# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.049 0.007 0.004 0.091 0.071 0.075 0.064 0.001 0.001 0.003 0.636 2 Q 0.019 0.006 0.002 0.090 0.087 0.156 0.045 0.001 0.001 0.002 0.593 3 T 0.017 0.008 0.001 0.144 0.088 0.143 0.104 0.001 0.001 0.003 0.492 4 D 0.067 0.017 0.003 0.097 0.080 0.202 0.126 0.001 0.001 0.012 0.396 5 Y 0.067 0.028 0.005 0.134 0.098 0.147 0.166 0.002 0.001 0.019 0.334 6 D 0.055 0.019 0.007 0.052 0.086 0.121 0.202 0.003 0.001 0.017 0.438 7 F 0.091 0.037 0.015 0.112 0.085 0.162 0.104 0.003 0.001 0.017 0.375 8 E 0.012 0.017 0.002 0.037 0.054 0.077 0.491 0.001 0.001 0.008 0.299 9 K 0.066 0.019 0.004 0.029 0.036 0.048 0.187 0.002 0.001 0.035 0.573 10 G 0.309 0.021 0.029 0.020 0.081 0.148 0.073 0.004 0.001 0.098 0.217 11 E 0.300 0.005 0.010 0.020 0.025 0.029 0.224 0.001 0.001 0.006 0.380 12 H 0.031 0.002 0.010 0.062 0.065 0.102 0.057 0.001 0.001 0.002 0.668 13 R 0.041 0.001 0.003 0.024 0.340 0.385 0.020 0.001 0.001 0.003 0.184 14 T 0.002 0.001 0.001 0.046 0.014 0.019 0.041 0.001 0.001 0.001 0.878 15 M 0.017 0.001 0.001 0.114 0.231 0.438 0.013 0.001 0.001 0.001 0.185 16 T 0.003 0.001 0.001 0.395 0.184 0.233 0.091 0.001 0.001 0.001 0.093 17 F 0.002 0.001 0.001 0.323 0.200 0.342 0.032 0.001 0.001 0.001 0.099 18 V 0.001 0.001 0.001 0.544 0.173 0.213 0.020 0.001 0.001 0.001 0.048 19 F 0.001 0.001 0.001 0.260 0.201 0.363 0.039 0.001 0.001 0.001 0.134 20 A 0.001 0.004 0.001 0.396 0.164 0.285 0.038 0.001 0.001 0.001 0.111 21 K 0.004 0.010 0.001 0.164 0.146 0.319 0.068 0.001 0.001 0.002 0.286 22 E 0.053 0.065 0.004 0.101 0.058 0.131 0.087 0.003 0.001 0.008 0.489 23 R 0.122 0.125 0.006 0.044 0.025 0.059 0.198 0.008 0.001 0.008 0.405 24 S 0.149 0.057 0.004 0.004 0.006 0.013 0.198 0.006 0.001 0.004 0.559 25 L 0.036 0.072 0.010 0.004 0.002 0.004 0.071 0.001 0.001 0.002 0.799 26 Q 0.006 0.045 0.001 0.001 0.001 0.003 0.317 0.001 0.001 0.002 0.623 27 G 0.070 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.447 0.001 0.001 0.001 0.345 28 I 0.009 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.029 29 R 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 30 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 31 A 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 32 L 0.006 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 33 D 0.013 0.936 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.006 34 N 0.068 0.806 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.028 35 R 0.289 0.423 0.065 0.002 0.002 0.003 0.012 0.085 0.001 0.002 0.117 36 R 0.170 0.126 0.474 0.009 0.007 0.007 0.034 0.018 0.001 0.003 0.151 37 