# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03924 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.104 0.060 0.073 0.115 0.136 0.144 0.105 0.095 0.059 0.060 0.030 0.011 0.005 0.002 2 Q 0.252 0.172 0.163 0.121 0.111 0.063 0.045 0.026 0.023 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 3 T 0.120 0.051 0.061 0.109 0.135 0.145 0.110 0.095 0.061 0.068 0.027 0.011 0.005 0.002 4 D 0.206 0.167 0.148 0.147 0.127 0.070 0.055 0.034 0.025 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 5 Y 0.123 0.060 0.077 0.125 0.130 0.166 0.113 0.084 0.045 0.044 0.022 0.007 0.004 0.001 6 D 0.301 0.192 0.149 0.130 0.107 0.051 0.032 0.016 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 7 F 0.164 0.084 0.102 0.154 0.146 0.128 0.084 0.062 0.034 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 8 E 0.461 0.232 0.131 0.083 0.046 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.311 0.161 0.162 0.133 0.104 0.063 0.029 0.016 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 10 G 0.276 0.152 0.126 0.150 0.124 0.079 0.045 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 E 0.301 0.230 0.157 0.124 0.080 0.051 0.026 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 12 H 0.071 0.077 0.085 0.148 0.185 0.155 0.115 0.085 0.044 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 13 R 0.040 0.048 0.070 0.105 0.133 0.164 0.174 0.139 0.063 0.033 0.018 0.007 0.004 0.001 14 T 0.034 0.033 0.049 0.076 0.128 0.172 0.161 0.128 0.085 0.057 0.040 0.021 0.010 0.006 15 M 0.025 0.015 0.024 0.039 0.061 0.103 0.136 0.109 0.148 0.107 0.099 0.078 0.038 0.019 16 T 0.015 0.011 0.023 0.044 0.078 0.102 0.152 0.137 0.152 0.116 0.076 0.055 0.023 0.016 17 F 0.010 0.009 0.013 0.022 0.038 0.070 0.098 0.166 0.163 0.141 0.132 0.070 0.048 0.021 18 V 0.026 0.019 0.028 0.058 0.091 0.110 0.117 0.132 0.130 0.125 0.065 0.051 0.027 0.020 19 F 0.014 0.015 0.022 0.061 0.113 0.121 0.137 0.145 0.150 0.124 0.051 0.028 0.011 0.008 20 A 0.020 0.018 0.028 0.069 0.110 0.174 0.157 0.146 0.137 0.075 0.037 0.017 0.007 0.003 21 K 0.069 0.112 0.142 0.206 0.186 0.126 0.082 0.040 0.021 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 22 E 0.166 0.170 0.138 0.167 0.176 0.081 0.040 0.025 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 23 R 0.114 0.128 0.156 0.228 0.156 0.105 0.060 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 24 S 0.269 0.159 0.156 0.126 0.118 0.077 0.041 0.023 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.086 0.082 0.123 0.239 0.241 0.125 0.050 0.027 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.601 0.243 0.090 0.036 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 G 0.116 0.125 0.150 0.180 0.198 0.112 0.061 0.038 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 I 0.014 0.013 0.030 0.079 0.159 0.222 0.234 0.151 0.070 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 29 R 0.141 0.167 0.200 0.185 0.162 0.081 0.035 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.421 0.246 0.136 0.094 0.054 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 A 0.039 0.047 0.076 0.200 0.244 0.172 0.118 0.070 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.027 0.037 0.098 0.174 0.219 0.184 0.151 0.064 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 33 D 0.390 0.228 0.170 0.101 0.056 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.253 0.208 0.162 0.165 0.101 0.060 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 35 R 0.108 0.126 0.110 0.190 0.198 0.118 0.061 0.042 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 36 