# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.085 0.043 0.061 0.090 0.155 0.151 0.135 0.117 0.071 0.042 0.025 0.016 0.006 0.002 2 Q 0.235 0.149 0.138 0.151 0.121 0.081 0.062 0.029 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 3 T 0.216 0.105 0.119 0.135 0.130 0.104 0.077 0.054 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 4 D 0.323 0.200 0.125 0.122 0.089 0.057 0.042 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.253 0.147 0.162 0.152 0.120 0.080 0.041 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 6 D 0.395 0.209 0.127 0.109 0.073 0.041 0.028 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 F 0.199 0.111 0.154 0.176 0.150 0.104 0.062 0.026 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 E 0.608 0.162 0.090 0.064 0.038 0.017 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.536 0.193 0.114 0.080 0.042 0.018 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 G 0.522 0.167 0.112 0.097 0.048 0.027 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.287 0.204 0.191 0.125 0.083 0.052 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 H 0.066 0.060 0.099 0.159 0.194 0.178 0.106 0.072 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 13 R 0.023 0.035 0.061 0.104 0.168 0.174 0.146 0.126 0.074 0.048 0.023 0.010 0.005 0.002 14 T 0.026 0.027 0.041 0.072 0.114 0.140 0.145 0.155 0.115 0.076 0.049 0.020 0.013 0.007 15 M 0.004 0.005 0.006 0.011 0.023 0.045 0.089 0.119 0.194 0.189 0.159 0.089 0.047 0.019 16 T 0.006 0.006 0.007 0.017 0.033 0.062 0.127 0.144 0.195 0.170 0.117 0.063 0.030 0.022 17 F 0.004 0.004 0.006 0.007 0.015 0.026 0.057 0.071 0.124 0.200 0.195 0.163 0.078 0.049 18 V 0.023 0.018 0.022 0.027 0.047 0.075 0.110 0.148 0.163 0.136 0.103 0.070 0.038 0.020 19 F 0.008 0.013 0.022 0.047 0.087 0.116 0.124 0.182 0.162 0.102 0.067 0.041 0.019 0.010 20 A 0.007 0.013 0.019 0.047 0.095 0.144 0.177 0.208 0.167 0.084 0.024 0.008 0.004 0.003 21 K 0.033 0.125 0.199 0.238 0.151 0.123 0.069 0.030 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 22 E 0.279 0.257 0.210 0.110 0.076 0.033 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.111 0.164 0.201 0.232 0.149 0.091 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 S 0.131 0.083 0.095 0.123 0.154 0.170 0.142 0.058 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.063 0.096 0.151 0.227 0.234 0.135 0.061 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.733 0.187 0.054 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.082 0.088 0.149 0.228 0.213 0.140 0.062 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.025 0.013 0.020 0.051 0.119 0.209 0.241 0.202 0.086 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 29 R 0.099 0.237 0.250 0.213 0.119 0.056 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.626 0.256 0.081 0.023 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.032 0.034 0.078 0.195 0.277 0.212 0.104 0.049 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.034 0.030 0.056 0.120 0.244 0.204 0.151 0.107 0.041 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.371 0.278 0.153 0.130 0.038 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.422 0.207 0.190 0.109 0.033 0.019 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.061 0.048 0.097 0.162 0.209 0.183 0.142 0.054 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 36 R 0.040 0.048 0.079 0.116 0.190 0.179 0.142 0.102 0.057 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 37 T 0.070 0.046 0.046 0.077 0.105 0.141 0.159 