T 0.068 0.097 0.079 0.065 0.044 0.039 0.132 0.008 0.001 0.003 0.465 38 A 0.028 0.093 0.028 0.200 0.061 0.082 0.077 0.003 0.001 0.002 0.428 39 A 0.008 0.128 0.005 0.446 0.092 0.144 0.068 0.001 0.001 0.001 0.106 40 Y 0.007 0.125 0.003 0.326 0.074 0.130 0.106 0.001 0.001 0.001 0.226 41 F 0.008 0.222 0.003 0.427 0.054 0.109 0.034 0.002 0.001 0.001 0.140 42 H 0.017 0.331 0.003 0.232 0.043 0.108 0.036 0.002 0.001 0.002 0.225 43 E 0.051 0.378 0.003 0.083 0.026 0.052 0.067 0.006 0.001 0.003 0.332 44 L 0.200 0.523 0.013 0.034 0.018 0.031 0.035 0.014 0.001 0.002 0.129 45 L 0.127 0.624 0.014 0.027 0.021 0.037 0.015 0.021 0.001 0.001 0.111 46 I 0.109 0.472 0.029 0.037 0.028 0.047 0.032 0.031 0.001 0.002 0.212 47 G 0.131 0.257 0.028 0.045 0.018 0.034 0.062 0.028 0.001 0.004 0.394 48 R 0.098 0.185 0.047 0.027 0.015 0.030 0.110 0.009 0.001 0.005 0.474 49 E 0.019 0.046 0.003 0.014 0.004 0.017 0.068 0.001 0.001 0.001 0.827 50 D 0.103 0.061 0.005 0.017 0.004 0.011 0.097 0.002 0.001 0.004 0.696 51 L 0.492 0.166 0.007 0.009 0.001 0.002 0.072 0.005 0.001 0.003 0.243 52 L 0.182 0.560 0.032 0.008 0.001 0.003 0.032 0.010 0.001 0.002 0.169 53 R 0.083 0.384 0.014 0.011 0.011 0.023 0.053 0.009 0.001 0.002 0.411 54 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 55 F 0.048 0.210 0.003 0.007 0.006 0.017 0.099 0.003 0.001 0.001 0.606 56 F 0.131 0.690 0.005 0.003 0.002 0.003 0.031 0.006 0.001 0.002 0.128 57 E 0.039 0.864 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.069 58 K 0.041 0.805 0.013 0.006 0.005 0.005 0.009 0.014 0.001 0.001 0.103 59 C 0.206 0.553 0.006 0.006 0.006 0.010 0.006 0.018 0.001 0.001 0.187 60 V 0.130 0.381 0.034 0.079 0.063 0.060 0.019 0.026 0.001 0.001 0.208 61 K 0.025 0.105 0.018 0.074 0.183 0.154 0.054 0.014 0.001 0.001 0.372 62 I 0.023 0.059 0.042 0.128 0.111 0.177 0.030 0.005 0.001 0.002 0.424 63 E 0.017 0.049 0.008 0.168 0.217 0.222 0.065 0.003 0.001 0.003 0.248 64 E 0.007 0.005 0.001 0.028 0.031 0.086 0.053 0.001 0.001 0.001 0.788 65 V 0.044 0.022 0.005 0.194 0.119 0.258 0.068 0.002 0.001 0.004 0.284 66 S 0.024 0.015 0.003 0.053 0.059 0.101 0.113 0.002 0.001 0.005 0.625 67 R 0.057 0.018 0.004 0.035 0.056 0.098 0.055 0.002 0.001 0.005 0.670 68 N 0.063 0.012 0.006 0.034 0.065 0.132 0.212 0.003 0.001 0.012 0.462 69 E 0.210 0.009 0.007 0.019 0.026 0.028 0.125 0.002 0.001 0.024 0.549 70 Q 0.116 0.012 0.015 0.029 0.043 0.056 0.237 0.001 0.001 0.033 0.458 71 G 0.143 0.003 0.008 0.034 0.049 0.061 0.214 0.001 0.001 0.016 0.472 72 V 0.163 0.004 0.015 0.094 0.170 0.151 0.071 0.001 0.001 0.004 0.327 73 T 0.003 0.001 0.001 0.265 0.139 0.157 