# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.010 0.016 0.669 0.007 0.008 0.007 0.002 0.003 0.080 0.072 0.010 0.062 0.054 2 Q 0.005 0.010 0.725 0.009 0.028 0.011 0.003 0.002 0.037 0.044 0.017 0.023 0.086 3 T 0.009 0.015 0.302 0.031 0.178 0.049 0.011 0.007 0.088 0.071 0.107 0.064 0.068 4 D 0.015 0.025 0.287 0.026 0.087 0.039 0.016 0.007 0.074 0.098 0.132 0.069 0.125 5 Y 0.026 0.068 0.363 0.013 0.035 0.020 0.008 0.005 0.067 0.149 0.031 0.119 0.096 6 D 0.009 0.020 0.650 0.004 0.007 0.007 0.002 0.001 0.028 0.053 0.010 0.087 0.122 7 F 0.006 0.037 0.421 0.017 0.073 0.033 0.002 0.001 0.017 0.072 0.162 0.022 0.136 8 E 0.004 0.015 0.182 0.029 0.081 0.032 0.001 0.001 0.008 0.133 0.434 0.063 0.016 9 K 0.003 0.015 0.150 0.004 0.059 0.013 0.001 0.001 0.003 0.267 0.426 0.013 0.046 10 G 0.003 0.030 0.296 0.009 0.023 0.010 0.001 0.001 0.003 0.341 0.230 0.035 0.020 11 E 0.007 0.032 0.428 0.008 0.012 0.010 0.001 0.001 0.009 0.188 0.134 0.090 0.080 12 H 0.030 0.041 0.371 0.030 0.009 0.006 0.002 0.001 0.011 0.114 0.085 0.031 0.268 13 R 0.026 0.009 0.171 0.040 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.077 0.018 0.610 0.032 14 T 0.057 0.005 0.074 0.040 0.003 0.006 0.012 0.001 0.013 0.014 0.015 0.014 0.745 15 M 0.234 0.002 0.032 0.057 0.002 0.006 0.022 0.003 0.017 0.007 0.005 0.571 0.042 16 T 0.460 0.002 0.011 0.009 0.001 0.005 0.053 0.008 0.021 0.002 0.001 0.037 0.390 17 F 0.565 0.001 0.003 0.012 0.001 0.009 0.112 0.009 0.010 0.001 0.001 0.220 0.055 18 V 0.685 0.002 0.002 0.009 0.001 0.010 0.081 0.018 0.013 0.001 0.001 0.066 0.111 19 F 0.682 0.002 0.006 0.014 0.001 0.026 0.036 0.006 0.013 0.002 0.002 0.122 0.089 20 A 0.406 0.005 0.039 0.035 0.011 0.099 0.022 0.004 0.021 0.012 0.024 0.083 0.238 21 K 0.076 0.004 0.085 0.049 0.049 0.361 0.007 0.001 0.011 0.049 0.118 0.089 0.103 22 E 0.019 0.005 0.062 0.011 0.099 0.456 0.001 0.001 0.006 0.073 0.191 0.020 0.057 23 R 0.007 0.012 0.131 0.003 0.044 0.404 0.001 0.001 0.002 0.194 0.158 0.027 0.017 24 S 0.002 0.009 0.535 0.001 0.027 0.266 0.001 0.001 0.002 0.091 0.033 0.005 0.028 25 L 0.001 0.001 0.030 0.001 0.014 0.922 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 27 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.036 0.919 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.004 28 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 32 L 0.001 0.002 0.013 0.001 0.026 0.799 0.001 0.001 0.001 0.005 0.144 0.001 0.006 33 D 0.001 0.002 0.057 0.003 0.056 0.586 0.001 0.001 0.001 0.021 0.266 0.005 0.003 34 N 0.001 0.002 0.047 0.002 0.018 0.287 0.001 0.001 0.001 0.066 0.569 0.002 0.005 35 R 0.001 0.003 0.121 0.004 0.008 0.143 0.001 0.001 0.002 0.177 0.534 0.003 0.004 36 R 0.004 0.011 0.427 0.006 0.009 0.132 0.001 0.001 0.010 0.275 0.085 0.025 0.015 37 T 0.024 0.022 0.317 0.013 0.010 0.250 0.013 0.007 0.076 0.067 0.027 0.042 0.132 38 A 0.070 0.021 0.070 0.027 0.009 0.318 0.044 0.036 0.130 0.012 0.015 0.087 0.160 39 A 0.141 0.013 0.021 0.023 0.008 0.321 0.091 0.056 0.055 0.008 0.007 0.158 0.098 40 Y 0.222 0.015 0.014 