# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.070 0.032 0.065 0.055 0.086 0.094 0.053 0.545 2 Q 0.058 0.041 0.102 0.075 0.106 0.098 0.116 0.404 3 T 0.053 0.030 0.069 0.046 0.101 0.110 0.061 0.530 4 D 0.064 0.024 0.046 0.057 0.079 0.121 0.062 0.547 5 Y 0.046 0.020 0.045 0.054 0.121 0.102 0.041 0.573 6 D 0.120 0.032 0.034 0.058 0.078 0.090 0.144 0.444 7 F 0.259 0.005 0.008 0.037 0.033 0.079 0.060 0.518 8 E 0.177 0.008 0.018 0.023 0.049 0.078 0.036 0.610 9 K 0.055 0.002 0.008 0.017 0.035 0.074 0.009 0.800 10 G 0.048 0.003 0.009 0.028 0.065 0.123 0.034 0.689 11 E 0.007 0.004 0.033 0.094 0.121 0.164 0.056 0.520 12 H 0.006 0.002 0.014 0.026 0.049 0.131 0.027 0.745 13 R 0.016 0.049 0.093 0.232 0.164 0.106 0.182 0.159 14 T 0.008 0.010 0.027 0.042 0.073 0.129 0.032 0.679 15 M 0.001 0.043 0.204 0.253 0.276 0.034 0.133 0.055 16 T 0.004 0.068 0.229 0.158 0.345 0.029 0.075 0.092 17 F 0.002 0.055 0.145 0.483 0.190 0.014 0.080 0.031 18 V 0.003 0.075 0.121 0.402 0.296 0.011 0.061 0.031 19 F 0.016 0.084 0.147 0.342 0.274 0.020 0.058 0.059 20 A 0.036 0.081 0.186 0.125 0.150 0.049 0.177 0.195 21 K 0.110 0.147 0.061 0.102 0.094 0.079 0.100 0.307 22 E 0.056 0.148 0.033 0.022 0.043 0.098 0.057 0.543 23 R 0.007 0.199 0.036 0.007 0.011 0.064 0.028 0.647 24 S 0.048 0.867 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 0.020 25 L 0.035 0.741 0.002 0.001 0.001 0.007 0.181 0.034 26 Q 0.003 0.885 0.002 0.001 0.001 0.004 0.072 0.034 27 G 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 28 I 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 29 R 0.003 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.004 30 E 0.024 0.449 0.007 0.003 0.003 0.011 0.460 0.043 31 A 0.028 0.210 0.058 0.009 0.006 0.035 0.592 0.063 32 L 0.270 0.161 0.034 0.003 0.003 0.062 0.255 0.213 33 D 0.175 0.043 0.016 0.001 0.001 0.097 0.230 0.438 34 N 0.008 0.095 0.026 0.002 0.002 0.175 0.037 0.655 35 R 0.008 0.081 0.025 0.002 0.004 0.163 0.023 0.695 36 R 0.005 0.329 0.065 0.024 0.013 0.135 0.087 0.342 37 T 0.007 0.688 0.081 0.014 0.026 0.023 0.082 0.079 38 A 0.004 0.394 0.281 0.036 0.059 0.017 0.163 0.047 39 A 0.001 0.128 0.566 0.080 0.037 0.008 0.162 0.018 40 Y 0.029 0.366 0.245 0.066 0.108 0.017 0.082 0.088 41 F 0.145 0.569 0.091 0.028 0.024 0.018 0.072 0.054 42 H 0.128 0.435 0.045 0.016 0.015 0.049 0.115 0.198 43 E 0.096 0.293 0.026 0.008 0.017 0.065 0.144 0.353 44 L 0.075 0.275 0.038 0.019 0.023 0.073 0.109 0.387 45 L 0.092 0.364 0.027 0.014 0.031 0.065 0.062 0.344 46 I 0.036 0.391 0.022 0.015 0.016 0.063 0.054 0.402 47 G 0.069 0.580 0.020 0.010 0.012 0.037 0.088 0.182 48 R 0.189 0.562 0.012 