# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1963 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.035 0.005 0.025 0.024 0.032 0.099 0.026 0.754 2 D 0.348 0.040 0.017 0.017 0.032 0.066 0.056 0.424 3 L 0.242 0.009 0.010 0.007 0.014 0.093 0.061 0.563 4 D 0.020 0.010 0.024 0.018 0.030 0.138 0.074 0.685 5 G 0.024 0.017 0.016 0.017 0.027 0.145 0.070 0.685 6 Y 0.074 0.038 0.030 0.049 0.036 0.133 0.084 0.556 7 T 0.074 0.075 0.031 0.045 0.052 0.112 0.076 0.533 8 T 0.036 0.027 0.031 0.025 0.044 0.107 0.061 0.668 9 L 0.026 0.061 0.123 0.094 0.134 0.084 0.138 0.341 10 K 0.036 0.045 0.171 0.103 0.165 0.069 0.105 0.305 11 C 0.026 0.032 0.136 0.159 0.197 0.068 0.074 0.306 12 D 0.019 0.021 0.202 0.121 0.279 0.069 0.069 0.220 13 F 0.016 0.016 0.233 0.129 0.240 0.058 0.058 0.250 14 H 0.017 0.017 0.241 0.160 0.255 0.062 0.077 0.170 15 M 0.021 0.014 0.197 0.108 0.157 0.094 0.045 0.363 16 H 0.024 0.015 0.185 0.118 0.171 0.086 0.078 0.324 17 S 0.035 0.011 0.196 0.074 0.174 0.115 0.081 0.315 18 V 0.023 0.006 0.127 0.067 0.112 0.145 0.078 0.442 19 F 0.065 0.007 0.051 0.033 0.052 0.145 0.053 0.593 20 S 0.254 0.027 0.042 0.019 0.027 0.137 0.073 0.421 21 D 0.058 0.028 0.030 0.008 0.016 0.148 0.068 0.643 22 G 0.050 0.028 0.031 0.013 0.028 0.165 0.074 0.612 23 L 0.009 0.016 0.024 0.023 0.031 0.202 0.074 0.621 24 V 0.005 0.053 0.026 0.012 0.019 0.127 0.029 0.731 25 W 0.033 0.814 0.002 0.002 0.002 0.012 0.095 0.039 26 P 0.006 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.010 27 T 0.006 0.877 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.009 28 V 0.003 0.846 0.002 0.001 0.001 0.003 0.130 0.015 29 R 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 30 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 31 D 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 32 E 0.007 0.842 0.004 0.001 0.001 0.004 0.115 0.027 33 A 0.040 0.182 0.083 0.004 0.001 0.015 0.646 0.030 34 Y 0.850 0.020 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.069 35 R 0.052 0.008 0.004 0.001 0.001 0.048 0.010 0.878 36 D 0.005 0.017 0.022 0.001 0.001 0.085 0.008 0.862 37 G 0.089 0.060 0.029 0.001 0.001 0.131 0.035 0.654 38 L 0.043 0.019 0.040 0.004 0.002 0.124 0.059 0.709 39 D 0.009 0.033 0.319 0.013 0.028 0.094 0.133 0.372 40 A 0.007 0.019 0.549 0.011 0.021 0.053 0.079 0.261 41 I 0.001 0.006 0.834 0.031 0.025 0.020 0.036 0.047 42 S 0.008 0.015 0.671 0.031 0.072 0.031 0.040 0.131 43 L 0.033 0.046 0.471 0.067 0.072 0.048 0.077 0.186 44 T 0.135 0.049 0.249 0.031 0.044 0.096 0.087 0.310 45 E 0.090 0.079 