0.009 0.007 0.208 0.102 0.052 0.032 0.007 0.009 0.112 0.213 41 F 0.253 0.008 0.016 0.027 0.013 0.432 0.025 0.014 0.015 0.012 0.022 0.102 0.061 42 H 0.096 0.005 0.022 0.037 0.047 0.615 0.005 0.003 0.006 0.025 0.068 0.036 0.034 43 E 0.033 0.003 0.023 0.015 0.133 0.597 0.001 0.001 0.003 0.023 0.142 0.008 0.019 44 L 0.012 0.004 0.026 0.007 0.111 0.625 0.001 0.001 0.002 0.020 0.176 0.009 0.008 45 L 0.008 0.013 0.055 0.004 0.053 0.509 0.001 0.001 0.003 0.041 0.290 0.006 0.018 46 I 0.006 0.012 0.119 0.004 0.037 0.364 0.001 0.001 0.003 0.109 0.323 0.012 0.010 47 G 0.002 0.010 0.225 0.001 0.011 0.214 0.001 0.001 0.004 0.266 0.248 0.007 0.011 48 R 0.001 0.007 0.230 0.001 0.033 0.532 0.001 0.001 0.002 0.139 0.045 0.002 0.007 49 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.085 0.810 0.001 0.001 0.001 0.034 0.029 0.001 0.001 50 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.252 0.685 0.001 0.001 0.002 0.011 0.037 0.001 0.001 51 L 0.001 0.005 0.027 0.001 0.102 0.740 0.001 0.001 0.003 0.018 0.101 0.001 0.003 52 L 0.001 0.010 0.038 0.001 0.022 0.842 0.001 0.001 0.002 0.020 0.061 0.001 0.003 53 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.026 0.880 0.001 0.001 0.001 0.034 0.029 0.001 0.001 54 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.887 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 0.001 0.001 55 F 0.001 0.001 0.015 0.001 0.070 0.865 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.020 0.001 0.040 0.871 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.001 0.003 57 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.103 0.729 0.001 0.001 0.002 0.013 0.133 0.002 0.002 58 K 0.001 0.001 0.016 0.002 0.031 0.659 0.001 0.001 0.003 0.015 0.260 0.001 0.009 59 C 0.009 0.005 0.099 0.005 0.022 0.601 0.001 0.001 0.006 0.048 0.155 0.013 0.033 60 V 0.065 0.017 0.196 0.008 0.020 0.332 0.007 0.006 0.040 0.076 0.069 0.071 0.094 61 K 0.049 0.009 0.127 0.010 0.014 0.327 0.015 0.007 0.104 0.028 0.052 0.158 0.101 62 I 0.083 0.016 0.121 0.029 0.033 0.166 0.018 0.011 0.063 0.024 0.032 0.040 0.366 63 E 0.044 0.007 0.157 0.069 0.026 0.144 0.010 0.003 0.040 0.045 0.042 0.325 0.090 64 E 0.063 0.012 0.125 0.008 0.044 0.081 0.006 0.003 0.059 0.037 0.048 0.050 0.463 65 V 0.038 0.024 0.331 0.025 0.032 0.052 0.004 0.001 0.024 0.074 0.056 0.153 0.186 66 S 0.010 0.007 0.436 0.013 0.034 0.033 0.001 0.001 0.007 0.088 0.133 0.110 0.128 67 R 0.006 0.013 0.129 0.009 0.091 0.048 0.001 0.001 0.004 0.127 0.477 0.022 0.073 68 N 0.005 0.015 0.254 0.006 0.040 0.015 0.001 0.001 0.003 0.236 0.323 0.063 0.039 69 E 0.006 0.011 0.390 0.016 0.034 0.010 0.001 0.001 0.004 0.168 0.239 0.028 0.092 70 Q 0.010 0.017 0.318 0.046 0.030 0.010 0.001 0.001 0.015 0.174 0.203 0.119 0.056 71 G 0.035 0.012 0.299 0.045 0.010 0.004 0.008 0.001 0.034 0.078 0.056 0.061 0.359 72 V 0.166 0.006 0.179 0.045 0.003 0.001 0.033 0.010 0.113 0.022 0.004 0.300 0.118 73 T 0.199 0.005 0.047 0.026 0.001 0.001 0.204 0.042 0.141 0.007 0.002 0.100 0.224 74 L 0.235 0.004 0.030 0.027 0.001 0.001 0.247 0.118 