# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.073 0.030 0.132 0.616 0.010 0.060 0.008 0.003 0.005 0.005 0.016 0.018 0.015 0.002 0.001 0.007 2 Q 0.015 0.118 0.187 0.552 0.009 0.071 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.013 0.012 0.001 0.002 0.003 3 T 0.007 0.026 0.046 0.694 0.010 0.109 0.003 0.009 0.004 0.005 0.059 0.007 0.014 0.001 0.001 0.004 4 D 0.016 0.204 0.106 0.532 0.011 0.052 0.004 0.006 0.007 0.002 0.016 0.021 0.014 0.001 0.002 0.006 5 Y 0.011 0.042 0.089 0.785 0.006 0.017 0.003 0.005 0.004 0.002 0.010 0.007 0.011 0.001 0.002 0.005 6 D 0.008 0.025 0.074 0.210 0.023 0.591 0.006 0.006 0.003 0.005 0.008 0.014 0.022 0.001 0.002 0.003 7 F 0.007 0.049 0.017 0.090 0.042 0.173 0.003 0.018 0.003 0.003 0.535 0.012 0.041 0.002 0.001 0.003 8 E 0.005 0.086 0.013 0.047 0.315 0.026 0.061 0.014 0.008 0.003 0.049 0.209 0.013 0.147 0.003 0.003 9 K 0.004 0.022 0.033 0.030 0.004 0.007 0.007 0.244 0.005 0.002 0.008 0.010 0.034 0.003 0.579 0.009 10 G 0.012 0.009 0.058 0.024 0.005 0.037 0.025 0.008 0.213 0.188 0.025 0.009 0.044 0.007 0.008 0.327 11 E 0.754 0.074 0.038 0.048 0.001 0.005 0.004 0.007 0.005 0.001 0.014 0.018 0.015 0.001 0.006 0.010 12 H 0.042 0.044 0.473 0.350 0.001 0.013 0.002 0.001 0.017 0.002 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.035 13 R 0.054 0.015 0.365 0.503 0.002 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 14 T 0.004 0.051 0.101 0.782 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 15 M 0.002 0.011 0.017 0.917 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 16 T 0.002 0.021 0.056 0.871 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.003 0.022 0.829 0.008 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.106 0.013 0.655 0.004 0.090 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.025 0.091 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.041 0.003 0.634 0.006 0.172 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.107 0.001 0.001 0.002 20 A 0.002 0.067 0.030 0.287 0.008 0.177 0.005 0.005 0.001 0.001 0.060 0.028 0.322 0.001 0.004 0.003 21 K 0.004 0.102 0.033 0.203 0.008 0.070 0.011 0.007 0.003 0.002 0.079 0.067 0.362 0.019 0.006 0.024 22 E 0.021 0.037 0.047 0.148 0.011 0.075 0.024 0.009 0.004 0.002 0.050 0.045 0.416 0.030 0.050 0.033 23 R 0.009 0.127 0.202 0.087 0.001 0.011 0.005 0.011 0.003 0.003 0.026 0.025 0.333 0.003 0.033 0.120 24 S 0.007 0.004 0.007 0.005 0.001 0.406 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.043 0.503 0.001 0.001 0.006 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.568 0.022 0.347 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.793 0.146 0.001 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.963 0.001 0.001 0.003 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.068 0.003 0.058 32 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.063 0.044 0.008 33 D 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.003 0.071 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.391 0.345 0.070 0.094 34 N 0.016 0.013 0.014 0.003 0.001 0.004 0.029 0.014 0.003 0.002 0.028 0.005 0.279 0.021 0.430 0.136 35 R 0.060 0.062 0.107 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.021 0.002 0.004 0.011 0.056 0.004 0.024 0.633 36 R 0.505 0.022 0.356 0.044 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.021 0.001 0.002 0.029 37 T 0.030 0.048 0.703 0.077 0.001 0.099 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.023 