0.134 0.097 0.066 0.032 0.013 0.007 0.004 38 A 0.032 0.018 0.024 0.035 0.055 0.074 0.103 0.113 0.137 0.148 0.117 0.085 0.037 0.021 39 A 0.041 0.022 0.027 0.030 0.051 0.078 0.099 0.106 0.145 0.131 0.119 0.088 0.044 0.019 40 Y 0.035 0.028 0.038 0.061 0.086 0.117 0.130 0.156 0.121 0.085 0.068 0.046 0.020 0.010 41 F 0.012 0.014 0.017 0.039 0.068 0.105 0.145 0.184 0.165 0.125 0.071 0.031 0.013 0.011 42 H 0.027 0.058 0.088 0.156 0.158 0.172 0.134 0.093 0.058 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 43 E 0.119 0.163 0.180 0.151 0.141 0.098 0.070 0.034 0.026 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 44 L 0.040 0.048 0.099 0.136 0.160 0.180 0.142 0.098 0.054 0.024 0.011 0.004 0.003 0.001 45 L 0.055 0.037 0.060 0.094 0.173 0.172 0.153 0.130 0.077 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 46 I 0.146 0.107 0.114 0.146 0.172 0.124 0.081 0.053 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 47 G 0.218 0.139 0.166 0.165 0.128 0.077 0.066 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 48 R 0.095 0.095 0.115 0.180 0.181 0.146 0.099 0.045 0.027 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 49 E 0.298 0.259 0.186 0.119 0.077 0.037 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.613 0.270 0.077 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.068 0.084 0.132 0.213 0.226 0.148 0.073 0.035 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.029 0.024 0.031 0.077 0.183 0.216 0.216 0.131 0.068 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 53 R 0.188 0.332 0.252 0.147 0.047 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.418 0.331 0.163 0.050 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.009 0.011 0.030 0.100 0.232 0.268 0.178 0.121 0.039 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 56 F 0.031 0.030 0.044 0.097 0.214 0.211 0.180 0.125 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 57 E 0.283 0.353 0.178 0.114 0.036 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.092 0.126 0.209 0.218 0.159 0.102 0.054 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 C 0.010 0.007 0.018 0.060 0.160 0.212 0.250 0.174 0.072 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 60 V 0.054 0.056 0.064 0.094 0.177 0.151 0.147 0.118 0.081 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 61 K 0.194 0.133 0.142 0.171 0.141 0.086 0.067 0.038 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 62 I 0.019 0.016 0.035 0.069 0.120 0.133 0.159 0.151 0.114 0.105 0.046 0.021 0.008 0.003 63 E 0.100 0.097 0.134 0.210 0.161 0.134 0.071 0.050 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 64 E 0.268 0.241 0.140 0.122 0.097 0.057 0.036 0.017 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 65 V 0.050 0.053 0.103 0.153 0.198 0.197 0.130 0.072 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 66 S 0.252 0.208 0.177 0.162 0.105 0.050 0.028 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.601 0.185 0.094 0.055 0.035 0.014 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.471 0.221 0.122 0.096 0.047 0.023 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.357 0.241 0.154 0.104 0.067 0.035 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.290 0.238 0.164 0.101 0.084 0.055 0.034 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 71 G 0.044 0.061 0.080 0.145 0.206 0.172 0.126 0.087 0.045 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 72 V 0.006 0.008 0.016 0.030 0.072 0.107 0.150 0.185 0.149 0.121 0.083 0.047 0.022 0.005 73 T 