# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.075 0.054 0.238 0.439 0.008 0.066 0.007 0.010 0.004 0.002 0.013 0.022 0.043 0.001 0.007 0.011 2 Q 0.014 0.079 0.203 0.371 0.018 0.190 0.007 0.007 0.008 0.006 0.019 0.016 0.041 0.002 0.002 0.017 3 T 0.027 0.056 0.025 0.546 0.017 0.131 0.004 0.014 0.006 0.002 0.108 0.021 0.033 0.003 0.002 0.004 4 D 0.009 0.230 0.124 0.425 0.009 0.042 0.006 0.012 0.015 0.002 0.031 0.058 0.020 0.003 0.004 0.012 5 Y 0.014 0.039 0.170 0.656 0.003 0.012 0.004 0.006 0.005 0.002 0.010 0.020 0.036 0.001 0.006 0.017 6 D 0.016 0.015 0.136 0.169 0.017 0.507 0.008 0.003 0.004 0.003 0.010 0.017 0.076 0.001 0.001 0.017 7 F 0.012 0.030 0.026 0.142 0.034 0.054 0.007 0.017 0.001 0.001 0.580 0.011 0.073 0.004 0.002 0.004 8 E 0.001 0.077 0.011 0.034 0.358 0.032 0.081 0.013 0.003 0.003 0.012 0.137 0.010 0.220 0.005 0.002 9 K 0.006 0.018 0.043 0.041 0.002 0.023 0.012 0.192 0.005 0.001 0.033 0.013 0.077 0.002 0.510 0.021 10 G 0.014 0.015 0.046 0.019 0.007 0.045 0.019 0.003 0.227 0.198 0.052 0.046 0.088 0.007 0.003 0.211 11 E 0.652 0.054 0.032 0.030 0.007 0.020 0.008 0.011 0.004 0.001 0.055 0.033 0.068 0.008 0.012 0.007 12 H 0.013 0.280 0.379 0.128 0.001 0.015 0.006 0.010 0.028 0.003 0.007 0.039 0.029 0.002 0.012 0.048 13 R 0.087 0.023 0.446 0.333 0.002 0.034 0.008 0.003 0.009 0.002 0.007 0.004 0.019 0.001 0.003 0.018 14 T 0.022 0.075 0.309 0.565 0.001 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 15 M 0.005 0.011 0.044 0.918 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.002 0.023 0.035 0.934 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 F 0.001 0.002 0.009 0.977 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.008 0.019 0.953 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.005 0.003 0.928 0.011 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.032 0.009 0.694 0.062 0.152 0.003 0.012 0.002 0.001 0.015 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 21 K 0.004 0.098 0.012 0.562 0.035 0.119 0.005 0.054 0.007 0.006 0.051 0.021 0.019 0.001 0.003 0.004 22 E 0.017 0.074 0.044 0.251 0.029 0.327 0.008 0.033 0.026 0.012 0.041 0.043 0.066 0.003 0.010 0.015 23 R 0.032 0.313 0.202 0.236 0.002 0.022 0.002 0.016 0.008 0.008 0.052 0.033 0.041 0.001 0.007 0.025 24 S 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.043 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.004 0.035 0.002 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.015 0.001 0.004 0.001 27 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.007 28 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.986 0.001 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 31 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.001 0.002 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.009 0.003 0.005 33 D 0.002 0.002 0.006 0.002 0.005 0.003 0.037 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.639 0.252 0.023 0.023 34 N 0.007 0.010 0.016 0.003 0.001 0.003 0.024 0.011 0.003 0.001 0.014 0.006 0.352 0.163 0.211 0.177 35 R 0.024 0.038 0.097 0.015 0.001 0.003 0.012 0.004 0.023 0.002 0.003 0.009 0.072 0.009 0.110 0.581 36 R 0.245 0.026 0.456 0.037 0.001 0.015 0.010 0.001 0.006 0.001 0.003 0.004 0.043 0.002 0.008 0.144 37 T 0.135 0.085 0.517 0.172 0.001 0.045 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.023 0.001 0.001 0.008 38 A 0.010 0.016 0.145 0.745 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 39 A 0.001 0.018 0.086 0.852 