# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.145 0.066 0.036 0.069 0.068 0.075 0.139 0.120 0.122 0.095 0.064 2 Q 0.128 0.151 0.070 0.188 0.147 0.094 0.082 0.054 0.042 0.027 0.016 3 T 0.064 0.040 0.029 0.060 0.075 0.099 0.174 0.148 0.141 0.105 0.066 4 D 0.120 0.152 0.076 0.224 0.154 0.089 0.077 0.046 0.030 0.020 0.010 5 Y 0.032 0.014 0.016 0.035 0.050 0.095 0.195 0.170 0.179 0.141 0.073 6 D 0.113 0.386 0.104 0.220 0.088 0.039 0.025 0.011 0.008 0.005 0.002 7 F 0.033 0.019 0.016 0.049 0.079 0.093 0.183 0.165 0.147 0.116 0.100 8 E 0.608 0.231 0.052 0.062 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 9 K 0.130 0.228 0.059 0.223 0.132 0.089 0.071 0.033 0.019 0.010 0.005 10 G 0.377 0.116 0.030 0.060 0.057 0.055 0.078 0.069 0.062 0.056 0.041 11 E 0.344 0.258 0.056 0.184 0.077 0.039 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 12 H 0.027 0.029 0.040 0.051 0.061 0.095 0.146 0.131 0.162 0.145 0.112 13 R 0.012 0.040 0.040 0.129 0.150 0.175 0.196 0.105 0.081 0.044 0.028 14 T 0.043 0.075 0.092 0.163 0.132 0.118 0.153 0.092 0.071 0.038 0.021 15 M 0.004 0.006 0.015 0.021 0.030 0.043 0.111 0.140 0.224 0.226 0.179 16 T 0.002 0.011 0.011 0.043 0.061 0.064 0.136 0.194 0.188 0.176 0.114 17 F 0.001 0.002 0.005 0.009 0.015 0.026 0.063 0.142 0.217 0.270 0.251 18 V 0.004 0.004 0.019 0.032 0.072 0.061 0.172 0.272 0.150 0.109 0.106 19 F 0.001 0.002 0.015 0.017 0.025 0.018 0.059 0.148 0.217 0.259 0.239 20 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.036 0.101 0.115 0.276 0.257 0.187 21 K 0.014 0.035 0.116 0.173 0.170 0.151 0.186 0.063 0.054 0.026 0.012 22 E 0.013 0.035 0.215 0.158 0.140 0.142 0.151 0.066 0.039 0.028 0.012 23 R 0.032 0.053 0.067 0.091 0.097 0.179 0.226 0.101 0.077 0.054 0.023 24 S 0.094 0.243 0.097 0.114 0.073 0.069 0.115 0.070 0.058 0.042 0.026 25 L 0.090 0.077 0.095 0.149 0.160 0.153 0.140 0.062 0.038 0.021 0.015 26 Q 0.581 0.174 0.126 0.076 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 27 G 0.033 0.040 0.043 0.109 0.128 0.127 0.208 0.139 0.091 0.050 0.033 28 I 0.004 0.007 0.009 0.015 0.026 0.041 0.101 0.143 0.222 0.237 0.195 29 R 0.015 0.043 0.157 0.212 0.195 0.154 0.114 0.053 0.031 0.018 0.007 30 E 0.010 0.019 0.192 0.119 0.122 0.144 0.161 0.114 0.059 0.042 0.020 31 A 0.004 0.005 0.018 0.027 0.039 0.078 0.176 0.191 0.197 0.167 0.098 32 L 0.006 0.010 0.025 0.030 0.043 0.067 0.193 0.176 0.202 0.163 0.085 33 D 0.032 0.073 0.236 0.212 0.153 0.106 0.090 0.039 0.031 0.018 0.009 34 N 0.126 0.102 0.186 0.179 0.132 0.091 0.099 0.043 0.023 0.013 0.007 35 R 0.080 0.084 0.080 0.135 0.124 0.118 0.162 0.097 0.062 0.038 0.020 36 R 0.009 0.015 0.022 0.043 0.064 0.102 0.181 0.177 0.166 0.138 0.083 37 T 