# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.151 0.061 0.039 0.072 0.076 0.086 0.146 0.118 0.112 0.086 0.053 2 Q 0.129 0.160 0.080 0.179 0.128 0.096 0.092 0.056 0.041 0.026 0.013 3 T 0.101 0.100 0.060 0.125 0.113 0.114 0.149 0.096 0.074 0.047 0.023 4 D 0.205 0.134 0.073 0.178 0.129 0.087 0.083 0.052 0.031 0.019 0.009 5 Y 0.114 0.058 0.048 0.106 0.100 0.138 0.178 0.110 0.078 0.050 0.020 6 D 0.089 0.218 0.090 0.199 0.123 0.092 0.088 0.045 0.029 0.018 0.008 7 F 0.037 0.023 0.018 0.043 0.061 0.088 0.166 0.143 0.170 0.145 0.106 8 E 0.400 0.311 0.097 0.107 0.042 0.017 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 9 K 0.144 0.229 0.080 0.220 0.125 0.077 0.059 0.033 0.018 0.010 0.005 10 G 0.566 0.143 0.026 0.063 0.048 0.037 0.043 0.033 0.019 0.014 0.008 11 E 0.325 0.218 0.062 0.181 0.089 0.052 0.037 0.019 0.010 0.004 0.002 12 H 0.040 0.051 0.053 0.080 0.089 0.123 0.163 0.125 0.116 0.098 0.062 13 R 0.012 0.033 0.041 0.098 0.120 0.181 0.225 0.116 0.094 0.052 0.027 14 T 0.080 0.120 0.156 0.196 0.126 0.093 0.108 0.055 0.038 0.018 0.009 15 M 0.005 0.006 0.017 0.024 0.033 0.047 0.120 0.138 0.226 0.218 0.165 16 T 0.003 0.013 0.014 0.044 0.066 0.069 0.134 0.184 0.190 0.172 0.111 17 F 0.001 0.002 0.005 0.009 0.018 0.030 0.065 0.142 0.219 0.263 0.246 18 V 0.004 0.004 0.017 0.027 0.081 0.058 0.153 0.274 0.147 0.121 0.114 19 F 0.001 0.002 0.015 0.019 0.034 0.022 0.064 0.156 0.213 0.265 0.208 20 A 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.032 0.086 0.102 0.272 0.276 0.206 21 K 0.010 0.025 0.079 0.138 0.167 0.149 0.224 0.088 0.071 0.033 0.016 22 E 0.018 0.040 0.245 0.165 0.132 0.128 0.142 0.062 0.034 0.024 0.011 23 R 0.026 0.043 0.062 0.083 0.100 0.193 0.243 0.105 0.075 0.048 0.022 24 S 0.068 0.209 0.081 0.098 0.069 0.066 0.129 0.093 0.084 0.064 0.039 25 L 0.061 0.055 0.068 0.119 0.148 0.171 0.195 0.085 0.053 0.028 0.018 26 Q 0.638 0.147 0.130 0.061 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.023 0.027 0.034 0.083 0.123 0.132 0.226 0.156 0.099 0.055 0.042 28 I 0.003 0.007 0.009 0.015 0.029 0.035 0.089 0.144 0.224 0.246 0.200 29 R 0.012 0.025 0.140 0.172 0.192 0.178 0.156 0.069 0.033 0.017 0.006 30 E 0.013 0.038 0.530 0.204 0.098 0.057 0.034 0.015 0.006 0.003 0.001 31 A 0.003 0.004 0.015 0.020 0.039 0.075 0.192 0.201 0.187 0.154 0.111 32 L 0.005 0.008 0.016 0.022 0.037 0.058 0.163 0.164 0.223 0.201 0.104 33 D 0.032 0.078 0.366 0.226 0.130 0.068 0.055 0.022 0.014 0.007 0.003 34 N 0.071 0.073 0.278 0.188 0.136 0.088 0.093 0.040 0.018 0.010 0.005 35 R 0.049 0.058 0.069 0.100 0.098 0.117 0.205 0.135 0.089 0.054 0.026 36 R 0.008 0.014 0.020 0.039 0.056 0.099 0.176 0.185 0.178 0.140 0.086 37 T 0.017 