# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.033 0.012 0.045 0.092 0.099 0.124 0.046 0.549 2 Q 0.104 0.034 0.055 0.068 0.103 0.096 0.070 0.470 3 T 0.073 0.093 0.040 0.047 0.080 0.103 0.049 0.515 4 D 0.039 0.067 0.068 0.067 0.103 0.099 0.041 0.516 5 Y 0.039 0.037 0.075 0.107 0.100 0.086 0.099 0.457 6 D 0.099 0.030 0.071 0.125 0.114 0.080 0.158 0.323 7 F 0.367 0.009 0.031 0.031 0.044 0.071 0.094 0.353 8 E 0.180 0.004 0.013 0.022 0.029 0.073 0.035 0.644 9 K 0.023 0.001 0.005 0.005 0.020 0.062 0.006 0.879 10 G 0.014 0.002 0.012 0.025 0.063 0.107 0.030 0.747 11 E 0.008 0.004 0.040 0.132 0.268 0.136 0.034 0.377 12 H 0.007 0.003 0.052 0.077 0.129 0.076 0.067 0.589 13 R 0.014 0.028 0.079 0.407 0.207 0.041 0.052 0.172 14 T 0.014 0.052 0.145 0.093 0.201 0.060 0.038 0.396 15 M 0.008 0.055 0.163 0.245 0.316 0.030 0.037 0.146 16 T 0.016 0.184 0.238 0.172 0.278 0.017 0.041 0.054 17 F 0.022 0.258 0.153 0.148 0.175 0.027 0.054 0.162 18 V 0.008 0.155 0.198 0.323 0.234 0.014 0.026 0.043 19 F 0.085 0.151 0.115 0.098 0.219 0.040 0.102 0.190 20 A 0.106 0.089 0.083 0.117 0.101 0.045 0.326 0.133 21 K 0.044 0.233 0.014 0.047 0.057 0.042 0.143 0.420 22 E 0.037 0.181 0.010 0.009 0.019 0.074 0.026 0.645 23 R 0.016 0.145 0.016 0.060 0.030 0.093 0.137 0.504 24 S 0.047 0.877 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.037 25 L 0.050 0.906 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.026 26 Q 0.008 0.825 0.005 0.004 0.002 0.016 0.040 0.099 27 G 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.007 28 I 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.005 29 R 0.013 0.880 0.009 0.003 0.002 0.005 0.052 0.036 30 E 0.049 0.538 0.018 0.005 0.005 0.029 0.153 0.203 31 A 0.090 0.151 0.069 0.015 0.012 0.050 0.496 0.116 32 L 0.389 0.053 0.031 0.007 0.012 0.053 0.147 0.307 33 D 0.233 0.009 0.003 0.002 0.002 0.039 0.058 0.653 34 N 0.007 0.013 0.005 0.002 0.005 0.081 0.015 0.870 35 R 0.009 0.026 0.032 0.010 0.050 0.202 0.022 0.650 36 R 0.015 0.041 0.070 0.124 0.130 0.121 0.077 0.421 37 T 0.013 0.166 0.165 0.146 0.184 0.041 0.075 0.210 38 A 0.009 0.132 0.210 0.158 0.206 0.030 0.076 0.179 39 A 0.003 0.046 0.288 0.335 0.205 0.017 0.050 0.056 40 Y 0.013 0.165 0.254 0.157 0.204 0.022 0.094 0.091 41 F 0.049 0.266 0.186 0.120 0.151 0.023 0.120 0.086 42 H 0.119 0.206 0.056 0.140 0.160 0.039 0.075 0.204 43 E 0.052 0.053 0.053 0.081 0.123 0.068 0.077 0.493 44 L 0.053 0.074 0.046 0.096 0.169 0.123 0.037 0.402 45 L 0.075 0.067 0.032 0.059 0.088 0.106 0.038 0.535 46 I 0.014 0.059 0.035 0.044 0.053 0.122 0.033 0.640 47 G 0.057 0.216 0.036 0.029 0.033 0.081 0.112 0.436 48 R 0.251 0.402 