# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.126 0.052 0.026 0.066 0.079 0.100 0.159 0.145 0.113 0.082 0.052 2 Q 0.132 0.219 0.070 0.167 0.137 0.079 0.070 0.047 0.038 0.029 0.013 3 T 0.101 0.074 0.037 0.080 0.082 0.121 0.171 0.119 0.099 0.068 0.048 4 D 0.318 0.200 0.061 0.207 0.115 0.043 0.027 0.013 0.008 0.005 0.002 5 Y 0.034 0.028 0.019 0.051 0.067 0.086 0.145 0.173 0.187 0.120 0.092 6 D 0.113 0.296 0.077 0.213 0.147 0.053 0.048 0.021 0.015 0.012 0.004 7 F 0.012 0.018 0.015 0.050 0.054 0.126 0.198 0.172 0.163 0.110 0.083 8 E 0.497 0.281 0.085 0.091 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 9 K 0.269 0.250 0.039 0.184 0.128 0.058 0.043 0.015 0.007 0.004 0.002 10 G 0.502 0.099 0.023 0.063 0.064 0.047 0.057 0.044 0.043 0.030 0.028 11 E 0.138 0.263 0.064 0.258 0.173 0.059 0.031 0.008 0.005 0.002 0.001 12 H 0.058 0.043 0.080 0.116 0.096 0.088 0.141 0.122 0.123 0.075 0.057 13 R 0.019 0.034 0.032 0.101 0.152 0.184 0.217 0.109 0.078 0.048 0.024 14 T 0.026 0.078 0.095 0.204 0.147 0.135 0.133 0.067 0.056 0.039 0.021 15 M 0.003 0.004 0.009 0.010 0.017 0.028 0.085 0.191 0.224 0.253 0.177 16 T 0.016 0.029 0.057 0.083 0.085 0.100 0.174 0.128 0.135 0.133 0.060 17 F 0.005 0.009 0.033 0.038 0.039 0.051 0.118 0.121 0.200 0.233 0.152 18 V 0.014 0.018 0.061 0.075 0.091 0.117 0.212 0.135 0.128 0.087 0.062 19 F 0.007 0.015 0.048 0.050 0.048 0.058 0.138 0.124 0.186 0.188 0.138 20 A 0.002 0.007 0.022 0.026 0.030 0.067 0.154 0.156 0.204 0.178 0.155 21 K 0.024 0.045 0.185 0.232 0.259 0.090 0.087 0.037 0.021 0.016 0.005 22 E 0.084 0.054 0.189 0.162 0.164 0.106 0.136 0.051 0.028 0.018 0.008 23 R 0.122 0.097 0.147 0.148 0.117 0.101 0.133 0.056 0.040 0.026 0.012 24 S 0.084 0.090 0.085 0.074 0.062 0.082 0.183 0.112 0.107 0.080 0.043 25 L 0.079 0.057 0.128 0.146 0.173 0.153 0.135 0.067 0.034 0.019 0.008 26 Q 0.392 0.149 0.273 0.116 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 27 G 0.025 0.021 0.043 0.059 0.074 0.160 0.241 0.155 0.113 0.071 0.038 28 I 0.013 0.013 0.032 0.025 0.036 0.050 0.135 0.148 0.209 0.194 0.144 29 R 0.008 0.021 0.164 0.139 0.181 0.159 0.155 0.076 0.055 0.031 0.011 30 E 0.010 0.024 0.248 0.095 0.102 0.098 0.169 0.108 0.084 0.045 0.019 31 A 0.013 0.018 0.061 0.048 0.046 0.076 0.219 0.126 0.171 0.140 0.083 32 L 0.011 0.012 0.033 0.041 0.040 0.079 0.181 0.158 0.190 0.127 0.128 33 D 0.031 0.050 0.154 0.191 0.189 0.127 0.119 0.061 0.041 0.025 0.012 34 N 0.089 0.082 0.140 0.165 0.158 0.120 0.130 0.053 0.034 0.020 0.008 35 R 0.093 0.061 0.086 0.148 0.134 0.128 0.156 0.076 0.061 0.040 0.019 36 R 0.017 0.018 0.032 0.048 0.057 0.093 0.174 0.166 0.179 0.137 0.080 37 T 0.008 0.023 0.063 