# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1963 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.515 0.194 0.144 0.094 0.038 0.014 0.001 2 D 0.637 0.220 0.104 0.028 0.008 0.003 0.001 3 L 0.341 0.208 0.166 0.171 0.086 0.026 0.002 4 D 0.549 0.229 0.129 0.063 0.022 0.008 0.001 5 G 0.590 0.249 0.101 0.039 0.015 0.005 0.001 6 Y 0.268 0.208 0.177 0.194 0.111 0.037 0.005 7 T 0.312 0.274 0.184 0.129 0.063 0.032 0.006 8 T 0.153 0.184 0.199 0.201 0.155 0.089 0.020 9 L 0.048 0.087 0.128 0.218 0.272 0.193 0.055 10 K 0.031 0.074 0.121 0.199 0.226 0.220 0.129 11 C 0.007 0.010 0.016 0.037 0.115 0.446 0.369 12 D 0.010 0.021 0.038 0.104 0.157 0.247 0.424 13 F 0.001 0.002 0.002 0.005 0.022 0.225 0.743 14 H 0.005 0.009 0.016 0.049 0.097 0.213 0.612 15 M 0.002 0.003 0.004 0.011 0.036 0.206 0.739 16 H 0.006 0.011 0.017 0.043 0.103 0.264 0.557 17 S 0.012 0.019 0.025 0.060 0.125 0.306 0.453 18 V 0.029 0.058 0.079 0.142 0.199 0.258 0.234 19 F 0.059 0.062 0.073 0.128 0.188 0.273 0.218 20 S 0.105 0.103 0.096 0.162 0.208 0.205 0.121 21 D 0.252 0.201 0.175 0.152 0.100 0.079 0.040 22 G 0.209 0.158 0.144 0.153 0.154 0.133 0.049 23 L 0.217 0.169 0.183 0.178 0.128 0.095 0.029 24 V 0.185 0.184 0.186 0.176 0.150 0.100 0.020 25 W 0.127 0.183 0.217 0.193 0.148 0.110 0.022 26 P 0.051 0.071 0.090 0.169 0.256 0.291 0.073 27 T 0.123 0.271 0.304 0.199 0.069 0.027 0.007 28 V 0.043 0.185 0.263 0.261 0.167 0.071 0.010 29 R 0.008 0.024 0.071 0.182 0.384 0.288 0.042 30 V 0.003 0.008 0.038 0.132 0.410 0.357 0.052 31 D 0.051 0.335 0.414 0.148 0.041 0.010 0.001 32 E 0.019 0.192 0.318 0.325 0.123 0.022 0.002 33 A 0.007 0.013 0.030 0.129 0.482 0.317 0.021 34 Y 0.033 0.159 0.295 0.321 0.158 0.032 0.002 35 R 0.359 0.425 0.150 0.053 0.011 0.002 0.001 36 D 0.251 0.348 0.237 0.112 0.043 0.008 0.001 37 G 0.137 0.367 0.255 0.148 0.064 0.026 0.004 38 L 0.011 0.062 0.137 0.307 0.342 0.130 0.012 39 D 0.031 0.152 0.269 0.315 0.160 0.066 0.007 40 A 0.001 0.008 0.029 0.103 0.372 0.415 0.073 41 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.048 0.473 0.469 42 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.152 0.835 43 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.109 0.884 44 T 0.001 0.001 0.003 0.014 0.053 0.184 0.746 45 E 0.001 0.005 0.013 0.038 0.101 0.307 0.536 46 H 0.002 0.006 0.016 0.051 0.179 0.464 0.282 47 I 0.006 0.022 0.043 0.130 0.256 0.401 0.142 48 E 0.071 0.189 0.211 0.207 0.173 0.115 0.034 49 Y 0.105 0.146 0.170 0.259 0.185 0.112 0.023 50 R 0.277 0.217 0.179 0.158 0.094 0.061 0.014 51 P 0.437 0.233 0.156 0.091 0.050 0.026 0.006 52 H 0.423 0.250 0.146 0.103 0.050 0.022 0.005 53 K 0.409 0.253 0.142 0.109 0.056 0.026 0.005 54 Q 0.472 0.240 0.124 0.095 0.044 0.021 0.004 55 D 0.387 0.208 0.152 0.123 0.079 0.042 0.008 56 V 0.246 0.198 0.167 0.180 0.126 0.068 0.015 57 V 0.250 0.235 0.170 0.167 