# TARGET T0407 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0407.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.09101 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.168 0.151 0.164 0.265 0.177 0.070 0.005 2 Q 0.451 0.260 0.184 0.074 0.023 0.008 0.001 3 T 0.301 0.231 0.176 0.165 0.091 0.034 0.002 4 D 0.371 0.318 0.205 0.074 0.024 0.007 0.001 5 Y 0.224 0.198 0.186 0.244 0.114 0.032 0.002 6 D 0.470 0.320 0.148 0.045 0.013 0.003 0.001 7 F 0.198 0.164 0.200 0.299 0.118 0.021 0.001 8 E 0.731 0.193 0.063 0.010 0.002 0.001 0.001 9 K 0.673 0.266 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 10 G 0.472 0.279 0.126 0.087 0.032 0.004 0.001 11 E 0.454 0.319 0.138 0.069 0.016 0.005 0.001 12 H 0.094 0.170 0.263 0.228 0.189 0.052 0.003 13 R 0.024 0.088 0.178 0.296 0.263 0.135 0.016 14 T 0.032 0.123 0.217 0.261 0.220 0.117 0.030 15 M 0.005 0.011 0.025 0.050 0.156 0.513 0.240 16 T 0.005 0.014 0.034 0.111 0.232 0.340 0.265 17 F 0.002 0.005 0.012 0.021 0.067 0.381 0.511 18 V 0.009 0.028 0.069 0.164 0.231 0.297 0.203 19 F 0.008 0.012 0.025 0.068 0.199 0.445 0.244 20 A 0.020 0.044 0.097 0.194 0.330 0.253 0.063 21 K 0.127 0.229 0.281 0.204 0.096 0.056 0.007 22 E 0.225 0.254 0.203 0.179 0.098 0.038 0.003 23 R 0.290 0.283 0.201 0.134 0.061 0.028 0.003 24 S 0.277 0.238 0.191 0.141 0.103 0.045 0.005 25 L 0.194 0.212 0.232 0.242 0.088 0.028 0.003 26 Q 0.410 0.282 0.212 0.062 0.021 0.010 0.001 27 G 0.052 0.120 0.223 0.259 0.218 0.110 0.018 28 I 0.011 0.016 0.029 0.083 0.242 0.484 0.135 29 R 0.034 0.104 0.196 0.272 0.223 0.137 0.034 30 E 0.043 0.107 0.151 0.195 0.199 0.229 0.077 31 A 0.018 0.037 0.085 0.180 0.292 0.308 0.080 32 L 0.022 0.036 0.066 0.151 0.298 0.319 0.107 33 D 0.089 0.189 0.229 0.236 0.152 0.084 0.020 34 N 0.252 0.288 0.240 0.116 0.055 0.036 0.012 35 R 0.095 0.202 0.255 0.200 0.123 0.090 0.034 36 R 0.019 0.045 0.083 0.185 0.306 0.291 0.070 37 T 0.022 0.058 0.096 0.189 0.295 0.263 0.076 38 A 0.011 0.019 0.041 0.073 0.158 0.431 0.266 39 A 0.008 0.016 0.030 0.059 0.130 0.440 0.317 40 Y 0.011 0.024 0.059 0.158 0.249 0.314 0.184 41 F 0.014 0.022 0.038 0.095 0.247 0.342 0.242 42 H 0.065 0.142 0.216 0.241 0.154 0.129 0.053 43 E 0.130 0.204 0.251 0.197 0.123 0.077 0.018 44 L 0.080 0.148 0.212 0.239 0.196 0.107 0.018 45 L 0.082 0.088 0.125 0.166 0.251 0.255 0.033 46 I 0.111 0.146 0.203 0.256 0.181 0.094 