# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.351 0.212 0.158 0.139 0.103 0.034 0.003 2 Q 0.545 0.295 0.103 0.039 0.013 0.004 0.001 3 T 0.155 0.148 0.225 0.262 0.153 0.053 0.004 4 D 0.303 0.327 0.246 0.093 0.024 0.007 0.001 5 Y 0.111 0.102 0.191 0.297 0.216 0.080 0.004 6 D 0.364 0.426 0.146 0.046 0.016 0.003 0.001 7 F 0.102 0.107 0.207 0.370 0.173 0.039 0.001 8 E 0.718 0.258 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 9 K 0.606 0.294 0.068 0.027 0.004 0.001 0.001 10 G 0.378 0.227 0.231 0.116 0.042 0.006 0.001 11 E 0.272 0.400 0.232 0.080 0.013 0.003 0.001 12 H 0.059 0.073 0.147 0.239 0.324 0.138 0.021 13 R 0.035 0.095 0.184 0.271 0.231 0.164 0.021 14 T 0.038 0.087 0.163 0.215 0.230 0.203 0.065 15 M 0.006 0.013 0.028 0.059 0.173 0.395 0.327 16 T 0.005 0.017 0.043 0.103 0.187 0.319 0.326 17 F 0.001 0.003 0.007 0.020 0.062 0.326 0.580 18 V 0.004 0.015 0.041 0.112 0.217 0.359 0.251 19 F 0.004 0.013 0.028 0.078 0.186 0.425 0.266 20 A 0.010 0.031 0.069 0.169 0.251 0.357 0.113 21 K 0.044 0.149 0.221 0.260 0.215 0.100 0.011 22 E 0.157 0.237 0.214 0.192 0.141 0.054 0.004 23 R 0.179 0.274 0.228 0.186 0.099 0.031 0.002 24 S 0.207 0.199 0.203 0.203 0.125 0.056 0.006 25 L 0.175 0.187 0.254 0.233 0.117 0.032 0.002 26 Q 0.599 0.319 0.057 0.017 0.006 0.002 0.001 27 G 0.123 0.178 0.219 0.252 0.150 0.065 0.013 28 I 0.042 0.037 0.065 0.121 0.304 0.340 0.089 29 R 0.077 0.184 0.254 0.253 0.147 0.073 0.012 30 E 0.115 0.193 0.185 0.165 0.193 0.120 0.028 31 A 0.021 0.043 0.077 0.155 0.263 0.345 0.096 32 L 0.036 0.057 0.105 0.183 0.283 0.261 0.076 33 D 0.123 0.215 0.256 0.221 0.109 0.059 0.017 34 N 0.237 0.276 0.243 0.150 0.061 0.027 0.005 35 R 0.125 0.181 0.207 0.232 0.149 0.089 0.018 36 R 0.038 0.059 0.107 0.201 0.315 0.229 0.051 37 T 0.034 0.055 0.079 0.156 0.236 0.311 0.129 38 A 0.018 0.030 0.054 0.117 0.209 0.363 0.210 39 A 0.015 0.032 0.065 0.130 0.218 0.330 0.210 40 Y 0.012 0.028 0.061 0.117 0.223 0.308 0.251 41 F 0.008 0.020 0.034 0.074 0.138 0.378 0.349 42 H 0.033 0.112 0.224 0.296 0.188 0.112 0.035 43 E 0.136 0.262 0.214 0.194 0.118 0.065 0.010 44 L 0.024 0.076 0.140 0.270 0.286 0.185 0.019 45 L 0.028 0.040 0.073 0.186 0.306 0.320 0.046 46 I 0.037 0.098 0.196 0.315 0.227 0.113 0.013 47 G 0.167 0.252 0.214 0.172 0.142 0.047 0.005 48 R 0.078 0.177 0.225 0.267 0.168 0.077 0.008 49 E 0.243 0.313 0.193 0.144 0.082 0.023 0.002 50 D 0.355 0.392 0.154 0.071 0.022 0.005 0.001 51 L 0.049 0.116 0.248 0.309 0.212 0.060 0.007 52 L 0.024 0.043 0.084 0.176 0.354 0.286 0.033 53 R 0.063 0.248 0.325 0.219 0.108 0.034 0.002 54 P 0.095 0.269 0.270 0.234 0.102 0.028 0.002 55 F 0.006 0.023 0.075 0.163 0.379 0.309 0.044 56 F 0.006 0.022 0.050 0.143 0.306 0.386 0.088 57 E 0.060 0.289 0.348 0.192 0.082 0.026 0.003 58 K 0.015 0.122 0.294 0.414 0.119 0.034 0.002 59 C 0.003 0.025 0.088 0.223 0.371 0.277 0.012 60 V 0.005 0.018 0.054 0.186 0.398 0.314 0.024 61 K 0.028 0.253 0.358 0.249 0.091 0.020 0.001 62 I 0.010 0.041 0.086 0.254 0.398 0.205 0.006 63 E 0.131 0.469 0.255 0.099 0.042 0.004 0.001 64 E 0.159 0.414 0.267 0.130 0.025 0.004 0.001 65 V 0.037 0.077 0.328 0.362 0.179 0.015 0.001 66 S 0.442 0.358 0.155 0.039 0.006 0.001 0.001 67 R 0.755 0.218 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 68 N 0.787 0.194 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 69 E 0.614 0.277 0.078 0.026 0.004 0.001 0.001 70 Q 0.628 0.304 0.056 0.010 0.002 0.001 0.001 71 G 0.251 0.477 0.220 0.044 0.007 0.001 0.001 72 V 0.027 0.054 0.144 0.325 0.381 