# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.127 0.219 0.087 0.030 0.282 0.030 0.034 0.058 0.035 0.051 0.048 2 Q 0.218 0.166 0.065 0.025 0.262 0.025 0.026 0.049 0.032 0.056 0.077 3 T 0.119 0.190 0.074 0.023 0.268 0.031 0.034 0.104 0.068 0.047 0.043 4 D 0.183 0.110 0.034 0.020 0.240 0.022 0.043 0.127 0.072 0.080 0.069 5 Y 0.109 0.274 0.093 0.014 0.285 0.016 0.018 0.068 0.038 0.043 0.042 6 D 0.153 0.200 0.041 0.009 0.436 0.010 0.019 0.048 0.019 0.029 0.037 7 F 0.119 0.156 0.112 0.020 0.146 0.016 0.028 0.179 0.133 0.044 0.046 8 E 0.030 0.039 0.060 0.045 0.035 0.110 0.261 0.281 0.083 0.039 0.017 9 K 0.036 0.342 0.113 0.131 0.073 0.035 0.098 0.051 0.035 0.065 0.020 10 G 0.024 0.026 0.089 0.379 0.019 0.050 0.009 0.027 0.034 0.238 0.106 11 E 0.053 0.243 0.110 0.044 0.183 0.022 0.072 0.094 0.065 0.080 0.033 12 H 0.379 0.079 0.021 0.016 0.206 0.017 0.015 0.021 0.035 0.081 0.131 13 R 0.048 0.322 0.215 0.053 0.207 0.042 0.025 0.035 0.020 0.017 0.016 14 T 0.312 0.115 0.014 0.003 0.477 0.003 0.017 0.021 0.008 0.007 0.022 15 M 0.344 0.119 0.011 0.003 0.377 0.007 0.007 0.023 0.012 0.010 0.085 16 T 0.143 0.173 0.019 0.006 0.461 0.029 0.075 0.049 0.013 0.013 0.020 17 F 0.377 0.034 0.003 0.001 0.561 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.010 18 V 0.173 0.145 0.015 0.008 0.489 0.020 0.015 0.059 0.010 0.010 0.055 19 F 0.319 0.101 0.022 0.007 0.264 0.011 0.032 0.076 0.017 0.042 0.109 20 A 0.099 0.090 0.035 0.022 0.129 0.011 0.016 0.324 0.161 0.063 0.052 21 K 0.013 0.030 0.011 0.014 0.030 0.028 0.069 0.555 0.217 0.024 0.009 22 E 0.033 0.072 0.040 0.011 0.063 0.017 0.072 0.452 0.136 0.082 0.023 23 R 0.038 0.093 0.051 0.013 0.055 0.023 0.072 0.346 0.096 0.173 0.040 24 S 0.062 0.310 0.148 0.005 0.100 0.003 0.005 0.260 0.044 0.041 0.023 25 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.837 0.152 0.003 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.931 0.055 0.004 0.001 27 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.017 0.008 0.001 28 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.062 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.026 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.950 0.029 0.003 0.001 32 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.803 0.157 0.023 0.002 33 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.033 0.782 0.152 0.018 0.002 34 N 0.009 0.069 0.040 0.006 0.025 0.014 0.181 0.403 0.125 0.119 0.009 35 R 0.093 0.089 0.043 0.005 0.101 0.010 0.055 0.143 0.057 0.277 0.126 36 R 0.118 0.231 0.045 0.005 0.183 0.013 0.034 0.108 0.052 0.107 0.103 37 T 0.126 0.249 0.039 0.009 0.264 0.024 0.066 0.090 0.038 0.049 0.048 38 