# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.025 0.026 0.514 0.009 0.006 0.011 0.019 0.007 0.082 0.063 0.015 0.117 0.105 2 Q 0.010 0.017 0.647 0.010 0.010 0.019 0.010 0.003 0.075 0.057 0.023 0.042 0.080 3 T 0.006 0.014 0.456 0.009 0.071 0.078 0.004 0.003 0.050 0.095 0.070 0.043 0.102 4 D 0.004 0.010 0.403 0.011 0.119 0.117 0.003 0.001 0.037 0.096 0.116 0.034 0.048 5 Y 0.006 0.018 0.209 0.010 0.196 0.177 0.002 0.001 0.021 0.113 0.144 0.042 0.062 6 D 0.008 0.042 0.319 0.005 0.119 0.140 0.002 0.001 0.015 0.089 0.145 0.051 0.063 7 F 0.005 0.037 0.383 0.004 0.099 0.126 0.001 0.001 0.008 0.108 0.128 0.034 0.067 8 E 0.004 0.017 0.271 0.007 0.104 0.152 0.001 0.001 0.004 0.083 0.311 0.023 0.024 9 K 0.002 0.006 0.068 0.003 0.103 0.059 0.001 0.001 0.001 0.085 0.657 0.006 0.011 10 G 0.002 0.006 0.188 0.008 0.032 0.023 0.001 0.001 0.002 0.161 0.558 0.011 0.009 11 E 0.005 0.015 0.347 0.006 0.039 0.025 0.001 0.001 0.006 0.203 0.270 0.048 0.035 12 H 0.013 0.052 0.419 0.013 0.021 0.011 0.002 0.001 0.015 0.160 0.134 0.020 0.140 13 R 0.008 0.013 0.278 0.016 0.005 0.003 0.002 0.001 0.011 0.172 0.014 0.443 0.036 14 T 0.021 0.013 0.263 0.010 0.009 0.002 0.005 0.002 0.043 0.035 0.011 0.015 0.569 15 M 0.039 0.011 0.214 0.057 0.006 0.003 0.017 0.009 0.063 0.059 0.006 0.471 0.043 16 T 0.119 0.005 0.127 0.023 0.010 0.006 0.067 0.032 0.127 0.021 0.006 0.058 0.398 17 F 0.248 0.005 0.048 0.032 0.013 0.023 0.136 0.138 0.109 0.011 0.006 0.097 0.134 18 V 0.230 0.007 0.025 0.073 0.012 0.020 0.140 0.118 0.128 0.008 0.007 0.161 0.071 19 F 0.226 0.006 0.054 0.011 0.023 0.040 0.086 0.062 0.148 0.009 0.020 0.056 0.259 20 A 0.086 0.011 0.244 0.050 0.032 0.121 0.037 0.075 0.124 0.041 0.041 0.060 0.077 21 K 0.032 0.008 0.210 0.033 0.079 0.225 0.013 0.012 0.102 0.098 0.079 0.057 0.051 22 E 0.011 0.017 0.193 0.002 0.097 0.271 0.007 0.003 0.036 0.090 0.208 0.013 0.053 23 R 0.002 0.040 0.277 0.002 0.019 0.277 0.002 0.003 0.012 0.222 0.115 0.021 0.009 24 S 0.001 0.006 0.681 0.001 0.012 0.188 0.001 0.001 0.004 0.079 0.024 0.002 0.003 25 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.038 0.932 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 28 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.018 0.900 0.001 0.001 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 33 D 0.001 0.001 0.033 0.001 0.019 0.688 0.001 0.001 0.001 0.035 0.222 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.036 0.001 0.019 0.346 0.001 0.001 0.001 0.077 0.520 0.001 0.001 35 R 0.001 0.004 0.201 0.002 0.026 0.185 0.001 0.001 0.007 0.108 0.464 0.001 0.002 36 R 0.001 0.014 0.452 0.008 0.020 0.148 0.001 0.007 0.077 0.135 0.116 0.009 0.012 37 T 0.009 0.016 0.285 0.010 0.032 0.131 0.010 0.038 0.260 0.080 0.038 0.029 0.062 38 A 0.021 0.005 0.077 0.018 0.020 0.198 0.030 0.174 0.334 0.026 0.016 0.028 0.053 39 A 0.089 0.007 0.037 0.052 0.013 0.199 0.061 0.196 0.168 0.019 0.015 0.102 0.042 40 Y 0.162 0.007 0.047 0.011 0.017 0.246 0.090 0.095 0.095 0.013 0.025 0.043 0.148 41 F 0.117 0.008 0.110 