0.129 0.004 0.001 0.084 0.118 75 S 0.212 0.002 0.032 0.019 0.001 0.001 0.122 0.136 0.271 0.006 0.002 0.138 0.058 76 I 0.141 0.007 0.076 0.012 0.003 0.002 0.083 0.122 0.284 0.016 0.010 0.037 0.207 77 T 0.034 0.016 0.359 0.054 0.005 0.004 0.030 0.026 0.160 0.101 0.046 0.100 0.065 78 N 0.008 0.006 0.576 0.011 0.006 0.004 0.002 0.002 0.044 0.199 0.035 0.059 0.049 79 V 0.006 0.014 0.317 0.018 0.064 0.042 0.002 0.001 0.023 0.216 0.205 0.017 0.075 80 T 0.012 0.016 0.248 0.029 0.068 0.088 0.002 0.001 0.020 0.179 0.239 0.057 0.041 81 D 0.054 0.019 0.274 0.026 0.089 0.140 0.006 0.002 0.022 0.092 0.066 0.044 0.165 82 L 0.105 0.016 0.196 0.020 0.029 0.160 0.017 0.004 0.038 0.040 0.039 0.138 0.199 83 V 0.177 0.014 0.078 0.028 0.020 0.204 0.035 0.004 0.026 0.016 0.034 0.105 0.259 84 L 0.276 0.012 0.040 0.020 0.019 0.160 0.028 0.006 0.015 0.017 0.015 0.253 0.138 85 K 0.218 0.011 0.069 0.016 0.011 0.179 0.016 0.003 0.016 0.020 0.022 0.086 0.331 86 L 0.127 0.015 0.143 0.027 0.044 0.196 0.010 0.003 0.017 0.037 0.038 0.162 0.180 87 K 0.026 0.007 0.219 0.029 0.048 0.245 0.003 0.001 0.011 0.062 0.178 0.049 0.124 88 K 0.011 0.006 0.100 0.017 0.132 0.237 0.001 0.001 0.005 0.096 0.336 0.028 0.031 89 T 0.010 0.018 0.169 0.008 0.111 0.151 0.001 0.001 0.004 0.158 0.280 0.035 0.054 90 A 0.008 0.020 0.248 0.006 0.092 0.155 0.001 0.001 0.005 0.111 0.254 0.028 0.071 91 H 0.013 0.030 0.227 0.020 0.092 0.127 0.002 0.001 0.010 0.125 0.278 0.042 0.034 92 D 0.009 0.014 0.257 0.011 0.051 0.056 0.001 0.001 0.008 0.195 0.306 0.040 0.052 93 T 0.016 0.013 0.380 0.032 0.036 0.032 0.002 0.001 0.011 0.155 0.225 0.021 0.077 94 L 0.023 0.016 0.281 0.026 0.022 0.033 0.006 0.002 0.023 0.205 0.108 0.219 0.034 95 L 0.087 0.017 0.211 0.015 0.017 0.023 0.020 0.008 0.033 0.049 0.060 0.021 0.438 96 V 0.168 0.018 0.120 0.031 0.009 0.017 0.028 0.017 0.042 0.031 0.015 0.439 0.065 97 Y 0.290 0.010 0.074 0.008 0.006 0.012 0.027 0.017 0.047 0.018 0.010 0.084 0.396 98 F 0.171 0.012 0.145 0.086 0.022 0.018 0.033 0.013 0.041 0.031 0.030 0.136 0.263 99 R 0.061 0.006 0.182 0.131 0.031 0.035 0.017 0.004 0.060 0.080 0.109 0.213 0.071 100 D 0.118 0.010 0.155 0.031 0.062 0.016 0.016 0.004 0.041 0.081 0.087 0.036 0.341 101 M 0.105 0.014 0.160 0.016 0.015 0.009 0.017 0.004 0.038 0.075 0.023 0.451 0.075 102 T 0.098 0.025 0.162 0.008 0.006 0.005 0.024 0.004 0.034 0.026 0.014 0.083 0.512 103 L 0.086 0.053 0.351 0.014 0.007 0.005 0.007 0.005 0.047 0.059 0.008 0.216 0.140 104 K 0.005 0.004 0.795 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.045 0.005 0.056 0.070 105 P 0.004 0.008 0.141 0.011 0.211 0.016 0.001 0.001 0.007 0.087 0.408 0.015 0.089 106 H 0.003 0.005 0.147 0.030 0.052 0.006 0.001 0.001 0.006 0.114 0.596 0.023 0.017 107 T 0.008 0.010 0.393 0.011 0.070 0.004 0.001 0.001 0.012 0.243 0.093 0.095 0.061 108 R 0.022 0.014 0.384 0.032 0.009 0.002 0.003 0.001 0.029 0.104 0.041 0.029 0.331 109 Y 0.061 0.008 0.126 0.067 0.003 0.002 0.017 0.004 0.067 0.040 0.013 0.533 0.059 110 T 0.332 0.003 0.044 0.021 0.001 0.001 0.097 0.027 