0.078 0.086 0.112 0.191 0.149 0.138 0.097 0.056 38 A 0.004 0.011 0.043 0.040 0.046 0.063 0.148 0.145 0.205 0.175 0.120 39 A 0.007 0.011 0.042 0.040 0.046 0.076 0.179 0.172 0.179 0.140 0.108 40 Y 0.006 0.014 0.058 0.072 0.068 0.090 0.185 0.158 0.143 0.129 0.078 41 F 0.001 0.003 0.012 0.011 0.011 0.027 0.082 0.124 0.209 0.233 0.286 42 H 0.016 0.030 0.086 0.184 0.185 0.153 0.160 0.071 0.057 0.041 0.019 43 E 0.066 0.061 0.151 0.195 0.166 0.126 0.117 0.050 0.036 0.023 0.010 44 L 0.011 0.022 0.038 0.074 0.090 0.152 0.226 0.155 0.117 0.077 0.038 45 L 0.009 0.014 0.025 0.025 0.021 0.033 0.100 0.131 0.214 0.246 0.182 46 I 0.015 0.026 0.068 0.070 0.084 0.088 0.174 0.165 0.128 0.115 0.068 47 G 0.051 0.159 0.229 0.151 0.095 0.069 0.083 0.051 0.045 0.047 0.020 48 R 0.016 0.049 0.028 0.071 0.086 0.149 0.257 0.143 0.098 0.065 0.038 49 E 0.385 0.149 0.078 0.156 0.094 0.054 0.040 0.021 0.011 0.008 0.003 50 D 0.580 0.098 0.113 0.115 0.054 0.020 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 51 L 0.014 0.064 0.050 0.136 0.140 0.142 0.178 0.117 0.082 0.050 0.026 52 L 0.001 0.003 0.009 0.011 0.014 0.036 0.128 0.139 0.243 0.240 0.175 53 R 0.026 0.043 0.311 0.269 0.207 0.083 0.043 0.011 0.004 0.002 0.001 54 P 0.112 0.092 0.479 0.177 0.064 0.043 0.022 0.006 0.003 0.002 0.001 55 F 0.003 0.009 0.013 0.028 0.034 0.088 0.212 0.164 0.193 0.156 0.100 56 F 0.001 0.002 0.007 0.009 0.013 0.035 0.127 0.193 0.233 0.203 0.177 57 E 0.017 0.034 0.571 0.205 0.108 0.038 0.015 0.006 0.004 0.004 0.001 58 K 0.008 0.045 0.229 0.229 0.190 0.178 0.095 0.016 0.006 0.002 0.001 59 C 0.004 0.007 0.011 0.019 0.017 0.031 0.103 0.131 0.229 0.226 0.223 60 V 0.004 0.006 0.015 0.019 0.030 0.085 0.207 0.207 0.181 0.146 0.100 61 K 0.010 0.122 0.500 0.245 0.100 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 I 0.001 0.002 0.005 0.010 0.013 0.058 0.154 0.199 0.228 0.160 0.169 63 E 0.304 0.175 0.119 0.213 0.113 0.022 0.022 0.011 0.009 0.010 0.002 64 E 0.104 0.252 0.102 0.219 0.147 0.066 0.059 0.022 0.016 0.009 0.004 65 V 0.012 0.026 0.028 0.063 0.064 0.125 0.171 0.125 0.164 0.116 0.107 66 S 0.200 0.253 0.100 0.182 0.109 0.053 0.062 0.021 0.012 0.007 0.002 67 R 0.242 0.270 0.129 0.153 0.087 0.043 0.035 0.019 0.011 0.007 0.003 68 N 0.285 0.211 0.059 0.156 0.104 0.076 0.063 0.022 0.013 0.007 0.004 69 E 0.309 0.253 0.051 0.145 0.091 0.056 0.049 0.022 0.014 0.008 0.004 70 Q 0.267 0.218 0.080 0.147 0.109 0.084 0.058 0.021 0.010 0.005 0.003 71 G 0.269 0.250 0.077 0.231 0.103 0.043 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 72 V 0.005 0.005 0.006 0.013 0.020 0.045 0.113 0.194 0.211 0.185 0.203 73 T 0.088 0.314 0.081 0.309 0.160 