0.043 0.020 0.323 0.025 0.038 0.086 0.029 0.051 0.058 0.093 42 H 0.048 0.005 0.139 0.038 0.050 0.382 0.005 0.005 0.040 0.063 0.104 0.046 0.076 43 E 0.010 0.004 0.078 0.009 0.088 0.482 0.002 0.003 0.016 0.060 0.192 0.021 0.034 44 L 0.008 0.006 0.086 0.005 0.058 0.561 0.003 0.004 0.016 0.047 0.163 0.019 0.024 45 L 0.023 0.015 0.138 0.010 0.054 0.433 0.008 0.006 0.023 0.078 0.125 0.045 0.043 46 I 0.020 0.021 0.161 0.006 0.045 0.288 0.009 0.004 0.017 0.097 0.266 0.030 0.036 47 G 0.006 0.024 0.337 0.006 0.023 0.186 0.004 0.003 0.017 0.146 0.211 0.011 0.025 48 R 0.001 0.012 0.536 0.003 0.044 0.241 0.001 0.002 0.013 0.093 0.032 0.010 0.012 49 E 0.001 0.004 0.072 0.001 0.212 0.647 0.001 0.001 0.002 0.020 0.036 0.001 0.005 50 D 0.001 0.002 0.023 0.001 0.290 0.598 0.001 0.001 0.001 0.013 0.068 0.001 0.001 51 L 0.001 0.004 0.047 0.001 0.189 0.610 0.001 0.001 0.003 0.023 0.119 0.002 0.002 52 L 0.001 0.005 0.092 0.001 0.033 0.744 0.001 0.001 0.003 0.063 0.053 0.001 0.003 53 R 0.001 0.004 0.108 0.001 0.034 0.725 0.001 0.001 0.001 0.107 0.015 0.004 0.001 54 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.055 0.893 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 55 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.058 0.829 0.001 0.001 0.001 0.007 0.092 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.015 0.001 0.090 0.837 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.001 0.002 57 E 0.001 0.001 0.020 0.002 0.074 0.823 0.001 0.001 0.003 0.022 0.052 0.001 0.002 58 K 0.004 0.002 0.014 0.010 0.058 0.672 0.001 0.002 0.005 0.032 0.183 0.013 0.005 59 C 0.018 0.002 0.064 0.004 0.032 0.436 0.006 0.006 0.039 0.027 0.310 0.009 0.047 60 V 0.197 0.016 0.173 0.056 0.012 0.140 0.034 0.021 0.049 0.051 0.066 0.118 0.066 61 K 0.205 0.011 0.112 0.020 0.006 0.035 0.040 0.012 0.051 0.021 0.019 0.337 0.132 62 I 0.137 0.003 0.058 0.007 0.007 0.026 0.040 0.010 0.037 0.008 0.015 0.017 0.633 63 E 0.122 0.004 0.047 0.204 0.005 0.013 0.011 0.004 0.019 0.022 0.009 0.511 0.029 64 E 0.086 0.004 0.078 0.004 0.022 0.013 0.008 0.001 0.025 0.023 0.019 0.080 0.638 65 V 0.071 0.026 0.255 0.015 0.015 0.010 0.009 0.001 0.025 0.069 0.041 0.175 0.288 66 S 0.033 0.045 0.363 0.015 0.014 0.007 0.002 0.001 0.012 0.093 0.030 0.253 0.132 67 R 0.010 0.026 0.254 0.007 0.070 0.017 0.001 0.001 0.006 0.117 0.164 0.040 0.287 68 N 0.003 0.011 0.171 0.013 0.093 0.013 0.001 0.001 0.002 0.146 0.450 0.062 0.034 69 E 0.007 0.005 0.120 0.032 0.088 0.007 0.001 0.001 0.002 0.155 0.499 0.020 0.062 70 Q 0.014 0.006 0.095 0.038 0.025 0.002 0.002 0.001 0.004 0.175 0.542 0.069 0.027 71 G 0.117 0.017 0.280 0.027 0.011 0.001 0.013 0.002 0.020 0.102 0.057 0.050 0.304 72 V 0.197 0.008 0.116 0.031 0.001 0.001 0.025 0.003 0.027 0.026 0.002 0.467 0.097 73 T 0.371 0.004 0.019 0.016 0.001 0.001 0.066 0.011 0.043 0.004 0.001 0.060 0.406 74 L 0.510 0.001 0.012 0.029 0.001 0.001 0.117 0.034 0.024 0.002 0.001 0.205 0.066 75 S 0.498 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 0.171 0.041 0.040 0.001 