0.098 0.030 0.055 0.128 0.090 0.430 46 H 0.103 0.052 0.045 0.014 0.034 0.135 0.080 0.536 47 I 0.154 0.033 0.036 0.021 0.037 0.144 0.142 0.433 48 E 0.017 0.023 0.015 0.012 0.019 0.152 0.040 0.722 49 Y 0.055 0.088 0.016 0.009 0.018 0.113 0.044 0.656 50 R 0.221 0.107 0.008 0.013 0.010 0.079 0.177 0.385 51 P 0.085 0.057 0.012 0.010 0.010 0.096 0.115 0.614 52 H 0.195 0.083 0.010 0.006 0.015 0.072 0.055 0.564 53 K 0.210 0.116 0.009 0.008 0.014 0.068 0.056 0.519 54 Q 0.026 0.041 0.009 0.010 0.019 0.110 0.047 0.739 55 D 0.027 0.091 0.029 0.028 0.050 0.128 0.214 0.433 56 V 0.138 0.110 0.026 0.027 0.031 0.090 0.129 0.449 57 V 0.332 0.115 0.013 0.014 0.013 0.061 0.125 0.327 58 S 0.056 0.124 0.014 0.009 0.010 0.103 0.047 0.637 59 D 0.085 0.102 0.035 0.007 0.011 0.098 0.233 0.429 60 H 0.072 0.333 0.012 0.016 0.008 0.073 0.089 0.396 61 N 0.245 0.303 0.008 0.005 0.008 0.050 0.064 0.315 62 R 0.015 0.462 0.010 0.010 0.008 0.058 0.053 0.384 63 S 0.011 0.894 0.004 0.001 0.004 0.009 0.033 0.043 64 F 0.010 0.952 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 0.010 65 D 0.009 0.825 0.006 0.003 0.002 0.005 0.128 0.022 66 L 0.006 0.830 0.004 0.001 0.002 0.005 0.120 0.030 67 C 0.003 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.024 0.004 68 R 0.006 0.941 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.014 69 E 0.020 0.861 0.002 0.001 0.001 0.006 0.038 0.071 70 Q 0.036 0.670 0.016 0.002 0.002 0.019 0.158 0.098 71 A 0.130 0.042 0.152 0.012 0.003 0.052 0.462 0.148 72 E 0.741 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.228 73 K 0.030 0.001 0.009 0.001 0.001 0.061 0.009 0.889 74 L 0.003 0.001 0.135 0.001 0.004 0.141 0.012 0.702 75 G 0.007 0.004 0.112 0.013 0.012 0.159 0.038 0.656 76 I 0.002 0.001 0.089 0.012 0.009 0.080 0.006 0.802 77 L 0.001 0.001 0.869 0.021 0.032 0.011 0.026 0.038 78 L 0.004 0.001 0.668 0.013 0.017 0.031 0.025 0.242 79 I 0.007 0.001 0.811 0.022 0.030 0.024 0.016 0.089 80 K 0.044 0.008 0.479 0.030 0.097 0.055 0.031 0.257 81 G 0.015 0.010 0.324 0.062 0.123 0.082 0.090 0.295 82 S 0.011 0.014 0.237 0.118 0.174 0.093 0.069 0.284 83 E 0.015 0.012 0.175 0.185 0.296 0.058 0.049 0.209 84 I 0.017 0.010 0.178 0.187 0.198 0.073 0.059 0.279 85 T 0.031 0.006 0.094 0.148 0.234 0.078 0.085 0.325 86 R 0.102 0.005 0.074 0.065 0.120 0.119 0.075 0.440 87 A 0.039 0.006 0.023 0.027 0.035 0.116 0.042 0.712 88 M 0.052 0.007 0.010 0.010 0.015 0.105 0.023 0.778 89 A 0.216 0.045 0.012 0.015 0.020 0.088 0.076 0.529 90 P 0.018 0.009 0.009 0.009 0.012 0.111 0.046 0.787 91 G 0.013 0.050 0.049 