0.016 0.043 0.089 0.121 0.121 0.112 0.149 0.122 0.104 0.077 0.045 38 A 0.006 0.008 0.027 0.034 0.052 0.083 0.163 0.148 0.184 0.159 0.136 39 A 0.007 0.006 0.021 0.026 0.040 0.056 0.122 0.150 0.197 0.198 0.176 40 Y 0.005 0.009 0.022 0.045 0.068 0.094 0.184 0.165 0.177 0.145 0.086 41 F 0.002 0.004 0.012 0.020 0.032 0.049 0.123 0.151 0.218 0.212 0.176 42 H 0.029 0.050 0.073 0.159 0.159 0.142 0.168 0.085 0.073 0.041 0.021 43 E 0.068 0.094 0.123 0.209 0.148 0.112 0.113 0.059 0.039 0.023 0.012 44 L 0.019 0.024 0.027 0.063 0.083 0.145 0.206 0.141 0.127 0.103 0.062 45 L 0.020 0.028 0.025 0.041 0.048 0.083 0.157 0.130 0.173 0.172 0.124 46 I 0.025 0.021 0.037 0.061 0.086 0.109 0.177 0.144 0.142 0.112 0.087 47 G 0.076 0.130 0.100 0.118 0.097 0.084 0.117 0.082 0.083 0.072 0.041 48 R 0.033 0.092 0.048 0.167 0.161 0.146 0.173 0.085 0.053 0.029 0.013 49 E 0.496 0.130 0.071 0.117 0.069 0.050 0.037 0.016 0.008 0.004 0.002 50 D 0.212 0.133 0.138 0.220 0.123 0.078 0.058 0.023 0.009 0.004 0.002 51 L 0.016 0.034 0.032 0.076 0.098 0.123 0.188 0.158 0.131 0.098 0.045 52 L 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.046 0.140 0.126 0.236 0.277 0.145 53 R 0.015 0.072 0.433 0.274 0.130 0.051 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 54 P 0.162 0.062 0.239 0.188 0.139 0.086 0.075 0.033 0.008 0.004 0.002 55 F 0.005 0.008 0.012 0.022 0.036 0.063 0.149 0.183 0.216 0.179 0.128 56 F 0.001 0.002 0.005 0.011 0.027 0.054 0.188 0.203 0.211 0.183 0.113 57 E 0.025 0.038 0.550 0.206 0.111 0.042 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 58 K 0.023 0.061 0.267 0.193 0.164 0.129 0.120 0.030 0.009 0.003 0.001 59 C 0.005 0.005 0.014 0.021 0.033 0.038 0.102 0.157 0.214 0.219 0.194 60 V 0.008 0.004 0.010 0.012 0.027 0.070 0.200 0.180 0.205 0.192 0.093 61 K 0.005 0.108 0.500 0.290 0.073 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.002 0.001 0.006 0.005 0.018 0.037 0.135 0.181 0.189 0.183 0.242 63 E 0.262 0.165 0.128 0.185 0.118 0.058 0.044 0.021 0.011 0.005 0.002 64 E 0.094 0.126 0.166 0.228 0.137 0.085 0.095 0.040 0.017 0.009 0.004 65 V 0.018 0.013 0.021 0.029 0.046 0.100 0.183 0.132 0.173 0.175 0.111 66 S 0.328 0.283 0.100 0.145 0.062 0.031 0.031 0.011 0.006 0.003 0.001 67 R 0.144 0.185 0.198 0.211 0.108 0.068 0.042 0.021 0.011 0.008 0.004 68 N 0.128 0.210 0.069 0.141 0.122 0.102 0.107 0.060 0.030 0.020 0.011 69 E 0.374 0.219 0.051 0.131 0.083 0.055 0.039 0.026 0.012 0.007 0.003 70 Q 0.316 0.146 0.089 0.131 0.089 0.083 0.076 0.039 0.017 0.009 0.004 71 G 0.181 0.180 0.089 0.240 0.137 0.072 0.054 0.025 0.012 0.006 0.003 72 V 0.008 0.006 0.007 0.010 0.017 0.045 0.124 0.144 0.241 0.218 0.179 73 T 0.070 0.213 0.133 0.345 0.158 