R 0.052 0.068 0.081 0.134 0.153 0.158 0.141 0.116 0.058 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 37 T 0.037 0.031 0.053 0.091 0.133 0.171 0.181 0.119 0.086 0.042 0.028 0.014 0.007 0.005 38 A 0.020 0.012 0.026 0.042 0.083 0.116 0.131 0.117 0.133 0.109 0.092 0.058 0.040 0.021 39 A 0.042 0.018 0.027 0.044 0.069 0.089 0.110 0.097 0.127 0.109 0.084 0.094 0.057 0.033 40 Y 0.028 0.017 0.023 0.056 0.081 0.104 0.126 0.133 0.129 0.113 0.086 0.057 0.032 0.015 41 F 0.022 0.014 0.019 0.049 0.073 0.139 0.156 0.138 0.141 0.096 0.080 0.044 0.019 0.009 42 H 0.042 0.055 0.072 0.134 0.197 0.171 0.125 0.078 0.061 0.033 0.018 0.009 0.003 0.002 43 E 0.084 0.127 0.140 0.155 0.187 0.103 0.077 0.055 0.036 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 44 L 0.044 0.059 0.092 0.157 0.174 0.181 0.124 0.088 0.045 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 45 L 0.038 0.035 0.062 0.111 0.201 0.184 0.132 0.104 0.081 0.036 0.010 0.004 0.002 0.001 46 I 0.127 0.076 0.090 0.163 0.176 0.127 0.086 0.075 0.044 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 47 G 0.195 0.162 0.125 0.188 0.120 0.093 0.050 0.027 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 48 R 0.131 0.108 0.110 0.189 0.167 0.125 0.070 0.029 0.048 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 49 E 0.354 0.298 0.200 0.080 0.036 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 D 0.590 0.271 0.098 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.051 0.069 0.106 0.184 0.241 0.165 0.105 0.060 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 52 L 0.011 0.014 0.030 0.080 0.198 0.216 0.214 0.133 0.080 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 53 R 0.212 0.283 0.238 0.143 0.073 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 P 0.340 0.336 0.196 0.070 0.032 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 F 0.010 0.014 0.037 0.100 0.203 0.215 0.205 0.178 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 56 F 0.008 0.018 0.046 0.109 0.182 0.196 0.250 0.122 0.047 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 57 E 0.249 0.285 0.200 0.103 0.079 0.043 0.022 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.054 0.104 0.171 0.221 0.198 0.133 0.064 0.026 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 59 C 0.011 0.012 0.026 0.110 0.197 0.176 0.198 0.122 0.093 0.044 0.007 0.003 0.001 0.001 60 V 0.035 0.032 0.052 0.075 0.103 0.193 0.184 0.169 0.085 0.034 0.022 0.009 0.007 0.001 61 K 0.110 0.122 0.133 0.197 0.191 0.093 0.066 0.039 0.026 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 62 I 0.031 0.022 0.044 0.077 0.110 0.180 0.179 0.116 0.090 0.081 0.047 0.015 0.006 0.002 63 E 0.167 0.127 0.152 0.163 0.186 0.107 0.048 0.021 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 64 E 0.198 0.140 0.140 0.180 0.158 0.076 0.046 0.027 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 65 V 0.101 0.066 0.076 0.169 0.198 0.164 0.099 0.073 0.032 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 66 S 0.399 0.233 0.159 0.109 0.054 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.448 0.167 0.158 0.105 0.069 0.028 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.468 0.203 0.136 0.092 0.058 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.366 0.217 0.151 0.115 0.085 0.032 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.284 0.151 0.122 0.139 0.125 0.084 0.045 0.025 0.011 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 71 G 0.153 0.126 0.135 0.160 0.175 0.101 0.063 0.034 0.028 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 