395 0.011 0.005 0.008 0.153 0.011 0.319 64 F 0.075 0.593 0.020 0.005 0.013 0.044 0.008 0.242 65 D 0.011 0.526 0.008 0.003 0.006 0.069 0.004 0.374 66 L 0.016 0.718 0.003 0.002 0.003 0.065 0.003 0.191 67 C 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.035 68 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 69 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 70 Q 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 A 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 72 E 0.017 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 73 K 0.024 0.953 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 74 L 0.070 0.820 0.016 0.004 0.002 0.001 0.062 0.024 75 G 0.722 0.015 0.034 0.005 0.002 0.004 0.177 0.041 76 I 0.016 0.002 0.898 0.005 0.003 0.006 0.004 0.066 77 L 0.001 0.001 0.905 0.039 0.023 0.005 0.001 0.025 78 L 0.002 0.001 0.439 0.012 0.024 0.021 0.001 0.500 79 I 0.001 0.001 0.976 0.008 0.008 0.002 0.001 0.005 80 K 0.001 0.001 0.659 0.026 0.021 0.042 0.001 0.251 81 G 0.003 0.001 0.676 0.022 0.064 0.038 0.004 0.194 82 S 0.023 0.001 0.475 0.049 0.054 0.136 0.004 0.257 83 E 0.015 0.002 0.319 0.122 0.154 0.094 0.005 0.289 84 I 0.013 0.003 0.159 0.101 0.256 0.070 0.002 0.396 85 T 0.009 0.010 0.143 0.270 0.264 0.050 0.004 0.250 86 R 0.032 0.012 0.053 0.144 0.200 0.054 0.007 0.497 87 A 0.047 0.019 0.071 0.106 0.259 0.119 0.011 0.369 88 M 0.058 0.019 0.023 0.046 0.094 0.130 0.026 0.605 89 A 0.080 0.023 0.022 0.038 0.044 0.114 0.014 0.665 90 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 91 G 0.063 0.010 0.032 0.053 0.073 0.143 0.014 0.612 92 H 0.205 0.015 0.105 0.076 0.085 0.091 0.014 0.409 93 F 0.042 0.020 0.153 0.131 0.207 0.063 0.005 0.379 94 N 0.037 0.020 0.201 0.226 0.346 0.050 0.004 0.115 95 A 0.021 0.025 0.206 0.241 0.299 0.035 0.004 0.169 96 I 0.020 0.023 0.197 0.178 0.323 0.063 0.007 0.189 97 F 0.047 0.026 0.191 0.191 0.258 0.079 0.011 0.195 98 L 0.079 0.033 0.133 0.117 0.191 0.094 0.011 0.340 99 S 0.043 0.028 0.059 0.060 0.131 0.101 0.015 0.564 100 D 0.043 0.008 0.015 0.007 0.017 0.048 0.012 0.849 101 S 0.088 0.009 0.013 0.005 0.009 0.472 0.027 0.378 102 N 0.251 0.013 0.009 0.007 0.009 0.369 0.014 0.327 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 L 0.004 0.013 0.007 0.006 0.026 0.248 0.001 0.694 105 E 0.218 0.087 0.009 0.006 0.012 0.291 0.011 0.367 106 Q 0.324 0.409 0.006 0.008 0.022 0.029 0.006 0.197 107 K 0.177 0.322 0.014 0.014 0.017 0.043 0.009 0.403 108 D 0.087 0.258 0.015 0.008 0.009 0.076 0.012 0.535 109 Y 0.177 0.405 0.015 0.007 0.022 0.050 0.015 0.308 110 K 0.034 0.308 0.011 0.004 0.012 0.064 0.007 0.560 111 D 0.016 0.286 0.004 0.002 0.004 0.078 0.004 0.607 112 A 0.020 0.750 0.003 0.001 0.002 0.040 0.003 0.182 113 F 0.008 0.925 0.002 0.001 0.003 0.008 0.002 0.051 114 R 0.004 0.944 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.039 115 E 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 116 A 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 117 K 0.009 0.972 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 118 K 0.023 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 119 Q 0.107 