A 0.284 0.081 0.008 0.004 0.514 0.006 0.010 0.043 0.015 0.009 0.026 39 A 0.160 0.096 0.010 0.003 0.647 0.007 0.009 0.040 0.007 0.006 0.015 40 Y 0.307 0.094 0.017 0.006 0.372 0.010 0.014 0.065 0.013 0.028 0.074 41 F 0.151 0.114 0.050 0.032 0.213 0.022 0.022 0.188 0.073 0.072 0.064 42 H 0.027 0.058 0.023 0.021 0.052 0.038 0.043 0.430 0.235 0.057 0.015 43 E 0.042 0.071 0.024 0.007 0.084 0.013 0.044 0.366 0.202 0.123 0.024 44 L 0.065 0.082 0.028 0.004 0.096 0.010 0.039 0.350 0.172 0.115 0.038 45 L 0.094 0.096 0.036 0.012 0.126 0.024 0.079 0.269 0.095 0.105 0.064 46 I 0.038 0.251 0.121 0.069 0.079 0.065 0.087 0.088 0.055 0.119 0.028 47 G 0.031 0.214 0.333 0.111 0.053 0.019 0.017 0.090 0.026 0.068 0.037 48 R 0.034 0.135 0.042 0.008 0.069 0.004 0.009 0.467 0.177 0.042 0.014 49 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.691 0.283 0.006 0.001 50 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.823 0.134 0.020 0.002 51 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.898 0.065 0.022 0.001 52 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.831 0.137 0.017 0.002 53 R 0.002 0.011 0.005 0.001 0.006 0.001 0.002 0.893 0.077 0.002 0.001 54 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.927 0.049 0.002 0.001 55 F 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 0.837 0.081 0.019 0.002 56 F 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.723 0.218 0.027 0.005 57 E 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.058 0.760 0.152 0.007 0.001 58 K 0.015 0.025 0.016 0.006 0.032 0.015 0.168 0.443 0.100 0.167 0.011 59 C 0.211 0.035 0.007 0.005 0.112 0.005 0.024 0.162 0.071 0.144 0.224 60 V 0.133 0.242 0.041 0.003 0.453 0.009 0.014 0.043 0.019 0.022 0.020 61 K 0.213 0.170 0.016 0.003 0.507 0.005 0.013 0.021 0.005 0.010 0.037 62 I 0.437 0.058 0.008 0.007 0.178 0.006 0.006 0.040 0.037 0.023 0.200 63 E 0.044 0.102 0.064 0.039 0.159 0.177 0.192 0.133 0.046 0.029 0.016 64 E 0.286 0.093 0.024 0.008 0.384 0.004 0.012 0.051 0.031 0.057 0.049 65 V 0.153 0.166 0.042 0.023 0.237 0.026 0.023 0.075 0.067 0.104 0.086 66 S 0.084 0.230 0.231 0.039 0.219 0.032 0.036 0.055 0.026 0.024 0.024 67 R 0.064 0.115 0.048 0.030 0.100 0.048 0.081 0.217 0.206 0.063 0.028 68 N 0.057 0.157 0.128 0.062 0.075 0.054 0.097 0.145 0.073 0.115 0.036 69 E 0.110 0.069 0.068 0.044 0.105 0.033 0.047 0.084 0.073 0.231 0.136 70 Q 0.034 0.316 0.158 0.081 0.101 0.071 0.093 0.045 0.043 0.040 0.018 71 G 0.150 0.057 0.027 0.101 0.087 0.037 0.033 0.016 0.026 0.215 0.250 72 V 0.120 0.185 0.032 0.007 0.614 0.006 0.009 0.003 0.003 0.008 0.012 73 T 0.264 0.067 0.004 0.001 0.634 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.018 