0.006 0.005 0.025 0.108 0.094 49 E 0.238 0.463 0.007 0.004 0.004 0.028 0.044 0.214 50 D 0.366 0.095 0.008 0.003 0.005 0.058 0.087 0.378 51 L 0.019 0.360 0.019 0.005 0.010 0.100 0.050 0.437 52 L 0.023 0.579 0.013 0.002 0.006 0.054 0.031 0.293 53 R 0.107 0.753 0.001 0.004 0.001 0.014 0.063 0.057 54 P 0.063 0.513 0.006 0.005 0.004 0.040 0.062 0.308 55 F 0.139 0.468 0.033 0.003 0.010 0.035 0.057 0.255 56 F 0.225 0.299 0.036 0.009 0.007 0.046 0.182 0.196 57 E 0.055 0.083 0.040 0.017 0.024 0.100 0.106 0.574 58 K 0.035 0.140 0.064 0.022 0.089 0.081 0.068 0.500 59 C 0.022 0.054 0.129 0.053 0.124 0.103 0.088 0.427 60 V 0.009 0.064 0.243 0.157 0.129 0.087 0.075 0.235 61 K 0.057 0.129 0.119 0.078 0.163 0.069 0.064 0.321 62 I 0.057 0.037 0.079 0.124 0.079 0.080 0.189 0.354 63 E 0.030 0.066 0.127 0.126 0.144 0.082 0.094 0.331 64 E 0.102 0.046 0.052 0.043 0.100 0.077 0.090 0.492 65 V 0.085 0.025 0.041 0.095 0.056 0.093 0.113 0.493 66 S 0.132 0.018 0.018 0.037 0.069 0.086 0.057 0.583 67 R 0.040 0.003 0.020 0.030 0.029 0.082 0.031 0.766 68 N 0.243 0.004 0.012 0.019 0.028 0.059 0.035 0.601 69 E 0.057 0.001 0.011 0.010 0.017 0.090 0.033 0.781 70 Q 0.003 0.001 0.091 0.024 0.058 0.157 0.031 0.635 71 G 0.006 0.002 0.081 0.065 0.140 0.146 0.048 0.512 72 V 0.002 0.001 0.130 0.183 0.157 0.090 0.021 0.415 73 T 0.002 0.001 0.418 0.134 0.200 0.049 0.032 0.163 74 L 0.001 0.002 0.474 0.184 0.154 0.025 0.059 0.101 75 S 0.007 0.003 0.597 0.108 0.125 0.026 0.032 0.100 76 I 0.053 0.011 0.253 0.209 0.153 0.061 0.104 0.157 77 T 0.020 0.011 0.217 0.070 0.122 0.096 0.074 0.391 78 N 0.128 0.074 0.082 0.038 0.080 0.110 0.079 0.409 79 V 0.089 0.083 0.032 0.031 0.031 0.136 0.097 0.501 80 T 0.027 0.187 0.039 0.045 0.063 0.101 0.087 0.450 81 D 0.054 0.258 0.048 0.042 0.098 0.061 0.173 0.266 82 L 0.033 0.238 0.097 0.115 0.177 0.054 0.128 0.158 83 V 0.032 0.148 0.084 0.137 0.210 0.059 0.113 0.217 84 L 0.032 0.117 0.066 0.150 0.312 0.049 0.096 0.179 85 K 0.048 0.045 0.079 0.118 0.188 0.081 0.174 0.268 86 L 0.091 0.076 0.051 0.130 0.114 0.090 0.132 0.315 87 K 0.188 0.069 0.026 0.029 0.056 0.092 0.071 0.470 88 K 0.061 0.029 0.016 0.034 0.032 0.099 0.040 0.689 89 T 0.094 0.013 0.019 0.022 0.039 0.116 0.121 0.576 90 A 0.062 0.014 0.030 0.028 0.035 0.128 0.071 0.633 91 H 0.130 0.008 0.018 0.011 0.024 0.110 0.044 0.655 92 D 0.051 0.013 0.016 0.023 0.025 0.150 0.033 0.690 93 T 0.015 0.007 0.015 0.019 0.051 0.136 0.031 0.726 94 L 0.011 0.016 0.084 0.124 0.233 0.082 0.076 0.373 95 L 0.007 0.006 0.139 0.185 0.322 0.051 0.058 0.231 96 V 0.004 0.002 0.215 0.282 0.264 0.042 0.033 0.158 97 Y 0.053 0.004 0.095 0.181 0.383 