0.009 0.011 0.008 0.024 0.206 0.089 49 E 0.249 0.464 0.008 0.004 0.006 0.027 0.066 0.176 50 D 0.062 0.207 0.014 0.010 0.012 0.067 0.137 0.490 51 L 0.011 0.311 0.015 0.011 0.013 0.088 0.094 0.457 52 L 0.064 0.671 0.007 0.003 0.006 0.037 0.057 0.155 53 R 0.131 0.705 0.009 0.007 0.005 0.018 0.055 0.070 54 P 0.074 0.507 0.021 0.008 0.013 0.042 0.097 0.238 55 F 0.076 0.196 0.091 0.015 0.020 0.079 0.270 0.253 56 F 0.226 0.125 0.053 0.022 0.028 0.065 0.218 0.263 57 E 0.147 0.032 0.025 0.008 0.011 0.060 0.059 0.660 58 K 0.021 0.034 0.048 0.016 0.041 0.103 0.027 0.709 59 C 0.011 0.016 0.075 0.021 0.075 0.097 0.028 0.677 60 V 0.008 0.012 0.156 0.231 0.162 0.089 0.030 0.312 61 K 0.028 0.038 0.118 0.098 0.132 0.074 0.049 0.464 62 I 0.062 0.043 0.094 0.165 0.119 0.055 0.144 0.318 63 E 0.042 0.038 0.084 0.157 0.144 0.070 0.068 0.397 64 E 0.057 0.016 0.052 0.077 0.110 0.063 0.114 0.511 65 V 0.071 0.011 0.039 0.112 0.076 0.086 0.060 0.546 66 S 0.174 0.009 0.013 0.033 0.060 0.069 0.058 0.585 67 R 0.053 0.002 0.006 0.011 0.017 0.075 0.026 0.810 68 N 0.131 0.004 0.011 0.020 0.042 0.093 0.040 0.659 69 E 0.038 0.002 0.011 0.017 0.027 0.088 0.034 0.785 70 Q 0.007 0.002 0.059 0.060 0.181 0.122 0.027 0.542 71 G 0.003 0.001 0.085 0.070 0.186 0.061 0.044 0.551 72 V 0.003 0.001 0.180 0.333 0.241 0.040 0.034 0.169 73 T 0.003 0.002 0.305 0.155 0.237 0.029 0.076 0.193 74 L 0.003 0.002 0.200 0.294 0.261 0.029 0.075 0.136 75 S 0.014 0.004 0.382 0.154 0.210 0.032 0.054 0.150 76 I 0.027 0.008 0.137 0.165 0.202 0.068 0.118 0.276 77 T 0.010 0.011 0.228 0.075 0.127 0.085 0.084 0.381 78 N 0.102 0.049 0.083 0.068 0.130 0.119 0.076 0.372 79 V 0.091 0.081 0.067 0.048 0.064 0.108 0.066 0.475 80 T 0.043 0.181 0.043 0.048 0.109 0.101 0.033 0.442 81 D 0.063 0.189 0.055 0.045 0.105 0.078 0.054 0.411 82 L 0.035 0.229 0.047 0.180 0.145 0.060 0.050 0.254 83 V 0.036 0.181 0.089 0.096 0.177 0.057 0.070 0.293 84 L 0.063 0.153 0.062 0.164 0.187 0.054 0.079 0.237 85 K 0.047 0.055 0.083 0.164 0.177 0.057 0.175 0.242 86 L 0.089 0.099 0.033 0.061 0.084 0.076 0.129 0.428 87 K 0.103 0.091 0.023 0.061 0.084 0.078 0.082 0.478 88 K 0.065 0.035 0.012 0.021 0.032 0.091 0.042 0.702 89 T 0.085 0.036 0.014 0.020 0.025 0.108 0.140 0.574 90 A 0.085 0.061 0.013 0.019 0.022 0.126 0.088 0.587 91 H 0.078 0.055 0.015 0.013 0.024 0.100 0.063 0.654 92 D 0.111 0.079 0.016 0.027 0.037 0.098 0.049 0.583 93 T 0.071 0.065 0.024 0.031 0.062 0.091 0.074 0.581 94 L 0.037 0.049 0.045 0.073 0.106 0.103 0.045 0.541 95 L 0.022 0.023 0.063 0.098 0.158 0.103 0.054 0.481 96 V 0.016 0.012 0.103 0.108 0.097 0.105 0.055 0.503 97 Y 0.159 0.032 0.065 0.071 