0.008 47 G 0.214 0.296 0.237 0.143 0.075 0.031 0.003 48 R 0.191 0.276 0.224 0.169 0.099 0.036 0.004 49 E 0.445 0.336 0.123 0.073 0.017 0.005 0.001 50 D 0.372 0.352 0.134 0.098 0.035 0.009 0.001 51 L 0.069 0.125 0.285 0.267 0.204 0.048 0.002 52 L 0.018 0.040 0.086 0.225 0.322 0.287 0.023 53 R 0.085 0.260 0.374 0.205 0.062 0.013 0.001 54 P 0.084 0.353 0.282 0.172 0.077 0.029 0.003 55 F 0.013 0.042 0.123 0.267 0.352 0.189 0.014 56 F 0.010 0.027 0.057 0.188 0.364 0.309 0.045 57 E 0.099 0.303 0.346 0.180 0.056 0.014 0.002 58 K 0.062 0.284 0.288 0.228 0.102 0.032 0.003 59 C 0.018 0.064 0.149 0.263 0.316 0.178 0.012 60 V 0.024 0.071 0.113 0.273 0.307 0.192 0.022 61 K 0.088 0.313 0.351 0.172 0.062 0.013 0.001 62 I 0.027 0.051 0.101 0.330 0.357 0.130 0.004 63 E 0.285 0.369 0.240 0.083 0.017 0.005 0.001 64 E 0.385 0.392 0.163 0.043 0.014 0.003 0.001 65 V 0.104 0.138 0.212 0.363 0.160 0.023 0.001 66 S 0.460 0.374 0.121 0.038 0.006 0.001 0.001 67 R 0.642 0.234 0.093 0.025 0.005 0.001 0.001 68 N 0.652 0.240 0.084 0.020 0.004 0.001 0.001 69 E 0.543 0.318 0.096 0.038 0.005 0.001 0.001 70 Q 0.509 0.282 0.150 0.044 0.014 0.001 0.001 71 G 0.273 0.398 0.215 0.092 0.019 0.004 0.001 72 V 0.020 0.059 0.124 0.313 0.390 0.092 0.002 73 T 0.088 0.279 0.318 0.225 0.068 0.019 0.002 74 L 0.017 0.031 0.051 0.136 0.361 0.359 0.045 75 S 0.056 0.196 0.268 0.310 0.123 0.040 0.007 76 I 0.033 0.055 0.079 0.165 0.304 0.294 0.071 77 T 0.077 0.160 0.186 0.228 0.178 0.127 0.044 78 N 0.086 0.164 0.174 0.199 0.164 0.151 0.063 79 V 0.061 0.123 0.172 0.214 0.204 0.159 0.066 80 T 0.040 0.089 0.114 0.179 0.223 0.254 0.101 81 D 0.035 0.069 0.138 0.161 0.221 0.244 0.132 82 L 0.010 0.019 0.028 0.071 0.183 0.449 0.240 83 V 0.018 0.049 0.124 0.210 0.267 0.220 0.111 84 L 0.011 0.025 0.036 0.079 0.195 0.447 0.207 85 K 0.032 0.116 0.236 0.305 0.186 0.095 0.029 86 L 0.018 0.027 0.044 0.138 0.335 0.342 0.094 87 K 0.110 0.230 0.259 0.221 0.115 0.053 0.011 88 K 0.282 0.255 0.192 0.148 0.075 0.040 0.008 89 T 0.354 0.278 0.175 0.108 0.054 0.026 0.005 90 A 0.227 0.212 0.170 0.165 0.125 0.079 0.022 91 H 0.226 0.245 0.167 0.162 0.111 0.068 0.021 92 D 0.201 0.209 0.163 0.173 0.130 0.089 0.035 93 T 0.110 0.136 0.154 0.196 0.185 0.146 0.072 94 L 0.033 0.041 0.060 0.111 0.229 0.352 0.174 95 L 0.038 0.056 0.109 0.156 0.220 0.257 0.166 96 V 0.017 0.023 0.047 0.074 0.160 0.418 