0.056 0.084 0.108 0.089 0.552 92 H 0.039 0.141 0.075 0.115 0.181 0.063 0.104 0.282 93 F 0.042 0.080 0.092 0.140 0.189 0.063 0.091 0.303 94 N 0.040 0.090 0.075 0.143 0.296 0.057 0.078 0.220 95 A 0.050 0.036 0.116 0.108 0.288 0.063 0.112 0.227 96 I 0.053 0.027 0.098 0.151 0.198 0.087 0.102 0.283 97 F 0.068 0.019 0.076 0.077 0.131 0.130 0.177 0.323 98 L 0.078 0.024 0.048 0.045 0.045 0.134 0.092 0.534 99 S 0.249 0.024 0.010 0.008 0.012 0.096 0.069 0.533 100 D 0.028 0.025 0.009 0.008 0.008 0.150 0.032 0.741 101 S 0.024 0.063 0.007 0.004 0.008 0.124 0.026 0.744 102 N 0.102 0.370 0.006 0.010 0.009 0.074 0.074 0.355 103 P 0.152 0.320 0.009 0.012 0.011 0.067 0.090 0.339 104 L 0.077 0.224 0.020 0.014 0.020 0.085 0.114 0.446 105 E 0.094 0.428 0.022 0.012 0.024 0.050 0.070 0.299 106 Q 0.205 0.395 0.012 0.012 0.016 0.046 0.070 0.245 107 K 0.042 0.369 0.021 0.022 0.019 0.061 0.124 0.340 108 D 0.027 0.646 0.008 0.003 0.009 0.029 0.037 0.240 109 Y 0.018 0.935 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 0.021 110 K 0.006 0.930 0.001 0.002 0.001 0.005 0.029 0.027 111 D 0.004 0.930 0.002 0.001 0.001 0.002 0.047 0.013 112 A 0.005 0.937 0.003 0.001 0.001 0.003 0.036 0.014 113 F 0.009 0.920 0.005 0.002 0.001 0.003 0.052 0.008 114 R 0.018 0.854 0.006 0.003 0.002 0.007 0.061 0.048 115 E 0.064 0.539 0.026 0.006 0.007 0.024 0.166 0.168 116 A 0.154 0.148 0.125 0.017 0.008 0.053 0.316 0.178 117 K 0.557 0.012 0.011 0.002 0.002 0.030 0.063 0.322 118 K 0.108 0.005 0.008 0.001 0.001 0.063 0.020 0.793 119 Q 0.009 0.004 0.029 0.002 0.003 0.135 0.014 0.804 120 G 0.011 0.007 0.034 0.009 0.015 0.153 0.025 0.746 121 A 0.010 0.006 0.100 0.032 0.043 0.142 0.030 0.639 122 F 0.007 0.005 0.413 0.057 0.089 0.075 0.073 0.282 123 M 0.005 0.005 0.632 0.050 0.075 0.033 0.066 0.133 124 F 0.014 0.003 0.611 0.050 0.084 0.044 0.035 0.160 125 W 0.003 0.001 0.348 0.085 0.137 0.085 0.042 0.299 126 N 0.012 0.006 0.269 0.054 0.125 0.088 0.034 0.412 127 H 0.409 0.041 0.039 0.026 0.033 0.077 0.147 0.228 128 P 0.069 0.014 0.016 0.015 0.015 0.134 0.049 0.689 129 G 0.050 0.040 0.027 0.018 0.048 0.129 0.084 0.604 130 W 0.138 0.040 0.028 0.028 0.039 0.109 0.077 0.542 131 D 0.268 0.014 0.011 0.019 0.025 0.088 0.071 0.504 132 S 0.015 0.007 0.017 0.016 0.029 0.159 0.051 0.706 133 Q 0.017 0.008 0.011 0.009 0.025 0.125 0.027 0.779 134 Q 0.201 0.037 0.008 0.028 0.018 0.101 0.162 0.444 135 P 0.065 0.027 0.009 0.015 0.009 0.103 0.045 0.726 136 D 0.078 0.060 0.017 0.007 0.017 0.092 0.049 0.679 137 T 0.188 0.176 0.015 0.015 0.014 0.074 0.040 