0.081 0.001 0.001 0.001 0.354 74 L 0.005 0.001 0.001 0.144 0.264 0.403 0.018 0.001 0.001 0.001 0.164 75 S 0.002 0.001 0.001 0.367 0.212 0.251 0.039 0.001 0.001 0.001 0.126 76 I 0.004 0.001 0.001 0.129 0.138 0.362 0.036 0.001 0.001 0.002 0.328 77 T 0.010 0.006 0.001 0.266 0.154 0.277 0.109 0.001 0.001 0.004 0.171 78 N 0.021 0.003 0.002 0.078 0.085 0.153 0.152 0.001 0.001 0.011 0.495 79 V 0.033 0.008 0.004 0.062 0.042 0.073 0.108 0.001 0.001 0.005 0.666 80 T 0.007 0.006 0.001 0.029 0.038 0.063 0.454 0.001 0.001 0.006 0.395 81 D 0.190 0.019 0.005 0.022 0.042 0.042 0.214 0.001 0.001 0.032 0.433 82 L 0.049 0.237 0.008 0.032 0.054 0.056 0.206 0.002 0.001 0.009 0.347 83 V 0.026 0.134 0.005 0.027 0.071 0.138 0.283 0.001 0.001 0.004 0.311 84 L 0.047 0.307 0.005 0.063 0.119 0.138 0.093 0.004 0.001 0.004 0.221 85 K 0.026 0.327 0.006 0.029 0.147 0.150 0.060 0.005 0.001 0.002 0.249 86 L 0.027 0.396 0.010 0.035 0.112 0.175 0.042 0.007 0.001 0.002 0.194 87 K 0.041 0.342 0.009 0.025 0.094 0.179 0.054 0.010 0.001 0.003 0.242 88 K 0.114 0.216 0.007 0.024 0.068 0.139 0.062 0.013 0.001 0.005 0.353 89 T 0.218 0.197 0.020 0.013 0.032 0.048 0.090 0.017 0.001 0.007 0.359 90 A 0.220 0.167 0.037 0.014 0.023 0.044 0.095 0.015 0.001 0.007 0.376 91 H 0.132 0.162 0.033 0.023 0.029 0.042 0.195 0.014 0.001 0.012 0.358 92 D 0.214 0.107 0.022 0.014 0.031 0.033 0.102 0.010 0.001 0.013 0.454 93 T 0.118 0.119 0.026 0.018 0.022 0.025 0.117 0.006 0.001 0.012 0.539 94 L 0.095 0.089 0.025 0.030 0.048 0.069 0.267 0.004 0.001 0.014 0.358 95 L 0.076 0.086 0.009 0.050 0.060 0.107 0.223 0.003 0.001 0.010 0.377 96 V 0.054 0.091 0.010 0.078 0.174 0.181 0.095 0.005 0.001 0.006 0.306 97 Y 0.038 0.108 0.009 0.069 0.129 0.193 0.057 0.004 0.001 0.004 0.389 98 F 0.041 0.077 0.011 0.107 0.126 0.331 0.042 0.003 0.001 0.005 0.256 99 R 0.043 0.034 0.002 0.111 0.097 0.195 0.088 0.002 0.001 0.004 0.424 100 D 0.192 0.023 0.009 0.044 0.047 0.089 0.089 0.002 0.001 0.007 0.497 101 M 0.367 0.039 0.018 0.133 0.102 0.108 0.047 0.005 0.001 0.006 0.174 102 T 0.052 0.019 0.010 0.067 0.091 0.125 0.111 0.006 0.001 0.004 0.514 103 L 0.075 0.012 0.049 0.209 0.088 0.231 0.041 0.003 0.001 0.005 0.287 104 K 0.007 0.003 0.001 0.088 0.101 0.081 0.265 0.001 0.001 0.002 0.451 105 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.987 106 H 0.013 0.002 0.002 0.089 0.047 0.223 0.164 0.001 0.001 0.006 0.453 107 T 0.553 0.004 0.004 0.022 0.028 0.039 0.076 0.001 0.001 0.022 0.250 108 R 0.121 0.010 0.003 0.070 0.034 0.056 0.082 0.001 0.001 0.003 0.621 109 Y 0.056 0.002 0.004 0.108 0.295 0.290 0.060 0.001 0.001 0.004 0.181 