0.001 0.101 0.120 76 I 0.449 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.137 0.071 0.071 0.002 0.001 0.066 0.184 77 T 0.296 0.014 0.064 0.072 0.002 0.001 0.097 0.049 0.103 0.019 0.010 0.159 0.113 78 N 0.045 0.010 0.406 0.013 0.008 0.004 0.011 0.008 0.077 0.150 0.025 0.089 0.155 79 V 0.011 0.011 0.366 0.015 0.040 0.021 0.004 0.002 0.021 0.208 0.208 0.025 0.068 80 T 0.010 0.012 0.178 0.029 0.058 0.046 0.002 0.001 0.006 0.271 0.320 0.040 0.027 81 D 0.019 0.014 0.314 0.010 0.077 0.096 0.002 0.001 0.007 0.235 0.092 0.030 0.103 82 L 0.021 0.011 0.207 0.017 0.082 0.319 0.003 0.002 0.012 0.100 0.069 0.078 0.079 83 V 0.039 0.007 0.102 0.011 0.063 0.472 0.006 0.004 0.039 0.025 0.067 0.040 0.124 84 L 0.113 0.008 0.061 0.017 0.039 0.438 0.025 0.010 0.038 0.018 0.039 0.084 0.110 85 K 0.203 0.011 0.047 0.016 0.026 0.328 0.035 0.015 0.042 0.011 0.040 0.109 0.117 86 L 0.136 0.015 0.084 0.010 0.041 0.332 0.021 0.014 0.035 0.014 0.086 0.044 0.167 87 K 0.034 0.010 0.231 0.032 0.042 0.246 0.006 0.005 0.029 0.058 0.197 0.064 0.047 88 K 0.007 0.006 0.133 0.005 0.075 0.146 0.001 0.001 0.007 0.107 0.469 0.014 0.029 89 T 0.002 0.011 0.298 0.004 0.042 0.065 0.001 0.001 0.005 0.182 0.369 0.009 0.011 90 A 0.002 0.018 0.475 0.002 0.046 0.053 0.001 0.001 0.004 0.243 0.124 0.018 0.014 91 H 0.002 0.021 0.372 0.005 0.073 0.077 0.001 0.001 0.006 0.193 0.209 0.007 0.031 92 D 0.002 0.015 0.323 0.014 0.075 0.074 0.001 0.001 0.008 0.251 0.195 0.025 0.016 93 T 0.006 0.012 0.342 0.013 0.108 0.107 0.002 0.002 0.019 0.143 0.166 0.021 0.059 94 L 0.027 0.026 0.247 0.017 0.117 0.113 0.007 0.005 0.044 0.098 0.089 0.088 0.121 95 L 0.066 0.043 0.195 0.020 0.066 0.079 0.012 0.010 0.073 0.075 0.056 0.116 0.187 96 V 0.080 0.040 0.230 0.022 0.024 0.043 0.016 0.008 0.040 0.079 0.050 0.160 0.208 97 Y 0.038 0.021 0.365 0.020 0.023 0.028 0.007 0.004 0.030 0.095 0.064 0.118 0.185 98 F 0.025 0.008 0.420 0.047 0.031 0.018 0.004 0.001 0.019 0.109 0.121 0.053 0.144 99 R 0.024 0.006 0.202 0.091 0.042 0.022 0.004 0.001 0.016 0.155 0.267 0.109 0.061 100 D 0.088 0.010 0.166 0.020 0.063 0.010 0.008 0.001 0.019 0.103 0.100 0.100 0.310 101 M 0.136 0.015 0.125 0.023 0.007 0.003 0.018 0.002 0.025 0.042 0.008 0.424 0.172 102 T 0.199 0.017 0.054 0.005 0.002 0.001 0.023 0.003 0.022 0.010 0.003 0.246 0.413 103 L 0.148 0.057 0.115 0.013 0.004 0.002 0.013 0.003 0.019 0.018 0.006 0.154 0.447 104 K 0.014 0.007 0.512 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.038 0.007 0.298 0.102 105 P 0.005 0.005 0.096 0.025 0.066 0.008 0.001 0.001 0.006 0.083 0.512 0.019 0.172 106 H 0.002 0.004 0.100 0.028 0.037 0.002 0.001 0.001 0.003 0.137 0.647 0.029 0.010 107 T 0.010 0.010 0.294 0.018 0.049 0.002 0.002 0.001 0.007 0.326 0.097 0.095 0.088 108 R 0.053 0.027 0.289 0.021 0.015 0.001 0.007 0.001 0.028 0.090 0.041 0.041 0.386 109 Y 0.162 0.010 0.124 0.059 0.003 0.001 0.025 0.003 0.030 0.041 0.005 0.457 0.083 110 T 0.366 0.002 0.045 0.031 0.001 0.001 0.086 0.010 0.042 0.010 0.002 0.082 0.323 111 V 0.588 