0.477 138 T 0.412 0.030 0.006 0.007 0.010 0.071 0.044 0.422 139 K 0.017 0.076 0.020 0.015 0.033 0.169 0.070 0.601 140 W 0.042 0.286 0.017 0.003 0.019 0.097 0.079 0.456 141 W 0.115 0.325 0.003 0.008 0.003 0.035 0.438 0.073 142 P 0.014 0.672 0.004 0.008 0.003 0.040 0.089 0.170 143 E 0.026 0.860 0.004 0.001 0.002 0.010 0.022 0.075 144 H 0.014 0.923 0.002 0.001 0.001 0.005 0.032 0.023 145 T 0.027 0.832 0.004 0.003 0.003 0.015 0.054 0.062 146 A 0.051 0.746 0.006 0.003 0.006 0.017 0.067 0.106 147 L 0.092 0.476 0.020 0.007 0.009 0.036 0.121 0.239 148 Y 0.291 0.219 0.025 0.014 0.008 0.062 0.124 0.256 149 Q 0.210 0.066 0.013 0.005 0.007 0.060 0.049 0.590 150 E 0.076 0.022 0.017 0.003 0.005 0.073 0.023 0.781 151 G 0.082 0.040 0.029 0.007 0.008 0.118 0.046 0.671 152 C 0.031 0.029 0.048 0.009 0.015 0.154 0.050 0.664 153 M 0.016 0.027 0.071 0.018 0.036 0.141 0.064 0.627 154 H 0.006 0.053 0.305 0.079 0.125 0.085 0.081 0.265 155 G 0.004 0.024 0.522 0.072 0.144 0.039 0.056 0.138 156 I 0.002 0.015 0.507 0.180 0.120 0.024 0.071 0.081 157 E 0.008 0.016 0.447 0.142 0.220 0.024 0.058 0.085 158 V 0.047 0.019 0.343 0.143 0.144 0.046 0.083 0.175 159 A 0.120 0.027 0.102 0.087 0.087 0.094 0.060 0.423 160 N 0.200 0.043 0.052 0.019 0.033 0.107 0.052 0.496 161 G 0.128 0.072 0.019 0.012 0.016 0.085 0.045 0.623 162 H 0.111 0.023 0.011 0.008 0.012 0.111 0.072 0.652 163 L 0.015 0.056 0.016 0.016 0.014 0.120 0.042 0.721 164 Y 0.051 0.364 0.013 0.003 0.010 0.056 0.062 0.440 165 M 0.019 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.025 166 P 0.018 0.798 0.002 0.001 0.001 0.006 0.140 0.033 167 E 0.005 0.881 0.002 0.001 0.001 0.004 0.072 0.034 168 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 169 I 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 170 Q 0.020 0.744 0.003 0.002 0.001 0.007 0.186 0.037 171 W 0.022 0.627 0.017 0.004 0.004 0.019 0.215 0.092 172 C 0.040 0.014 0.200 0.008 0.002 0.029 0.654 0.051 173 L 0.712 0.005 0.003 0.001 0.001 0.017 0.039 0.224 174 D 0.027 0.001 0.010 0.001 0.001 0.094 0.012 0.855 175 K 0.002 0.002 0.081 0.001 0.002 0.178 0.010 0.724 176 N 0.011 0.006 0.032 0.004 0.005 0.176 0.022 0.745 177 L 0.003 0.002 0.149 0.015 0.010 0.121 0.017 0.682 178 T 0.002 0.003 0.753 0.018 0.044 0.025 0.047 0.108 179 M 0.001 0.001 0.790 0.021 0.026 0.024 0.030 0.107 180 I 0.002 0.001 0.774 0.029 0.042 0.028 0.018 0.106 181 G 0.044 0.008 0.478 0.070 0.112 0.050 0.058 0.179 182 T 0.133 0.032 0.248 0.030 0.051 0.097 0.113 0.296 183 S 0.095 0.032 0.092 0.018 0.030 0.137 0.085 0.510 184 D 0.106 