# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.040 0.023 0.004 0.074 0.080 0.072 0.127 0.006 0.001 0.050 0.524 2 Q 0.120 0.021 0.003 0.072 0.062 0.082 0.095 0.009 0.001 0.076 0.461 3 T 0.051 0.033 0.001 0.082 0.053 0.070 0.109 0.005 0.001 0.034 0.561 4 D 0.027 0.032 0.001 0.139 0.050 0.102 0.143 0.003 0.001 0.039 0.463 5 Y 0.015 0.031 0.004 0.150 0.107 0.118 0.109 0.003 0.001 0.037 0.426 6 D 0.153 0.029 0.006 0.074 0.058 0.134 0.133 0.016 0.002 0.083 0.313 7 F 0.353 0.007 0.006 0.044 0.063 0.065 0.041 0.008 0.002 0.034 0.377 8 E 0.286 0.002 0.001 0.019 0.017 0.022 0.098 0.003 0.001 0.018 0.533 9 K 0.044 0.001 0.001 0.009 0.010 0.030 0.046 0.001 0.001 0.008 0.851 10 G 0.025 0.001 0.001 0.007 0.020 0.029 0.143 0.001 0.001 0.015 0.761 11 E 0.007 0.001 0.001 0.012 0.046 0.111 0.058 0.001 0.001 0.011 0.754 12 H 0.003 0.001 0.001 0.004 0.034 0.036 0.132 0.001 0.001 0.024 0.767 13 R 0.003 0.002 0.001 0.064 0.168 0.158 0.125 0.001 0.001 0.050 0.429 14 T 0.001 0.001 0.001 0.065 0.099 0.295 0.088 0.001 0.001 0.062 0.390 15 M 0.001 0.002 0.001 0.166 0.236 0.412 0.031 0.001 0.001 0.065 0.088 16 T 0.001 0.003 0.001 0.286 0.209 0.449 0.011 0.001 0.001 0.014 0.027 17 F 0.001 0.011 0.001 0.262 0.182 0.470 0.011 0.001 0.001 0.041 0.023 18 V 0.002 0.021 0.001 0.241 0.266 0.370 0.009 0.001 0.001 0.058 0.031 19 F 0.012 0.102 0.001 0.230 0.236 0.245 0.022 0.001 0.001 0.097 0.054 20 A 0.027 0.022 0.003 0.126 0.125 0.222 0.039 0.004 0.001 0.289 0.142 21 K 0.067 0.063 0.004 0.096 0.099 0.117 0.081 0.005 0.002 0.135 0.331 22 E 0.043 0.106 0.003 0.061 0.052 0.055 0.072 0.004 0.002 0.059 0.544 23 R 0.017 0.174 0.003 0.011 0.021 0.022 0.099 0.006 0.002 0.059 0.585 24 S 0.033 0.877 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.005 0.001 0.012 0.058 25 L 0.049 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.016 0.027 26 Q 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.022 27 G 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 28 I 0.007 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.013 0.011 29 R 0.014 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.024 0.019 30 E 0.052 0.245 0.012 0.003 0.004 0.004 0.017 0.009 0.008 0.537 0.110 31 A 0.058 0.221 0.105 0.006 0.004 0.004 0.043 0.009 0.061 0.295 0.194 32 L 0.366 0.133 0.036 0.005 0.002 0.004 0.040 0.011 0.027 0.079 0.296 33 D 0.109 0.015 0.005 0.004 0.003 0.004 0.059 0.007 0.004 0.109 0.681 34 N 0.021 0.043 0.003 0.009 0.005 0.006 0.178 0.002 0.002 0.070 0.661 35 R 0.016 0.077 0.004 0.031 0.012 0.018 0.183 0.002 0.001 0.098 0.558 36 R 0.009 0.091 0.004 0.067 0.031 0.035 0.142 0.003 0.001 