110 T 0.017 0.002 0.001 0.106 0.159 0.191 0.068 0.001 0.001 0.002 0.453 111 V 0.007 0.002 0.002 0.192 0.329 0.340 0.020 0.001 0.001 0.001 0.107 112 R 0.002 0.002 0.001 0.235 0.231 0.332 0.042 0.001 0.001 0.001 0.156 113 I 0.002 0.002 0.001 0.198 0.265 0.389 0.026 0.001 0.001 0.001 0.116 114 G 0.003 0.003 0.001 0.168 0.236 0.313 0.068 0.001 0.001 0.002 0.207 115 F 0.004 0.001 0.001 0.075 0.100 0.243 0.057 0.001 0.001 0.002 0.518 116 K 0.014 0.007 0.002 0.090 0.097 0.250 0.128 0.001 0.001 0.005 0.408 117 Q 0.045 0.012 0.002 0.043 0.064 0.132 0.167 0.001 0.001 0.015 0.520 118 G 0.162 0.015 0.003 0.024 0.033 0.058 0.099 0.003 0.001 0.018 0.585 119 I 0.373 0.034 0.026 0.025 0.047 0.080 0.079 0.003 0.001 0.010 0.323 120 K 0.026 0.012 0.002 0.030 0.025 0.034 0.135 0.001 0.001 0.002 0.734 121 G 0.078 0.010 0.007 0.020 0.059 0.084 0.078 0.002 0.001 0.008 0.655 122 G 0.190 0.019 0.012 0.036 0.086 0.103 0.071 0.002 0.001 0.010 0.472 123 D 0.047 0.010 0.007 0.045 0.060 0.089 0.148 0.001 0.001 0.003 0.589 124 V 0.039 0.016 0.009 0.086 0.177 0.219 0.097 0.001 0.001 0.004 0.353 125 N 0.011 0.016 0.001 0.088 0.090 0.152 0.175 0.001 0.001 0.004 0.461 126 F 0.040 0.027 0.004 0.090 0.135 0.242 0.108 0.001 0.001 0.009 0.345 127 E 0.029 0.028 0.002 0.119 0.116 0.174 0.190 0.001 0.001 0.003 0.338 128 V 0.028 0.076 0.006 0.127 0.164 0.282 0.078 0.002 0.001 0.003 0.234 129 T 0.022 0.117 0.004 0.163 0.179 0.316 0.048 0.002 0.001 0.003 0.146 130 N 0.037 0.056 0.004 0.092 0.257 0.319 0.038 0.004 0.001 0.004 0.189 131 F 0.091 0.109 0.015 0.120 0.152 0.206 0.038 0.006 0.001 0.003 0.259 132 I 0.027 0.045 0.007 0.188 0.206 0.296 0.046 0.005 0.001 0.002 0.179 133 V 0.024 0.023 0.016 0.127 0.159 0.308 0.051 0.006 0.001 0.004 0.282 134 A 0.018 0.019 0.016 0.119 0.259 0.247 0.057 0.003 0.001 0.004 0.258 135 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.957 136 D 0.011 0.001 0.001 0.046 0.035 0.120 0.084 0.001 0.001 0.001 0.700 137 K 0.273 0.005 0.002 0.028 0.029 0.049 0.093 0.001 0.001 0.020 0.501 138 G 0.186 0.003 0.002 0.022 0.013 0.017 0.134 0.001 0.001 0.010 0.612 139 L 0.443 0.005 0.037 0.050 0.063 0.071 0.079 0.001 0.001 0.013 0.238 140 K 0.019 0.002 0.001 0.103 0.098 0.111 0.147 0.001 0.001 0.002 0.516 141 Y 0.011 0.001 0.001 0.075 0.254 0.266 0.037 0.001 0.001 0.002 0.352 142 T 0.008 0.002 0.001 0.191 0.158 0.293 0.041 0.001 0.001 0.002 0.303 143 I 0.010 0.003 0.001 0.201 0.204 0.345 0.041 0.001 0.001 0.002 0.192 144 S 0.005 0.003 0.001 0.248 0.184 0.237 0.069 0.001 0.001 0.002 0.251 145 L 0.008 0.003 0.001 0.119 0.138 0.315 0.057 0.001 0.001 0.004 0.354