0.013 0.019 0.028 0.084 0.172 0.130 0.129 0.172 0.108 0.059 0.044 0.024 0.012 0.006 74 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.025 0.053 0.115 0.192 0.262 0.197 0.104 0.026 75 S 0.009 0.010 0.017 0.064 0.122 0.111 0.139 0.195 0.152 0.072 0.057 0.033 0.014 0.008 76 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.017 0.038 0.056 0.114 0.232 0.250 0.153 0.082 0.040 77 T 0.013 0.017 0.031 0.066 0.121 0.135 0.152 0.183 0.124 0.069 0.047 0.026 0.010 0.007 78 N 0.008 0.012 0.018 0.036 0.063 0.075 0.089 0.123 0.139 0.177 0.137 0.078 0.031 0.015 79 V 0.010 0.022 0.035 0.084 0.138 0.151 0.133 0.157 0.116 0.077 0.046 0.021 0.006 0.005 80 T 0.021 0.031 0.050 0.063 0.097 0.132 0.138 0.148 0.107 0.091 0.060 0.036 0.017 0.008 81 D 0.027 0.047 0.060 0.116 0.174 0.146 0.128 0.126 0.092 0.040 0.027 0.010 0.005 0.002 82 L 0.013 0.012 0.019 0.034 0.060 0.092 0.135 0.163 0.164 0.130 0.095 0.054 0.021 0.009 83 V 0.020 0.023 0.037 0.095 0.173 0.151 0.141 0.141 0.093 0.055 0.037 0.020 0.008 0.005 84 L 0.010 0.007 0.010 0.011 0.020 0.037 0.066 0.097 0.147 0.204 0.193 0.123 0.060 0.017 85 K 0.031 0.035 0.056 0.125 0.171 0.137 0.123 0.137 0.094 0.043 0.027 0.013 0.006 0.003 86 L 0.012 0.011 0.016 0.024 0.045 0.066 0.097 0.121 0.155 0.184 0.134 0.081 0.038 0.017 87 K 0.061 0.071 0.090 0.147 0.161 0.148 0.129 0.091 0.051 0.025 0.014 0.007 0.002 0.002 88 K 0.134 0.133 0.133 0.135 0.131 0.095 0.075 0.055 0.047 0.031 0.017 0.007 0.004 0.002 89 T 0.120 0.138 0.126 0.157 0.155 0.112 0.075 0.052 0.041 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 90 A 0.074 0.070 0.115 0.138 0.169 0.160 0.121 0.074 0.039 0.022 0.010 0.006 0.003 0.001 91 H 0.177 0.156 0.141 0.143 0.130 0.093 0.074 0.041 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 92 D 0.293 0.177 0.128 0.119 0.101 0.066 0.044 0.031 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 93 T 0.187 0.129 0.120 0.146 0.137 0.101 0.075 0.044 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 94 L 0.083 0.053 0.082 0.109 0.145 0.147 0.127 0.106 0.064 0.041 0.022 0.012 0.006 0.002 95 L 0.086 0.062 0.077 0.102 0.143 0.139 0.115 0.103 0.072 0.050 0.029 0.013 0.006 0.003 96 V 0.109 0.081 0.098 0.134 0.145 0.126 0.091 0.082 0.058 0.036 0.022 0.011 0.005 0.002 97 Y 0.079 0.065 0.081 0.119 0.149 0.143 0.117 0.090 0.062 0.042 0.027 0.015 0.006 0.003 98 F 0.091 0.088 0.102 0.128 0.137 0.130 0.103 0.083 0.060 0.037 0.022 0.011 0.005 0.002 99 R 0.198 0.130 0.118 0.120 0.111 0.096 0.082 0.055 0.043 0.022 0.013 0.007 0.003 0.002 100 D 0.140 0.125 0.110 0.134 0.143 0.106 0.082 0.062 0.052 0.023 0.013 0.005 0.004 0.001 101 M 0.075 0.046 0.063 0.087 0.131 0.141 0.137 0.115 0.082 0.057 0.036 0.019 0.008 0.002 102 T 0.109 0.133 0.146 0.172 0.144 0.101 0.081 0.057 0.031 0.016 0.007 0.002 0.002 0.001 103 L 0.048 0.035 0.059 0.092 0.157 0.146 0.127 0.119 0.104 0.057 0.030 0.016 0.008 0.002 104 K 0.312 0.171 0.139 0.148 0.091 0.060 0.051 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 105 P 0.296 0.182 0.166 0.130 0.090 0.058 0.042 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 H 0.223 0.172 0.132 0.162 0.137 0.079 0.051 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 T 0.329 0.229 0.164 0.108 0.072 0.045 0.028 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 108 R 0.123 0.157 0.136 0.173 0.149 0.103 0.080 0.039 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 109 Y 0.014 0.016 0.035 0.070 0.124 0.162 0.188 0.172 0.107 0.053 0.032 0.018 0.008 0.002 110 T 0.014 0.021 