0.156 0.459 37 T 0.009 0.132 0.004 0.167 0.049 0.109 0.093 0.004 0.001 0.144 0.288 38 A 0.006 0.148 0.005 0.328 0.092 0.091 0.039 0.002 0.001 0.115 0.172 39 A 0.009 0.134 0.006 0.336 0.093 0.136 0.032 0.004 0.002 0.140 0.109 40 Y 0.023 0.264 0.016 0.189 0.078 0.081 0.041 0.008 0.005 0.114 0.181 41 F 0.088 0.316 0.020 0.091 0.055 0.074 0.039 0.021 0.010 0.085 0.202 42 H 0.129 0.251 0.014 0.048 0.039 0.054 0.061 0.014 0.007 0.073 0.310 43 E 0.038 0.138 0.019 0.059 0.046 0.075 0.089 0.012 0.006 0.072 0.446 44 L 0.059 0.121 0.016 0.059 0.073 0.099 0.096 0.021 0.006 0.067 0.384 45 L 0.088 0.100 0.009 0.083 0.072 0.084 0.104 0.017 0.004 0.063 0.377 46 I 0.021 0.082 0.007 0.080 0.048 0.047 0.162 0.005 0.002 0.039 0.506 47 G 0.039 0.273 0.010 0.037 0.026 0.034 0.085 0.016 0.005 0.034 0.442 48 R 0.411 0.307 0.008 0.010 0.010 0.010 0.021 0.053 0.006 0.029 0.133 49 E 0.331 0.223 0.003 0.010 0.008 0.007 0.033 0.022 0.003 0.040 0.320 50 D 0.076 0.118 0.003 0.023 0.007 0.011 0.068 0.011 0.003 0.114 0.566 51 L 0.027 0.251 0.009 0.019 0.008 0.009 0.095 0.011 0.005 0.073 0.491 52 L 0.040 0.703 0.007 0.004 0.005 0.003 0.018 0.015 0.004 0.020 0.180 53 R 0.142 0.697 0.004 0.002 0.004 0.004 0.011 0.016 0.003 0.027 0.090 54 P 0.079 0.532 0.009 0.004 0.004 0.005 0.035 0.009 0.004 0.105 0.213 55 F 0.098 0.322 0.053 0.010 0.006 0.008 0.068 0.015 0.021 0.173 0.224 56 F 0.245 0.258 0.046 0.012 0.006 0.011 0.077 0.015 0.019 0.091 0.220 57 E 0.110 0.070 0.017 0.021 0.017 0.018 0.058 0.011 0.004 0.089 0.585 58 K 0.041 0.056 0.006 0.040 0.035 0.046 0.153 0.006 0.002 0.068 0.547 59 C 0.023 0.028 0.003 0.075 0.035 0.086 0.137 0.003 0.001 0.074 0.536 60 V 0.008 0.018 0.002 0.122 0.079 0.062 0.127 0.002 0.001 0.050 0.529 61 K 0.022 0.027 0.002 0.158 0.082 0.163 0.082 0.006 0.001 0.067 0.390 62 I 0.037 0.015 0.001 0.112 0.087 0.071 0.064 0.004 0.001 0.091 0.518 63 E 0.029 0.020 0.002 0.208 0.084 0.098 0.076 0.003 0.001 0.069 0.411 64 E 0.028 0.014 0.001 0.084 0.039 0.084 0.072 0.003 0.001 0.066 0.608 65 V 0.075 0.014 0.003 0.058 0.065 0.086 0.085 0.005 0.002 0.066 0.541 66 S 0.122 0.013 0.002 0.025 0.031 0.057 0.104 0.003 0.001 0.048 0.593 67 R 0.082 0.004 0.002 0.014 0.019 0.032 0.082 0.002 0.001 0.032 0.730 68 N 0.104 0.004 0.001 0.011 0.024 0.040 0.127 0.002 0.001 0.031 0.657 69 E 0.021 0.001 0.001 0.009 0.018 0.045 0.133 0.001 0.001 0.034 0.739 70 Q 0.005 0.001 0.001 0.031 0.075 0.101 0.188 0.001 0.001 0.029 0.569 71 G 0.003 0.001 0.001 0.053 0.100 0.338 0.071 0.001 0.001 0.034 0.400 72 V 0.002 0.001 0.001 0.081 0.271 0.267 0.066 0.001 0.001 0.037 0.275 73 T 0.001 0.001 0.001 0.201 