0.764 0.011 0.003 0.001 0.002 0.091 0.022 120 G 0.824 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.140 0.016 121 A 0.012 0.002 0.945 0.003 0.002 0.006 0.004 0.025 122 F 0.005 0.004 0.756 0.038 0.050 0.028 0.003 0.116 123 M 0.004 0.003 0.799 0.029 0.040 0.022 0.002 0.102 124 F 0.004 0.003 0.793 0.026 0.044 0.037 0.002 0.093 125 W 0.003 0.002 0.892 0.021 0.023 0.016 0.001 0.043 126 N 0.024 0.007 0.270 0.050 0.105 0.119 0.017 0.409 127 H 0.062 0.004 0.242 0.049 0.102 0.121 0.008 0.412 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 129 G 0.012 0.002 0.016 0.016 0.056 0.214 0.005 0.679 130 W 0.401 0.004 0.019 0.009 0.013 0.091 0.012 0.452 131 D 0.095 0.014 0.017 0.015 0.019 0.092 0.006 0.741 132 S 0.105 0.015 0.028 0.017 0.035 0.092 0.008 0.700 133 Q 0.139 0.030 0.034 0.015 0.031 0.225 0.022 0.503 134 Q 0.267 0.026 0.028 0.024 0.041 0.312 0.013 0.289 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 D 0.011 0.010 0.014 0.017 0.038 0.129 0.003 0.778 137 T 0.240 0.015 0.017 0.010 0.016 0.088 0.010 0.603 138 T 0.164 0.045 0.018 0.012 0.039 0.121 0.006 0.595 139 K 0.130 0.051 0.017 0.012 0.023 0.206 0.009 0.552 140 W 0.145 0.094 0.013 0.005 0.007 0.223 0.021 0.492 141 W 0.347 0.138 0.014 0.010 0.015 0.081 0.010 0.385 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 E 0.004 0.035 0.003 0.004 0.014 0.126 0.001 0.812 144 H 0.217 0.301 0.004 0.003 0.006 0.073 0.009 0.387 145 T 0.069 0.777 0.004 0.003 0.006 0.017 0.003 0.121 146 A 0.025 0.868 0.005 0.002 0.003 0.015 0.002 0.079 147 L 0.018 0.920 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.049 148 Y 0.023 0.942 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.024 149 Q 0.012 0.954 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.022 150 E 0.024 0.923 0.002 0.001 0.001 0.004 0.009 0.035 151 G 0.104 0.804 0.005 0.002 0.002 0.005 0.029 0.049 152 C 0.112 0.735 0.021 0.008 0.008 0.010 0.035 0.073 153 M 0.061 0.460 0.073 0.020 0.020 0.043 0.051 0.271 154 H 0.074 0.235 0.094 0.028 0.023 0.057 0.043 0.448 155 G 0.092 0.142 0.180 0.050 0.048 0.066 0.028 0.395 156 I 0.050 0.093 0.298 0.147 0.133 0.061 0.011 0.207 157 E 0.022 0.032 0.355 0.155 0.190 0.047 0.007 0.192 158 V 0.019 0.059 0.228 0.238 0.243 0.028 0.004 0.180 159 A 0.018 0.058 0.254 0.190 0.284 0.040 0.008 0.149 160 N 0.038 0.047 0.094 0.105 0.179 0.061 0.019 0.455 161 G 0.115 0.028 0.087 0.048 0.085 0.068 0.030 0.540 162 H 0.178 0.011 0.021 0.015 0.028 0.239 0.022 0.486 163 L 0.147 0.016 0.019 0.019 0.024 0.142 0.024 0.610 164 Y 0.087 0.028 0.026 0.014 0.023 0.153 0.015 0.654 165 M 0.056 0.022 0.017 0.009 0.018 0.149 0.005 0.724 166 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 167 E 0.003 0.015 0.002 0.003 0.006 0.128 0.001 0.842 168 A 0.133 0.200 0.007 0.005 0.008 0.127 0.007 0.514 169 I 0.038 0.803 0.006 0.005 0.012 0.023 0.002 0.111 170 Q 0.007 0.922 0.003 0.003 0.005 0.011 0.001 0.048 171 W 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 172 C 0.012 0.967 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.013 173 L 0.017 0.966 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 174 D 0.054 