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 74 L 0.004 0.005 0.008 0.011 0.011 0.027 0.060 0.087 0.216 0.256 0.317 75 S 0.136 0.212 0.088 0.323 0.175 0.036 0.016 0.005 0.004 0.003 0.001 76 I 0.019 0.024 0.020 0.042 0.035 0.053 0.116 0.130 0.198 0.192 0.169 77 T 0.082 0.113 0.062 0.218 0.191 0.105 0.083 0.047 0.044 0.035 0.019 78 N 0.067 0.121 0.070 0.140 0.116 0.115 0.149 0.077 0.071 0.048 0.027 79 V 0.134 0.110 0.078 0.189 0.170 0.103 0.087 0.050 0.040 0.025 0.013 80 T 0.079 0.055 0.045 0.093 0.100 0.128 0.187 0.106 0.099 0.069 0.037 81 D 0.024 0.052 0.058 0.161 0.160 0.134 0.138 0.095 0.083 0.063 0.032 82 L 0.004 0.007 0.015 0.021 0.029 0.054 0.140 0.200 0.214 0.181 0.136 83 V 0.014 0.040 0.100 0.210 0.202 0.120 0.121 0.065 0.061 0.046 0.021 84 L 0.005 0.007 0.026 0.027 0.032 0.058 0.129 0.154 0.208 0.194 0.161 85 K 0.019 0.046 0.110 0.239 0.237 0.108 0.110 0.051 0.040 0.028 0.011 86 L 0.002 0.004 0.012 0.012 0.012 0.028 0.086 0.151 0.231 0.249 0.214 87 K 0.036 0.075 0.119 0.265 0.223 0.098 0.089 0.039 0.027 0.020 0.007 88 K 0.163 0.100 0.138 0.163 0.132 0.085 0.099 0.049 0.036 0.024 0.010 89 T 0.162 0.119 0.078 0.162 0.133 0.112 0.106 0.048 0.040 0.026 0.014 90 A 0.109 0.069 0.040 0.074 0.060 0.087 0.165 0.117 0.125 0.089 0.062 91 H 0.147 0.122 0.073 0.153 0.134 0.097 0.105 0.065 0.051 0.032 0.021 92 D 0.190 0.149 0.096 0.146 0.120 0.090 0.088 0.049 0.035 0.022 0.013 93 T 0.118 0.119 0.062 0.178 0.139 0.122 0.116 0.060 0.045 0.027 0.015 94 L 0.031 0.017 0.017 0.042 0.047 0.073 0.152 0.166 0.184 0.146 0.124 95 L 0.029 0.045 0.054 0.130 0.126 0.150 0.170 0.102 0.093 0.062 0.038 96 V 0.024 0.044 0.071 0.096 0.082 0.118 0.160 0.119 0.117 0.107 0.062 97 Y 0.013 0.022 0.030 0.073 0.068 0.092 0.178 0.161 0.144 0.127 0.093 98 F 0.009 0.016 0.018 0.039 0.045 0.080 0.114 0.154 0.180 0.206 0.138 99 R 0.137 0.242 0.145 0.208 0.106 0.082 0.043 0.015 0.010 0.009 0.004 100 D 0.122 0.130 0.057 0.326 0.168 0.106 0.054 0.019 0.010 0.006 0.003 101 M 0.006 0.003 0.003 0.005 0.010 0.014 0.048 0.154 0.210 0.232 0.314 102 T 0.067 0.477 0.071 0.226 0.126 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 103 L 0.002 0.004 0.007 0.011 0.009 0.030 0.066 0.079 0.223 0.247 0.322 104 K 0.374 0.244 0.084 0.214 0.063 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 P 0.101 0.163 0.042 0.168 0.125 0.113 0.129 0.065 0.048 0.029 0.017 106 H 0.143 0.116 0.043 0.129 0.122 0.098 0.084 0.061 0.074 0.070 0.060 107 T 0.077 0.136 0.078 0.186 0.130 0.171 0.138 0.038 0.026 0.013 0.006 108 R 0.112 0.134 0.169 0.273 0.153 0.066 0.041 0.022 0.015 0.010 0.005 109 Y 0.016 0.017 0.016 0.042 0.063 0.127 0.207 0.196 0.145 0.099 0.072 110 T 0.065 