0.045 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 74 L 0.004 0.002 0.008 0.007 0.014 0.026 0.077 0.132 0.209 0.236 0.284 75 S 0.060 0.182 0.119 0.323 0.192 0.065 0.030 0.015 0.008 0.004 0.003 76 I 0.016 0.013 0.017 0.030 0.046 0.059 0.144 0.177 0.181 0.159 0.157 77 T 0.092 0.098 0.078 0.199 0.177 0.109 0.091 0.064 0.041 0.030 0.020 78 N 0.088 0.113 0.061 0.124 0.092 0.107 0.170 0.091 0.082 0.052 0.021 79 V 0.073 0.066 0.055 0.172 0.157 0.138 0.129 0.081 0.062 0.040 0.026 80 T 0.080 0.076 0.057 0.095 0.083 0.100 0.175 0.116 0.107 0.074 0.038 81 D 0.008 0.019 0.027 0.098 0.126 0.147 0.177 0.136 0.119 0.090 0.053 82 L 0.001 0.003 0.006 0.007 0.012 0.029 0.088 0.133 0.243 0.287 0.192 83 V 0.007 0.019 0.046 0.150 0.187 0.174 0.169 0.096 0.077 0.049 0.027 84 L 0.004 0.003 0.018 0.013 0.021 0.042 0.120 0.164 0.217 0.234 0.165 85 K 0.007 0.024 0.045 0.150 0.155 0.172 0.191 0.099 0.084 0.050 0.024 86 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.011 0.049 0.095 0.212 0.271 0.350 87 K 0.042 0.106 0.172 0.280 0.197 0.094 0.053 0.025 0.016 0.010 0.005 88 K 0.099 0.090 0.135 0.173 0.130 0.120 0.129 0.059 0.035 0.020 0.010 89 T 0.126 0.096 0.057 0.128 0.115 0.130 0.131 0.085 0.059 0.042 0.030 90 A 0.080 0.084 0.039 0.084 0.083 0.095 0.159 0.124 0.110 0.081 0.062 91 H 0.087 0.074 0.062 0.119 0.124 0.119 0.135 0.096 0.076 0.062 0.046 92 D 0.108 0.113 0.086 0.153 0.133 0.109 0.128 0.072 0.051 0.031 0.018 93 T 0.092 0.082 0.048 0.156 0.143 0.123 0.130 0.090 0.066 0.044 0.026 94 L 0.011 0.013 0.011 0.027 0.036 0.065 0.135 0.148 0.214 0.196 0.144 95 L 0.017 0.034 0.028 0.122 0.149 0.157 0.175 0.118 0.094 0.062 0.043 96 V 0.007 0.005 0.012 0.013 0.020 0.031 0.073 0.112 0.204 0.249 0.275 97 Y 0.009 0.020 0.022 0.091 0.128 0.133 0.202 0.147 0.117 0.084 0.049 98 F 0.003 0.004 0.007 0.014 0.023 0.042 0.093 0.123 0.221 0.265 0.205 99 R 0.053 0.095 0.079 0.205 0.184 0.138 0.126 0.058 0.035 0.018 0.010 100 D 0.105 0.113 0.076 0.206 0.163 0.118 0.110 0.053 0.029 0.017 0.010 101 M 0.036 0.015 0.013 0.021 0.030 0.058 0.120 0.130 0.208 0.198 0.171 102 T 0.141 0.255 0.057 0.275 0.139 0.056 0.043 0.018 0.009 0.004 0.002 103 L 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.013 0.037 0.057 0.177 0.250 0.448 104 K 0.118 0.305 0.130 0.257 0.140 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 105 P 0.160 0.101 0.051 0.132 0.111 0.105 0.130 0.094 0.058 0.036 0.021 106 H 0.185 0.111 0.034 0.122 0.113 0.095 0.104 0.084 0.061 0.050 0.039 107 T 0.143 0.159 0.049 0.170 0.127 0.106 0.119 0.064 0.036 0.019 0.008 108 R 0.153 0.150 0.114 0.251 0.153 0.080 0.044 0.026 0.013 0.010 0.005 109 Y 0.018 0.019 0.017 0.033 0.046 0.113 0.242 0.162 0.168 