# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.239 0.118 0.018 0.003 0.542 0.004 0.006 0.016 0.009 0.014 0.031 2 Q 0.265 0.121 0.027 0.011 0.390 0.014 0.016 0.027 0.013 0.038 0.077 3 T 0.124 0.290 0.099 0.024 0.258 0.016 0.016 0.057 0.027 0.037 0.052 4 D 0.169 0.081 0.032 0.012 0.221 0.016 0.036 0.188 0.094 0.091 0.059 5 Y 0.058 0.197 0.058 0.017 0.138 0.023 0.038 0.245 0.105 0.091 0.029 6 D 0.156 0.131 0.040 0.008 0.283 0.010 0.025 0.148 0.053 0.102 0.043 7 F 0.089 0.135 0.081 0.011 0.131 0.012 0.030 0.290 0.140 0.043 0.038 8 E 0.048 0.049 0.063 0.040 0.047 0.063 0.133 0.364 0.087 0.076 0.030 9 K 0.029 0.356 0.122 0.081 0.057 0.070 0.100 0.080 0.043 0.046 0.017 10 G 0.035 0.043 0.051 0.156 0.031 0.051 0.023 0.045 0.047 0.366 0.151 11 E 0.093 0.180 0.098 0.034 0.189 0.023 0.031 0.069 0.067 0.154 0.060 12 H 0.275 0.107 0.037 0.019 0.288 0.015 0.025 0.030 0.028 0.097 0.079 13 R 0.060 0.388 0.212 0.033 0.196 0.026 0.023 0.022 0.013 0.014 0.014 14 T 0.268 0.111 0.026 0.008 0.418 0.013 0.017 0.044 0.019 0.032 0.043 15 M 0.239 0.161 0.018 0.002 0.503 0.004 0.009 0.019 0.015 0.008 0.023 16 T 0.229 0.090 0.004 0.001 0.628 0.005 0.006 0.015 0.003 0.005 0.014 17 F 0.251 0.094 0.003 0.001 0.619 0.001 0.002 0.013 0.003 0.002 0.013 18 V 0.261 0.065 0.003 0.001 0.625 0.003 0.004 0.023 0.003 0.002 0.009 19 F 0.241 0.199 0.007 0.001 0.435 0.003 0.004 0.061 0.008 0.013 0.027 20 A 0.231 0.081 0.005 0.002 0.212 0.006 0.016 0.281 0.069 0.042 0.056 21 K 0.027 0.040 0.011 0.019 0.048 0.055 0.080 0.438 0.218 0.040 0.023 22 E 0.037 0.039 0.021 0.006 0.051 0.008 0.054 0.537 0.125 0.097 0.026 23 R 0.020 0.153 0.069 0.014 0.048 0.017 0.038 0.327 0.081 0.205 0.028 24 S 0.015 0.477 0.176 0.004 0.047 0.001 0.003 0.210 0.041 0.016 0.009 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.069 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.005 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.912 0.072 0.011 0.001 32 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.861 0.122 0.009 0.001 33 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.100 0.702 0.167 0.022 0.001 34 N 0.012 0.160 0.059 0.004 0.034 0.008 0.106 0.403 0.109 0.098 0.007 35 R 0.051 0.037 0.028 0.013 0.050 0.011 0.019 0.217 0.087 0.336 0.150 36 R 0.140 0.134 0.043 0.006 0.198 0.010 0.027 0.244 0.082 0.065 0.052 37 T 0.137 0.175 0.022 0.005 0.270 0.010 0.027 0.233 0.047 0.043 0.031 38 A 0.215 0.077 0.009 0.003 0.313 0.006 0.016 0.252 0.052 0.025 0.032 39 A 0.135 0.124 0.015 0.004 0.343 0.014 0.025 0.272 0.032 0.017 0.018 40 Y 0.202 0.104 0.012 0.003 0.276 