74 L 0.347 0.120 0.012 0.002 0.486 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 75 S 0.183 0.153 0.022 0.006 0.543 0.010 0.010 0.006 0.002 0.006 0.057 76 I 0.432 0.072 0.015 0.008 0.311 0.004 0.005 0.010 0.007 0.018 0.118 77 T 0.068 0.182 0.064 0.113 0.170 0.169 0.086 0.044 0.026 0.046 0.032 78 N 0.155 0.188 0.199 0.050 0.274 0.014 0.008 0.019 0.013 0.043 0.038 79 V 0.120 0.066 0.026 0.015 0.138 0.020 0.028 0.280 0.201 0.066 0.039 80 T 0.062 0.190 0.078 0.022 0.142 0.054 0.074 0.231 0.074 0.049 0.023 81 D 0.179 0.115 0.027 0.010 0.220 0.013 0.031 0.189 0.062 0.082 0.070 82 L 0.126 0.088 0.017 0.005 0.251 0.010 0.024 0.341 0.090 0.026 0.021 83 V 0.173 0.066 0.007 0.005 0.325 0.012 0.027 0.290 0.058 0.013 0.023 84 L 0.192 0.127 0.020 0.005 0.413 0.011 0.023 0.136 0.024 0.016 0.034 85 K 0.216 0.096 0.022 0.008 0.302 0.013 0.044 0.169 0.028 0.040 0.062 86 L 0.190 0.140 0.032 0.018 0.255 0.015 0.022 0.144 0.064 0.052 0.069 87 K 0.058 0.122 0.056 0.054 0.117 0.086 0.116 0.222 0.090 0.050 0.029 88 K 0.055 0.073 0.047 0.026 0.089 0.025 0.078 0.214 0.156 0.192 0.044 89 T 0.088 0.159 0.084 0.019 0.154 0.020 0.040 0.162 0.090 0.138 0.047 90 A 0.085 0.135 0.053 0.016 0.146 0.021 0.041 0.188 0.132 0.133 0.049 91 H 0.072 0.121 0.060 0.029 0.113 0.040 0.062 0.204 0.152 0.108 0.039 92 D 0.058 0.123 0.076 0.028 0.121 0.033 0.058 0.220 0.119 0.129 0.035 93 T 0.097 0.133 0.047 0.013 0.145 0.013 0.037 0.215 0.131 0.120 0.047 94 L 0.088 0.190 0.050 0.009 0.197 0.016 0.037 0.188 0.113 0.076 0.036 95 L 0.170 0.157 0.027 0.007 0.334 0.011 0.028 0.133 0.051 0.039 0.044 96 V 0.171 0.173 0.039 0.011 0.352 0.020 0.033 0.081 0.040 0.042 0.038 97 Y 0.174 0.192 0.093 0.026 0.251 0.026 0.039 0.060 0.023 0.055 0.061 98 F 0.143 0.140 0.065 0.045 0.190 0.037 0.036 0.116 0.126 0.056 0.045 99 R 0.026 0.079 0.044 0.056 0.052 0.119 0.189 0.176 0.156 0.087 0.017 100 D 0.141 0.071 0.020 0.012 0.151 0.008 0.027 0.053 0.079 0.296 0.142 101 M 0.138 0.225 0.039 0.003 0.501 0.005 0.007 0.011 0.016 0.023 0.032 102 T 0.188 0.193 0.024 0.003 0.487 0.007 0.021 0.014 0.008 0.020 0.034 103 L 0.228 0.224 0.043 0.019 0.289 0.012 0.011 0.010 0.014 0.049 0.102 104 K 0.049 0.210 0.454 0.058 0.165 0.025 0.012 0.009 0.004 0.005 0.008 105 P 0.056 0.100 0.035 0.021 0.071 0.026 0.103 0.260 0.271 0.033 0.025 106 H 0.080 0.096 0.073 0.045 0.090 0.045 0.048 0.074 0.083 0.303 0.062 107 T 0.093 0.211 0.076 0.018 0.246 0.026 0.046 0.073 0.061 0.096 0.056 108 R 0.334 0.099 0.018 0.007 0.322 0.013 0.028 0.023 0.024 0.047 0.085 109 Y 0.185 0.136 0.018 0.011 0.513 0.029 0.037 0.012 0.008 0.017 0.033 110 T 0.306 0.065 0.004 0.003 0.574 