0.061 0.007 0.003 0.034 0.368 111 V 0.489 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.150 0.054 0.066 0.001 0.001 0.166 0.054 112 R 0.525 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.126 0.060 0.090 0.001 0.001 0.067 0.110 113 I 0.266 0.006 0.053 0.033 0.001 0.002 0.137 0.037 0.085 0.010 0.003 0.131 0.234 114 G 0.098 0.005 0.259 0.043 0.004 0.004 0.021 0.009 0.146 0.041 0.012 0.185 0.174 115 F 0.032 0.014 0.306 0.020 0.036 0.027 0.007 0.002 0.053 0.123 0.084 0.054 0.240 116 K 0.019 0.018 0.346 0.023 0.090 0.036 0.004 0.001 0.021 0.135 0.142 0.078 0.087 117 Q 0.008 0.014 0.166 0.013 0.175 0.050 0.001 0.001 0.007 0.164 0.304 0.040 0.058 118 G 0.007 0.025 0.245 0.008 0.089 0.048 0.001 0.001 0.006 0.161 0.332 0.026 0.051 119 I 0.008 0.037 0.507 0.010 0.055 0.039 0.001 0.001 0.010 0.174 0.068 0.040 0.051 120 K 0.007 0.016 0.392 0.013 0.037 0.044 0.001 0.001 0.012 0.177 0.203 0.048 0.049 121 G 0.009 0.028 0.308 0.021 0.049 0.043 0.002 0.001 0.015 0.163 0.279 0.024 0.060 122 G 0.012 0.021 0.486 0.013 0.022 0.051 0.004 0.001 0.021 0.164 0.051 0.112 0.041 123 D 0.024 0.040 0.392 0.014 0.021 0.063 0.011 0.005 0.060 0.080 0.031 0.030 0.231 124 V 0.033 0.034 0.279 0.030 0.024 0.097 0.014 0.007 0.081 0.075 0.033 0.227 0.069 125 N 0.032 0.015 0.271 0.042 0.017 0.121 0.012 0.005 0.063 0.057 0.062 0.030 0.272 126 F 0.049 0.022 0.157 0.036 0.054 0.248 0.019 0.007 0.046 0.066 0.053 0.160 0.083 127 E 0.075 0.022 0.128 0.018 0.046 0.211 0.019 0.021 0.077 0.040 0.020 0.093 0.231 128 V 0.105 0.014 0.082 0.052 0.078 0.224 0.018 0.011 0.040 0.026 0.055 0.113 0.182 129 T 0.066 0.006 0.066 0.291 0.066 0.141 0.009 0.008 0.032 0.035 0.185 0.046 0.049 130 N 0.080 0.005 0.103 0.057 0.050 0.129 0.014 0.006 0.033 0.094 0.280 0.070 0.079 131 F 0.336 0.009 0.110 0.013 0.019 0.062 0.044 0.035 0.090 0.026 0.033 0.049 0.173 132 I 0.207 0.022 0.064 0.010 0.010 0.051 0.104 0.041 0.049 0.024 0.022 0.301 0.093 133 V 0.203 0.028 0.141 0.023 0.013 0.036 0.052 0.030 0.047 0.039 0.046 0.079 0.263 134 A 0.031 0.016 0.463 0.021 0.012 0.018 0.005 0.005 0.031 0.159 0.030 0.153 0.055 135 P 0.006 0.012 0.507 0.006 0.023 0.016 0.001 0.001 0.014 0.194 0.112 0.012 0.096 136 D 0.003 0.012 0.261 0.007 0.101 0.021 0.001 0.001 0.005 0.189 0.361 0.023 0.016 137 K 0.001 0.007 0.111 0.006 0.122 0.011 0.001 0.001 0.002 0.156 0.563 0.007 0.012 138 G 0.003 0.017 0.240 0.011 0.083 0.010 0.001 0.001 0.007 0.197 0.391 0.013 0.026 139 L 0.009 0.022 0.628 0.013 0.025 0.005 0.003 0.002 0.049 0.127 0.018 0.041 0.058 140 K 0.016 0.018 0.465 0.048 0.010 0.004 0.016 0.007 0.136 0.108 0.015 0.042 0.115 141 Y 0.047 0.009 0.184 0.053 0.011 0.004 0.070 0.053 0.311 0.051 0.012 0.128 0.066 142 T 0.074 0.005 0.093 0.024 0.003 0.002 0.118 0.199 0.337 0.021 0.004 0.030 0.090 143 I 0.074 0.005 0.065 0.006 0.002 0.001 0.084 0.240 0.409 0.010 0.002 0.060 0.042 144 S 0.031 0.004 0.154 0.005 0.001 0.001 0.022 0.102 0.583 0.011 0.002 0.020 0.064 145 L 0.006 0.009 0.568 0.022 0.009 0.005 0.012 0.014 0.185 0.065 0.017 0.030 0.059