0.006 0.018 0.263 0.023 0.048 0.046 41 F 0.179 0.062 0.011 0.007 0.161 0.014 0.036 0.331 0.085 0.048 0.066 42 H 0.024 0.042 0.026 0.050 0.042 0.087 0.097 0.434 0.145 0.033 0.022 43 E 0.046 0.034 0.020 0.010 0.051 0.012 0.049 0.382 0.243 0.124 0.028 44 L 0.046 0.135 0.027 0.003 0.102 0.006 0.050 0.368 0.156 0.086 0.020 45 L 0.110 0.078 0.027 0.011 0.140 0.020 0.073 0.261 0.087 0.122 0.072 46 I 0.056 0.182 0.074 0.061 0.098 0.068 0.082 0.169 0.048 0.110 0.052 47 G 0.033 0.204 0.295 0.102 0.068 0.030 0.024 0.072 0.019 0.113 0.041 48 R 0.043 0.211 0.147 0.010 0.097 0.006 0.015 0.256 0.155 0.043 0.018 49 E 0.003 0.013 0.004 0.002 0.006 0.004 0.020 0.542 0.386 0.016 0.003 50 D 0.003 0.014 0.005 0.002 0.006 0.003 0.024 0.717 0.195 0.029 0.003 51 L 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.795 0.134 0.038 0.004 52 L 0.010 0.016 0.003 0.001 0.011 0.002 0.011 0.746 0.116 0.076 0.007 53 R 0.008 0.028 0.009 0.002 0.013 0.002 0.005 0.800 0.117 0.012 0.004 54 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.903 0.080 0.003 0.001 55 F 0.004 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.839 0.075 0.058 0.002 56 F 0.016 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.740 0.136 0.060 0.012 57 E 0.007 0.003 0.002 0.004 0.008 0.011 0.093 0.685 0.175 0.008 0.004 58 K 0.021 0.023 0.018 0.005 0.030 0.015 0.111 0.529 0.144 0.093 0.010 59 C 0.209 0.120 0.018 0.003 0.259 0.004 0.040 0.141 0.062 0.082 0.062 60 V 0.165 0.165 0.029 0.006 0.497 0.016 0.036 0.044 0.014 0.010 0.018 61 K 0.249 0.081 0.006 0.002 0.578 0.003 0.007 0.018 0.004 0.013 0.039 62 I 0.475 0.027 0.005 0.002 0.299 0.004 0.016 0.017 0.023 0.018 0.114 63 E 0.052 0.174 0.095 0.095 0.183 0.159 0.126 0.050 0.017 0.015 0.033 64 E 0.295 0.082 0.026 0.007 0.428 0.006 0.010 0.036 0.012 0.052 0.047 65 V 0.146 0.164 0.050 0.010 0.365 0.012 0.020 0.046 0.040 0.092 0.054 66 S 0.083 0.333 0.161 0.037 0.234 0.020 0.023 0.042 0.021 0.020 0.025 67 R 0.092 0.113 0.063 0.031 0.105 0.032 0.072 0.254 0.144 0.057 0.037 68 N 0.068 0.034 0.070 0.054 0.057 0.047 0.080 0.187 0.145 0.211 0.047 69 E 0.077 0.170 0.097 0.093 0.119 0.087 0.074 0.101 0.060 0.083 0.038 70 Q 0.062 0.171 0.113 0.110 0.107 0.082 0.080 0.032 0.028 0.148 0.067 71 G 0.130 0.177 0.068 0.059 0.179 0.019 0.015 0.012 0.016 0.168 0.158 72 V 0.177 0.144 0.015 0.002 0.645 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 73 T 0.272 0.039 0.002 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 74 L 0.259 0.074 0.004 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 75 S 0.274 0.042 