0.124 0.059 110 T 0.067 0.136 0.070 0.300 0.202 0.100 0.062 0.032 0.017 0.009 0.005 111 V 0.007 0.003 0.008 0.007 0.012 0.026 0.075 0.111 0.235 0.257 0.259 112 R 0.031 0.097 0.066 0.315 0.241 0.113 0.078 0.031 0.016 0.007 0.005 113 I 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.010 0.038 0.078 0.198 0.244 0.415 114 G 0.067 0.174 0.107 0.307 0.218 0.069 0.030 0.015 0.007 0.004 0.003 115 F 0.022 0.024 0.026 0.047 0.064 0.073 0.174 0.177 0.165 0.128 0.100 116 K 0.177 0.135 0.065 0.204 0.164 0.103 0.072 0.038 0.021 0.014 0.008 117 Q 0.281 0.174 0.099 0.158 0.086 0.067 0.068 0.032 0.020 0.010 0.005 118 G 0.210 0.200 0.065 0.227 0.129 0.065 0.053 0.028 0.013 0.006 0.004 119 I 0.020 0.017 0.011 0.017 0.025 0.042 0.109 0.116 0.195 0.225 0.223 120 K 0.128 0.297 0.140 0.253 0.118 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 121 G 0.269 0.180 0.081 0.173 0.109 0.070 0.053 0.032 0.017 0.010 0.006 122 G 0.087 0.037 0.016 0.042 0.054 0.084 0.163 0.142 0.158 0.125 0.091 123 D 0.141 0.258 0.070 0.241 0.128 0.074 0.045 0.021 0.012 0.007 0.003 124 V 0.017 0.014 0.024 0.034 0.049 0.105 0.159 0.151 0.193 0.157 0.098 125 N 0.173 0.260 0.075 0.233 0.120 0.054 0.044 0.021 0.012 0.005 0.003 126 F 0.004 0.003 0.005 0.011 0.018 0.032 0.090 0.138 0.219 0.225 0.256 127 E 0.078 0.207 0.129 0.298 0.168 0.064 0.029 0.013 0.008 0.004 0.003 128 V 0.003 0.005 0.011 0.023 0.044 0.047 0.119 0.179 0.194 0.171 0.204 129 T 0.008 0.014 0.022 0.053 0.082 0.092 0.135 0.157 0.160 0.151 0.127 130 N 0.008 0.020 0.028 0.072 0.079 0.100 0.189 0.139 0.178 0.127 0.060 131 F 0.002 0.003 0.008 0.017 0.027 0.047 0.097 0.140 0.221 0.231 0.206 132 I 0.005 0.007 0.011 0.026 0.037 0.044 0.107 0.148 0.204 0.211 0.200 133 V 0.008 0.008 0.017 0.034 0.052 0.061 0.123 0.156 0.196 0.182 0.164 134 A 0.005 0.008 0.012 0.022 0.039 0.055 0.117 0.156 0.204 0.196 0.188 135 P 0.031 0.069 0.039 0.133 0.132 0.116 0.175 0.113 0.095 0.061 0.035 136 D 0.309 0.197 0.071 0.144 0.091 0.071 0.059 0.023 0.018 0.011 0.007 137 K 0.382 0.190 0.055 0.150 0.087 0.054 0.045 0.020 0.010 0.005 0.003 138 G 0.326 0.244 0.040 0.150 0.084 0.049 0.047 0.027 0.016 0.010 0.007 139 L 0.012 0.010 0.007 0.013 0.024 0.046 0.104 0.110 0.199 0.209 0.266 140 K 0.098 0.247 0.165 0.279 0.135 0.043 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 141 Y 0.015 0.011 0.021 0.033 0.046 0.117 0.187 0.156 0.185 0.147 0.083 142 T 0.117 0.185 0.069 0.244 0.152 0.078 0.068 0.042 0.024 0.012 0.009 143 I 0.014 0.008 0.010 0.019 0.028 0.046 0.118 0.157 0.222 0.204 0.174 144 S 0.118 0.205 0.147 0.255 0.145 0.060 0.033 0.017 0.010 0.006 0.004 145 L 0.065 0.047 0.043 0.084 0.099 0.099 0.174 0.150 0.113 0.074 0.053