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.117 0.019 0.016 0.001 0.001 0.161 0.077 112 R 0.645 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.092 0.018 0.014 0.001 0.001 0.099 0.117 113 I 0.513 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.073 0.022 0.029 0.002 0.001 0.128 0.209 114 G 0.186 0.007 0.134 0.034 0.002 0.002 0.043 0.015 0.109 0.020 0.009 0.215 0.222 115 F 0.052 0.010 0.256 0.025 0.024 0.010 0.009 0.004 0.062 0.085 0.063 0.113 0.285 116 K 0.032 0.017 0.225 0.038 0.073 0.020 0.004 0.001 0.019 0.166 0.200 0.097 0.110 117 Q 0.019 0.020 0.117 0.020 0.089 0.020 0.002 0.001 0.007 0.204 0.348 0.081 0.072 118 G 0.016 0.033 0.254 0.009 0.051 0.022 0.002 0.001 0.007 0.163 0.312 0.047 0.085 119 I 0.015 0.035 0.466 0.007 0.033 0.019 0.001 0.001 0.005 0.135 0.067 0.089 0.126 120 K 0.013 0.022 0.293 0.020 0.042 0.035 0.001 0.001 0.005 0.158 0.287 0.048 0.075 121 G 0.015 0.009 0.209 0.020 0.046 0.026 0.002 0.001 0.004 0.170 0.407 0.030 0.061 122 G 0.024 0.012 0.376 0.023 0.026 0.024 0.004 0.001 0.009 0.170 0.150 0.117 0.064 123 D 0.055 0.026 0.341 0.013 0.018 0.017 0.008 0.002 0.025 0.090 0.033 0.032 0.341 124 V 0.071 0.015 0.203 0.049 0.013 0.017 0.011 0.004 0.028 0.078 0.019 0.406 0.087 125 N 0.097 0.006 0.216 0.026 0.015 0.020 0.017 0.006 0.092 0.030 0.038 0.083 0.353 126 F 0.178 0.010 0.183 0.031 0.010 0.024 0.046 0.026 0.092 0.041 0.018 0.147 0.196 127 E 0.242 0.008 0.073 0.041 0.009 0.012 0.048 0.023 0.059 0.021 0.006 0.293 0.163 128 V 0.232 0.003 0.059 0.013 0.016 0.013 0.048 0.028 0.103 0.008 0.011 0.071 0.395 129 T 0.109 0.004 0.082 0.260 0.011 0.015 0.035 0.038 0.206 0.039 0.058 0.083 0.062 130 N 0.148 0.003 0.134 0.062 0.014 0.010 0.045 0.046 0.143 0.086 0.067 0.159 0.082 131 F 0.202 0.004 0.100 0.016 0.013 0.009 0.106 0.067 0.175 0.025 0.017 0.053 0.213 132 I 0.333 0.012 0.026 0.021 0.004 0.003 0.073 0.049 0.068 0.012 0.008 0.316 0.074 133 V 0.334 0.051 0.073 0.029 0.005 0.005 0.055 0.033 0.055 0.019 0.019 0.052 0.271 134 A 0.022 0.013 0.517 0.007 0.002 0.002 0.005 0.004 0.027 0.075 0.012 0.231 0.082 135 P 0.005 0.010 0.249 0.018 0.048 0.007 0.002 0.001 0.015 0.156 0.360 0.008 0.120 136 D 0.001 0.003 0.115 0.017 0.026 0.004 0.001 0.001 0.002 0.287 0.524 0.015 0.006 137 K 0.002 0.005 0.076 0.018 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.408 0.431 0.016 0.016 138 G 0.011 0.018 0.359 0.010 0.014 0.001 0.003 0.001 0.012 0.169 0.302 0.027 0.072 139 L 0.039 0.017 0.576 0.021 0.004 0.001 0.015 0.001 0.041 0.074 0.023 0.099 0.090 140 K 0.132 0.016 0.199 0.050 0.002 0.001 0.036 0.004 0.066 0.047 0.007 0.100 0.342 141 Y 0.212 0.003 0.048 0.015 0.001 0.001 0.057 0.008 0.032 0.011 0.001 0.452 0.159 142 T 0.341 0.002 0.023 0.020 0.001 0.001 0.108 0.013 0.047 0.003 0.001 0.110 0.331 143 I 0.347 0.005 0.026 0.008 0.001 0.001 0.082 0.018 0.041 0.004 0.001 0.295 0.173 144 S 0.128 0.017 0.253 0.016 0.002 0.001 0.051 0.010 0.099 0.018 0.004 0.144 0.257 145 L 0.011 0.009 0.571 0.009 0.011 0.005 0.006 0.003 0.055 0.067 0.020 0.095 0.138