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 76 I 0.498 0.027 0.003 0.001 0.322 0.002 0.002 0.003 0.003 0.016 0.121 77 T 0.075 0.133 0.047 0.150 0.171 0.199 0.110 0.016 0.011 0.036 0.051 78 N 0.272 0.127 0.090 0.012 0.421 0.004 0.005 0.008 0.006 0.029 0.027 79 V 0.078 0.053 0.023 0.014 0.100 0.025 0.039 0.205 0.333 0.084 0.046 80 T 0.033 0.208 0.103 0.052 0.088 0.081 0.145 0.150 0.065 0.057 0.018 81 D 0.159 0.082 0.046 0.019 0.154 0.012 0.017 0.138 0.071 0.187 0.115 82 L 0.090 0.171 0.042 0.006 0.185 0.011 0.031 0.248 0.148 0.038 0.030 83 V 0.193 0.108 0.015 0.006 0.296 0.015 0.037 0.220 0.046 0.033 0.032 84 L 0.165 0.208 0.019 0.002 0.398 0.006 0.011 0.129 0.028 0.016 0.019 85 K 0.213 0.123 0.012 0.002 0.417 0.006 0.018 0.144 0.017 0.020 0.029 86 L 0.290 0.084 0.022 0.007 0.241 0.012 0.025 0.151 0.035 0.054 0.080 87 K 0.045 0.199 0.106 0.108 0.093 0.115 0.089 0.132 0.047 0.030 0.036 88 K 0.039 0.097 0.065 0.104 0.057 0.057 0.097 0.189 0.130 0.119 0.043 89 T 0.054 0.071 0.055 0.032 0.080 0.016 0.038 0.092 0.103 0.369 0.089 90 A 0.087 0.248 0.104 0.021 0.170 0.018 0.037 0.114 0.072 0.082 0.045 91 H 0.069 0.101 0.055 0.074 0.094 0.066 0.094 0.193 0.101 0.104 0.048 92 D 0.118 0.132 0.102 0.044 0.187 0.029 0.032 0.138 0.078 0.103 0.036 93 T 0.075 0.110 0.048 0.015 0.138 0.020 0.040 0.237 0.192 0.083 0.041 94 L 0.158 0.123 0.029 0.006 0.263 0.011 0.038 0.148 0.087 0.087 0.049 95 L 0.208 0.124 0.027 0.007 0.370 0.011 0.025 0.073 0.040 0.057 0.059 96 V 0.148 0.225 0.076 0.019 0.317 0.023 0.033 0.052 0.021 0.048 0.038 97 Y 0.165 0.223 0.097 0.018 0.338 0.011 0.018 0.032 0.019 0.042 0.038 98 F 0.156 0.173 0.075 0.025 0.249 0.021 0.032 0.095 0.083 0.048 0.041 99 R 0.040 0.143 0.077 0.052 0.086 0.074 0.107 0.171 0.143 0.076 0.031 100 D 0.151 0.115 0.044 0.015 0.204 0.013 0.034 0.073 0.083 0.185 0.084 101 M 0.130 0.240 0.051 0.007 0.406 0.013 0.017 0.037 0.032 0.036 0.033 102 T 0.162 0.158 0.034 0.004 0.541 0.005 0.009 0.015 0.008 0.021 0.042 103 L 0.319 0.136 0.038 0.006 0.344 0.007 0.010 0.008 0.008 0.049 0.075 104 K 0.017 0.417 0.431 0.036 0.067 0.009 0.006 0.005 0.003 0.003 0.007 105 P 0.058 0.182 0.078 0.047 0.082 0.047 0.157 0.130 0.166 0.032 0.020 106 H 0.069 0.062 0.060 0.054 0.084 0.025 0.020 0.057 0.092 0.411 0.066 107 T 0.078 0.225 0.084 0.023 0.231 0.027 0.047 0.072 0.094 0.080 0.038 108 R 0.204 0.106 0.045 0.025 0.238 0.024 0.042 0.043 0.037 0.131 0.106 109 Y 0.147 0.238 0.069 0.015 0.379 0.020 0.026 0.020 0.019 0.028 0.039 110 T 0.255 0.087 0.009 0.003 0.606 0.005 0.006 0.004 0.002 0.007 0.017 111 V 0.200 0.092 