0.095 0.073 0.092 0.414 98 F 0.213 0.013 0.037 0.038 0.043 0.072 0.112 0.474 99 R 0.033 0.009 0.042 0.053 0.107 0.086 0.043 0.628 100 D 0.013 0.002 0.030 0.041 0.124 0.062 0.021 0.709 101 M 0.009 0.001 0.050 0.195 0.185 0.106 0.028 0.425 102 T 0.005 0.001 0.056 0.130 0.207 0.070 0.033 0.498 103 L 0.032 0.001 0.031 0.080 0.088 0.085 0.055 0.626 104 K 0.223 0.005 0.041 0.072 0.045 0.075 0.113 0.428 105 P 0.127 0.004 0.016 0.016 0.045 0.084 0.035 0.673 106 H 0.030 0.002 0.037 0.020 0.066 0.086 0.050 0.707 107 T 0.019 0.003 0.070 0.120 0.279 0.100 0.049 0.360 108 R 0.005 0.001 0.055 0.093 0.205 0.056 0.038 0.546 109 Y 0.003 0.001 0.095 0.306 0.395 0.030 0.022 0.149 110 T 0.002 0.001 0.128 0.211 0.426 0.019 0.030 0.184 111 V 0.002 0.001 0.122 0.439 0.311 0.016 0.011 0.099 112 R 0.003 0.003 0.180 0.287 0.358 0.018 0.015 0.136 113 I 0.009 0.006 0.095 0.281 0.252 0.038 0.033 0.285 114 G 0.033 0.016 0.132 0.223 0.190 0.052 0.091 0.263 115 F 0.328 0.048 0.025 0.068 0.068 0.055 0.068 0.341 116 K 0.156 0.034 0.024 0.050 0.057 0.071 0.080 0.528 117 Q 0.018 0.009 0.026 0.045 0.085 0.093 0.037 0.687 118 G 0.068 0.008 0.019 0.038 0.092 0.094 0.088 0.592 119 I 0.151 0.006 0.022 0.061 0.043 0.095 0.075 0.548 120 K 0.089 0.006 0.020 0.037 0.081 0.101 0.036 0.631 121 G 0.008 0.002 0.013 0.014 0.046 0.057 0.021 0.839 122 G 0.011 0.008 0.080 0.135 0.228 0.106 0.034 0.398 123 D 0.020 0.012 0.081 0.127 0.162 0.070 0.063 0.465 124 V 0.019 0.024 0.065 0.265 0.188 0.051 0.041 0.347 125 N 0.008 0.014 0.150 0.107 0.262 0.054 0.160 0.245 126 F 0.004 0.009 0.137 0.178 0.215 0.046 0.274 0.136 127 E 0.028 0.019 0.213 0.264 0.248 0.032 0.101 0.096 128 V 0.034 0.013 0.124 0.126 0.221 0.066 0.104 0.310 129 T 0.010 0.005 0.152 0.116 0.308 0.071 0.052 0.285 130 N 0.014 0.002 0.120 0.187 0.401 0.054 0.049 0.173 131 F 0.011 0.002 0.099 0.165 0.184 0.091 0.035 0.414 132 I 0.002 0.001 0.129 0.261 0.417 0.035 0.020 0.136 133 V 0.013 0.001 0.076 0.108 0.211 0.080 0.035 0.476 134 A 0.118 0.003 0.098 0.312 0.134 0.072 0.089 0.173 135 P 0.067 0.002 0.010 0.015 0.026 0.077 0.016 0.788 136 D 0.223 0.004 0.013 0.009 0.017 0.071 0.044 0.620 137 K 0.075 0.004 0.023 0.030 0.064 0.167 0.032 0.607 138 G 0.013 0.002 0.015 0.015 0.048 0.080 0.034 0.793 139 L 0.014 0.003 0.048 0.155 0.193 0.115 0.042 0.430 140 K 0.006 0.002 0.067 0.117 0.217 0.062 0.078 0.450 141 Y 0.006 0.003 0.124 0.245 0.294 0.038 0.053 0.237 142 T 0.007 0.003 0.250 0.181 0.296 0.029 0.051 0.183 143 I 0.011 0.003 0.153 0.273 0.232 0.039 0.037 0.253 144 S 0.018 0.007 0.167 0.151 0.228 0.054 0.057 0.319 145 L 0.035 0.010 0.061 0.103 0.140 0.090 0.064 0.498