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 40 Y 0.001 0.004 0.009 0.832 0.101 0.033 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 41 F 0.001 0.012 0.012 0.353 0.047 0.370 0.007 0.064 0.003 0.004 0.063 0.019 0.039 0.003 0.003 0.001 42 H 0.004 0.098 0.006 0.153 0.008 0.126 0.004 0.046 0.035 0.029 0.175 0.143 0.159 0.002 0.010 0.003 43 E 0.021 0.062 0.013 0.171 0.007 0.039 0.006 0.009 0.032 0.006 0.137 0.140 0.325 0.005 0.005 0.022 44 L 0.041 0.031 0.252 0.116 0.005 0.023 0.011 0.009 0.005 0.002 0.020 0.089 0.338 0.007 0.018 0.033 45 L 0.009 0.011 0.130 0.052 0.047 0.071 0.206 0.003 0.002 0.004 0.027 0.019 0.239 0.138 0.008 0.036 46 I 0.012 0.100 0.124 0.156 0.003 0.030 0.011 0.114 0.001 0.001 0.030 0.020 0.186 0.002 0.186 0.024 47 G 0.010 0.031 0.042 0.113 0.006 0.163 0.013 0.003 0.049 0.134 0.043 0.048 0.215 0.004 0.002 0.124 48 R 0.053 0.005 0.007 0.005 0.004 0.208 0.003 0.002 0.001 0.001 0.218 0.076 0.412 0.003 0.001 0.002 49 E 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.546 0.191 0.229 0.002 0.001 0.001 50 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.563 0.382 0.001 0.004 0.002 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.952 0.001 0.001 0.004 52 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.979 0.001 0.003 0.002 53 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 54 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 55 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 0.910 0.002 0.002 0.002 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 57 E 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.030 0.004 0.008 58 K 0.002 0.006 0.018 0.020 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.730 0.014 0.061 0.131 59 C 0.012 0.006 0.317 0.030 0.001 0.003 0.034 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.192 0.041 0.007 0.347 60 V 0.108 0.023 0.526 0.195 0.001 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.001 0.031 0.027 61 K 0.008 0.022 0.200 0.413 0.005 0.198 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.054 0.001 0.001 0.082 62 I 0.015 0.012 0.027 0.189 0.051 0.555 0.006 0.004 0.001 0.001 0.091 0.005 0.037 0.006 0.001 0.001 63 E 0.001 0.675 0.011 0.219 0.002 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 0.008 0.044 0.009 0.001 0.002 0.001 64 E 0.007 0.025 0.051 0.640 0.008 0.067 0.011 0.002 0.033 0.003 0.017 0.022 0.067 0.002 0.005 0.039 65 V 0.024 0.049 0.673 0.176 0.003 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.008 0.027 0.001 0.002 0.010 66 S 0.007 0.012 0.017 0.053 0.039 0.810 0.012 0.002 0.002 0.003 0.006 0.007 0.024 0.003 0.001 0.002 67 R 0.008 0.094 0.028 0.075 0.046 0.014 0.010 0.034 0.001 0.001 0.645 0.007 0.015 0.012 0.004 0.005 68 N 0.007 0.078 0.010 0.025 0.013 0.170 0.009 0.057 0.024 0.015 0.013 0.483 0.017 0.006 0.068 0.007 69 E 0.017 0.036 0.064 0.008 0.045 0.007 0.240 0.008 0.034 0.006 0.191 0.008 0.050 0.165 0.018 0.103 70 Q 0.094 0.130 0.077 0.054 0.001 0.004 0.002 0.190 0.011 0.001 0.003 0.031 0.007 0.001 0.377 0.017 71 G 0.009 0.012 0.620 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 72 V 0.616 0.004 0.138 0.236 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 T 0.001 0.023 0.351 0.612 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.001 0.002 0.003 0.989 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.001 0.007 0.007 0.961 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.006 0.005 0.689 