# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.105 0.529 0.235 0.041 0.028 0.027 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 2 Q 0.142 0.203 0.352 0.092 0.036 0.114 0.014 0.003 0.041 0.002 0.002 3 T 0.184 0.451 0.167 0.059 0.102 0.018 0.005 0.001 0.010 0.003 0.001 4 D 0.322 0.145 0.216 0.114 0.061 0.068 0.034 0.006 0.025 0.005 0.003 5 Y 0.207 0.343 0.162 0.120 0.078 0.026 0.026 0.005 0.028 0.004 0.001 6 D 0.174 0.186 0.298 0.114 0.038 0.100 0.031 0.004 0.051 0.003 0.001 7 F 0.413 0.148 0.288 0.062 0.027 0.031 0.007 0.002 0.015 0.005 0.001 8 E 0.614 0.083 0.116 0.127 0.018 0.020 0.009 0.002 0.008 0.003 0.001 9 K 0.192 0.072 0.124 0.431 0.043 0.015 0.095 0.006 0.015 0.006 0.001 10 G 0.017 0.003 0.013 0.006 0.045 0.002 0.055 0.523 0.001 0.334 0.001 11 E 0.196 0.144 0.391 0.151 0.037 0.030 0.027 0.004 0.012 0.006 0.002 12 H 0.083 0.292 0.225 0.182 0.055 0.059 0.063 0.009 0.023 0.005 0.002 13 R 0.026 0.503 0.263 0.017 0.130 0.012 0.010 0.003 0.034 0.002 0.001 14 T 0.078 0.064 0.752 0.024 0.011 0.042 0.006 0.001 0.009 0.001 0.012 15 M 0.072 0.556 0.265 0.030 0.034 0.025 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 16 T 0.050 0.708 0.139 0.013 0.059 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 17 F 0.027 0.689 0.108 0.009 0.113 0.033 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 18 V 0.042 0.747 0.104 0.005 0.034 0.040 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 19 F 0.173 0.423 0.198 0.023 0.041 0.103 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 20 A 0.501 0.185 0.137 0.046 0.058 0.054 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 21 K 0.722 0.102 0.054 0.056 0.031 0.020 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 22 E 0.572 0.109 0.083 0.124 0.033 0.035 0.026 0.002 0.016 0.001 0.001 23 R 0.426 0.055 0.114 0.298 0.024 0.045 0.023 0.003 0.010 0.001 0.001 24 S 0.293 0.141 0.276 0.059 0.082 0.047 0.019 0.001 0.077 0.006 0.001 25 L 0.966 0.001 0.023 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.979 0.001 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.985 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.965 0.002 0.003 0.024 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 33 D 0.903 0.002 0.005 0.084 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.648 0.005 0.009 0.302 0.002 0.003 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 35 R 0.282 0.018 0.062 0.511 0.010 0.005 0.096 0.010 0.004 0.002 0.001 36 R 0.295 0.102 0.390 0.111 0.018 0.018 0.052 0.004 0.009 0.001 0.001 37 T 0.306 0.338 0.208 0.056 0.042 0.034 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 38 A 0.325 0.412 0.111 0.030 0.082 0.028 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 39 A 0.229 0.571 0.088 0.013 0.039 0.043 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 40 Y 0.192 0.594 0.065 0.019 0.050 0.060 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 41 F 0.466 0.268 0.096 0.042 0.045 0.054 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 42 H 0.771 0.043 0.048 0.066 0.021 0.026 0.014 0.001 0.009 0.001 0.001 43 E 0.838 0.023 0.025 0.060 0.017 0.014 0.016 0.002 0.003 0.001 0.001 44 L 0.768 0.071 0.057 0.067 0.010 0.013 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 45 L 0.590 0.103 0.111 0.125 0.010 0.039 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 46 I 0.320 0.222 0.116 0.271 0.024 0.021 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 47 G 0.194 0.030 0.147 0.034 0.221 0.030 0.059 0.109 0.010 0.165 0.001 48 R 0.862 0.020 0.063 0.027 0.011 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 49 E 0.917 0.010 0.027 0.027 0.003 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 50 D 0.963 0.003 0.004 0.023 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.949 0.006 0.006 0.027 