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 175 K 0.322 0.426 0.020 0.006 0.003 0.002 0.191 0.031 176 N 0.703 0.016 0.017 0.004 0.002 0.004 0.187 0.066 177 L 0.013 0.002 0.903 0.009 0.007 0.010 0.005 0.051 178 T 0.003 0.002 0.498 0.055 0.053 0.056 0.003 0.328 179 M 0.004 0.001 0.753 0.023 0.043 0.021 0.001 0.154 180 I 0.002 0.001 0.906 0.020 0.022 0.015 0.001 0.034 181 G 0.002 0.001 0.889 0.023 0.019 0.017 0.001 0.049 182 T 0.005 0.003 0.544 0.055 0.101 0.046 0.003 0.243 183 S 0.011 0.003 0.298 0.041 0.095 0.134 0.005 0.414 184 D 0.040 0.004 0.091 0.033 0.062 0.219 0.011 0.539 185 I 0.128 0.007 0.086 0.028 0.076 0.306 0.013 0.356 186 H 0.093 0.026 0.055 0.058 0.087 0.330 0.027 0.323 187 Q 0.181 0.028 0.053 0.063 0.081 0.104 0.014 0.475 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 189 I 0.032 0.015 0.035 0.048 0.135 0.168 0.009 0.559 190 Q 0.171 0.037 0.032 0.030 0.049 0.117 0.012 0.553 191 T 0.120 0.062 0.035 0.031 0.057 0.105 0.011 0.579 192 D 0.108 0.046 0.028 0.017 0.033 0.095 0.008 0.664 193 Y 0.112 0.050 0.033 0.015 0.026 0.114 0.010 0.639 194 D 0.059 0.056 0.012 0.010 0.021 0.395 0.011 0.436 195 F 0.227 0.155 0.020 0.011 0.040 0.104 0.011 0.431 196 E 0.065 0.283 0.014 0.015 0.024 0.246 0.010 0.343 197 K 0.143 0.255 0.010 0.010 0.018 0.153 0.022 0.389 198 G 0.151 0.545 0.014 0.010 0.019 0.035 0.011 0.215 199 E 0.056 0.574 0.020 0.020 0.039 0.061 0.015 0.216 200 H 0.079 0.497 0.014 0.019 0.024 0.043 0.025 0.299 201 R 0.154 0.514 0.044 0.024 0.038 0.044 0.027 0.156 202 T 0.088 0.525 0.037 0.043 0.042 0.043 0.027 0.195 203 M 0.088 0.300 0.125 0.058 0.072 0.064 0.029 0.264 204 T 0.080 0.246 0.100 0.113 0.101 0.080 0.023 0.257 205 F 0.080 0.142 0.105 0.070 0.110 0.045 0.015 0.433 206 V 0.042 0.122 0.153 0.144 0.165 0.063 0.010 0.302 207 F 0.026 0.097 0.062 0.072 0.101 0.068 0.009 0.564 208 A 0.068 0.144 0.081 0.070 0.171 0.055 0.009 0.403 209 K 0.058 0.096 0.030 0.023 0.051 0.153 0.015 0.574 210 E 0.285 0.099 0.025 0.014 0.024 0.114 0.031 0.409 211 R 0.287 0.160 0.032 0.015 0.013 0.073 0.024 0.396 212 S 0.124 0.101 0.031 0.011 0.016 0.173 0.025 0.519 213 L 0.104 0.125 0.041 0.008 0.025 0.071 0.011 0.615 214 Q 0.029 0.088 0.011 0.003 0.009 0.344 0.005 0.512 215 G 0.050 0.087 0.002 0.001 0.002 0.506 0.005 0.347 216 I 0.047 0.782 0.003 0.001 0.002 0.024 0.002 0.138 217 R 0.005 0.885 0.003 0.001 0.003 0.015 0.002 0.087 218 E 0.006 0.935 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.044 219 A 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 220 L 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 221 D 0.026 0.932 0.004 0.002 0.002 0.003 0.009 0.023 222 N 0.142 0.718 0.010 0.003 0.003 0.005 0.051 0.068 223 R 0.280 0.397 0.032 0.005 0.005 0.012 0.080 0.190 224 R 0.126 0.232 0.089 0.015 0.014 0.181 0.053 0.292 225 T 0.066 0.103 0.054 0.009 0.013 0.156 0.021 0.578 226 A 0.119 0.208 0.094 0.023 0.033 0.079 0.012 0.431 227 A 0.043 0.106 0.083 0.026 0.031 0.119 0.012 0.580 228 Y 0.090 0.092 0.073 0.031 0.045 0.082 0.017 0.569 229 F 0.157 0.109 0.072 0.048 0.080 0.092 0.018 0.426 230 H 0.056 0.054 0.036 0.039 0.061 0.079 0.011 0.663