0.109 0.056 0.014 58 S 0.296 0.235 0.167 0.149 0.093 0.046 0.014 59 D 0.188 0.213 0.168 0.186 0.132 0.088 0.025 60 H 0.071 0.094 0.119 0.182 0.227 0.235 0.072 61 N 0.069 0.118 0.193 0.228 0.210 0.135 0.046 62 R 0.061 0.181 0.226 0.225 0.159 0.114 0.034 63 S 0.014 0.039 0.079 0.163 0.295 0.308 0.101 64 F 0.006 0.011 0.043 0.106 0.316 0.394 0.124 65 D 0.050 0.246 0.333 0.211 0.101 0.047 0.012 66 L 0.013 0.088 0.260 0.385 0.198 0.050 0.006 67 C 0.004 0.006 0.012 0.045 0.349 0.535 0.049 68 R 0.020 0.107 0.294 0.372 0.163 0.042 0.003 69 E 0.254 0.519 0.167 0.046 0.011 0.003 0.001 70 Q 0.054 0.188 0.299 0.317 0.117 0.025 0.001 71 A 0.059 0.113 0.196 0.359 0.223 0.049 0.002 72 E 0.411 0.416 0.124 0.040 0.008 0.001 0.001 73 K 0.502 0.364 0.099 0.027 0.006 0.001 0.001 74 L 0.040 0.134 0.247 0.323 0.213 0.041 0.002 75 G 0.115 0.346 0.271 0.196 0.049 0.020 0.003 76 I 0.005 0.017 0.049 0.130 0.375 0.389 0.035 77 L 0.009 0.044 0.122 0.284 0.285 0.204 0.053 78 L 0.001 0.003 0.008 0.022 0.089 0.424 0.452 79 I 0.002 0.006 0.014 0.034 0.093 0.353 0.498 80 K 0.002 0.010 0.022 0.079 0.139 0.288 0.460 81 G 0.002 0.005 0.013 0.032 0.102 0.302 0.544 82 S 0.002 0.005 0.009 0.023 0.067 0.325 0.569 83 E 0.006 0.015 0.028 0.073 0.154 0.348 0.375 84 I 0.011 0.017 0.028 0.068 0.182 0.367 0.326 85 T 0.036 0.082 0.117 0.198 0.223 0.241 0.104 86 R 0.073 0.120 0.155 0.202 0.204 0.179 0.067 87 A 0.115 0.136 0.165 0.221 0.187 0.139 0.036 88 M 0.222 0.215 0.194 0.166 0.117 0.067 0.019 89 A 0.274 0.262 0.169 0.150 0.084 0.047 0.013 90 P 0.311 0.237 0.189 0.122 0.072 0.052 0.016 91 G 0.084 0.126 0.152 0.209 0.222 0.161 0.047 92 H 0.044 0.090 0.137 0.203 0.219 0.211 0.095 93 F 0.013 0.019 0.034 0.066 0.148 0.396 0.324 94 N 0.017 0.030 0.054 0.109 0.191 0.321 0.279 95 A 0.018 0.043 0.076 0.134 0.218 0.286 0.225 96 I 0.018 0.035 0.079 0.134 0.233 0.333 0.168 97 F 0.017 0.028 0.065 0.136 0.279 0.361 0.113 98 L 0.046 0.106 0.169 0.244 0.253 0.152 0.030 99 S 0.220 0.282 0.227 0.152 0.075 0.037 0.007 100 D 0.352 0.256 0.186 0.119 0.059 0.024 0.004 101 S 0.431 0.295 0.133 0.092 0.032 0.014 0.002 102 N 0.315 0.226 0.174 0.142 0.100 0.040 0.004 103 P 0.331 0.261 0.193 0.132 0.057 0.024 0.003 104 L 0.224 0.217 0.207 0.186 0.113 0.048 0.005 105 E 0.188 0.248 0.193 0.189 0.119 0.057 0.006 106 Q 0.139 0.171 0.210 0.232 0.167 0.074 0.006 107 K 0.271 0.321 0.194 0.139 0.055 0.018 0.002 108 D 0.137 0.309 0.253 0.188 0.084 0.026 0.003 109 Y 0.018 0.032 0.068 0.225 0.391 0.244 0.020 110 K 0.143 0.282 0.338 0.183 0.041 0.012 0.001 111 D 0.200 0.406 0.276 0.080 0.028 0.009 0.001 112 A 0.010 0.039 0.112 0.269 0.377 0.178 0.015 113 F 0.004 0.010 0.038 0.137 0.401 0.360 0.051 114 R 0.058 0.286 0.354 0.174 0.087 0.036 0.004 115 E 0.047 0.217 0.284 0.288 0.125 0.034 0.004 116 A 0.012 0.022 0.044 0.137 0.388 0.353 0.044 117 K 0.070 