# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.026 0.019 0.040 0.122 0.132 0.114 0.042 0.503 2 Q 0.029 0.035 0.058 0.096 0.135 0.104 0.054 0.489 3 T 0.154 0.121 0.017 0.037 0.062 0.077 0.105 0.428 4 D 0.155 0.144 0.015 0.029 0.041 0.079 0.082 0.455 5 Y 0.043 0.079 0.025 0.047 0.054 0.104 0.050 0.598 6 D 0.055 0.023 0.044 0.069 0.130 0.081 0.130 0.468 7 F 0.295 0.006 0.014 0.033 0.034 0.074 0.076 0.468 8 E 0.298 0.003 0.010 0.058 0.030 0.060 0.057 0.484 9 K 0.010 0.001 0.002 0.002 0.009 0.064 0.009 0.905 10 G 0.098 0.001 0.008 0.012 0.012 0.125 0.022 0.722 11 E 0.007 0.001 0.043 0.150 0.309 0.066 0.017 0.407 12 H 0.010 0.001 0.014 0.022 0.022 0.073 0.033 0.825 13 R 0.007 0.005 0.105 0.258 0.205 0.107 0.037 0.277 14 T 0.002 0.012 0.170 0.045 0.205 0.081 0.061 0.424 15 M 0.001 0.006 0.117 0.328 0.356 0.026 0.046 0.120 16 T 0.001 0.029 0.347 0.244 0.299 0.010 0.026 0.045 17 F 0.003 0.031 0.387 0.149 0.288 0.015 0.055 0.072 18 V 0.008 0.053 0.375 0.212 0.143 0.016 0.109 0.084 19 F 0.067 0.142 0.253 0.105 0.202 0.032 0.087 0.112 20 A 0.108 0.044 0.193 0.046 0.060 0.049 0.301 0.199 21 K 0.193 0.069 0.055 0.033 0.043 0.078 0.093 0.435 22 E 0.028 0.064 0.018 0.014 0.018 0.125 0.069 0.665 23 R 0.003 0.170 0.011 0.004 0.006 0.123 0.065 0.617 24 S 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 25 L 0.016 0.875 0.001 0.001 0.001 0.002 0.094 0.012 26 Q 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.013 27 G 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 28 I 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 29 R 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 30 E 0.034 0.346 0.021 0.001 0.001 0.015 0.519 0.064 31 A 0.064 0.199 0.096 0.003 0.002 0.029 0.550 0.058 32 L 0.451 0.096 0.019 0.002 0.002 0.050 0.140 0.240 33 D 0.056 0.017 0.007 0.001 0.001 0.081 0.055 0.781 34 N 0.005 0.037 0.014 0.002 0.003 0.178 0.038 0.723 35 R 0.016 0.118 0.057 0.012 0.027 0.165 0.100 0.505 36 R 0.014 0.183 0.124 0.049 0.077 0.081 0.119 0.352 37 T 0.017 0.297 0.162 0.030 0.110 0.028 0.115 0.241 38 A 0.013 0.122 0.282 0.067 0.082 0.032 0.213 0.189 39 A 0.010 0.096 0.521 0.074 0.109 0.024 0.070 0.097 40 Y 0.045 0.159 0.254 0.076 0.084 0.048 0.099 0.235 41 F 0.146 0.233 0.107 0.042 0.057 0.056 0.107 0.252 42 H 0.148 0.241 0.029 0.017 0.027 0.085 0.114 0.339 43 E 0.056 0.106 0.045 0.027 0.062 0.111 0.207 0.387 44 L 0.047 0.232 0.044 0.064 0.090 0.102 0.085 0.337 45 L 0.061 0.294 0.047 0.046 0.071 0.081 0.059 0.342 46 I 0.030 0.173 0.052 0.045 0.060 0.100 0.132 0.408 47 G 0.056 0.472 0.031 0.018 0.033 0.054 0.123 0.214 48 R 0.177 0.596 0.012 0.005 0.006 