0.042 0.042 0.201 98 F 0.125 0.002 0.058 0.120 0.143 0.076 0.067 0.409 99 R 0.039 0.005 0.069 0.109 0.175 0.099 0.057 0.448 100 D 0.022 0.002 0.029 0.044 0.135 0.093 0.028 0.647 101 M 0.009 0.002 0.052 0.249 0.284 0.082 0.025 0.296 102 T 0.007 0.001 0.030 0.135 0.205 0.101 0.020 0.500 103 L 0.011 0.001 0.032 0.162 0.186 0.076 0.037 0.494 104 K 0.104 0.007 0.054 0.155 0.190 0.085 0.131 0.273 105 P 0.093 0.003 0.012 0.034 0.046 0.087 0.026 0.700 106 H 0.052 0.005 0.024 0.048 0.110 0.124 0.071 0.566 107 T 0.020 0.007 0.045 0.109 0.241 0.127 0.065 0.386 108 R 0.006 0.003 0.028 0.096 0.218 0.111 0.039 0.499 109 Y 0.002 0.005 0.085 0.278 0.451 0.044 0.044 0.091 110 T 0.002 0.004 0.099 0.301 0.398 0.037 0.033 0.126 111 V 0.002 0.004 0.111 0.439 0.285 0.027 0.046 0.084 112 R 0.007 0.010 0.126 0.321 0.334 0.030 0.041 0.130 113 I 0.012 0.012 0.123 0.358 0.247 0.040 0.055 0.153 114 G 0.026 0.017 0.092 0.171 0.196 0.071 0.065 0.361 115 F 0.187 0.036 0.044 0.103 0.106 0.063 0.062 0.398 116 K 0.218 0.024 0.014 0.042 0.044 0.060 0.043 0.554 117 Q 0.051 0.008 0.030 0.027 0.044 0.070 0.026 0.743 118 G 0.113 0.005 0.009 0.023 0.023 0.058 0.018 0.750 119 I 0.256 0.004 0.014 0.016 0.026 0.066 0.033 0.585 120 K 0.033 0.004 0.019 0.015 0.028 0.072 0.018 0.812 121 G 0.019 0.002 0.014 0.011 0.026 0.116 0.049 0.762 122 G 0.010 0.006 0.042 0.100 0.056 0.142 0.040 0.603 123 D 0.088 0.022 0.073 0.048 0.108 0.098 0.043 0.521 124 V 0.048 0.049 0.123 0.078 0.125 0.079 0.064 0.434 125 N 0.007 0.013 0.174 0.065 0.132 0.094 0.120 0.396 126 F 0.003 0.011 0.306 0.243 0.184 0.034 0.137 0.082 127 E 0.029 0.028 0.265 0.183 0.221 0.037 0.088 0.149 128 V 0.093 0.038 0.224 0.164 0.158 0.059 0.071 0.193 129 T 0.025 0.021 0.129 0.086 0.190 0.102 0.076 0.371 130 N 0.007 0.012 0.217 0.118 0.300 0.069 0.065 0.212 131 F 0.006 0.006 0.134 0.130 0.276 0.069 0.042 0.337 132 I 0.003 0.006 0.260 0.301 0.218 0.045 0.045 0.123 133 V 0.014 0.003 0.130 0.120 0.302 0.069 0.047 0.315 134 A 0.031 0.001 0.231 0.108 0.139 0.092 0.116 0.281 135 P 0.093 0.002 0.027 0.027 0.028 0.099 0.036 0.688 136 D 0.203 0.003 0.012 0.008 0.018 0.095 0.035 0.626 137 K 0.022 0.003 0.020 0.021 0.036 0.113 0.024 0.760 138 G 0.013 0.002 0.019 0.030 0.073 0.119 0.037 0.707 139 L 0.006 0.002 0.059 0.174 0.203 0.095 0.043 0.418 140 K 0.004 0.002 0.123 0.168 0.307 0.059 0.039 0.298 141 Y 0.002 0.002 0.140 0.273 0.345 0.039 0.044 0.155 142 T 0.005 0.001 0.133 0.245 0.273 0.051 0.029 0.264 143 I 0.013 0.002 0.182 0.251 0.294 0.044 0.048 0.165 144 S 0.036 0.007 0.166 0.137 0.202 0.067 0.057 0.328 145 L 0.065 0.009 0.090 0.092 0.127 0.100 0.064 0.452