0.198 0.263 0.268 0.138 0.055 0.009 118 K 0.201 0.356 0.217 0.130 0.066 0.026 0.005 119 Q 0.073 0.196 0.217 0.254 0.164 0.078 0.018 120 G 0.053 0.168 0.214 0.241 0.172 0.113 0.040 121 A 0.009 0.041 0.088 0.191 0.328 0.268 0.075 122 F 0.003 0.010 0.029 0.086 0.255 0.425 0.192 123 M 0.001 0.002 0.005 0.015 0.062 0.321 0.595 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.190 0.799 125 W 0.001 0.001 0.002 0.008 0.035 0.175 0.781 126 N 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.198 0.772 127 H 0.001 0.001 0.004 0.014 0.054 0.284 0.643 128 P 0.001 0.002 0.006 0.021 0.084 0.397 0.489 129 G 0.010 0.047 0.092 0.205 0.250 0.258 0.139 130 W 0.031 0.073 0.105 0.203 0.255 0.256 0.075 131 D 0.096 0.152 0.175 0.226 0.180 0.139 0.032 132 S 0.267 0.235 0.183 0.158 0.098 0.050 0.010 133 Q 0.365 0.259 0.160 0.126 0.062 0.025 0.004 134 Q 0.423 0.236 0.156 0.110 0.053 0.021 0.002 135 P 0.599 0.215 0.109 0.053 0.017 0.007 0.001 136 D 0.476 0.259 0.149 0.072 0.031 0.012 0.001 137 T 0.280 0.285 0.168 0.141 0.084 0.039 0.005 138 T 0.182 0.202 0.222 0.235 0.123 0.032 0.004 139 K 0.381 0.376 0.134 0.076 0.023 0.008 0.001 140 W 0.054 0.129 0.214 0.282 0.241 0.074 0.006 141 W 0.016 0.026 0.078 0.193 0.407 0.257 0.024 142 P 0.100 0.335 0.312 0.177 0.057 0.016 0.002 143 E 0.055 0.242 0.284 0.254 0.125 0.036 0.004 144 H 0.010 0.021 0.044 0.128 0.364 0.388 0.044 145 T 0.018 0.069 0.220 0.350 0.236 0.092 0.015 146 A 0.161 0.444 0.273 0.085 0.026 0.010 0.002 147 L 0.020 0.087 0.231 0.358 0.229 0.069 0.006 148 Y 0.013 0.020 0.038 0.125 0.367 0.376 0.060 149 Q 0.095 0.264 0.328 0.188 0.095 0.026 0.004 150 E 0.248 0.458 0.157 0.094 0.029 0.011 0.003 151 G 0.025 0.091 0.158 0.239 0.284 0.172 0.031 152 C 0.014 0.066 0.125 0.243 0.251 0.213 0.089 153 M 0.006 0.038 0.081 0.188 0.334 0.268 0.086 154 H 0.002 0.008 0.024 0.067 0.193 0.428 0.276 155 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.305 0.648 156 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.183 0.806 157 E 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.158 0.807 158 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.165 0.816 159 A 0.001 0.002 0.004 0.016 0.059 0.282 0.637 160 N 0.007 0.025 0.050 0.118 0.185 0.307 0.309 161 G 0.014 0.042 0.081 0.156 0.249 0.317 0.140 162 H 0.047 0.115 0.162 0.229 0.200 0.197 0.050 163 L 0.042 0.077 0.132 0.195 0.278 0.234 0.041 164 Y 0.059 0.135 0.188 0.216 0.208 0.155 0.040 165 M 0.036 0.093 0.157 0.236 0.228 0.202 0.049 166 P 0.099 0.228 0.292 0.220 0.109 0.043 0.009 167 E 0.036 0.159 0.311 0.297 0.141 0.047 0.008 168 A 0.002 0.005 0.009 0.035 0.213 0.583 0.152 169 I 0.002 0.011 0.068 0.205 0.383 0.281 0.048 170 Q 0.027 0.287 0.431 0.179 0.052 0.020 0.004 171 W 0.006 0.053 0.199 0.399 0.255 0.083 0.005 172 C 0.003 0.007 0.018 0.074 0.401 0.439 0.057 173 L 0.028 0.173 0.324 