0.035 0.096 0.210 0.162 0.142 0.147 0.085 0.039 0.026 0.014 0.007 0.003 111 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.009 0.020 0.040 0.080 0.131 0.219 0.247 0.150 0.074 0.018 112 R 0.011 0.013 0.021 0.057 0.102 0.097 0.115 0.181 0.153 0.098 0.075 0.046 0.020 0.010 113 I 0.003 0.003 0.004 0.006 0.011 0.020 0.038 0.062 0.124 0.226 0.230 0.158 0.083 0.032 114 G 0.029 0.034 0.051 0.108 0.148 0.133 0.139 0.135 0.097 0.056 0.036 0.020 0.007 0.005 115 F 0.014 0.020 0.032 0.065 0.104 0.121 0.133 0.142 0.119 0.122 0.068 0.035 0.016 0.009 116 K 0.056 0.082 0.096 0.145 0.167 0.141 0.108 0.087 0.062 0.032 0.015 0.006 0.002 0.002 117 Q 0.226 0.188 0.159 0.137 0.100 0.068 0.042 0.028 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 118 G 0.170 0.154 0.146 0.160 0.136 0.093 0.066 0.032 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 119 I 0.096 0.071 0.113 0.132 0.172 0.155 0.121 0.069 0.038 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 120 K 0.305 0.198 0.152 0.119 0.090 0.058 0.038 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 121 G 0.260 0.178 0.125 0.120 0.107 0.075 0.051 0.035 0.027 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 122 G 0.071 0.050 0.074 0.106 0.162 0.170 0.134 0.100 0.059 0.034 0.021 0.013 0.005 0.002 123 D 0.091 0.098 0.106 0.149 0.173 0.126 0.103 0.073 0.039 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 124 V 0.025 0.025 0.035 0.066 0.109 0.128 0.129 0.163 0.133 0.085 0.056 0.029 0.013 0.004 125 N 0.032 0.038 0.054 0.133 0.195 0.159 0.138 0.116 0.068 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 126 F 0.009 0.009 0.014 0.025 0.043 0.076 0.128 0.144 0.156 0.146 0.129 0.080 0.030 0.010 127 E 0.024 0.035 0.059 0.113 0.151 0.148 0.147 0.142 0.091 0.044 0.027 0.012 0.006 0.003 128 V 0.004 0.003 0.006 0.012 0.022 0.050 0.097 0.137 0.165 0.180 0.162 0.103 0.040 0.018 129 T 0.005 0.008 0.012 0.026 0.051 0.094 0.148 0.201 0.179 0.121 0.081 0.040 0.021 0.013 130 N 0.013 0.019 0.029 0.049 0.075 0.087 0.117 0.139 0.146 0.126 0.088 0.062 0.033 0.020 131 F 0.006 0.008 0.013 0.019 0.036 0.059 0.102 0.134 0.149 0.174 0.130 0.099 0.044 0.026 132 I 0.015 0.018 0.027 0.036 0.056 0.087 0.123 0.169 0.149 0.131 0.090 0.056 0.028 0.014 133 V 0.019 0.023 0.036 0.066 0.114 0.113 0.119 0.154 0.144 0.098 0.060 0.031 0.015 0.008 134 A 0.036 0.056 0.091 0.138 0.164 0.162 0.122 0.094 0.066 0.037 0.019 0.010 0.004 0.003 135 P 0.056 0.078 0.120 0.152 0.159 0.156 0.134 0.067 0.037 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 136 D 0.195 0.201 0.167 0.135 0.111 0.075 0.055 0.026 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 137 K 0.343 0.221 0.158 0.107 0.075 0.044 0.023 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 138 G 0.226 0.202 0.141 0.148 0.110 0.070 0.052 0.022 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 139 L 0.043 0.034 0.070 0.099 0.153 0.180 0.182 0.119 0.059 0.030 0.015 0.009 0.004 0.001 140 K 0.091 0.101 0.106 0.159 0.192 0.121 0.094 0.069 0.037 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 141 Y 0.027 0.018 0.027 0.045 0.075 0.104 0.115 0.157 0.144 0.110 0.094 0.056 0.022 0.006 142 T 0.047 0.044 0.062 0.130 0.188 0.144 0.124 0.113 0.070 0.035 0.024 0.011 0.005 0.002 143 I 0.029 0.017 0.023 0.027 0.045 0.067 0.099 0.118 0.138 0.156 0.139 0.088 0.042 0.012 144 S 0.125 0.091 0.097 0.136 0.156 0.115 0.112 0.077 0.047 0.021 0.013 0.006 0.002 0.001 145 L 0.048 0.030 0.042 0.069 0.119 0.118 0.119 0.125 0.114 0.102 0.061 0.034 0.014 0.006