0.001 0.001 0.003 38 A 0.004 0.048 0.090 0.601 0.002 0.055 0.001 0.004 0.001 0.001 0.162 0.005 0.025 0.001 0.001 0.002 39 A 0.002 0.029 0.057 0.840 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.020 0.001 0.001 0.001 40 Y 0.003 0.009 0.033 0.563 0.072 0.182 0.008 0.003 0.001 0.002 0.010 0.009 0.102 0.002 0.001 0.003 41 F 0.002 0.036 0.014 0.131 0.059 0.419 0.006 0.061 0.001 0.002 0.122 0.018 0.122 0.003 0.002 0.001 42 H 0.001 0.094 0.007 0.078 0.006 0.118 0.003 0.074 0.023 0.009 0.242 0.149 0.174 0.007 0.010 0.005 43 E 0.009 0.037 0.015 0.080 0.002 0.020 0.008 0.005 0.016 0.003 0.082 0.194 0.479 0.004 0.028 0.019 44 L 0.027 0.012 0.056 0.024 0.003 0.018 0.017 0.001 0.004 0.001 0.017 0.060 0.648 0.010 0.010 0.094 45 L 0.018 0.011 0.064 0.012 0.038 0.019 0.215 0.003 0.001 0.001 0.016 0.015 0.201 0.345 0.007 0.035 46 I 0.007 0.111 0.157 0.061 0.001 0.007 0.010 0.080 0.003 0.001 0.006 0.009 0.131 0.003 0.381 0.032 47 G 0.012 0.013 0.064 0.055 0.002 0.064 0.006 0.005 0.037 0.237 0.009 0.015 0.216 0.001 0.003 0.262 48 R 0.058 0.002 0.005 0.002 0.001 0.441 0.002 0.002 0.001 0.001 0.194 0.033 0.256 0.001 0.001 0.001 49 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.460 0.323 0.197 0.001 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.644 0.347 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.984 0.001 0.001 0.003 52 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 53 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 54 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 55 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.004 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.927 0.037 0.005 0.010 58 K 0.001 0.010 0.005 0.009 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.826 0.006 0.102 0.023 59 C 0.012 0.009 0.108 0.014 0.001 0.002 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.310 0.012 0.010 0.493 60 V 0.097 0.038 0.564 0.144 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.088 0.001 0.008 0.046 61 K 0.008 0.018 0.430 0.451 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.014 62 I 0.007 0.006 0.029 0.152 0.018 0.706 0.005 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 63 E 0.001 0.726 0.014 0.147 0.002 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.045 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 64 E 0.006 0.043 0.036 0.655 0.008 0.082 0.005 0.006 0.023 0.003 0.016 0.048 0.043 0.002 0.003 0.022 65 V 0.013 0.050 0.670 0.183 0.005 0.011 0.011 0.004 0.001 0.001 0.008 0.004 0.026 0.001 0.002 0.009 66 S 0.010 0.027 0.062 0.195 0.034 0.559 0.014 0.012 0.004 0.009 0.014 0.018 0.031 0.003 0.002 0.006 67 R 0.010 0.107 0.039 0.166 0.034 0.091 0.009 0.042 0.006 0.004 0.431 0.013 0.030 0.006 0.004 0.007 68 N 0.015 0.136 0.028 0.086 0.028 0.154 0.006 0.050 0.035 0.017 0.065 0.302 0.047 0.003 0.017 0.012 69 E 0.028 0.031 0.059 0.021 0.105 0.042 0.206 0.011 0.017 0.009 0.131 0.024 0.051 0.213 0.007 0.044 70 Q 0.024 0.138 0.080 0.062 0.001 0.007 0.007 0.221 0.006 0.001 0.010 0.031 0.018 0.001 0.386 0.008 71 G 0.021 0.017 0.123 0.095 0.001 0.002 0.001 0.001 0.286 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.431 72 V 0.657 0.004 0.155 0.178 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 T 0.001 0.006 0.388 0.601 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.001 0.002 0.008 0.983 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.004 