0.184 0.381 0.047 0.001 0.001 0.080 0.104 74 L 0.001 0.001 0.001 0.252 0.245 0.274 0.035 0.001 0.001 0.058 0.133 75 S 0.015 0.006 0.001 0.273 0.182 0.271 0.034 0.001 0.001 0.051 0.168 76 I 0.033 0.012 0.001 0.166 0.123 0.195 0.061 0.001 0.001 0.101 0.307 77 T 0.011 0.020 0.002 0.087 0.064 0.084 0.145 0.001 0.001 0.066 0.519 78 N 0.123 0.173 0.003 0.041 0.036 0.070 0.066 0.007 0.001 0.067 0.412 79 V 0.103 0.141 0.002 0.019 0.027 0.025 0.084 0.007 0.001 0.071 0.520 80 T 0.017 0.209 0.003 0.027 0.042 0.053 0.111 0.002 0.001 0.093 0.442 81 D 0.021 0.315 0.003 0.029 0.035 0.075 0.073 0.004 0.001 0.125 0.320 82 L 0.027 0.358 0.009 0.045 0.111 0.092 0.057 0.007 0.002 0.106 0.187 83 V 0.033 0.236 0.008 0.049 0.095 0.159 0.050 0.006 0.003 0.093 0.267 84 L 0.042 0.164 0.008 0.056 0.124 0.144 0.047 0.007 0.003 0.102 0.303 85 K 0.051 0.038 0.006 0.053 0.082 0.101 0.093 0.008 0.004 0.220 0.344 86 L 0.078 0.072 0.014 0.053 0.059 0.062 0.103 0.008 0.006 0.128 0.417 87 K 0.132 0.058 0.005 0.034 0.030 0.044 0.107 0.011 0.003 0.055 0.521 88 K 0.094 0.065 0.005 0.028 0.036 0.046 0.070 0.009 0.002 0.045 0.598 89 T 0.094 0.029 0.005 0.027 0.031 0.052 0.134 0.008 0.003 0.094 0.524 90 A 0.080 0.025 0.009 0.023 0.027 0.044 0.134 0.007 0.003 0.075 0.572 91 H 0.113 0.018 0.004 0.020 0.024 0.022 0.100 0.006 0.002 0.038 0.653 92 D 0.103 0.018 0.002 0.028 0.040 0.071 0.109 0.006 0.001 0.044 0.580 93 T 0.010 0.007 0.001 0.023 0.049 0.069 0.114 0.001 0.001 0.032 0.693 94 L 0.011 0.014 0.002 0.109 0.127 0.213 0.128 0.002 0.001 0.042 0.354 95 L 0.008 0.008 0.002 0.138 0.150 0.247 0.098 0.001 0.001 0.049 0.299 96 V 0.010 0.014 0.003 0.103 0.178 0.198 0.108 0.002 0.001 0.040 0.343 97 Y 0.081 0.044 0.003 0.147 0.127 0.166 0.067 0.006 0.001 0.056 0.304 98 F 0.090 0.016 0.002 0.122 0.100 0.116 0.071 0.005 0.001 0.128 0.349 99 R 0.023 0.016 0.002 0.116 0.087 0.144 0.130 0.003 0.001 0.055 0.423 100 D 0.022 0.007 0.001 0.136 0.082 0.220 0.070 0.003 0.001 0.045 0.413 101 M 0.010 0.003 0.001 0.181 0.206 0.231 0.056 0.002 0.001 0.030 0.280 102 T 0.005 0.003 0.001 0.109 0.124 0.213 0.101 0.001 0.001 0.023 0.420 103 L 0.021 0.007 0.002 0.066 0.109 0.076 0.097 0.003 0.001 0.040 0.579 104 K 0.240 0.007 0.004 0.056 0.064 0.078 0.122 0.007 0.002 0.100 0.320 105 P 0.049 0.007 0.001 0.017 0.021 0.028 0.090 0.001 0.001 0.027 0.759 106 H 0.041 0.007 0.001 0.034 0.031 0.070 0.138 0.002 0.001 0.049 0.627 107 T 0.015 0.006 0.001 0.061 0.093 0.228 0.122 0.001 0.001 0.040 0.433 108 R 0.005 0.003 0.001 0.066 0.126 0.257 0.086 0.001 0.001 0.041 0.415 109 Y 0.002 0.003 0.001 0.110 0.311 0.351 0.050 0.001 0.001 0.034 