0.036 0.090 0.110 0.116 0.100 0.146 0.135 0.112 0.084 0.054 38 A 0.007 0.009 0.027 0.035 0.055 0.077 0.152 0.143 0.182 0.166 0.146 39 A 0.009 0.008 0.021 0.029 0.050 0.066 0.126 0.145 0.194 0.190 0.162 40 Y 0.007 0.011 0.022 0.048 0.078 0.104 0.181 0.153 0.174 0.140 0.083 41 F 0.003 0.007 0.013 0.025 0.041 0.056 0.127 0.147 0.210 0.198 0.173 42 H 0.051 0.073 0.081 0.171 0.152 0.124 0.153 0.079 0.063 0.035 0.018 43 E 0.098 0.108 0.113 0.209 0.132 0.100 0.111 0.060 0.037 0.021 0.012 44 L 0.025 0.029 0.027 0.067 0.084 0.143 0.193 0.138 0.126 0.101 0.068 45 L 0.024 0.033 0.027 0.048 0.058 0.093 0.152 0.122 0.164 0.158 0.121 46 I 0.027 0.024 0.033 0.062 0.094 0.118 0.164 0.127 0.143 0.115 0.095 47 G 0.090 0.124 0.086 0.119 0.107 0.082 0.116 0.083 0.084 0.070 0.041 48 R 0.037 0.095 0.051 0.166 0.153 0.133 0.174 0.092 0.056 0.030 0.013 49 E 0.347 0.127 0.081 0.145 0.092 0.081 0.069 0.031 0.016 0.008 0.004 50 D 0.217 0.137 0.159 0.216 0.111 0.069 0.053 0.023 0.008 0.004 0.002 51 L 0.018 0.033 0.032 0.078 0.101 0.140 0.201 0.149 0.122 0.087 0.038 52 L 0.002 0.005 0.007 0.009 0.016 0.044 0.125 0.112 0.237 0.282 0.161 53 R 0.020 0.073 0.370 0.275 0.157 0.063 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 54 P 0.246 0.085 0.296 0.176 0.093 0.044 0.037 0.016 0.004 0.002 0.001 55 F 0.006 0.009 0.014 0.028 0.048 0.090 0.188 0.186 0.196 0.147 0.090 56 F 0.002 0.004 0.007 0.016 0.033 0.058 0.185 0.200 0.208 0.190 0.098 57 E 0.019 0.036 0.525 0.211 0.115 0.052 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 58 K 0.024 0.072 0.363 0.195 0.139 0.090 0.083 0.025 0.006 0.002 0.001 59 C 0.008 0.007 0.018 0.030 0.046 0.050 0.129 0.181 0.199 0.188 0.144 60 V 0.014 0.006 0.012 0.016 0.033 0.081 0.204 0.167 0.193 0.186 0.087 61 K 0.010 0.112 0.483 0.293 0.077 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 I 0.002 0.002 0.008 0.008 0.022 0.041 0.136 0.172 0.191 0.193 0.225 63 E 0.142 0.133 0.112 0.186 0.152 0.093 0.094 0.046 0.025 0.012 0.005 64 E 0.174 0.174 0.237 0.227 0.091 0.040 0.033 0.014 0.005 0.003 0.001 65 V 0.025 0.014 0.022 0.034 0.052 0.128 0.200 0.128 0.158 0.148 0.090 66 S 0.249 0.270 0.073 0.132 0.079 0.051 0.077 0.035 0.020 0.011 0.004 67 R 0.199 0.214 0.169 0.201 0.098 0.050 0.033 0.018 0.008 0.005 0.003 68 N 0.291 0.216 0.084 0.143 0.092 0.057 0.060 0.033 0.013 0.008 0.004 69 E 0.285 0.202 0.053 0.140 0.095 0.076 0.067 0.044 0.020 0.014 0.005 70 Q 0.237 0.212 0.082 0.166 0.116 0.075 0.058 0.034 0.011 0.006 0.003 71 G 0.213 0.130 0.075 0.174 0.136 0.087 0.082 0.051 0.026 0.018 0.009 72 V 0.011 0.009 0.010 0.017 0.027 0.083 0.191 0.148 0.217 0.184 0.104 73 T 0.053 0.211 0.156 0.348 0.156 0.044 