0.189 0.095 0.342 0.182 0.067 0.033 0.013 0.008 0.005 0.002 111 V 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.018 0.061 0.136 0.218 0.277 0.265 112 R 0.047 0.103 0.084 0.335 0.267 0.071 0.048 0.019 0.014 0.009 0.003 113 I 0.002 0.004 0.009 0.010 0.009 0.018 0.054 0.078 0.225 0.295 0.295 114 G 0.048 0.151 0.081 0.243 0.188 0.099 0.086 0.036 0.032 0.024 0.010 115 F 0.018 0.030 0.024 0.056 0.056 0.099 0.184 0.165 0.157 0.125 0.086 116 K 0.152 0.150 0.070 0.272 0.156 0.090 0.051 0.024 0.017 0.011 0.006 117 Q 0.277 0.187 0.081 0.141 0.122 0.063 0.066 0.028 0.018 0.012 0.006 118 G 0.138 0.155 0.050 0.202 0.175 0.082 0.084 0.049 0.033 0.020 0.013 119 I 0.008 0.009 0.011 0.023 0.023 0.057 0.104 0.115 0.213 0.217 0.220 120 K 0.120 0.310 0.150 0.274 0.098 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 121 G 0.276 0.196 0.065 0.155 0.107 0.074 0.059 0.031 0.021 0.011 0.006 122 G 0.075 0.045 0.020 0.069 0.083 0.137 0.167 0.101 0.118 0.105 0.080 123 D 0.096 0.213 0.064 0.261 0.164 0.090 0.063 0.021 0.014 0.008 0.005 124 V 0.005 0.006 0.011 0.019 0.022 0.045 0.097 0.154 0.219 0.207 0.215 125 N 0.076 0.209 0.088 0.321 0.223 0.043 0.022 0.007 0.005 0.004 0.002 126 F 0.004 0.005 0.005 0.012 0.014 0.029 0.068 0.131 0.199 0.225 0.308 127 E 0.063 0.141 0.074 0.371 0.227 0.068 0.030 0.010 0.008 0.006 0.002 128 V 0.002 0.004 0.007 0.011 0.011 0.017 0.057 0.146 0.220 0.253 0.273 129 T 0.007 0.017 0.028 0.073 0.088 0.111 0.173 0.122 0.156 0.147 0.078 130 N 0.008 0.020 0.042 0.076 0.076 0.109 0.189 0.126 0.165 0.118 0.071 131 F 0.002 0.005 0.012 0.022 0.030 0.062 0.156 0.162 0.229 0.183 0.136 132 I 0.006 0.007 0.015 0.024 0.025 0.041 0.108 0.128 0.213 0.247 0.185 133 V 0.003 0.009 0.017 0.033 0.041 0.059 0.143 0.187 0.198 0.158 0.153 134 A 0.003 0.012 0.015 0.021 0.026 0.048 0.113 0.158 0.174 0.239 0.191 135 P 0.022 0.062 0.047 0.163 0.160 0.154 0.177 0.095 0.051 0.043 0.026 136 D 0.560 0.188 0.046 0.107 0.052 0.018 0.012 0.008 0.004 0.003 0.002 137 K 0.337 0.261 0.037 0.135 0.116 0.049 0.037 0.012 0.007 0.005 0.003 138 G 0.457 0.258 0.027 0.106 0.069 0.026 0.024 0.012 0.010 0.006 0.005 139 L 0.002 0.004 0.004 0.013 0.017 0.071 0.128 0.145 0.211 0.203 0.203 140 K 0.111 0.216 0.177 0.345 0.097 0.032 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 141 Y 0.008 0.016 0.013 0.025 0.042 0.063 0.132 0.263 0.173 0.145 0.120 142 T 0.052 0.093 0.058 0.161 0.136 0.107 0.097 0.068 0.074 0.099 0.055 143 I 0.004 0.005 0.012 0.014 0.016 0.040 0.091 0.148 0.195 0.249 0.227 144 S 0.117 0.229 0.210 0.245 0.124 0.034 0.019 0.011 0.007 0.005 0.002 145 L 0.094 0.047 0.037 0.072 0.079 0.104 0.156 0.108 0.125 0.113 0.065