0.025 0.067 0.113 49 E 0.294 0.304 0.020 0.005 0.007 0.046 0.078 0.246 50 D 0.078 0.211 0.017 0.006 0.010 0.085 0.125 0.469 51 L 0.015 0.388 0.014 0.004 0.007 0.101 0.055 0.417 52 L 0.020 0.766 0.008 0.003 0.004 0.030 0.036 0.133 53 R 0.093 0.732 0.004 0.004 0.003 0.018 0.084 0.062 54 P 0.078 0.587 0.015 0.005 0.007 0.044 0.113 0.151 55 F 0.109 0.385 0.041 0.009 0.015 0.060 0.213 0.168 56 F 0.210 0.155 0.042 0.011 0.023 0.072 0.276 0.210 57 E 0.075 0.044 0.018 0.008 0.018 0.109 0.074 0.654 58 K 0.024 0.063 0.056 0.073 0.098 0.106 0.050 0.529 59 C 0.023 0.036 0.067 0.047 0.121 0.105 0.055 0.547 60 V 0.020 0.013 0.091 0.209 0.127 0.089 0.038 0.413 61 K 0.029 0.013 0.114 0.089 0.185 0.063 0.070 0.436 62 I 0.078 0.008 0.052 0.078 0.093 0.096 0.083 0.513 63 E 0.027 0.006 0.103 0.080 0.128 0.099 0.044 0.513 64 E 0.012 0.005 0.037 0.069 0.142 0.080 0.041 0.614 65 V 0.016 0.004 0.030 0.078 0.085 0.088 0.045 0.654 66 S 0.205 0.008 0.017 0.044 0.034 0.087 0.127 0.478 67 R 0.062 0.003 0.010 0.024 0.042 0.077 0.045 0.737 68 N 0.149 0.002 0.006 0.019 0.030 0.079 0.046 0.669 69 E 0.056 0.001 0.009 0.022 0.030 0.106 0.022 0.755 70 Q 0.004 0.001 0.039 0.100 0.259 0.077 0.025 0.496 71 G 0.005 0.001 0.036 0.075 0.139 0.086 0.036 0.622 72 V 0.001 0.001 0.092 0.533 0.230 0.025 0.014 0.104 73 T 0.002 0.001 0.172 0.151 0.322 0.041 0.073 0.237 74 L 0.003 0.001 0.088 0.466 0.279 0.024 0.019 0.122 75 S 0.004 0.001 0.291 0.215 0.300 0.025 0.030 0.135 76 I 0.006 0.001 0.146 0.216 0.224 0.081 0.033 0.293 77 T 0.002 0.001 0.270 0.095 0.145 0.079 0.021 0.387 78 N 0.230 0.042 0.055 0.032 0.032 0.096 0.213 0.301 79 V 0.069 0.078 0.038 0.017 0.021 0.131 0.080 0.566 80 T 0.022 0.099 0.035 0.035 0.055 0.093 0.069 0.592 81 D 0.055 0.274 0.028 0.023 0.072 0.090 0.120 0.338 82 L 0.033 0.210 0.051 0.120 0.141 0.080 0.118 0.248 83 V 0.019 0.244 0.080 0.105 0.192 0.037 0.074 0.249 84 L 0.048 0.203 0.079 0.118 0.231 0.044 0.057 0.220 85 K 0.061 0.034 0.172 0.145 0.121 0.052 0.227 0.187 86 L 0.114 0.045 0.069 0.074 0.116 0.082 0.127 0.373 87 K 0.162 0.038 0.036 0.034 0.038 0.098 0.076 0.519 88 K 0.045 0.019 0.028 0.021 0.032 0.110 0.028 0.717 89 T 0.108 0.022 0.021 0.018 0.023 0.112 0.098 0.597 90 A 0.060 0.025 0.026 0.023 0.031 0.150 0.056 0.629 91 H 0.072 0.052 0.017 0.017 0.023 0.113 0.048 0.658 92 D 0.088 0.064 0.023 0.024 0.044 0.119 0.082 0.558 93 T 0.062 0.064 0.043 0.040 0.081 0.119 0.083 0.508 94 L 0.045 0.036 0.066 0.091 0.145 0.099 0.075 0.444 95 L 0.042 0.018 0.087 0.082 0.121 0.103 0.058 0.489 96 V 0.036 0.010 0.072 0.086 0.122 0.098 0.043 0.533 97 Y 0.147 0.014 0.036 0.042 0.075 0.095 