72 V 0.022 0.011 0.019 0.046 0.074 0.120 0.135 0.184 0.129 0.135 0.062 0.038 0.021 0.006 73 T 0.026 0.036 0.047 0.098 0.141 0.115 0.122 0.159 0.100 0.067 0.040 0.031 0.011 0.006 74 L 0.014 0.006 0.009 0.018 0.025 0.059 0.068 0.111 0.128 0.207 0.161 0.120 0.057 0.017 75 S 0.037 0.041 0.060 0.117 0.150 0.115 0.118 0.101 0.109 0.066 0.037 0.030 0.010 0.008 76 I 0.017 0.014 0.020 0.042 0.058 0.104 0.111 0.130 0.145 0.150 0.115 0.057 0.026 0.011 77 T 0.032 0.047 0.065 0.108 0.137 0.157 0.140 0.136 0.092 0.044 0.023 0.012 0.006 0.003 78 N 0.045 0.070 0.092 0.132 0.150 0.131 0.114 0.098 0.066 0.053 0.030 0.011 0.005 0.003 79 V 0.039 0.054 0.076 0.107 0.165 0.157 0.130 0.108 0.083 0.046 0.020 0.009 0.004 0.002 80 T 0.037 0.044 0.062 0.099 0.127 0.139 0.138 0.110 0.091 0.071 0.047 0.017 0.011 0.006 81 D 0.028 0.033 0.049 0.083 0.137 0.135 0.150 0.126 0.111 0.069 0.039 0.022 0.010 0.008 82 L 0.014 0.007 0.013 0.024 0.037 0.067 0.087 0.127 0.144 0.168 0.144 0.085 0.060 0.022 83 V 0.020 0.019 0.029 0.061 0.101 0.097 0.128 0.141 0.141 0.104 0.066 0.050 0.025 0.019 84 L 0.022 0.009 0.011 0.022 0.028 0.055 0.068 0.107 0.124 0.183 0.176 0.109 0.065 0.020 85 K 0.053 0.055 0.068 0.125 0.145 0.114 0.134 0.102 0.099 0.047 0.028 0.018 0.006 0.005 86 L 0.020 0.017 0.023 0.051 0.071 0.133 0.137 0.159 0.132 0.124 0.085 0.031 0.013 0.004 87 K 0.099 0.121 0.156 0.156 0.169 0.123 0.076 0.045 0.034 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 88 K 0.181 0.141 0.134 0.163 0.154 0.083 0.053 0.038 0.024 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 89 T 0.221 0.175 0.169 0.137 0.116 0.078 0.048 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 A 0.163 0.104 0.111 0.138 0.146 0.131 0.088 0.056 0.032 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 91 H 0.208 0.144 0.143 0.136 0.136 0.092 0.064 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 92 D 0.295 0.146 0.131 0.116 0.104 0.076 0.049 0.033 0.021 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 93 T 0.161 0.115 0.121 0.129 0.138 0.105 0.084 0.055 0.042 0.024 0.014 0.007 0.003 0.002 94 L 0.053 0.038 0.047 0.081 0.120 0.139 0.130 0.145 0.094 0.075 0.042 0.021 0.010 0.004 95 L 0.066 0.064 0.072 0.118 0.128 0.135 0.127 0.090 0.077 0.054 0.039 0.021 0.007 0.004 96 V 0.063 0.048 0.068 0.096 0.110 0.129 0.121 0.114 0.099 0.063 0.049 0.025 0.009 0.004 97 Y 0.050 0.045 0.058 0.096 0.121 0.130 0.127 0.123 0.103 0.066 0.045 0.024 0.009 0.005 98 F 0.045 0.055 0.072 0.098 0.129 0.141 0.126 0.128 0.090 0.057 0.031 0.016 0.008 0.003 99 R 0.172 0.109 0.113 0.135 0.133 0.100 0.081 0.055 0.036 0.030 0.020 0.009 0.004 0.003 100 D 0.139 0.118 0.151 0.146 0.167 0.093 0.072 0.037 0.039 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 101 M 0.068 0.028 0.042 0.081 0.115 0.178 0.133 0.110 0.083 0.085 0.040 0.019 0.014 0.004 102 T 0.151 0.138 0.141 0.184 0.164 0.078 0.067 0.036 0.023 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 103 L 0.064 0.029 0.041 0.080 0.110 0.164 0.135 0.126 0.087 0.098 0.041 0.015 0.008 0.002 104 K 0.191 0.162 0.153 0.169 0.146 0.075 0.048 0.027 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 105 P 0.112 0.080 0.100 0.155 0.156 0.124 0.090 0.068 0.051 0.039 0.015 0.006 0.002 0.001 106 H 0.071 0.074 0.088 0.149 0.174 0.154 0.109 0.085 0.055 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 107 T 0.133 0.139 0.155 0.161 0.130 0.096 0.069 0.049 0.027 0.019 0.016 0.004 0.002 0.001 108 R 0.063 0.088 0.103 0.143 0.167 0.130 0.104 0.077 0.063 0.038 0.014 0.006 0.002 