0.301 0.143 0.029 0.002 174 D 0.275 0.484 0.161 0.061 0.015 0.004 0.001 175 K 0.078 0.239 0.296 0.228 0.121 0.035 0.003 176 N 0.152 0.380 0.211 0.173 0.053 0.024 0.007 177 L 0.007 0.034 0.079 0.208 0.439 0.209 0.023 178 T 0.013 0.055 0.119 0.251 0.266 0.233 0.063 179 M 0.002 0.005 0.013 0.038 0.149 0.474 0.320 180 I 0.001 0.003 0.006 0.017 0.060 0.308 0.606 181 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.156 0.824 182 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.135 0.845 183 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.031 0.174 0.782 184 D 0.001 0.002 0.005 0.016 0.054 0.232 0.690 185 I 0.002 0.003 0.006 0.017 0.064 0.317 0.593 186 H 0.007 0.014 0.030 0.076 0.177 0.373 0.323 187 Q 0.025 0.066 0.103 0.173 0.235 0.266 0.133 188 P 0.044 0.070 0.128 0.211 0.245 0.236 0.067 189 I 0.091 0.161 0.188 0.227 0.189 0.124 0.020 190 Q 0.193 0.253 0.212 0.170 0.105 0.056 0.009 191 T 0.179 0.199 0.188 0.221 0.137 0.067 0.009 192 D 0.305 0.317 0.203 0.111 0.044 0.017 0.002 193 Y 0.124 0.173 0.174 0.310 0.158 0.056 0.005 194 D 0.386 0.291 0.195 0.080 0.034 0.012 0.001 195 F 0.112 0.123 0.154 0.271 0.220 0.111 0.010 196 E 0.369 0.278 0.191 0.105 0.044 0.012 0.001 197 K 0.399 0.325 0.140 0.092 0.033 0.010 0.001 198 G 0.428 0.257 0.153 0.095 0.047 0.018 0.002 199 E 0.311 0.242 0.202 0.137 0.072 0.030 0.006 200 H 0.273 0.320 0.166 0.145 0.066 0.026 0.005 201 R 0.127 0.160 0.207 0.211 0.179 0.097 0.019 202 T 0.067 0.076 0.120 0.191 0.243 0.236 0.068 203 M 0.056 0.093 0.132 0.194 0.242 0.205 0.079 204 T 0.077 0.135 0.182 0.207 0.204 0.148 0.048 205 F 0.050 0.061 0.098 0.169 0.251 0.291 0.079 206 V 0.063 0.110 0.180 0.235 0.226 0.159 0.027 207 F 0.122 0.187 0.215 0.209 0.174 0.083 0.010 208 A 0.217 0.251 0.229 0.193 0.084 0.023 0.003 209 K 0.584 0.278 0.087 0.038 0.010 0.003 0.001 210 E 0.477 0.278 0.143 0.070 0.026 0.006 0.001 211 R 0.366 0.242 0.190 0.140 0.049 0.012 0.001 212 S 0.462 0.328 0.135 0.055 0.016 0.004 0.001 213 L 0.225 0.232 0.195 0.230 0.098 0.020 0.001 214 Q 0.510 0.254 0.149 0.062 0.019 0.005 0.001 215 G 0.291 0.301 0.220 0.123 0.050 0.014 0.001 216 I 0.120 0.130 0.185 0.243 0.225 0.090 0.006 217 R 0.153 0.234 0.237 0.246 0.097 0.030 0.002 218 E 0.339 0.330 0.206 0.083 0.031 0.010 0.001 219 A 0.144 0.160 0.211 0.248 0.175 0.059 0.003 220 L 0.152 0.175 0.217 0.268 0.145 0.041 0.002 221 D 0.534 0.311 0.112 0.033 0.008 0.002 0.001 222 N 0.443 0.259 0.162 0.094 0.036 0.006 0.001 223 R 0.600 0.247 0.100 0.042 0.009 0.002 0.001 224 R 0.606 0.256 0.090 0.037 0.009 0.002 0.001 225 T 0.534 0.244 0.135 0.062 0.022 0.004 0.001 226 A 0.406 0.270 0.166 0.117 0.034 0.006 0.001 227 A 0.649 0.245 0.077 0.022 0.006 0.001 0.001 228 Y 0.289 0.207 0.204 0.193 0.091 0.017 0.001 229 F 0.440 0.266 0.162 0.093 0.031 0.007 0.001 230 H 0.660 0.225 0.075 0.030 0.008 0.002 0.001