0.132 0.152 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 T 0.001 0.262 0.021 0.580 0.009 0.038 0.001 0.064 0.003 0.002 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 78 N 0.004 0.011 0.003 0.040 0.014 0.862 0.001 0.003 0.013 0.023 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.017 0.032 0.009 0.018 0.007 0.035 0.001 0.010 0.001 0.001 0.836 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 80 T 0.003 0.174 0.009 0.031 0.001 0.031 0.001 0.011 0.006 0.003 0.020 0.682 0.016 0.001 0.011 0.002 81 D 0.013 0.063 0.224 0.125 0.002 0.025 0.021 0.001 0.016 0.002 0.059 0.049 0.288 0.006 0.007 0.099 82 L 0.103 0.031 0.331 0.219 0.001 0.029 0.007 0.004 0.002 0.001 0.019 0.040 0.184 0.003 0.010 0.017 83 V 0.006 0.024 0.372 0.297 0.002 0.044 0.012 0.001 0.002 0.001 0.009 0.022 0.182 0.005 0.003 0.017 84 L 0.005 0.011 0.040 0.703 0.006 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.176 0.001 0.003 0.006 85 K 0.002 0.028 0.047 0.651 0.033 0.048 0.008 0.006 0.004 0.002 0.011 0.010 0.123 0.007 0.002 0.020 86 L 0.009 0.024 0.039 0.408 0.106 0.115 0.032 0.029 0.004 0.006 0.038 0.016 0.130 0.030 0.007 0.008 87 K 0.005 0.106 0.048 0.121 0.023 0.221 0.014 0.089 0.011 0.008 0.080 0.050 0.161 0.010 0.035 0.018 88 K 0.031 0.076 0.030 0.134 0.009 0.067 0.011 0.021 0.045 0.018 0.261 0.072 0.145 0.007 0.015 0.059 89 T 0.100 0.053 0.092 0.034 0.010 0.094 0.023 0.006 0.011 0.006 0.081 0.247 0.191 0.012 0.014 0.026 90 A 0.027 0.067 0.149 0.041 0.021 0.044 0.062 0.011 0.004 0.002 0.149 0.090 0.241 0.028 0.024 0.040 91 H 0.017 0.079 0.116 0.064 0.010 0.078 0.061 0.030 0.010 0.004 0.045 0.154 0.199 0.025 0.063 0.043 92 D 0.028 0.073 0.110 0.066 0.003 0.071 0.027 0.023 0.031 0.009 0.074 0.046 0.296 0.008 0.047 0.088 93 T 0.086 0.117 0.147 0.158 0.002 0.041 0.013 0.009 0.032 0.007 0.069 0.077 0.162 0.008 0.009 0.062 94 L 0.114 0.049 0.343 0.191 0.002 0.070 0.007 0.005 0.006 0.002 0.023 0.053 0.106 0.002 0.011 0.016 95 L 0.018 0.047 0.364 0.406 0.003 0.031 0.007 0.002 0.003 0.001 0.022 0.014 0.061 0.001 0.002 0.019 96 V 0.009 0.031 0.140 0.696 0.027 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.034 0.003 0.002 0.004 97 Y 0.004 0.045 0.090 0.623 0.038 0.098 0.011 0.015 0.002 0.001 0.009 0.008 0.039 0.004 0.004 0.011 98 F 0.006 0.024 0.032 0.272 0.027 0.442 0.011 0.032 0.012 0.008 0.054 0.015 0.048 0.006 0.004 0.006 99 R 0.011 0.458 0.023 0.319 0.003 0.035 0.001 0.033 0.024 0.004 0.030 0.024 0.020 0.002 0.007 0.006 100 D 0.021 0.116 0.084 0.694 0.001 0.009 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.027 101 M 0.023 0.004 0.768 0.199 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 T 0.003 0.009 0.200 0.771 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 103 L 0.001 0.008 0.019 0.955 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 K 0.001 0.001 0.001 0.043 0.867 0.082 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 P 0.001 0.013 0.002 0.085 0.008 0.166 0.001 0.480 0.002 0.001 0.238 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 106 H 0.002 0.209 0.002 0.034 0.004 0.009 0.001 0.004 0.457 0.043 0.033 0.196 0.001 0.001 0.001 0.004 107 T 0.655 0.048 0.059 0.105 0.002 0.041 0.004 0.012 0.010 0.003 0.014 0.027 0.009 0.001 0.008 0.003 108 R 0.006 0.208 0.678 0.082 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 109 Y 0.036 0.011 0.106 0.833 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 T 0.003 0.012 0.420 0.561 