0.007 0.001 0.687 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 112 R 0.367 0.034 0.004 0.001 0.539 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.043 113 I 0.203 0.203 0.051 0.032 0.317 0.032 0.020 0.014 0.009 0.026 0.092 114 G 0.140 0.205 0.114 0.060 0.258 0.032 0.031 0.022 0.014 0.052 0.073 115 F 0.171 0.157 0.106 0.017 0.233 0.011 0.021 0.077 0.088 0.068 0.051 116 K 0.065 0.089 0.064 0.049 0.101 0.077 0.098 0.183 0.134 0.091 0.048 117 Q 0.030 0.369 0.135 0.066 0.080 0.056 0.105 0.065 0.035 0.040 0.018 118 G 0.064 0.045 0.080 0.092 0.053 0.028 0.025 0.044 0.059 0.312 0.198 119 I 0.115 0.207 0.139 0.033 0.169 0.030 0.035 0.095 0.064 0.069 0.046 120 K 0.032 0.167 0.096 0.158 0.059 0.115 0.166 0.077 0.056 0.046 0.027 121 G 0.080 0.046 0.067 0.155 0.064 0.061 0.035 0.045 0.048 0.303 0.096 122 G 0.034 0.253 0.222 0.058 0.119 0.034 0.032 0.084 0.066 0.073 0.025 123 D 0.263 0.085 0.032 0.014 0.277 0.012 0.027 0.054 0.037 0.105 0.095 124 V 0.078 0.400 0.119 0.013 0.270 0.014 0.017 0.029 0.022 0.017 0.021 125 N 0.301 0.071 0.012 0.008 0.427 0.010 0.015 0.057 0.020 0.020 0.058 126 F 0.181 0.221 0.045 0.006 0.433 0.009 0.014 0.042 0.026 0.007 0.017 127 E 0.274 0.113 0.007 0.001 0.453 0.005 0.013 0.060 0.008 0.025 0.042 128 V 0.490 0.030 0.003 0.003 0.194 0.005 0.014 0.054 0.038 0.026 0.144 129 T 0.022 0.049 0.017 0.090 0.055 0.337 0.307 0.073 0.024 0.009 0.017 130 N 0.208 0.060 0.046 0.048 0.200 0.028 0.024 0.056 0.033 0.176 0.121 131 F 0.176 0.164 0.022 0.002 0.457 0.004 0.016 0.050 0.041 0.033 0.034 132 I 0.244 0.085 0.016 0.005 0.509 0.011 0.024 0.026 0.010 0.020 0.049 133 V 0.205 0.178 0.067 0.029 0.286 0.025 0.022 0.020 0.012 0.057 0.100 134 A 0.051 0.308 0.332 0.066 0.144 0.021 0.019 0.014 0.008 0.017 0.019 135 P 0.093 0.153 0.170 0.045 0.130 0.024 0.075 0.109 0.132 0.045 0.025 136 D 0.050 0.049 0.057 0.088 0.058 0.062 0.048 0.152 0.159 0.229 0.047 137 K 0.036 0.258 0.121 0.071 0.095 0.082 0.148 0.055 0.059 0.058 0.018 138 G 0.066 0.052 0.063 0.081 0.060 0.025 0.015 0.019 0.030 0.392 0.197 139 L 0.120 0.297 0.059 0.006 0.448 0.006 0.013 0.010 0.014 0.011 0.016 140 K 0.307 0.081 0.011 0.006 0.513 0.011 0.013 0.006 0.004 0.014 0.035 141 Y 0.156 0.261 0.039 0.005 0.504 0.005 0.007 0.003 0.002 0.003 0.016 142 T 0.349 0.028 0.003 0.001 0.594 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 143 I 0.188 0.202 0.032 0.005 0.519 0.005 0.005 0.004 0.004 0.006 0.030 144 S 0.255 0.130 0.025 0.006 0.477 0.008 0.010 0.006 0.005 0.014 0.065 145 L 0.231 0.168 0.036 0.011 0.346 0.012 0.015 0.028 0.033 0.048 0.073