0.003 0.754 0.125 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.001 0.177 0.008 0.686 0.017 0.050 0.001 0.048 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 N 0.001 0.026 0.002 0.088 0.012 0.796 0.001 0.012 0.011 0.022 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.012 0.141 0.027 0.057 0.018 0.038 0.004 0.015 0.006 0.003 0.647 0.019 0.007 0.002 0.001 0.002 80 T 0.012 0.084 0.047 0.138 0.001 0.100 0.002 0.031 0.011 0.004 0.036 0.488 0.021 0.001 0.021 0.002 81 D 0.017 0.257 0.184 0.145 0.001 0.035 0.005 0.002 0.026 0.006 0.024 0.044 0.140 0.001 0.005 0.107 82 L 0.065 0.026 0.140 0.454 0.001 0.056 0.002 0.003 0.002 0.001 0.103 0.024 0.114 0.001 0.001 0.008 83 V 0.007 0.048 0.554 0.264 0.003 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.073 0.001 0.002 0.003 84 L 0.002 0.007 0.032 0.822 0.003 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.088 0.001 0.001 0.004 85 K 0.004 0.037 0.071 0.748 0.026 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.048 0.004 0.001 0.009 86 L 0.006 0.023 0.036 0.489 0.147 0.183 0.033 0.010 0.001 0.002 0.008 0.006 0.042 0.009 0.003 0.003 87 K 0.003 0.160 0.046 0.235 0.045 0.194 0.011 0.137 0.009 0.008 0.063 0.011 0.038 0.007 0.019 0.013 88 K 0.028 0.114 0.025 0.207 0.017 0.089 0.010 0.058 0.081 0.050 0.153 0.053 0.056 0.007 0.013 0.041 89 T 0.103 0.135 0.127 0.094 0.015 0.091 0.024 0.018 0.026 0.015 0.081 0.147 0.075 0.008 0.015 0.027 90 A 0.037 0.066 0.187 0.068 0.023 0.127 0.048 0.021 0.007 0.006 0.119 0.097 0.136 0.014 0.019 0.027 91 H 0.021 0.158 0.134 0.114 0.008 0.083 0.014 0.039 0.013 0.007 0.092 0.128 0.129 0.006 0.027 0.027 92 D 0.038 0.076 0.097 0.157 0.006 0.116 0.014 0.013 0.030 0.017 0.071 0.114 0.191 0.005 0.012 0.043 93 T 0.067 0.104 0.189 0.157 0.004 0.065 0.014 0.008 0.009 0.004 0.070 0.085 0.182 0.005 0.010 0.028 94 L 0.028 0.065 0.242 0.213 0.003 0.063 0.008 0.008 0.006 0.002 0.056 0.078 0.195 0.003 0.009 0.023 95 L 0.024 0.039 0.214 0.284 0.013 0.069 0.016 0.004 0.005 0.002 0.051 0.034 0.213 0.005 0.003 0.023 96 V 0.019 0.087 0.144 0.464 0.015 0.039 0.013 0.010 0.002 0.001 0.018 0.028 0.137 0.004 0.005 0.013 97 Y 0.010 0.039 0.070 0.219 0.085 0.267 0.039 0.018 0.006 0.008 0.024 0.023 0.148 0.018 0.007 0.020 98 F 0.014 0.066 0.064 0.115 0.026 0.211 0.027 0.088 0.008 0.006 0.181 0.019 0.124 0.015 0.024 0.014 99 R 0.019 0.287 0.048 0.159 0.002 0.042 0.006 0.043 0.044 0.014 0.061 0.137 0.068 0.004 0.037 0.027 100 D 0.121 0.116 0.186 0.294 0.001 0.006 0.005 0.002 0.041 0.003 0.006 0.016 0.044 0.004 0.009 0.146 101 M 0.081 0.004 0.662 0.190 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.020 0.001 0.001 0.007 102 T 0.008 0.043 0.421 0.496 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 103 L 0.002 0.004 0.015 0.970 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 K 0.001 0.002 0.011 0.081 0.697 0.190 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 P 0.001 0.027 0.001 0.057 0.006 0.056 0.001 0.706 0.001 0.001 0.141 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 106 H 0.001 0.207 0.003 0.059 0.002 0.016 0.001 0.005 0.559 0.057 0.008 0.073 0.001 0.001 0.001 0.007 107 T 0.610 0.031 0.093 0.139 0.002 0.030 0.006 0.006 0.010 0.002 0.027 0.016 0.017 0.001 0.004 0.008 108 R 0.007 0.079 0.823 0.066 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 109 Y 0.013 0.020 0.120 0.823 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 