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 V 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.001 0.003 0.008 0.925 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 I 0.001 0.003 0.002 0.958 0.009 0.017 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.001 0.020 0.004 0.839 0.026 0.081 0.001 0.007 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 115 F 0.013 0.037 0.004 0.548 0.094 0.198 0.001 0.019 0.006 0.007 0.057 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 116 K 0.002 0.104 0.012 0.091 0.588 0.050 0.025 0.023 0.005 0.007 0.033 0.023 0.003 0.031 0.001 0.001 117 Q 0.006 0.050 0.028 0.231 0.005 0.025 0.003 0.389 0.010 0.005 0.038 0.022 0.018 0.001 0.164 0.005 118 G 0.010 0.019 0.090 0.098 0.022 0.030 0.006 0.004 0.293 0.109 0.015 0.019 0.027 0.002 0.001 0.253 119 I 0.351 0.015 0.029 0.040 0.252 0.031 0.095 0.006 0.003 0.003 0.050 0.016 0.029 0.072 0.003 0.004 120 K 0.004 0.136 0.093 0.044 0.078 0.043 0.044 0.395 0.006 0.005 0.016 0.024 0.017 0.023 0.067 0.005 121 G 0.017 0.066 0.052 0.260 0.005 0.019 0.006 0.072 0.251 0.042 0.037 0.011 0.014 0.002 0.040 0.107 122 G 0.482 0.016 0.101 0.146 0.002 0.017 0.004 0.003 0.081 0.038 0.023 0.034 0.021 0.001 0.003 0.028 123 D 0.111 0.088 0.361 0.346 0.012 0.025 0.003 0.002 0.005 0.001 0.006 0.011 0.012 0.001 0.001 0.014 124 V 0.013 0.015 0.097 0.707 0.024 0.100 0.007 0.008 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 125 N 0.003 0.183 0.098 0.642 0.003 0.021 0.002 0.020 0.005 0.002 0.005 0.006 0.006 0.001 0.002 0.002 126 F 0.004 0.008 0.012 0.938 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 127 E 0.015 0.016 0.299 0.598 0.022 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.002 128 V 0.003 0.006 0.022 0.344 0.286 0.299 0.009 0.008 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 129 T 0.001 0.330 0.019 0.316 0.008 0.100 0.003 0.157 0.004 0.003 0.019 0.019 0.009 0.001 0.010 0.001 130 N 0.008 0.122 0.014 0.563 0.004 0.042 0.002 0.007 0.148 0.017 0.028 0.012 0.011 0.001 0.002 0.020 131 F 0.188 0.020 0.391 0.354 0.002 0.010 0.001 0.002 0.005 0.001 0.007 0.009 0.006 0.001 0.001 0.006 132 I 0.015 0.014 0.431 0.459 0.021 0.038 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 133 V 0.001 0.039 0.043 0.902 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.001 0.009 0.016 0.589 0.141 0.214 0.005 0.006 0.002 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 135 P 0.012 0.057 0.015 0.192 0.075 0.376 0.002 0.109 0.004 0.002 0.137 0.007 0.007 0.001 0.002 0.001 136 D 0.004 0.102 0.005 0.037 0.260 0.083 0.038 0.024 0.051 0.020 0.210 0.117 0.005 0.040 0.002 0.002 137 K 0.026 0.077 0.039 0.043 0.004 0.012 0.004 0.297 0.006 0.003 0.054 0.051 0.016 0.001 0.361 0.005 138 G 0.005 0.066 0.129 0.039 0.001 0.002 0.002 0.001 0.205 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.530 139 L 0.796 0.006 0.101 0.074 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 140 K 0.002 0.094 0.768 0.129 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 141 Y 0.005 0.002 0.011 0.975 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 T 0.001 0.010 0.107 0.877 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 I 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 S 0.001 0.024 0.008 0.688 0.168 0.101 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 L 0.001 0.028 0.003 0.617 0.049 0.165 0.001 0.079 0.003 0.003 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001