0.034 0.040 0.026 0.053 0.150 0.088 0.503 185 I 0.027 0.032 0.039 0.032 0.070 0.178 0.043 0.579 186 H 0.046 0.039 0.034 0.027 0.052 0.142 0.063 0.598 187 Q 0.102 0.051 0.024 0.033 0.048 0.117 0.352 0.275 188 P 0.049 0.055 0.032 0.032 0.039 0.152 0.152 0.488 189 I 0.175 0.070 0.014 0.016 0.034 0.092 0.077 0.523 190 Q 0.084 0.071 0.014 0.019 0.025 0.138 0.081 0.568 191 T 0.032 0.099 0.014 0.019 0.033 0.128 0.047 0.627 192 D 0.166 0.176 0.016 0.022 0.039 0.093 0.128 0.359 193 Y 0.095 0.097 0.016 0.039 0.055 0.105 0.072 0.520 194 D 0.051 0.076 0.034 0.029 0.065 0.108 0.103 0.534 195 F 0.107 0.079 0.016 0.026 0.032 0.092 0.097 0.550 196 E 0.248 0.140 0.013 0.015 0.019 0.074 0.089 0.402 197 K 0.081 0.152 0.007 0.006 0.009 0.070 0.022 0.654 198 G 0.077 0.102 0.011 0.007 0.014 0.117 0.164 0.509 199 E 0.020 0.418 0.014 0.014 0.015 0.094 0.109 0.316 200 H 0.031 0.163 0.025 0.006 0.013 0.056 0.508 0.197 201 R 0.005 0.682 0.015 0.038 0.010 0.031 0.132 0.088 202 T 0.027 0.830 0.019 0.004 0.014 0.013 0.028 0.064 203 M 0.009 0.825 0.022 0.014 0.012 0.013 0.057 0.047 204 T 0.011 0.833 0.014 0.010 0.014 0.008 0.084 0.027 205 F 0.039 0.630 0.035 0.026 0.025 0.016 0.173 0.056 206 V 0.079 0.315 0.064 0.061 0.036 0.038 0.267 0.141 207 F 0.363 0.230 0.021 0.016 0.020 0.044 0.070 0.236 208 A 0.243 0.102 0.023 0.007 0.009 0.079 0.091 0.443 209 K 0.076 0.139 0.011 0.006 0.007 0.080 0.028 0.654 210 E 0.105 0.121 0.007 0.003 0.005 0.089 0.035 0.636 211 R 0.018 0.134 0.017 0.011 0.007 0.117 0.054 0.642 212 S 0.075 0.726 0.004 0.002 0.004 0.021 0.043 0.126 213 L 0.063 0.739 0.004 0.002 0.002 0.017 0.079 0.093 214 Q 0.007 0.805 0.011 0.005 0.003 0.013 0.080 0.076 215 G 0.021 0.874 0.007 0.002 0.005 0.006 0.050 0.037 216 I 0.020 0.907 0.006 0.004 0.003 0.005 0.035 0.019 217 R 0.044 0.790 0.011 0.005 0.008 0.011 0.086 0.046 218 E 0.043 0.510 0.016 0.008 0.013 0.030 0.222 0.158 219 A 0.054 0.491 0.039 0.015 0.015 0.054 0.186 0.145 220 L 0.234 0.268 0.026 0.008 0.009 0.051 0.183 0.220 221 D 0.104 0.118 0.012 0.005 0.005 0.083 0.163 0.512 222 N 0.047 0.218 0.016 0.006 0.006 0.107 0.076 0.524 223 R 0.107 0.137 0.019 0.007 0.008 0.093 0.074 0.556 224 R 0.084 0.146 0.012 0.010 0.008 0.074 0.042 0.624 225 T 0.214 0.102 0.021 0.011 0.017 0.081 0.067 0.488 226 A 0.193 0.032 0.034 0.019 0.027 0.079 0.108 0.509 227 A 0.112 0.013 0.023 0.014 0.028 0.076 0.038 0.696 228 Y 0.087 0.010 0.024 0.015 0.031 0.092 0.028 0.714 229 F 0.045 0.009 0.029 0.031 0.040 0.122 0.030 0.695 230 H 0.071 0.009 0.014 0.020 0.032 0.103 0.026 0.724