0.002 109 Y 0.015 0.014 0.030 0.057 0.094 0.135 0.146 0.144 0.125 0.111 0.074 0.030 0.018 0.009 110 T 0.009 0.017 0.027 0.067 0.121 0.111 0.124 0.170 0.129 0.111 0.055 0.030 0.017 0.013 111 V 0.004 0.002 0.003 0.006 0.009 0.023 0.039 0.068 0.117 0.193 0.187 0.200 0.110 0.040 112 R 0.004 0.007 0.015 0.043 0.072 0.075 0.122 0.188 0.158 0.129 0.083 0.053 0.028 0.021 113 I 0.004 0.002 0.002 0.005 0.009 0.026 0.037 0.076 0.115 0.187 0.240 0.178 0.090 0.030 114 G 0.014 0.024 0.043 0.091 0.123 0.113 0.148 0.163 0.132 0.075 0.036 0.023 0.009 0.006 115 F 0.015 0.020 0.025 0.057 0.088 0.121 0.120 0.151 0.150 0.130 0.080 0.028 0.010 0.006 116 K 0.052 0.082 0.123 0.149 0.171 0.148 0.095 0.069 0.063 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 117 Q 0.248 0.180 0.144 0.132 0.101 0.064 0.047 0.040 0.022 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 118 G 0.180 0.172 0.174 0.145 0.138 0.082 0.048 0.028 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 119 I 0.069 0.059 0.083 0.125 0.176 0.161 0.129 0.102 0.047 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 120 K 0.270 0.182 0.156 0.135 0.102 0.063 0.044 0.024 0.012 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 121 G 0.223 0.107 0.129 0.115 0.139 0.101 0.069 0.044 0.033 0.019 0.012 0.006 0.002 0.001 122 G 0.102 0.051 0.053 0.103 0.130 0.140 0.110 0.108 0.074 0.066 0.033 0.018 0.011 0.003 123 D 0.112 0.120 0.110 0.156 0.136 0.096 0.094 0.078 0.050 0.024 0.012 0.008 0.003 0.002 124 V 0.029 0.019 0.031 0.057 0.080 0.143 0.133 0.163 0.128 0.120 0.056 0.023 0.013 0.004 125 N 0.046 0.059 0.082 0.139 0.197 0.155 0.116 0.065 0.060 0.035 0.022 0.013 0.005 0.005 126 F 0.027 0.022 0.034 0.063 0.078 0.120 0.143 0.120 0.122 0.121 0.079 0.040 0.021 0.011 127 E 0.031 0.038 0.066 0.112 0.145 0.148 0.156 0.132 0.083 0.042 0.022 0.013 0.006 0.005 128 V 0.013 0.010 0.015 0.026 0.046 0.080 0.108 0.169 0.143 0.132 0.124 0.073 0.046 0.015 129 T 0.021 0.017 0.025 0.050 0.074 0.113 0.151 0.157 0.126 0.109 0.064 0.054 0.027 0.013 130 N 0.030 0.028 0.041 0.064 0.090 0.092 0.131 0.123 0.120 0.099 0.080 0.057 0.024 0.021 131 F 0.012 0.009 0.016 0.028 0.051 0.085 0.114 0.150 0.161 0.143 0.111 0.066 0.035 0.019 132 I 0.020 0.018 0.025 0.049 0.078 0.110 0.127 0.148 0.137 0.111 0.077 0.049 0.031 0.020 133 V 0.028 0.024 0.030 0.070 0.098 0.123 0.137 0.126 0.127 0.103 0.067 0.040 0.016 0.011 134 A 0.049 0.045 0.059 0.107 0.127 0.155 0.137 0.116 0.100 0.046 0.033 0.015 0.007 0.003 135 P 0.079 0.081 0.084 0.151 0.154 0.167 0.118 0.055 0.053 0.026 0.019 0.007 0.003 0.002 136 D 0.217 0.200 0.186 0.141 0.116 0.056 0.038 0.021 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 137 K 0.311 0.216 0.183 0.121 0.072 0.046 0.026 0.012 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 138 G 0.354 0.192 0.159 0.088 0.083 0.053 0.033 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 139 L 0.044 0.037 0.059 0.116 0.195 0.179 0.133 0.111 0.051 0.046 0.018 0.006 0.004 0.001 140 K 0.179 0.156 0.131 0.144 0.133 0.082 0.070 0.045 0.031 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 141 Y 0.053 0.031 0.047 0.075 0.093 0.119 0.111 0.147 0.118 0.104 0.057 0.026 0.014 0.005 142 T 0.040 0.033 0.039 0.078 0.118 0.121 0.134 0.157 0.116 0.071 0.040 0.033 0.014 0.008 143 I 0.037 0.016 0.023 0.034 0.047 0.090 0.103 0.127 0.119 0.150 0.116 0.079 0.046 0.012 144 S 0.098 0.080 0.100 0.134 0.151 0.111 0.110 0.068 0.062 0.035 0.024 0.017 0.006 0.005 145 L 0.045 0.029 0.040 0.066 0.087 0.147 0.137 0.100 0.107 0.101 0.084 0.034 0.016 0.007