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.957 0.007 0.010 0.020 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 53 R 0.959 0.003 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 54 P 0.988 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.941 0.002 0.002 0.051 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.944 0.004 0.011 0.027 0.002 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 57 E 0.931 0.003 0.013 0.045 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.833 0.011 0.013 0.135 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 C 0.416 0.070 0.158 0.325 0.012 0.005 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 60 V 0.232 0.271 0.262 0.054 0.061 0.024 0.069 0.002 0.023 0.001 0.001 61 K 0.072 0.563 0.255 0.025 0.023 0.036 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 62 I 0.055 0.407 0.376 0.028 0.015 0.081 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 63 E 0.116 0.528 0.162 0.048 0.077 0.038 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 64 E 0.089 0.365 0.174 0.095 0.123 0.079 0.027 0.005 0.038 0.003 0.001 65 V 0.068 0.612 0.190 0.038 0.043 0.026 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 66 S 0.149 0.261 0.288 0.079 0.103 0.059 0.019 0.002 0.031 0.008 0.001 67 R 0.248 0.222 0.221 0.130 0.085 0.031 0.020 0.008 0.024 0.011 0.001 68 N 0.156 0.108 0.213 0.185 0.056 0.053 0.147 0.022 0.036 0.022 0.001 69 E 0.272 0.161 0.260 0.157 0.040 0.031 0.034 0.013 0.020 0.008 0.003 70 Q 0.192 0.144 0.243 0.306 0.032 0.009 0.055 0.005 0.008 0.005 0.003 71 G 0.016 0.056 0.091 0.049 0.138 0.017 0.219 0.356 0.016 0.042 0.001 72 V 0.003 0.775 0.171 0.005 0.033 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 73 T 0.004 0.639 0.282 0.003 0.018 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 74 L 0.003 0.746 0.177 0.003 0.045 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 75 S 0.006 0.791 0.107 0.003 0.058 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 76 I 0.019 0.545 0.240 0.014 0.060 0.084 0.004 0.001 0.031 0.001 0.002 77 T 0.031 0.721 0.091 0.050 0.073 0.012 0.004 0.001 0.015 0.002 0.001 78 N 0.010 0.198 0.239 0.063 0.144 0.119 0.108 0.008 0.099 0.012 0.001 79 V 0.346 0.180 0.295 0.063 0.041 0.043 0.010 0.004 0.008 0.004 0.006 80 T 0.477 0.166 0.119 0.151 0.044 0.014 0.011 0.002 0.009 0.005 0.001 81 D 0.212 0.168 0.152 0.192 0.095 0.053 0.067 0.011 0.044 0.003 0.003 82 L 0.237 0.341 0.256 0.067 0.036 0.025 0.021 0.002 0.013 0.001 0.001 83 V 0.201 0.488 0.226 0.026 0.020 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 84 L 0.140 0.468 0.252 0.025 0.044 0.038 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 85 K 0.161 0.400 0.244 0.042 0.041 0.067 0.010 0.001 0.034 0.001 0.001 86 L 0.125 0.235 0.448 0.051 0.026 0.060 0.007 0.001 0.044 0.001 0.001 87 K 0.392 0.115 0.305 0.082 0.030 0.033 0.016 0.002 0.018 0.003 0.002 88 K 0.336 0.110 0.166 0.204 0.051 0.041 0.047 0.017 0.019 0.007 0.001 89 T 0.197 0.182 0.183 0.230 0.070 0.047 0.050 0.011 0.023 0.007 0.001 90 A 0.343 0.134 0.222 0.151 0.056 0.034 0.028 0.007 0.014 0.011 0.001 91 H 0.370 0.140 0.208 0.144 0.053 0.025 0.026 0.006 0.017 0.010 0.001 92 D 0.282 0.120 0.155 0.228 0.045 0.051 0.074 0.013 0.024 0.006 0.002 93 T 0.300 0.205 0.171 0.180 0.058 0.029 0.029 0.007 0.016 0.003 0.001 94 L 0.232 0.319 0.272 0.068 0.049 0.024 0.014 0.002 0.016 0.002 0.001 95 L 0.185 0.286 0.350 0.044 0.024 0.061 0.018 0.001 0.028 0.001 0.003 96 V 0.075 0.584 0.249 0.027 0.026 0.020 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 97 Y 0.098 0.389 0.286 0.034 0.074 0.070 0.007 0.001 0.040 0.002 0.001 98 F 0.333 0.191 0.248 0.070 0.054 0.054 0.013 0.003 0.026 0.004 0.003 99 R 0.421 0.107 0.086 0.233 0.055 0.018 0.048 0.016 0.008 0.006 0.001 100 D 0.095 0.173 0.114 