0.261 97 Y 0.018 0.051 0.110 0.215 0.284 0.246 0.077 98 F 0.020 0.042 0.090 0.152 0.285 0.317 0.096 99 R 0.059 0.219 0.208 0.232 0.167 0.094 0.020 100 D 0.090 0.270 0.264 0.239 0.090 0.040 0.006 101 M 0.023 0.061 0.095 0.274 0.356 0.178 0.012 102 T 0.076 0.273 0.351 0.214 0.067 0.018 0.001 103 L 0.024 0.041 0.075 0.225 0.434 0.191 0.010 104 K 0.199 0.373 0.242 0.148 0.031 0.007 0.001 105 P 0.219 0.352 0.226 0.126 0.059 0.017 0.001 106 H 0.144 0.213 0.272 0.246 0.101 0.023 0.001 107 T 0.300 0.388 0.181 0.098 0.027 0.006 0.001 108 R 0.233 0.438 0.176 0.106 0.035 0.011 0.001 109 Y 0.030 0.076 0.141 0.282 0.345 0.121 0.006 110 T 0.050 0.188 0.313 0.294 0.109 0.039 0.007 111 V 0.006 0.020 0.039 0.096 0.265 0.487 0.087 112 R 0.019 0.073 0.182 0.308 0.241 0.145 0.031 113 I 0.007 0.013 0.027 0.081 0.264 0.465 0.144 114 G 0.030 0.138 0.277 0.299 0.170 0.071 0.016 115 F 0.027 0.068 0.105 0.208 0.306 0.257 0.031 116 K 0.091 0.206 0.273 0.252 0.127 0.046 0.006 117 Q 0.358 0.347 0.160 0.092 0.030 0.011 0.001 118 G 0.189 0.293 0.242 0.164 0.089 0.021 0.001 119 I 0.112 0.108 0.183 0.313 0.211 0.069 0.004 120 K 0.475 0.326 0.140 0.045 0.010 0.003 0.001 121 G 0.380 0.368 0.153 0.068 0.024 0.007 0.001 122 G 0.081 0.126 0.179 0.278 0.248 0.083 0.004 123 D 0.192 0.362 0.236 0.150 0.042 0.016 0.002 124 V 0.057 0.134 0.174 0.295 0.263 0.071 0.005 125 N 0.082 0.256 0.279 0.239 0.090 0.045 0.008 126 F 0.008 0.019 0.043 0.139 0.373 0.358 0.060 127 E 0.022 0.142 0.279 0.332 0.146 0.060 0.019 128 V 0.005 0.020 0.041 0.102 0.232 0.403 0.197 129 T 0.004 0.018 0.036 0.090 0.208 0.398 0.246 130 N 0.004 0.019 0.046 0.136 0.238 0.320 0.237 131 F 0.004 0.013 0.029 0.050 0.136 0.413 0.353 132 I 0.004 0.012 0.026 0.060 0.136 0.481 0.280 133 V 0.008 0.021 0.049 0.117 0.244 0.412 0.149 134 A 0.016 0.041 0.114 0.243 0.335 0.216 0.035 135 P 0.070 0.200 0.303 0.241 0.137 0.046 0.004 136 D 0.496 0.330 0.123 0.041 0.008 0.002 0.001 137 K 0.601 0.301 0.068 0.022 0.006 0.001 0.001 138 G 0.328 0.437 0.139 0.074 0.017 0.004 0.001 139 L 0.043 0.086 0.209 0.313 0.308 0.040 0.001 140 K 0.228 0.478 0.166 0.109 0.015 0.003 0.001 141 Y 0.053 0.110 0.194 0.278 0.295 0.068 0.002 142 T 0.131 0.269 0.270 0.215 0.084 0.028 0.002 143 I 0.065 0.076 0.143 0.261 0.330 0.115 0.010 144 S 0.360 0.370 0.160 0.080 0.022 0.007 0.001 145 L 0.274 0.211 0.194 0.169 0.111 0.038 0.003