0.082 0.510 98 F 0.104 0.007 0.025 0.030 0.034 0.120 0.086 0.595 99 R 0.028 0.007 0.034 0.054 0.098 0.128 0.050 0.601 100 D 0.029 0.004 0.025 0.048 0.130 0.100 0.036 0.627 101 M 0.009 0.002 0.054 0.265 0.235 0.074 0.029 0.333 102 T 0.003 0.001 0.049 0.209 0.380 0.051 0.033 0.273 103 L 0.005 0.001 0.034 0.146 0.149 0.072 0.030 0.564 104 K 0.266 0.004 0.034 0.075 0.062 0.074 0.179 0.306 105 P 0.102 0.003 0.011 0.013 0.024 0.091 0.034 0.722 106 H 0.035 0.001 0.019 0.020 0.033 0.092 0.039 0.762 107 T 0.010 0.002 0.044 0.085 0.159 0.111 0.047 0.543 108 R 0.007 0.002 0.050 0.078 0.118 0.099 0.037 0.608 109 Y 0.001 0.002 0.077 0.360 0.360 0.028 0.032 0.139 110 T 0.003 0.004 0.111 0.174 0.323 0.038 0.074 0.273 111 V 0.002 0.002 0.084 0.501 0.309 0.015 0.014 0.073 112 R 0.005 0.005 0.173 0.264 0.334 0.026 0.041 0.152 113 I 0.012 0.006 0.103 0.298 0.271 0.056 0.034 0.221 114 G 0.021 0.010 0.150 0.138 0.238 0.068 0.067 0.308 115 F 0.140 0.029 0.037 0.084 0.114 0.072 0.088 0.436 116 K 0.186 0.027 0.021 0.037 0.040 0.079 0.068 0.542 117 Q 0.025 0.010 0.024 0.049 0.072 0.093 0.033 0.694 118 G 0.049 0.007 0.018 0.027 0.068 0.086 0.058 0.687 119 I 0.220 0.006 0.011 0.060 0.026 0.094 0.086 0.498 120 K 0.045 0.006 0.016 0.034 0.062 0.097 0.030 0.711 121 G 0.025 0.004 0.009 0.009 0.027 0.093 0.026 0.807 122 G 0.012 0.007 0.072 0.165 0.215 0.094 0.045 0.390 123 D 0.013 0.015 0.053 0.078 0.127 0.075 0.056 0.583 124 V 0.014 0.033 0.079 0.251 0.162 0.072 0.054 0.336 125 N 0.010 0.027 0.143 0.085 0.236 0.057 0.150 0.292 126 F 0.012 0.019 0.136 0.190 0.214 0.060 0.102 0.267 127 E 0.021 0.031 0.207 0.234 0.254 0.041 0.049 0.164 128 V 0.030 0.023 0.163 0.098 0.143 0.068 0.077 0.398 129 T 0.021 0.016 0.195 0.079 0.169 0.093 0.098 0.329 130 N 0.012 0.012 0.145 0.104 0.256 0.080 0.052 0.339 131 F 0.010 0.012 0.146 0.199 0.203 0.079 0.047 0.304 132 I 0.006 0.004 0.236 0.191 0.246 0.058 0.047 0.213 133 V 0.010 0.002 0.111 0.111 0.178 0.073 0.053 0.460 134 A 0.135 0.004 0.073 0.102 0.111 0.081 0.130 0.364 135 P 0.078 0.002 0.025 0.023 0.030 0.090 0.045 0.707 136 D 0.152 0.001 0.011 0.010 0.014 0.085 0.047 0.680 137 K 0.031 0.001 0.020 0.025 0.045 0.121 0.026 0.731 138 G 0.010 0.001 0.019 0.020 0.048 0.098 0.028 0.776 139 L 0.005 0.001 0.056 0.219 0.192 0.082 0.033 0.412 140 K 0.004 0.001 0.106 0.123 0.164 0.057 0.041 0.503 141 Y 0.003 0.001 0.114 0.350 0.204 0.041 0.035 0.253 142 T 0.007 0.001 0.237 0.138 0.236 0.045 0.030 0.305 143 I 0.006 0.001 0.200 0.276 0.227 0.042 0.013 0.235 144 S 0.010 0.001 0.249 0.084 0.168 0.064 0.040 0.385 145 L 0.029 0.002 0.100 0.045 0.047 0.128 0.053 0.597