0.139 110 T 0.001 0.002 0.001 0.150 0.277 0.345 0.044 0.001 0.001 0.037 0.144 111 V 0.001 0.002 0.001 0.195 0.281 0.396 0.022 0.001 0.001 0.024 0.079 112 R 0.005 0.004 0.001 0.162 0.246 0.416 0.027 0.001 0.001 0.029 0.111 113 I 0.012 0.015 0.001 0.176 0.279 0.271 0.033 0.001 0.001 0.035 0.176 114 G 0.030 0.019 0.003 0.132 0.135 0.231 0.084 0.003 0.001 0.045 0.316 115 F 0.144 0.054 0.003 0.046 0.063 0.119 0.087 0.008 0.001 0.041 0.435 116 K 0.195 0.019 0.002 0.039 0.048 0.066 0.075 0.006 0.001 0.052 0.497 117 Q 0.027 0.012 0.005 0.034 0.044 0.057 0.139 0.002 0.001 0.031 0.648 118 G 0.058 0.012 0.002 0.017 0.027 0.074 0.105 0.005 0.001 0.029 0.671 119 I 0.176 0.009 0.002 0.015 0.036 0.039 0.106 0.006 0.001 0.049 0.560 120 K 0.051 0.010 0.001 0.039 0.058 0.067 0.123 0.001 0.001 0.030 0.620 121 G 0.007 0.006 0.001 0.022 0.028 0.063 0.110 0.001 0.001 0.030 0.733 122 G 0.011 0.021 0.001 0.060 0.121 0.137 0.139 0.001 0.001 0.064 0.445 123 D 0.018 0.029 0.001 0.071 0.100 0.206 0.079 0.002 0.001 0.089 0.405 124 V 0.018 0.069 0.001 0.097 0.197 0.166 0.046 0.002 0.001 0.060 0.345 125 N 0.007 0.014 0.001 0.106 0.110 0.211 0.068 0.001 0.001 0.278 0.205 126 F 0.004 0.038 0.009 0.158 0.180 0.156 0.068 0.001 0.001 0.177 0.207 127 E 0.046 0.049 0.006 0.137 0.131 0.264 0.062 0.005 0.002 0.108 0.190 128 V 0.048 0.039 0.005 0.070 0.145 0.167 0.057 0.005 0.001 0.072 0.391 129 T 0.015 0.021 0.002 0.118 0.150 0.236 0.097 0.002 0.001 0.052 0.306 130 N 0.014 0.010 0.001 0.121 0.108 0.453 0.062 0.002 0.001 0.053 0.173 131 F 0.005 0.005 0.002 0.209 0.230 0.183 0.071 0.002 0.001 0.034 0.258 132 I 0.003 0.002 0.001 0.187 0.197 0.381 0.054 0.001 0.001 0.027 0.147 133 V 0.010 0.005 0.002 0.155 0.136 0.128 0.094 0.001 0.001 0.046 0.422 134 A 0.076 0.003 0.006 0.154 0.160 0.185 0.081 0.005 0.002 0.078 0.250 135 P 0.148 0.004 0.001 0.031 0.027 0.038 0.124 0.003 0.001 0.030 0.593 136 D 0.260 0.004 0.001 0.031 0.021 0.044 0.081 0.004 0.001 0.035 0.519 137 K 0.020 0.001 0.001 0.018 0.025 0.039 0.133 0.001 0.001 0.015 0.748 138 G 0.013 0.002 0.001 0.036 0.038 0.138 0.086 0.001 0.001 0.025 0.661 139 L 0.006 0.001 0.001 0.026 0.154 0.182 0.111 0.001 0.001 0.023 0.498 140 K 0.002 0.001 0.001 0.057 0.206 0.229 0.081 0.001 0.001 0.051 0.373 141 Y 0.002 0.001 0.001 0.108 0.225 0.352 0.052 0.001 0.001 0.042 0.219 142 T 0.002 0.001 0.001 0.115 0.225 0.321 0.051 0.001 0.001 0.045 0.240 143 I 0.006 0.002 0.001 0.162 0.215 0.319 0.040 0.001 0.001 0.033 0.222 144 S 0.014 0.005 0.001 0.141 0.129 0.259 0.069 0.001 0.001 0.042 0.340 145 L 0.021 0.016 0.001 0.075 0.091 0.131 0.092 0.001 0.001 0.042 0.530