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 74 L 0.004 0.002 0.007 0.007 0.014 0.030 0.081 0.119 0.214 0.237 0.284 75 S 0.060 0.184 0.101 0.335 0.198 0.056 0.034 0.017 0.008 0.004 0.002 76 I 0.004 0.003 0.005 0.009 0.015 0.024 0.071 0.123 0.208 0.241 0.299 77 T 0.061 0.129 0.121 0.283 0.216 0.087 0.046 0.028 0.014 0.009 0.006 78 N 0.023 0.025 0.027 0.051 0.064 0.088 0.192 0.177 0.161 0.120 0.072 79 V 0.079 0.084 0.057 0.166 0.155 0.120 0.116 0.086 0.061 0.044 0.031 80 T 0.091 0.063 0.041 0.080 0.077 0.092 0.185 0.125 0.122 0.079 0.044 81 D 0.100 0.115 0.078 0.240 0.175 0.100 0.079 0.049 0.032 0.021 0.012 82 L 0.008 0.012 0.012 0.022 0.033 0.063 0.159 0.161 0.221 0.197 0.113 83 V 0.043 0.079 0.069 0.239 0.212 0.147 0.105 0.050 0.031 0.016 0.009 84 L 0.014 0.006 0.023 0.022 0.033 0.052 0.121 0.154 0.195 0.203 0.177 85 K 0.014 0.040 0.051 0.184 0.198 0.181 0.161 0.074 0.054 0.029 0.015 86 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.042 0.077 0.198 0.274 0.384 87 K 0.031 0.090 0.151 0.278 0.230 0.103 0.059 0.028 0.015 0.009 0.004 88 K 0.245 0.141 0.187 0.182 0.086 0.059 0.056 0.024 0.012 0.006 0.002 89 T 0.164 0.157 0.059 0.168 0.118 0.112 0.107 0.057 0.030 0.018 0.011 90 A 0.048 0.048 0.016 0.034 0.041 0.058 0.122 0.126 0.183 0.168 0.156 91 H 0.248 0.211 0.101 0.191 0.118 0.054 0.038 0.021 0.010 0.006 0.003 92 D 0.156 0.120 0.118 0.165 0.113 0.108 0.100 0.053 0.036 0.021 0.010 93 T 0.182 0.151 0.059 0.170 0.124 0.095 0.096 0.061 0.033 0.018 0.010 94 L 0.030 0.029 0.021 0.065 0.076 0.114 0.175 0.151 0.152 0.115 0.070 95 L 0.031 0.035 0.046 0.088 0.104 0.143 0.169 0.123 0.115 0.095 0.051 96 V 0.047 0.062 0.085 0.153 0.145 0.145 0.150 0.087 0.064 0.043 0.019 97 Y 0.050 0.066 0.050 0.111 0.108 0.120 0.177 0.122 0.095 0.068 0.033 98 F 0.042 0.049 0.029 0.088 0.101 0.123 0.164 0.131 0.118 0.100 0.054 99 R 0.190 0.183 0.096 0.189 0.118 0.075 0.074 0.042 0.019 0.010 0.004 100 D 0.162 0.133 0.074 0.208 0.149 0.107 0.083 0.043 0.021 0.013 0.006 101 M 0.041 0.021 0.015 0.027 0.037 0.077 0.145 0.138 0.196 0.177 0.127 102 T 0.109 0.186 0.074 0.297 0.173 0.068 0.052 0.024 0.011 0.005 0.003 103 L 0.003 0.003 0.004 0.004 0.008 0.021 0.054 0.067 0.191 0.260 0.384 104 K 0.106 0.266 0.132 0.261 0.166 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 105 P 0.294 0.151 0.054 0.138 0.091 0.075 0.086 0.055 0.029 0.018 0.009 106 H 0.271 0.137 0.035 0.123 0.100 0.081 0.087 0.063 0.044 0.035 0.024 107 T 0.203 0.196 0.046 0.165 0.115 0.086 0.094 0.053 0.024 0.013 0.005 108 R 0.151 0.153 0.099 0.236 0.153 0.090 0.052 0.033 0.016 0.012 0.006 109 Y 0.015 0.019 0.016 0.032 0.046 0.132 0.250 0.155 0.162 0.120 0.053 110 T 0.066 