0.333 0.053 0.028 0.155 0.019 0.026 0.002 0.001 101 M 0.026 0.679 0.208 0.032 0.025 0.007 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 102 T 0.017 0.635 0.276 0.010 0.016 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 103 L 0.007 0.421 0.451 0.009 0.016 0.046 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 104 K 0.006 0.149 0.620 0.001 0.028 0.021 0.002 0.001 0.170 0.002 0.001 105 P 0.083 0.005 0.831 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.050 106 H 0.097 0.116 0.205 0.124 0.114 0.034 0.064 0.193 0.022 0.030 0.001 107 T 0.043 0.483 0.225 0.093 0.116 0.014 0.009 0.002 0.012 0.003 0.001 108 R 0.030 0.423 0.363 0.053 0.074 0.024 0.012 0.002 0.015 0.002 0.002 109 Y 0.013 0.722 0.159 0.016 0.065 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 110 T 0.006 0.802 0.107 0.007 0.051 0.012 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 111 V 0.002 0.872 0.068 0.001 0.043 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 112 R 0.010 0.627 0.251 0.004 0.025 0.053 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 113 I 0.017 0.657 0.193 0.013 0.041 0.038 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 114 G 0.058 0.200 0.260 0.017 0.305 0.049 0.014 0.018 0.030 0.049 0.001 115 F 0.191 0.174 0.432 0.054 0.058 0.050 0.008 0.002 0.023 0.005 0.002 116 K 0.447 0.138 0.184 0.125 0.028 0.036 0.013 0.003 0.020 0.003 0.003 117 Q 0.288 0.092 0.166 0.342 0.039 0.015 0.040 0.003 0.011 0.003 0.001 118 G 0.051 0.007 0.037 0.024 0.058 0.008 0.101 0.537 0.004 0.173 0.001 119 I 0.119 0.246 0.496 0.066 0.023 0.016 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 120 K 0.202 0.095 0.402 0.181 0.025 0.041 0.032 0.003 0.013 0.004 0.003 121 G 0.106 0.065 0.136 0.086 0.201 0.014 0.099 0.170 0.012 0.110 0.001 122 G 0.149 0.093 0.170 0.051 0.251 0.014 0.044 0.111 0.009 0.109 0.001 123 D 0.095 0.301 0.318 0.112 0.068 0.056 0.021 0.003 0.023 0.002 0.003 124 V 0.060 0.567 0.279 0.023 0.030 0.024 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 125 N 0.245 0.221 0.310 0.053 0.025 0.089 0.015 0.001 0.039 0.001 0.003 126 F 0.058 0.615 0.136 0.021 0.115 0.018 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 127 E 0.119 0.621 0.141 0.009 0.052 0.046 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 128 V 0.166 0.272 0.256 0.027 0.010 0.220 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 129 T 0.399 0.090 0.051 0.374 0.039 0.016 0.021 0.001 0.007 0.002 0.001 130 N 0.014 0.016 0.012 0.134 0.081 0.008 0.615 0.098 0.011 0.010 0.001 131 F 0.024 0.697 0.158 0.017 0.071 0.007 0.011 0.002 0.012 0.001 0.001 132 I 0.033 0.692 0.192 0.011 0.017 0.044 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 133 V 0.032 0.650 0.197 0.022 0.038 0.041 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 134 A 0.010 0.443 0.233 0.003 0.139 0.025 0.002 0.001 0.143 0.002 0.001 135 P 0.148 0.005 0.791 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 0.004 0.002 0.023 136 D 0.281 0.093 0.195 0.241 0.036 0.031 0.046 0.039 0.027 0.010 0.002 137 K 0.181 0.086 0.240 0.390 0.021 0.009 0.052 0.004 0.009 0.003 0.003 138 G 0.008 0.003 0.011 0.008 0.028 0.003 0.098 0.733 0.001 0.109 0.001 139 L 0.032 0.294 0.540 0.069 0.027 0.015 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 140 K 0.033 0.382 0.465 0.025 0.034 0.028 0.006 0.001 0.021 0.001 0.003 141 Y 0.015 0.570 0.307 0.010 0.058 0.018 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 142 T 0.014 0.655 0.232 0.007 0.040 0.029 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 143 I 0.012 0.791 0.123 0.006 0.034 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 144 S 0.026 0.550 0.249 0.012 0.070 0.051 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 145 L 0.141 0.363 0.268 0.042 0.095 0.050 0.009 0.002 0.024 0.004 0.002