0.066 0.003 73 T 0.027 0.210 0.316 0.323 0.096 0.028 0.001 74 L 0.023 0.047 0.091 0.209 0.289 0.312 0.029 75 S 0.056 0.186 0.276 0.300 0.132 0.046 0.003 76 I 0.033 0.060 0.093 0.189 0.315 0.261 0.049 77 T 0.076 0.147 0.203 0.218 0.202 0.120 0.034 78 N 0.090 0.174 0.192 0.204 0.181 0.125 0.034 79 V 0.077 0.120 0.169 0.193 0.203 0.167 0.071 80 T 0.070 0.106 0.115 0.158 0.220 0.240 0.091 81 D 0.057 0.096 0.150 0.197 0.205 0.186 0.109 82 L 0.012 0.021 0.033 0.069 0.195 0.411 0.259 83 V 0.026 0.080 0.125 0.209 0.237 0.220 0.103 84 L 0.008 0.023 0.048 0.111 0.281 0.400 0.129 85 K 0.024 0.120 0.224 0.303 0.207 0.102 0.021 86 L 0.009 0.020 0.042 0.114 0.323 0.415 0.076 87 K 0.052 0.167 0.276 0.299 0.141 0.058 0.007 88 K 0.122 0.189 0.271 0.244 0.116 0.053 0.005 89 T 0.192 0.236 0.232 0.202 0.092 0.041 0.005 90 A 0.152 0.126 0.151 0.202 0.214 0.135 0.019 91 H 0.200 0.234 0.238 0.179 0.088 0.050 0.010 92 D 0.242 0.240 0.211 0.166 0.088 0.043 0.010 93 T 0.188 0.229 0.172 0.164 0.141 0.081 0.025 94 L 0.064 0.083 0.085 0.155 0.262 0.276 0.074 95 L 0.056 0.119 0.154 0.212 0.213 0.201 0.045 96 V 0.042 0.085 0.121 0.173 0.238 0.257 0.083 97 Y 0.026 0.064 0.109 0.178 0.264 0.275 0.084 98 F 0.045 0.097 0.176 0.266 0.229 0.151 0.036 99 R 0.186 0.330 0.214 0.143 0.085 0.036 0.005 100 D 0.164 0.341 0.245 0.159 0.063 0.024 0.004 101 M 0.026 0.038 0.088 0.230 0.377 0.218 0.023 102 T 0.093 0.333 0.277 0.197 0.073 0.026 0.002 103 L 0.045 0.068 0.134 0.261 0.297 0.181 0.014 104 K 0.181 0.319 0.246 0.163 0.072 0.018 0.001 105 P 0.224 0.269 0.202 0.171 0.098 0.034 0.002 106 H 0.164 0.213 0.253 0.210 0.121 0.035 0.004 107 T 0.254 0.312 0.222 0.139 0.057 0.016 0.001 108 R 0.189 0.325 0.266 0.136 0.057 0.023 0.004 109 Y 0.035 0.084 0.168 0.320 0.274 0.107 0.011 110 T 0.036 0.183 0.277 0.287 0.150 0.062 0.006 111 V 0.008 0.018 0.028 0.093 0.277 0.481 0.095 112 R 0.008 0.070 0.174 0.354 0.245 0.138 0.011 113 I 0.008 0.025 0.054 0.149 0.301 0.401 0.062 114 G 0.018 0.096 0.251 0.306 0.221 0.097 0.012 115 F 0.021 0.065 0.118 0.213 0.349 0.213 0.021 116 K 0.088 0.233 0.292 0.234 0.117 0.034 0.003 117 Q 0.348 0.380 0.150 0.081 0.032 0.009 0.001 118 G 0.154 0.295 0.273 0.188 0.069 0.021 0.001 119 I 0.084 0.081 0.192 0.293 0.267 0.079 0.004 120 K 0.377 0.427 0.131 0.046 0.015 0.003 0.001 121 G 0.374 0.372 0.151 0.071 0.025 0.007 0.001 122 G 0.050 0.102 0.215 0.355 0.209 0.064 0.005 123 D 0.143 0.436 0.263 0.107 0.040 0.010 0.001 124 V 0.012 0.037 0.097 0.263 0.371 0.196 0.025 125 N 0.016 0.122 0.240 0.321 0.208 0.087 0.007 126 F 0.005 0.013 0.027 0.100 0.235 0.511 0.109 127 E 0.013 0.077 0.212 0.324 0.237 0.116 0.022 128 V 0.002 0.006 0.014 0.043 0.161 0.473 0.300 129 T 0.003 0.015 0.046 0.088 0.214 0.378 0.256 130 N 0.009 0.047 0.098 0.190 0.257 0.262 0.136 131 F 0.006 0.017 0.036 0.090 0.249 0.396 0.207 132 I 0.004 0.011 0.020 0.048 0.157 0.516 0.244 133 V 0.010 0.039 0.092 0.211 0.300 0.268 0.079 134 A 0.029 0.093 0.184 0.238 0.270 0.163 0.023 135 P 0.092 0.194 0.233 0.267 0.153 0.057 0.004 136 D 0.545 0.311 0.099 0.033 0.010 0.003 0.001 137 K 0.461 0.317 0.140 0.070 0.011 0.002 0.001 138 G 0.372 0.385 0.165 0.055 0.018 0.005 0.001 139 L 0.049 0.062 0.136 0.360 0.303 0.083 0.006 140 K 0.207 0.505 0.184 0.070 0.028 0.007 0.001 141 Y 0.043 0.107 0.157 0.315 0.241 0.128 0.009 142 T 0.049 0.137 0.237 0.281 0.202 0.088 0.007 143 I 0.052 0.080 0.156 0.281 0.251 0.160 0.020 144 S 0.343 0.315 0.184 0.091 0.047 0.017 0.003 145 L 0.229 0.189 0.188 0.218 0.114 0.053 0.008