0.125 0.075 0.296 0.206 0.103 0.065 0.034 0.017 0.009 0.005 111 V 0.006 0.003 0.008 0.007 0.013 0.034 0.081 0.104 0.232 0.267 0.244 112 R 0.026 0.103 0.067 0.315 0.249 0.108 0.076 0.031 0.015 0.006 0.004 113 I 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.010 0.035 0.072 0.186 0.245 0.437 114 G 0.075 0.203 0.124 0.311 0.199 0.048 0.021 0.011 0.005 0.002 0.002 115 F 0.021 0.022 0.022 0.046 0.066 0.078 0.177 0.179 0.163 0.127 0.101 116 K 0.198 0.151 0.063 0.195 0.152 0.089 0.069 0.041 0.021 0.014 0.008 117 Q 0.282 0.166 0.085 0.147 0.084 0.072 0.081 0.040 0.025 0.013 0.006 118 G 0.262 0.193 0.067 0.210 0.117 0.054 0.047 0.027 0.012 0.006 0.004 119 I 0.032 0.031 0.015 0.029 0.037 0.057 0.128 0.120 0.181 0.198 0.171 120 K 0.138 0.301 0.117 0.239 0.123 0.041 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 121 G 0.333 0.193 0.072 0.157 0.092 0.058 0.043 0.026 0.013 0.008 0.005 122 G 0.120 0.052 0.022 0.060 0.070 0.097 0.169 0.134 0.124 0.091 0.061 123 D 0.136 0.213 0.065 0.232 0.146 0.087 0.061 0.030 0.016 0.009 0.005 124 V 0.012 0.010 0.016 0.024 0.036 0.086 0.135 0.135 0.214 0.193 0.137 125 N 0.117 0.218 0.089 0.265 0.154 0.060 0.051 0.024 0.013 0.006 0.004 126 F 0.004 0.003 0.005 0.010 0.016 0.028 0.076 0.123 0.213 0.241 0.281 127 E 0.052 0.163 0.123 0.305 0.196 0.078 0.042 0.020 0.011 0.005 0.004 128 V 0.003 0.004 0.010 0.022 0.041 0.043 0.110 0.174 0.194 0.183 0.215 129 T 0.007 0.012 0.021 0.050 0.081 0.093 0.131 0.153 0.168 0.161 0.124 130 N 0.009 0.020 0.029 0.069 0.073 0.096 0.189 0.137 0.183 0.132 0.063 131 F 0.003 0.004 0.008 0.019 0.030 0.050 0.093 0.132 0.212 0.230 0.220 132 I 0.005 0.008 0.010 0.024 0.041 0.046 0.100 0.139 0.203 0.217 0.207 133 V 0.008 0.008 0.015 0.035 0.063 0.063 0.119 0.154 0.193 0.178 0.166 134 A 0.004 0.008 0.011 0.021 0.043 0.055 0.110 0.137 0.203 0.204 0.204 135 P 0.040 0.074 0.042 0.144 0.143 0.122 0.179 0.097 0.084 0.049 0.027 136 D 0.419 0.227 0.061 0.124 0.061 0.039 0.034 0.014 0.010 0.006 0.004 137 K 0.271 0.171 0.045 0.151 0.106 0.085 0.086 0.042 0.022 0.012 0.007 138 G 0.323 0.257 0.043 0.141 0.081 0.051 0.042 0.026 0.016 0.012 0.007 139 L 0.027 0.020 0.011 0.029 0.043 0.100 0.162 0.137 0.182 0.159 0.130 140 K 0.126 0.297 0.123 0.257 0.119 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 141 Y 0.009 0.006 0.007 0.014 0.024 0.050 0.106 0.132 0.219 0.212 0.221 142 T 0.153 0.267 0.087 0.253 0.137 0.044 0.028 0.016 0.008 0.004 0.003 143 I 0.023 0.014 0.013 0.031 0.045 0.069 0.148 0.164 0.196 0.162 0.137 144 S 0.230 0.305 0.105 0.205 0.095 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 145 L 0.097 0.054 0.031 0.078 0.090 0.088 0.165 0.143 0.118 0.078 0.059