0.003 0.011 0.004 0.002 0.004 0.024 111 V 0.205 0.080 0.007 0.001 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 112 R 0.281 0.053 0.003 0.001 0.621 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.032 113 I 0.287 0.148 0.020 0.009 0.329 0.005 0.004 0.003 0.002 0.012 0.183 114 G 0.125 0.206 0.137 0.083 0.292 0.041 0.029 0.010 0.005 0.031 0.040 115 F 0.145 0.273 0.138 0.032 0.218 0.009 0.014 0.052 0.044 0.031 0.046 116 K 0.059 0.059 0.039 0.062 0.072 0.090 0.081 0.232 0.179 0.074 0.052 117 Q 0.015 0.180 0.145 0.100 0.042 0.078 0.158 0.167 0.073 0.032 0.010 118 G 0.055 0.031 0.040 0.036 0.033 0.014 0.019 0.056 0.032 0.506 0.178 119 I 0.102 0.269 0.153 0.045 0.199 0.024 0.018 0.047 0.039 0.058 0.045 120 K 0.024 0.092 0.091 0.221 0.032 0.218 0.143 0.074 0.048 0.035 0.021 121 G 0.083 0.046 0.065 0.222 0.055 0.033 0.028 0.044 0.058 0.256 0.111 122 G 0.073 0.258 0.124 0.029 0.246 0.027 0.023 0.070 0.046 0.065 0.039 123 D 0.319 0.132 0.026 0.007 0.340 0.011 0.015 0.031 0.021 0.034 0.065 124 V 0.195 0.174 0.039 0.008 0.466 0.018 0.012 0.023 0.017 0.015 0.032 125 N 0.279 0.124 0.021 0.012 0.360 0.018 0.037 0.043 0.017 0.024 0.065 126 F 0.278 0.159 0.029 0.005 0.452 0.005 0.005 0.022 0.011 0.009 0.026 127 E 0.169 0.164 0.032 0.009 0.477 0.017 0.025 0.053 0.017 0.010 0.027 128 V 0.448 0.041 0.012 0.015 0.199 0.019 0.035 0.071 0.043 0.026 0.092 129 T 0.046 0.111 0.047 0.146 0.093 0.209 0.173 0.073 0.041 0.034 0.026 130 N 0.146 0.122 0.078 0.082 0.161 0.026 0.036 0.038 0.037 0.171 0.103 131 F 0.195 0.135 0.020 0.004 0.561 0.003 0.006 0.014 0.012 0.016 0.033 132 I 0.245 0.142 0.015 0.004 0.491 0.008 0.014 0.016 0.010 0.012 0.044 133 V 0.172 0.233 0.080 0.020 0.300 0.024 0.027 0.016 0.013 0.032 0.083 134 A 0.117 0.261 0.231 0.031 0.290 0.013 0.009 0.014 0.007 0.011 0.017 135 P 0.055 0.163 0.081 0.037 0.069 0.040 0.105 0.230 0.159 0.034 0.026 136 D 0.065 0.034 0.062 0.090 0.051 0.086 0.099 0.135 0.123 0.188 0.067 137 K 0.020 0.320 0.159 0.102 0.065 0.061 0.084 0.071 0.060 0.045 0.014 138 G 0.063 0.026 0.027 0.060 0.035 0.022 0.015 0.022 0.027 0.469 0.234 139 L 0.109 0.298 0.059 0.011 0.418 0.009 0.013 0.010 0.011 0.027 0.035 140 K 0.285 0.148 0.017 0.009 0.408 0.022 0.036 0.010 0.009 0.011 0.046 141 Y 0.197 0.135 0.022 0.006 0.610 0.005 0.006 0.003 0.002 0.003 0.011 142 T 0.250 0.078 0.005 0.002 0.633 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.021 143 I 0.337 0.113 0.015 0.003 0.451 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.067 144 S 0.207 0.185 0.041 0.012 0.450 0.015 0.015 0.008 0.004 0.012 0.050 145 L 0.235 0.184 0.051 0.024 0.296 0.016 0.017 0.029 0.028 0.041 0.079