110 T 0.003 0.014 0.163 0.812 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 V 0.001 0.002 0.023 0.971 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.001 0.002 0.020 0.965 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 I 0.001 0.005 0.004 0.972 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.001 0.018 0.003 0.848 0.026 0.094 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.004 0.034 0.004 0.233 0.077 0.553 0.001 0.024 0.001 0.002 0.056 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 116 K 0.001 0.114 0.009 0.073 0.418 0.056 0.032 0.019 0.007 0.005 0.171 0.038 0.005 0.053 0.001 0.001 117 Q 0.003 0.049 0.009 0.076 0.004 0.012 0.002 0.437 0.012 0.002 0.015 0.040 0.014 0.001 0.321 0.002 118 G 0.005 0.015 0.045 0.029 0.003 0.007 0.004 0.002 0.247 0.090 0.010 0.006 0.025 0.002 0.002 0.509 119 I 0.708 0.005 0.030 0.021 0.085 0.037 0.052 0.003 0.001 0.002 0.009 0.015 0.019 0.010 0.001 0.002 120 K 0.008 0.113 0.148 0.035 0.060 0.048 0.044 0.375 0.002 0.003 0.048 0.016 0.024 0.025 0.047 0.004 121 G 0.006 0.070 0.023 0.248 0.002 0.007 0.001 0.124 0.339 0.032 0.011 0.013 0.013 0.001 0.040 0.071 122 G 0.374 0.007 0.124 0.266 0.001 0.024 0.003 0.002 0.059 0.039 0.016 0.012 0.031 0.001 0.002 0.041 123 D 0.126 0.105 0.373 0.371 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 124 V 0.005 0.005 0.062 0.901 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 125 N 0.001 0.029 0.153 0.806 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 E 0.002 0.015 0.036 0.878 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.001 0.063 0.825 0.098 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 129 T 0.001 0.132 0.002 0.043 0.002 0.021 0.001 0.777 0.002 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 130 N 0.002 0.047 0.004 0.189 0.001 0.016 0.001 0.013 0.536 0.118 0.029 0.010 0.005 0.001 0.001 0.031 131 F 0.641 0.006 0.133 0.145 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.027 0.016 0.012 0.001 0.001 0.004 132 I 0.015 0.017 0.570 0.302 0.009 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.025 0.002 0.001 0.005 133 V 0.002 0.046 0.035 0.881 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 134 A 0.003 0.015 0.028 0.549 0.115 0.250 0.013 0.004 0.002 0.004 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 135 P 0.008 0.073 0.029 0.102 0.050 0.326 0.003 0.165 0.003 0.008 0.198 0.007 0.021 0.001 0.004 0.002 136 D 0.005 0.085 0.007 0.029 0.250 0.062 0.058 0.012 0.038 0.022 0.182 0.079 0.008 0.155 0.001 0.006 137 K 0.014 0.033 0.015 0.020 0.001 0.007 0.003 0.276 0.003 0.001 0.021 0.032 0.010 0.001 0.562 0.002 138 G 0.004 0.021 0.051 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.019 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.627 139 L 0.906 0.002 0.034 0.044 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 140 K 0.007 0.055 0.747 0.175 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 141 Y 0.001 0.002 0.013 0.979 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.001 0.005 0.085 0.893 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 I 0.001 0.006 0.009 0.968 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.001 0.014 0.007 0.394 0.189 0.378 0.002 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 L 0.003 0.122 0.007 0.232 0.126 0.156 0.004 0.115 0.003 0.003 0.213 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001